재활용폐자원 매입세액공제 대상의 중고자동차에 해당하지 않음

주 문 심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 중고자동차를 매입하여 수출하는 주식회사 △△ △△지점(이하 “청구인”이라 한다)으로서 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 자동차 16대를 매입·수출하고, 조세특례제한법상 재활용폐자원 등의 매입세액공제 특례 규정에 따라 위 자동차 16대가 중고자동차에 해당된다고 보고 그에 따른 매입세액 공제를 신청하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대하여 부가가치세 환급 현지확인 결과, 청구인이 2009년 11월분 조기환급신고시 매입세액 공제신청한 자동차 16대(이하 “이 사건 자동차”라 한다)가 사실상 운행기록이 없는 신차에 해당하여 재활용폐자원 등이 아니라고 보아 2010. 1. 20. 청구인의 매입세액 24,619,360원의 공제를 부인하는 한편, 청구인에게 2009년 제2기 부가가치세 2,436,930원(매입세액 공제 부인에 따른 가산세)을 경정·고지하였다.(이하 매입세액 공제 부인과 가산세 부과를 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이 건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 조세특례제한법 제108조 에 중고자동차 수출에 대하여 매입세액 공제 제도를 둔 입법취지는 외화획득 증대를 위한 것이고, 현행 자동차관리법에 중고자동차의 정의를 따로 규정하고 있지 않으므로 중고자동차인지 여부에 대한 처분청의 판단은 법적 근거가 없으며, 자동차가 실제로 운행되었는지 여부에 따라 신차와 중고자동차를 구분하는 것은 법적 근거가 없으므로 이 사건 자동차는 실질적으로 차량을 구매하고 등록말소한 후에 수출한 것으로서 중고자동차에 해당되고, 구 자동차관리법에 비추어 보더라도 이 사건 자동차는 중고자동차에 해당되므로, 조세특례제한법상 중고자동차로 보아야 하고 그에 따라 부가가치세 매입세액공제는 정당하다는 취지로 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 이 사건 자동차가 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례대상인 중고자동차에 해당하는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인(2009. 11. 1. 개업)은 중고자동차를 국내에서 매입하여 수출하고 있다.

(2) 청구인은 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 자동차 16대를 매입·수출하고, 조세특례제한법상 재활용폐자원 등의 매입세액공제 특례 규정에 따라 위 자동차 16대가 중고자동차에 해당된다고 보고 그에 따른 매입세액 공제를 신청하였다.

(3) 청구인이 2009년 11월분 조기환급신고시 매입세액 공제신청한 자동차 16대의 거래내용은 아래 [표]와 같다. 그런데 처분청은 청구인에 대하여 부가가치세 환급 현지확인 결과, 청구인이 2009년 11월분 조기환급신고시 매입세액 공제신청한 이 사건 자동차 16대가 매입세액 공제대상인 중고자동차가 아니라 사실상 운행기록이 없는 신차인 것으로 조사결정하였는데 그 사유는 다음과 같다. (가) 이 사건 자동차 중 12대의 공급자로 되어 있는 황○○ 등 12명이 최초 소유권 등록한 날 또는 그 이전에 청구인과 매매계약을 체결한 것으로 확인되었고, 나머지 4대도 ○○○ 등 4인이 최초 소유권 등록한 날로부터 5일 이내에 청구인과 매매계약을 체결한 것으로 확인되었다. (나) 황○○ 등 16명과 청구인이 체결한 이 사건 자동차 매매계약서에 따르면 청구인이 자동차 매매대금을 양도인에게 지급하지 않고 제3자에게 임의로 대체 처리할 수 있도록 위임하는 내용의 특약사항이 기재되어 있다. (다) 이 사건 자동차의 공급자 중 3명(최○○, 노○○, 송○○)은 자동차 운전면허가 없다. (라) 청구인이 황○○ 등 16명으로부터 취득한 가격은 자동차 제조회사가 판매하는 신차의 가격보다 더 높은 가격으로 취득한 것으로 되어 있는데, 자동차 제조회사의 신차 출고가격보다 더 비싸게 자동차를 구입하는 것은 정상적인 계약으로 볼 수 없다.

(4) 처분청은 2010. 1. 20. 위 자동차 16대에 해당하는 매입세액 24,619,360원의 공제를 부인하는 한편, 청구인에게 2009년 제2기 부가가치세 2,436,930원(매입세액 공제 부인에 따른 가산세)을 경정·고지하였다.

• 다. 관계 법령 이 건과 관계되는 법령은 조세특례제한법 제108조 등으로서

□ 조세특례제한법

○ 제108조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례) ① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액 106분의 6을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분에 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용하는 경우 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 때에는 부가가치세 확정신고시 해당 과세기간에 해당사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대하여는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 교부받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당사업자의 사업용 고정자산 매입가액을 제외한다)을 차감한 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 부가가치세법 제18조 의 규정에 따른 예정신고 및 동법 제24조 제2항의 규정에 따른 환급신고시 이미 재활용폐자원 매입세액공제를 받은 금액이 있는 경우에는 동법 제19조의 규정에 따른 확정신고시 정산하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

○ 제110조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례) ① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

② ～③ (생략)

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원 등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

1. (생략)

2. 중고품: 자동차관리법에 따른 자동차(중고자동차에 한한다)<2000. 12. 29.개정>

⑤ ～⑥ (생략)

□ 구 조세감면규제법 시행령(1992. 12. 31. 대통령령 제13804호로 개정된 것)

○ 제58조의2(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례) ① 법 제74조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 “재활용폐자원 등”이라 한다)의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

② 법 제74조의3의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 고물영업법에 의하여 고물상의 영업허가를 받은 자

2. 폐기물관리법에 의하여 폐기물의 재활용신고를 한 자

3. 자동차관리법에 의하여 중고자동차매매업허가를 받은 자

4. 합성수지폐기물처리사업법에 의하여 설립된 한국자원재생공사

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재무부령이 정하는 자

③ 법 제74조의3의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용 폐자원 및 중고품의 범위는 다음과 같다. 1.～7. (생략)

8. 자동차관리법에 의한 중고자동차

9. (생략)

④ (생략)

□ 구 자동차관리법(1995. 12. 29. 법률 제5104호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1.～4. (생략)

5. “중고자동차”라 함은 자동차(이륜자동차를 제외한다. 이하 이 호에서 같다)의 제작·조립 또는 수입을 한 자로부터 법률행위 또는 법률의 규정에 의하여 자동차를 취득한 때로부터 사실상 그 성능을 유지할 수 없을 때까지의 자동차를 말한다. 6.～10. (생략)

□ 구 자동차관리법(1995. 12. 29. 법률 제5104호로 개정된 것)

○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “자동차”라 함은 원동기에 의하여 육상에서 이동할 목적으로 제작한 용구 또는 이에 견인되어 육상을 이동할 목적으로 제작한 용구(이하 “피견인자동차”라 한다)를 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

2. “운행”이라 함은 사람 또는 화물의 운송여부에 관계없이 자동차를 그 용법에 따라 사용하는 것을 말한다.

3. “자동차사용자”라 함은 자동차소유자 또는 자동차소유자로부터 자동차의 운행 등에 관한 사항을 위탁받은 자를 말한다.

4. “형식”이라 함은 자동차의 구조와 장치에 관한 형상·규격 및 성능 등을 말한다.

5. “폐차”라 함은 자동차를 해체하여 건설교통부령이 정하는 자동차의 장치를 그 성능을 유지 할 수 없도록 압축·파쇄 또는 절단하거나 자동차를 해체하지 아니하고 바로 압축·파쇄하는 것을 말한다.

6. “자동차관리사업”이라 함은 자동차매매업·자동차정비업 및 자동차폐차업을 말한다.

7. “자동차매매업”이라 함은 자동차(신조차 및 이륜자동차를 제외한다)의 매매 또는 매매알선 및 그 등록신청의 대행을 업으로 하는 것을 말한다.

8. “자동차정비업”이라 함은 자동차(이륜자동차를 제외한다)의 점검·장비와 구조·장치의 변경작업을 업으로 하는 것을 말한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 것을 제외한다.

9. “자동차폐차업”이라 함은 자동차(이륜자동차를 제외한다)의 폐차 및 그 말소등록신청의 대행을 업으로 하는 것을 말한다.

□ 부가가치세법

○ 제11조(영세율 적용) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

2. (이하 생략)

○ 제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략)

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.와 같다.

• 라. 판단 이 사건의 다툼은 이 사건 자동차가 조세특례제한법 상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 대상인 중고자동차인지 여부이므로 이를 살펴본다. 청구인은 조세특례제한법 제108조 에 중고자동차 수출에 대하여 매입세액 공제 제도를 둔 입법취지는 외화획득 증대를 위한 것이고, 현행 자동차관리법에 중고자동차의 정의를 따로 규정하고 있지 않으므로 중고자동차인지 여부에 대한 처분청의 판단은 법적 근거가 없으며, 이 사건 자동차는 실질적으로 차량을 구매하고 등록말소한 후에 수출한 것으로서 중고자동차에 해당되고, 구 자동차관리법에 비추어 보더라도 이 사건 자동차는 중고자동차에 해당되므로,조세특례제한법상 중고자동차로 보아야 하고 그에 따라 부가가치세 매입세액공제는 정당하다고 주장한다. 조세특례제한법 제108조 를 보면 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다고 되어 있고, 구 조세특례제한법(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조를 보면 매입세액공제 대상인 중고품의 범위는 “자동차관리법에 따른 자동차(중고자동차에 한한다)”라고 규정되어 있다. 한편, 부가가치세 매입세액공제를 받을 수 있는 중고품의 범위는 1992. 12. 31. 개정된 구 조세감면규제법 시행령 제58조의2에 “자동차관리법에 의한 중고자동차”라고 최초 규정된 이후, 구 자동차관리법(1995. 12. 29. 법률 제5104호로 개정되기 전의 것) 제2조에 중고자동차를 “자동차의 제작·조립 또는 수입을 한 자로부터 법률행위 또는 법률의 규정에 의하여 자동차를 취득한 때로부터 사실상 그 성능을 유지할 수 없을 때까지의 자동차”라고 규정되었던 것이 1995. 12. 29. 구 자동차관리법 개정 시 중고자동차의 정의에 관한 조항이 삭제되자, 이에 맞추어 2000. 12. 29. 조세특례제한법 시행령의 중고품의 범위에 관한 규정도 종전의 “자동차관리법에 의한 중고자동차”에서 “자동차관리법에 의한 자동차(중고자동차에 한한다)”로 개정된 바 있다. 살피건대, 조세특례제한법상 재활용폐자원 및 중고품에 대한 매입세액공제 제도의 취지는 사업자가 세금계산서를 발행할 수 없는 간이과세자 또는 일반인들로부터 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품을 수집하여 판매하는 경우에 매입가액 중 일정액을 매입세액으로 공제하여 줌으로써 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품의 수집이 보다 원활하게 이루어지게 하고 재활용을 촉진시키며 환경보전도 도모하려는 데 있는 것이고, 현행 자동차관리법이 중고자동차의 정의를 폐지하여 그 의미를 따로 규정하고 있지 아니한 이상, 구 자동차관리법의 규정만을 들어 자동차제조회사로부터 매수하여 취득한 때부터 바로 매입세액을 공제할 대상인 “중고자동차”로 볼 것은 아니고, 조세특례제한법 상의 매입세액공제 대상인 “중고자동차”에 해당하는지 여부는 위와 같은 제도의 취지를 고려하여 구체적, 개별적으로 엄격하게 판단하여야 할 것이다. 따라서 위 인정사실 “(3)항”에서 본 바와 같이 청구인이 자동차제조회사로부터 제3자가 인도받은 16대의 자동차를 매입하고 형식적으로 등록 및 말소의 법률행위를 거쳤지만 이 사건 자동차가 실제로 운행되지 않았다는 사실에 관하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없는바, 실제로 운행하지 않아 사실상의 신차나 다름없는 차를 “중고자동차”라고 볼 수는 없다고 할 것이므로 구 자동차관리법상의 중고자동차에 해당한다고 하여 부가가치세 매입세액이 공제되어야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.