양도소득세를 실지거래가액으로 신고하였다가 그 후 기준시가로 재산정하여 경정청구할 수 있음

주 문 처분청이 2010. 1. 13. 청구인에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 청구인은 1987. 3. 28. □□도 □□군 □□면 □□리 산 45 소재 임야 76,760㎡(이하 “이 사건 임야”라 한다)를 취득하여 보유하다가 주식회사 △△△△리조트(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 2,320,000,000원에 협의매도하고, 2006. 5. 9. 청구외법인에게 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
• 나. 청구인은 2006. 7. 30. 이 사건 임야의 실지거래가액을 기준으로 하여 양도소득세 492,885,520원을 신고하였으나, 그 후 2009. 12. 30. 처분청에 대하여 기준시가를 기준으로 양도소득세를 계산하여 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 대하여 처분청은 2010. 1. 13. “구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조의 단서를 이유로 위 경정청구를 거부하였다.(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다.)

• 가. 청구 취지 이 사건 거부처분을 취소하게 하여 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 구 조세특례제한법 제85조 는 지정지역 내 토지를 공익사업용으로 양도한 자에게 세제혜택을 줄 목적으로 양도차익을 기준시가로 하도록 한 것이고, 단서에 “실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정한 이유는 양도차손이 발생한 납세자까지 일률적으로 기준시가로 과세할 경우 양도차손이 발생한 납세자는 오히려 불리하게 되므로 이를 구제하기 위한 것이며, 실지거래가액으로 신고한 모든 납세자를 기준시가 과세대상에서 제외시키는 것이 아닌데도 불구하고 처분청이 위 단서규정을 사유로 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

• 가. 다툼 실지거래가액을 기준으로 하여 산정한 양도소득세를 신고하였다가 그 후 기준시가를 기준으로 양도소득세를 재산정하여 경정청구할 수 있는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 이 사건 임야를 1987. 3. 28. 취득하여 보유하다가 2006. 5. 9. 청구외법인(□□도 □□□군 □□읍 □□리 산 54, 대표: 원○○)에게 2,320,000,000원에 양도하였다.

(2) 청구인은 2006. 7. 30. 처분청에 이 사건 임야 양도에 대하여 실지거래가액을 기준으로 산정한 양도소득세 492,885,520원을 예정신고 하였다.

(3) 구 조세특례제한법 제85조 본문에 “다음 각 호 1에서 규정하고 있는 날 전에 취득하여”라고 되어 있는데, 여기서 “규정하고 있는 날”은 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날이며, 이건 사업인정고시일은 청구인이 이 사건 임야를 □□시로부터 도시계획시설인 체육시설(골프장)로 실시계획인가를 받은 2008. 4. 21.이므로 이건 “규정하고 있는 날”은 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 2006. 4. 28. 이다.

(4) 청구외법인은 2006. 9. 15. □□시장에게 이 사건 임야를 도시계획시설(체육시설)로 결정하여 달라는 주민제안서를 제출하였고, □□시장으로부터 2007. 2. 8. 위 주민제안을 도시관리계획으로 반영할 계획임을 통보받는 등 사실상 도시계획사업 시행자로서의 역할을 수행하였으며, □□시장은 2008. 4. 21. 청구외법인을 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제86조 및 제88조의 규정에 따라 도시계획사업 시행자로 지정하고 실시계획인가를 결정·고시(□□시 고시 제2008-47호)하였다.

(5) 경기도지사는 2007. 11. 19. 이 사건 임야에 건설될 블랙스톤골프장을 도시계획시설(체육시설)로 결정·고시(경기도 고시 2007-410호)하였다.

(6) 청구인은 2009. 12. 30. 이 사건 임야 양도에 대하여 실지거래가액을 기준으로 산정하여 기 신고한 양도소득세를 기준시가로 산정하여 경정청구를 하였다.

(7) 처분청은 2010. 1. 13. “구 조세특례제한법 제85조 본문에 기준시가 과세의 예외를 인정하고 있으나, 단서에 ”양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다“라고 되어 있어 실지거래가액으로 신고한 경우 기준시가로 경정청구를 할 수 없다는 이유를 들어 이 사건 거부처분을 하였다.

• 다. 관계 법령

□ 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

○ 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)·거주자가 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의2 제1항 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 같은 법 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실질거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

□ 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)

○ 제79조의2(지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

○ 제79조의2 관련 별표7(기준시가 과세기준일)

1. 수도권신공항건설촉진법 제3조 의 규정에 의하여 예정지역을 지정한 날

2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제91조 의 규정에 의하여 실시계획을 인가한 날

□ 소득세법

○ 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[지적법에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 (이하 생략)

○ 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실지거래가액에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증명서류와 함께 제110조 제1항에 따른 확정신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

□ 국토의계획및이용에관한법률

○ 제86조(도시계획시설사업의 시행자)

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 시행자가 될 수 있는 자 외의 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수로부터 시행자로 지정을 받아 도시계획시설사업을 시행할 수 있다.

⑥ 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 제2항·제3항 또는 제5항의 규정에 의하여 도시계획시설사업의 시행자를 지정할 때에는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 그 지정내용을 고시하여야 한다.

○ 제96조(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용)

② 제1항에 따라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용할 때 제91조에 따른 실시계획을 고시한 경우에는 같은 법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다. (이하 생략)

• 라. 판단 청구인은 이 사건 임야를 구 조세특례제한법 제85조 에 의한 사업시행자에게 양도하고 실지거래가액으로 신고한 후 다시 기준시가로 양도소득세를 재계산하여 경정청구한 데 대하여 처분청이 위 법 단서규정을 사유로 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다고 주장한다. 먼저 청구인이 구 조세특례제한법 제85조 의 기준시가 특례요건에 해당되는지 여부를 살펴보면, ① 청구인은 □□도 □□시에 거주하고 있고 ② 이 사건 임야는 2004. 5. 29. 지정지역으로 지정되었으며 ③ 청구인이 이 사건 임야를 사업인정고시일보다 앞선 1987. 3. 28. 취득하여 ④ 도시계획시설사업 시행자인 청구외법인에게 2006. 5. 9. 양도함으로써, 거주자가 지정지역 내 부동산을 그 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득하여 2006. 12. 31. 전에 공익사업시행자에게 양도하여야 한다는 요건을 충족하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제85조 본문에 지정지역 내 부동산을 공익사업시행자에게 양도할 경우 양도 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하면서 단서에 “다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제85조 단서의 내용이 실지거래가액으로 신고하는 모든 경우에 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 하여 경정청구를 할 수 없다는 취지인지 여부를 살펴본다. 살피건대, 현행 소득세법 제96조 제2항 제6호 에 의하면 양도자가 양도·취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류를 갖추어 양도당시의 실지거래가액을 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액을 양도가액으로 신고하도록 되어 있는데, 이는 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 규정으로 해석되므로 납세의무자가 실지거래가액에 의하는 경우가 기준시가에 의하는 경우보다 불리함에도 불구하고 기준시가에 의할 수 있음을 알지 못한 채 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 신고하였다가 추후에 이를 알고 적법한 기간 내에 경정청구를 하였다면, 단지 실지거래가액으로 신고하였다는 것을 이유로 하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 없다고 할 수는 없다는 것이다. 또한, 투기지역 내에 소재하는 부동산을 취득한 후 공익사업용으로 양도하고, 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 예정신고 하였더라도 부동산의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정할 수 있는 경우에는 양도소득세를 기준시가로 경정청구할 수 있다고 할 것이다. 그러므로 구 조세특례제한법 제85조 단서의 내용은 실지거래가액으로 신고하는 모든 경우에 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여 경정청구를 할 수 없다는 취지가 아니고 실지거래가액이 기준시가로 산정한 가액보다 적을 경우에는 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 불이익을 받지 아니하도록 하는 취지로 보아야 할 것이다. 따라서 이건 청구인이 이 사건 임야에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 산정하여 신고하였다는 사유로 이 사건 거부처분을 한 것은 타당하지 않다고 할 것이다.

그렇다면 이 사건 거부처분은 잘못이라 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.