경정청구 거부는 위법함

주 문 처분청이 2010. 2. 12. 청구인에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 청구인은 1988. 9. 3. □□도 □□시 □□□읍 □□리 41-6 소재 임야 6,804㎡(이하 “이 사건 임야”라 한다)를 취득하여 보유하다가 주식회사 △△△△리조트(이하 “청구외 법인”이라 한다)에게 150,000,000원에 협의매도하고, 2006. 10. 25. 청구외 법인에게 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
• 나. 청구인은 2006. 11. 15. 이 사건 임야의 실지거래가액으로 하여 양도소득세 14,888,680원을 신고하였으나, 그 후 2009. 12. 17. 처분청에 대하여 기준시가를 기준으로 양도소득세를 계산하여 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2010. 2. 12. 이 사건 임야의 양도 당시에는 양수인 청구외 법인이 공익사업시행자로 지정되기 이전으로 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조의 기준시가 과세특례 적용요건인 당해 사업시행자에게 양도하는 경우가 아니라는 사유로 위 경정청구를 거부하였다.(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다.)

• 가. 청구 취지 이 사건 거부처분을 취소하게 하여 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 구 조세특례제한법 제85조 는 거주자가 지정지역 내 부동산을 당해 사업시행자에게 양도하는 경우 기준시가 과세특례를 인정하고 있는데, 여기서 “당해 사업시행자”는 당해 부동산 양도 전 또는 후에 양수인이 사업시행자로 지정되는 경우 모두가 해당되는데도, 청구외법인이 이 사건 임야의 양도 당시엔 당해 사업시행자로 지정되지 않았으나 양도 후에 지정됨으로써 위 법에서 정하는 “당해 사업자”에 해당되는데도 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

• 가. 다툼 부동산 양도 당시에는 사업시행자로 지정되지 않았으나 양도 후에 사업시행자로 지정된 경우 구 조세특례제한법 제85조 의 기준시가 과세특례 적용요건인 “당해 사업시행자에게 양도한 경우”에 해당되는지 여부이다
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 이 사건 임야를 1988. 9. 3. 취득하여 보유하다가 2006. 10. 25. 청구외법인(□□도 □□□군 □□읍 □□리 산 54 대표: 원○○)에게 150,000,000원에 양도하였다.

(2) 청구인은 2006. 11. 15. 처분청에 이 사건 임야 양도에 대하여 실지거래가액을 기준으로 계산한 양도소득세 14,888,860원을 신고하였다.

(3) 구 조세특례제한법 제85조 본문에 “다음 각 호 1에서 규정하고 있는 날 전에 취득하여”라고 되어 있는데, 여기서 “규정하고 있는 날”은 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날이며, 이건 사업인정고시일은 청구인이 이 사건 임야를 □□시로부터 도시계획시설인 체육시설(골프장)로 실시계획인가를 받은 2008. 4. 21.이므로 이건 “규정하고 있는 날”은 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 2006. 4. 28. 이다.

(4) 청구외법인은 2006. 9. 15. □□시장에게 이 사건 임야를 도시계획시설(체육시설)로 결정하여 달라는 주민제안서를 제출하였고, □□시장으로부터 2007. 2. 8. 위 주민제안을 도시관리계획으로 반영할 계획임을 통보받는 등 사실상 도시계획사업 시행자로서의 역할을 수행하였으며, □□시장은 2008. 4. 21. 청구외법인을 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제86조 및 제88조의 규정에 따라 도시계획사업 시행자로 지정하고 실시계획인가를 결정·고시(□□시 고시 제2008-47호)하였다.

(5) □□도지사는 2007. 11. 19. 이 사건 임야에 건설될 △△△△골프장을 도시계획시설(체육시설)로 결정·고시(□□도 고시 2007-410호)하였다.

(6) 청구인은 2009. 12. 17. 이 사건 임야의 실지거래가액을 기준으로 산정하여 기 신고한 양도소득세를 기준시가로 재산정하여 경정청구를 하였다.

(7) 처분청은 2010. 2. 12. 이 사건 임야의 양도 당시에는 양수인 청구외법인이 공익사업시행자로 지정되기 이전으로 구 조세특례제한법 제85조 의 기준시가 과세특례 적용요건인 당해 사업시행자에게 양도하는 경우가 아니라는 이유를 들어 이 사건 거부처분을 하였다.

• 다. 관계 법령

□ 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

○ 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)·거주자가 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의2 제1항 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 같은 법 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실질거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

□ 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)

○ 제79조의2(지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

○ 제79조의2 관련 별표7(기준시가 과세기준일)

1. 수도권신공항건설촉진법 제3조 의 규정에 의하여 예정지역을 지정한 날

2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제91조 의 규정에 의하여 실시계획을 인가한 날

□ 소득세법

○ 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[지적법에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 (이하 생략)

○ 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실지거래가액에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증명서류와 함께 제110조 제1항에 따른 확정신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

□ 국토의계획및이용에관한법률

○ 제86조(도시계획시설사업의 시행자)

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 시행자가 될 수 있는 자 외의 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수로부터 시행자로 지정을 받아 도시계획시설사업을 시행할 수 있다.

⑥ 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 제2항·제3항 또는 제5항의 규정에 의하여 도시계획시설사업의 시행자를 지정할 때에는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 그 지정내용을 고시하여야 한다.

○ 제96조(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용)

② 제1항에 따라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용할 때 제91조에 따른 실시계획을 고시한 경우에는 같은 법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다. (이하 생략)

• 라. 판단 청구인은 구 조세특례제한법 제85조 의 “당해 사업시행자”는 당해 부동산 양도 전 또는 양도 후에 양수인이 사업시행자로 지정된 경우 모두가 해당된다는 뜻인데도, 처분청이 청구외 법인은 이 사건 임야 양도 후에 공익사업시행자로 지정되었다는 사유로 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다고 주장한다. 먼저 청구인이 구 조세특례제한법 제85조 의 기준시가 특례요건에 해당되는지 여부를 살펴보면, ① 청구인은 □□□□시 □□구에 거주하고 있고 ② 이 사건 임야는 2004. 5. 29. 지정지역으로 지정되었으며 ③ 청구인이 이 사건 임야를 사업인정고시일보다 앞선 1988. 9. 3. 취득하여 ④ 도시계획시설사업 시행자인 청구외법인에게 2006. 10. 25. 양도함으로써, 거주자가 지정지역 내 부동산을 그 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득하여 2006. 12. 31. 전에 공익사업시행자에게 양도하여야 한다는 요건을 충족하고 있다. 그런데 처분청은 이 사건 임야 양도 당시 청구외법인이 공익사업시행자로 지정되지 않았기 때문에 이건은 구 조세특례제한법 제85조 기준시가 특례요건인 당해 사업시행자에게 양도하는 경우가 아니라고 주장한다. 따라서 청구외 법인이 이 사건 임야를 양도받은 후에 □□시장으로부터 도시계획사업시행자로 지정받은 것이 구 조세특례제한법 제85조 기준시가 특례 적용요건인 “당해 사업시행자에게 양도한 경우”에 해당되는지 여부를 살펴본다. 구 조세특례제한법 제85조 에서 지정지역 내의 공익사업용 부동산에 대하여 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 입법취지는 지정지역 내의 부동산이라도 공익목적을 위하여 양도 또는 수용되는 부동산의 경우에는 양도 및 취득가액을 실지거래가액이 아니라 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 조세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위함이다. 살피건대, 구 조세특례제한법 제85조 에서 사업시행자에 관하여 인가받은 사업시행자라고 명백히 규정하고 있지 아니하고, 또한 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제96조 에서 시장 등의 지정을 받아 사업시행을 할 수 있다고 규정하고 있을 뿐 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다는 규정을 두고 있지 아니하며 또한, 과세형평상 사업시행인가 이전에 사업시행에 협조하여 미리 토지를 양도한 자에게 사업시행인가 이후에 양도한 자와 비교하여 더 불리하게 과세특례규정을 특별히 배제하여야 할 합리적 이유가 보이지 않는다. 그리고 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제88조 에서 사업시행자가 도시계획사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획 등을 첨부하여 시장 등으로부터 사업시행인가를 받도록 하고 있는데, 이는 사업시행인가를 받기 전에도 사업시행자로 인정될 수 있음을 전제로 한 규정으로 이건 청구외법인이 2006. 9. 15. □□시장에게 도시계획시설결정 주민제안서를 제출하여 □□시장으로부터 2007. 2. 8. 주민제안을 도시관리계획으로 입안할 계획이라는 내용을 통보받은 점, 같은 법 시행령 제96조에서 사업시행자로 인정받기 위해서는 도시계획시설사업의 대상 면적의 3분의 2 이상에 해당하는 토지를 소유하도록 규정하고 있어 청구외법인이 사업시행인가를 받기 위해 이 사건 임야를 매수하는 등 사실상 도시계획사업 시행자로서의 역할을 수행한 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때 이건은 구 조세특례제한법 제85조 에서 규정한 “당해 사업시행자에게 양도한 경우”에 해당한다고 해석함이 합리적이라 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 임야의 양도 당시 청구외 법인이 도시계획사업시행자로 지정되지 않았다는 사유로 이 사건 거부처분을 한 것은 타당하지 않다고 할 것이다.

그렇다면 이 사건 거부처분은 잘못이라 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.