양어장 양도와 관련한 양도소득세 부과처분 당부

주 문 처분청은 2011. 8. 8. 청구인에게 한 양도소득세 74,684,070원의 부과처분에 대하여 공유수면 점·사용 허가권의 취득가액을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 청구인은 2010. 12. 13. 청구 외 을(청구인의 母), 갑(청구인의 父)과 함께 공동 소유하고 있는 제주시 ◇◇면 ◇◇리 000 소재 양어장[토지 4,655㎡(각각 1/3지분 소유), 건물 324.54㎡(을 소유), 기타 수조 등 양어장시설과 영업권 포함, 이하 “이 사건 양어장”이라 한다]을 청구 외 병 등 2인에게 1,220,000,000원에 양도하였다.
• 나. 청구인과 청구 외 을, 갑(이하 “청구인 등”이라 한다)은 이 사건 양어장 양도와 관련하여 총 양도가액 1,220,000,000원 중 매매계약서 상 토지와 건물분에 해당하는 540,000,000원을 양도가액으로 하고 그 취득가액을 546,970,000원으로 하여 2011. 2. 28. 양도소득과세표준 신고를 하였다.
• 다. 이에 대하여 처분청은 2011. 6. 16.부터 같은 해 6. 30.까지 청구인 등에 대한 양도소득세 조사를 한 결과, 총 양도가액 1,220,000,000원 중 신고분 540,000,000원을 제외한 나머지 680,000,000원을 청구인 등이 과소 신고한 것으로 보아 이를 각각의 지분별로 안분하여 2011. 8. 8. 청구인에게 74,684,070원, 청구 외 을에게 120,590,220원, 청구 외 갑에게 93,564,770원, 계 288,839,060의 양도소득세를 부과·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 이 사건 양어장을 1,220,000,000원에 양도하였으나 동 양도가액에는 토지 및 건물 외에도 기타 양어장 설비와 공유수면 점·사용 허가권에 대한 대가도 포함된 것으로, ① 매매계약서 상 280,000,000원 상당의 발전기 및 전시시설 등은 기계장치로서 양도소득세 과세대상인 건물에 부속된 시설 또는 구축물은 아니고, ② 400,000,000원에 양도된 공유수면 점·사용 허가권 또한 기타소득으로서 양도소득세 과세대상이 아니며, ③ 설령 동 허가권을 양도소득세 과세대상으로 본다하더라도 그 허가와 관련하여 어촌계에 발전기부금 등으로 370,000,000원을 지급하였으므로 이를 취득원가로 인정하여 그 차액만큼만을 양도소득세로 과세하여야 한다는 취지로 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 세가지로서 이 사건 양어장 양도와 관련하여 ① 매매계약서 상 발전기 및 전기시설 등을 건물에 부속된 시설 또는 구축물로 보아 양도소득세를 과세할 수 있는지 여부, ② 공유수면 점·사용 허가권의 양도로 인한 소득이 양도소득에 해당하는지 여부, ③ 동 허가권의 양도로 인한 소득을 양도소득이라 볼 경우 그 취득대가를 인정할 수 있는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 사건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 청구인 등은 1997년부터 수산물 양식을 위해 ‘☆☆수산’이란 상호로 제주시 ◇◇면 ◇◇리 738 소재 이 사건 양어장[토지 4,655㎡(각각 1/3지분 소유), 건물 324.54㎡(을 소유), 기타 수조 등 양어장시설 포함]을 운영하여 왔다. ⑵ 청구인 등은 2010. 12. 13. 이 사건 양어장을 청구 외 병 등 2인에게 1,220,000,000원에 양도하였다. ⑶ 2010. 10. 19. 작성된 이 사건 양어장의 토지 및 건물에 대한 ‘부동산매매계약서’에 따르면, 청구인 등을 양도자로 하여 토지 4,655㎡의 양도가액을 235,077,500원으로, 건물 324.54㎡의 양도가액을 304,922,500원으로 하여 계 540,000,000원에 청구 외 병 등 2인에게 양도하는 것으로 되어 있다. ⑷ 위 ＂⑶항“의 부동산매매계약일과 같은 날에 작성된 것으로 되어 있는 ‘부동산 등 매매계약서’에 따르면, 청구인 등을 양도자로 하여 부지 4,655㎡는 540,000,000원, 발전기 및 전기시설·냉동실·사료제조기 외 집기비품 일체는 280,000,000원, 영업권은 400,000,000원으로 하여 계 1,220,000,000원에 이 사건 양어장 일체를 위 청구 외 병등 2인에게 양도하는 것으로 되어 있다. ⑸ 청구인 등은 이 사건 양어장 총 양도가액 1,220,000,000원 중 위 “⑶항”의 부동산매매계약서에 따라 토지와 건물분에 해당하는 540,000,000원을 양도가액으로 하고 그 취득가액을 546,970,000원으로 하여 2011. 2. 28. 양도소득과세표준 신고를 하였다. ⑹ 처분청의 청구인 등에 대한 양도소득세 조사종결보고서에 따르면, 이 사건 양어장 토지 4,655㎡는 1996. 11. 23. 청구 외 정으로부터 을(청구인의 母)가 그 지분 2/3을, 청구 외 무가 지분 1/3을 각각 취득한 후, 2007. 11. 13. 위 을이 자기 지분 중 1/2을 청구인에게 증여하고, 2010. 1. 15. 갑(청구인의 父)이 위 무의 지분 1/3을 매수하여 청구인 등이 각각 1/3의 지분으로 소유하고 있었고, 건물 324.54㎡은 위 을이 1998. 4. 14. 단독 취득하여 계속 소유하고 있었으며, 청구인 등은 양도소득세 신고 당시 위 토지 및 건물의 취득가액을 546,970,000원으로 신고한 사실이 확인된다. ⑺ 청구인 등이 운영하고 있는 ☆☆수산의 2010년 귀속 대차대조표를 보면, 총 유형자산 564,911,948원 중 토지는 150,163,970원, 건물은 342,052,246원, 구축물은 61,151,246원, 기계장치와 비품잔액은 9,740,964원으로 계상되어 있다. ⑻ 2010. 2. 2. 수협중앙회 제주지역금융본부에서 위 을에 대한 은행담보를 목적으로 주식회사 ○○감정평가법인에게 의뢰하여 받은 이 사건 양어장에 대한 감정평가서를 보면, 토지 및 건물은 586,100,000원, 기계기구는 662,047,000원, 계 1,248,147,000원으로 감정평가 되었으며, 이 중 기계기구의 감정평가 명세를 보면 아래와 같다. ⑼ 위 “⑷항”의 부동산 등 매매계약서와 관련해서 청구인 등에 대한 양도소득세 조사 당시 위 을이 2011. 6. 24. 작성한 확인서를 보면, “부동산매매계약서상에 토지 540,000,000원, 발전기 및 전기시설, 냉동실, 사료제조기 외 집기비품일체 280,000,000원, 영업권 400,000,000원으로 구분하여 양도대금을 산정하였으나, 특별한 근거를 가지고 구분하지 않았으며, 양도자와 양수자간에 임의적으로 합의하여 산정”하였다는 내용이 기재되어 있다. ⑽ 청구인 등은 이 사건 양어장과 관련하여 제주시장으로부터 최초 2002. 1. 4.부터 시설물 존치시까지, 이후 2010. 2. 3.부터 2015. 2. 2.까지 공유수면 점·사용허가를 받은 사실이 확인된다. ⑾ 처분청은 2011. 6. 16.부터 같은 해 6. 30.까지 청구인 등에 대한 양도소득세 조사를 한 결과, 청구인 등이 총 양도가액 1,220,000,000원 중 신고분 540,000,000원을 제외한 나머지 미신고분 680,000,000원에 대해 280,000,000원은 건물에 부속된 시설 또는 구축물의 양도대가로, 400,000,000원은 영업권의 양도대가로, 양도소득세 과세대상이라고 보아 이를 각각의 지분별로 안분하여 2011. 8. 8. 청구인에게 74,684,070원, 을에게 120,590,220원, 갑에게 93,564,770원, 계 288,839,060의 양도소득세를 부과·고지하였다.
• 다. 관계 법령 이 사건과 관계되는 법령은 소득세법 제94조 등으로서 [별지] 기재와 같다. [별지]

□ 소득세법

○ 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 1.～6. (생략)

7. 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 8.～25. (생략)

○ 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득(이하 생략)

3. (생략)

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
• 나. 다. (생략)

② (생략)

○ 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 3. (생략)

② ～⑦ (생략)

○ 제99조(기준시가의 산정) ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. 1.～5. (생략)

6. 제94조 제1항 제4호에 따른 기타자산

• 양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

② ～⑥ (생략)

○ 114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① (생략)

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤, ⑥ (생략)

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

⑧, ⑨ (생략)

□ 소득세법 시행령

○ 제163조(양도자산의 필요경비) ①～⑪ (생략)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

⑬ (생략)

○ 제165조(토지·건물 외의 자산의 기준시가의 산정) ①～⑦ (생략)

⑧ 법 제99조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액”이란 다음 가 호에 따라 평가한 가액을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제94조 제1항 제4호 가목의 규정에 의한 영업권

• 상속세 및 증여세법 시행령 제59조 제2항 의 규정을 준용하여 평가한 가액

3. (생략)

⑨ ～⑪ (생략)

○ 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항 본문에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

• 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의기준시가/양도당시의 기준시가

2. (생략)

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. (이하생략)

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

④, ⑤ (생략)

□ 상속세 및 증여세법 시행령

○ 제59조(무체재산권 등의 평가) ① (생략)

② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 - (평가기준일 현재의 자기자본×1년만기 정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)] 100분의 10

• 라. 판단 이 사건의 다툼은 세가지로서 ① 매매계약서 상 발전기 및 전기시설 등을 건물에 부속된 시설 또는 구축물로 보아 양도소득세를 과세할 수 있는지 여부, ② 공유수면 점·사용 허가권의 양도로 인한 소득이 양도소득에 해당하는지 여부, ③ 동 허가권의 양도로 인한 소득을 양도소득이라 볼 경우 그 취득대가를 인정할 수 있는지 여부이므로 이를 차례로 살펴본다. ⑴ 이건 부동산 등 매매계약서 상 발전기 및 전기시설 등을 건물에 부속된 시설 또는 구축물로 보아 양도소득세를 과세할 수 있는지에 대한 검토 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 제1항을 보면, 양도소득세 과세대상으로 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득을 양도소득의 하나로 열거하고 있고, 이때 건물에는 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하도록 되어 있다. 그리고 구축물에 해당하기 위해서는 토지에 정착한 건물 이외의 공작물로서 구조와 형태가 물리적으로 토지와 구분되어 독립적인 경제적 가치를 가진 것이어야 한다. 대법원 2009. 5. 14.선고 2006두11224판결 청구인은 이 사건 양어장 총 양도가액 1,220,000,000원 중에는 토지 및 건물 외에도 “발전기 및 전기시설, 냉동실, 사료제조기 외 집기비품 일체”에 대한 양도가액 280,000,000원이 포함되어 있는 것으로서, 이는 주식회사 ○○감정평가법인이 이 사건 양어장에 대한 감정평가 당시 662,047,000원으로 감정평가한 기계기구 일체에 대한 양도대가이며 다만 지인에게 낮은 가격에 양도 한 것인바, 이는 건물에 부속된 시설물 또는 구축물이 아니므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장한다. 살피건대, 매매계약서 상 280,000,000원에 양도된 것으로 되어 있는 위 자산의 성격을 기계기구로 볼 것인지 아니면 양도소득세 과세대상인 건물에 부속된 시설물 또는 구축물로 볼 것인지는 이 사건 양어장에 포함된 양도자산의 구체적 종류 및 형상, 그리고 잔존가액 및 가치 등으로 판단하여야 할 것인 바, ① 이 사건 양어장 양도 시점인 2010년도 청구인 ☆☆수산의 대차대조표를 보면, 총 유형자산(564,911,948원) 구성항목 중 토지 및 건물, 구축물 등을 제외하면 기계장치 및 비품 잔액은 유형자산의 1.7%인 9,740,964원에 지나지 않는 점, ② 인정사실 “⑻항”에서 보는 바와 같이 주식회사 ○○감정평가법인이 기계기구로 평가한 자산의 세부 내역을 보더라도 수조 및 하우스 시설, 취·배수라인, 토출·주수라인, 침전조와 고가수조 등 대부분 콘크리트 구조물 및 파이프라인 등으로서 수중에 설치되었거나 수조지하, 수조 간에 고정 설치된 공작물이므로 실제 기계장치가 아닌 구축물로 보아야 할 것이고, 그 감정평가액이 592,681,000원으로서 전체 기계기구 평가액(662,047,000원)의 90%에 이르는 점, ③ 그리고 인정사실 “⑼항”과 같이 청구 외 을이 작성한 확인서를 보면, 매매계약서 상 각 자산의 양도대금은 양도자와 양수자간에 임의적으로 합의하여 산정한 것으로 특별한 근거를 가지고 구분하지 않았다고 진술하고 있는 점 등을 종합해 볼 때, 위 280,000,000원의 양도자산은 실제 기계기구에 대한 양도대가라기 보다는 청구인 등이 이 사건 양어장의 토지 및 건물과 함께 양도한 구축물 등의 양도대가로 봄이 상당하다고 할 것이고, 따라서 처분청이 이를 양도소득세 과세대상으로 부과처분한 것은 잘못이 없다고 할 것이다. ⑵ 이건 공유수면 점·사용 허가권의 양도로 인한 소득이 양도소득에 해당하는지에 대한 검토 소득세법 제21조 (기타소득) 제1항 제7호를 보면, 기타소득은 이자·배당·사업·근로·연금·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 영업권의 양도대가도 기타소득의 하나로 열거하고 있다. 다만, 같은 법 제94조(양도소득의 범위) 제1항 제4호를 보면, 영업권이라 하더라도 토지 및 건물, 부동산에 관한 권리 등 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권은 양도소득으로 규정하면서 동 영업권에는 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하고 있다. 인정사실 “⑽항”과 같이 청구인 등은 이 사건 양어장과 관련하여 제주시장으로부터 최초 2002. 1. 4.부터 시설물 존치시까지, 그리고 2010. 2. 3.부터 2015. 2. 2.까지 공유수면 점·사용 허가를 받은 사실이 있고, 이 사건 양어장의 부동산 등 매매계약서를 보면, 총 양도가액 1,200,000,000원 중에는 영업권 400,000,000원에 대한 양도대가도 포함되어 있는 것으로 확인된다. 살피건대, 청구인은 이 사건 양어장 매매계약서 상 영업권으로 기재된 위 400,000,000원의 양도대가는 청구인 등이 양어장 설립과 관련하여 공유수면 점·사용 허가를 얻는 과정에서 어촌계에 그 대가를 지급하고 취득한 무체재산권으로서 이는 양도소득세 부과대상이 아니라 기타소득에 해당한다고 주장하나, 행정관청으로부터 허가를 받음으로써 얻는 경제적 이익 또한 영업권에 해당하고, 이 건 공유수면 점·사용 허가권의 경우 이 사건 양어장을 일괄 양도하면서 토지 및 건물 등 사업용고정자산과 함께 양도된 것이므로 그 양도대가는 기타소득이 아닌 양도소득에 해당한다고 할 것이다. 따라서 처분청이 이를 양도소득세 과세대상으로 본 것 또한 잘못이 없다고 할 것이다. ⑶ 이건 위 허가권의 양도로 인한 소득을 양도소득으로 볼 경우 그 취득대가를 인정할 수 있는지에 대한 검토 한편, 청구인은 설령 위 공유수면 점·사용 허가권의 양도대가를 양도소득세 과세대상으로 본다하더라도 그 허가와 관련하여 청구인 등은 주민의 어장사용 동의에 300,000,000원 및 어촌계발전기부금으로 1998년부터 2010년까지 70,000,000원, 계 370,000,000원을 지급하였으므로 이를 취득원가로 인정하여 그 차액만큼만을 양도소득세로 과세하여야 한다고 주장한다. 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산) 제1항 제1호를 보면, 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로서 취득가액은 해당 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 하고, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 그 취득가액으로 하도록 하고 있다. 그리고 같은 법 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) 제7항을 보면, 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있도록 하고 있다. 또한 같은 법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) 제12항과 제176조의2(추계결정 및 경정) 제2항과 제3항을 보면, 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없을 경우 해당 자산의 양도 및 취득가액으로 적용할 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가 등의 산정방법을 열거하고 있는 바, 이에 따르면 영업권의 취득가액은 ① 취득일 전후 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액, ② 당해 자산에 대해 2 이상의 감정평가법인이 평가한 감정가액이 있을 경우 그 평균액, ③ 양도 당시의 실지거래가액 등에 취득 및 양도당시의 기준시가의 비율을 곱하여 산출한 환산가액, ④ 상속세 및 증여세법 시행령 제59조 제2항 의 규정을 적용하여 평가한 기준시가의 순으로 순차 적용하여 산정하도록 하고 있다. 한편, 처분청은 이 건 양도소득세 부과와 관련하여 공유수면 점·사용 허가권의 양도대가를 400,000,000원으로 확정하면서 동 허가와 관련하여 청구인이 주민의 어장사용 동의 및 어촌계발전기부금 등으로 370,000,000원 상당을 지급한 데 대한 그 증빙을 제시하지 못 한다는 사유로 이 건 허가권의 취득가액을 0원으로 하여 양도자산의 필요경비를 인정하지 않았다. 살피건대, 위 370,000,000원을 허가권의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하여 취득가액으로 인정하기 위해서는 장부나 금융자료 등 그 밖의 증명서류로서 입증되어야 할 것이나, 동 금액에 상응하는 관련 증빙서류가 없으므로 동 금액 모두를 필요경비로 인정할 수는 없다. 그러나 장부 등으로 해당 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 시행령 제163조 등에 따라 그 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가로 산정하도록 하고 있는 취지로 미루어 보면 행정관청으로부터 인·허가를 받음으로써 얻은 경제적 이익인 영업권의 시가를 0원으로 보거나 평가하여서는 아니된다 할 것이고 대법원 1989. 4. 11. 선고 87누647판결, 청구 외 을의 명의로 2006년부터 2010년 사이에 21,000,000원이 어촌계에 기부금으로 입금된 사실이 있는 등 일부 청구인의 주장을 뒷받침할 만한 정황도 없지 아니하다. 따라서 처분청이 위 허가권의 양도와 관련하여 그 취득에 소요된 경비 등에 대한 조사도 없이 그 취득가액을 0원으로 결정하여 양도차익을 계산하고 이를 기초로 청구인 등에게 양도소득세를 부과한 것은 잘못이 있다 할 것이다. ⑷ 소결 이상에서 살펴본바와 같이, 처분청이 이 사건 양어장 양도와 관련하여 부동산 등 매매계약서 상 발전기 및 전기시설 등을 건물에 부속된 시설 또는 구축물로 보고, 공유수면 점·사용 허가권의 양도로 인한 소득을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한 잘못은 없다. 그러나 위 허가권의 양도와 관련하여 청구인이 주장한 370,000,000원 상당을 실지거래가액으로 인정할 수 없다고 하더라도 그 취득에 소요된 경비 등에 대한 조사 없이 그 취득가액을 0원으로 결정하여 양도소득세를 부과한 것은 잘못이라 할 것이다.

그렇다면, 이 사건 부과처분 중 공유수면 점·사용 허가권의 취득가액을 0원으로 보아 과세표준을 산출한 부분은 잘못이 있고, 처분청은 그 취득가액을 재조사하여 이를 기초로 과세표준과 세액을 경정하는 것이 정당하다고 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.