증액경정처분에 의하여 증액된 세액을 한도로 취소 또는 경정을 구할 수 있음

주 문 처분청이 2010. 7. 1.자로 청구인에게 한 취득세 44,198,280원, 농어촌특별세 4,419,820원, 등록세 44,518,410원, 지방교육세 8,236,730원 계 101,373,240원의 부과처분을 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 △△구역 제6지구 도시환경정비구역 내 △△△△시 △△구 △△동 20-3 외 27필지의 정비기반시설부지(1459.3㎡)를 포함한 총 67필지(면적 8,201㎡, 이하 “이 사건 토지”라 한다)와 그 지상 건물 1개 동(단층 근린생활시설 93.88㎡)을 2009. 4. 16. 취득하고, 같은 날 취득가액 237,500,000,000원을 취득세 및 등록세의 과세표준으로 하여 취득세 4,750,000,000원, 농어촌특별세 475,000,000원, 등록세 4,750,000,000원, 지방교육세 950,000,000원 계 10,925,000,000원을 각각 신고하면서 등록세 및 지방교육세는 당일 납부하고 취득세 및 농어촌특별세는 다음 달 15. 납부하였다.(이하 “이 사건 당초처분”이라 한다)
• 나. 이에 대하여 처분청은 2010. 7. 1. 법률자문수수료 및 감정평가수수료 등 계 1,667,356,890원을 이 사건 토지의 취득세 및 등록세 과세표준에서 누락한 것으로 보아 취득세 44,198,280원, 농어촌특별세 4,419,820원, 등록세 44,518,410원, 지방교육세 8,236,730원 계 101,373,240원을 청구인에게 부과·고지하였다.(이하 “이 사건 증액경정처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이 건의 청구 취지는 이 사건 증액경정처분 세액을 감액 경정하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 이 사건 토지 중 정비기반시설 부지 27필지 1,459.30㎡(이하 “이 사건 정비기반시설부지”라 한다)는 처분청에 무상귀속을 조건으로 취득한 토지로서 취득세 및 등록세 비과세대상에 해당하는데도 이를 과세대상으로 본 이 사건 당초처분과 증액경정처분은 위법하고, 이 사건 당초처분이 불복기간이 경과되어 확정되었다 하더라도 이는 이 사건 증액경정처분에 흡수되어 소멸하고 이 사건 증액경정처분만이 심사청구 대상이 되며, 이 사건 증액경정처분의 불복 과정에서 이 사건 당초처분 중 비과세 대상을 과세대상으로 보아 잘못 부과된 세액에 대해서는 증액경정처분 시 증액된 세액의 범위 내에서 경정을 구할 수 있는 것이므로 처분청에 무상귀속을 전제로 취득한 이 사건 정비기반시설부지를 비과세 대상으로 보아 증액경정처분 시 증액된 세액 범위 내에서 과세표준과 세액을 감액 경정하여야 한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 이 사건 정비기반시설 부지가 취득세 및 등록세 비과세 대상인 국가 등에 귀속을 조건으로 취득한 부동산에 해당하는지 여부와 불복기간이 경과된 당초처분에 관하여 새로운 증액경정처분에 대한 불복절차에서 그 위법 여부를 다투어 당초처분 시 잘못 부과된 세액에 대해서는 증액경정처분 시 증액된 세액의 범위 내에서 감액 경정을 구할 수 있는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 처분청은 2007. 12. 20. 청구 외 주식회사 △△△△△△에게 △△구역 제6지구 도시환경정비사업(□□시 □□구 □□동 □□-□호 외 68필지, 면적 8,460.6㎡, 이하 “이 사건 도시환경정비사업”이라 한다)에 대해·도시 및 주거환경정비법·에 의거 사업시행인가를 하면서 새롭게 설치되는 정비기반시설은 사업시행자가 비용을 부담하여 설치한 후에 관리청(처분청)에 귀속시키는 것을 부관(조건)으로 하였고, 같은 날 관보(구보)에 이를 고시하였으며, 2008. 11. 28. 이 사건 정비기반시설 부지에 대해 처분청을 가등기권자로 한 소유권 이전 청구권 가등기를 경료하였다. ⑵ 청구인은 2009. 4. 15. 청구 외 주식회사 △△△△△△의 이 사건 토지 관련 수탁자인 주식회사 △△은행과 이 사건 정비기반시설부지를 포함한 이 사건 토지를 237,500,000,000원에 취득하는 매매계약을 맺고, 다음 날 소유권이전등기를 하였으며, 위 양 당사자 사이에 맺은 매매계약서 제8조 ④에 따르면 을(청구인)은 매매부동산 중 (정비)기반시설 예정부지에 대하여 □□시 □□구청 명의로 가등기가 되어 있음을 인지하고 이를 확인한다고 되어 있다. ⑶ 청구인은 2009. 4. 30. 청구 외 △△△△주식회사와 이 사건 도시환경정비사업 관련 공사도급계약(계약금액 161,463,120,500원)을 체결하였고, 같은 해 5. 13. 사업시행자만 청구 외 △△△△△△에서 청구인으로 변경하고 이 사건 정비기반시설부지를 처분청에 무상귀속시키는 내용을 포함한 종전 사업시행자가 인가받은 내용 그대로 사업시행변경인가 신청을 하였다. 이에 대하여 처분청은 같은 해 6. 4. 인가부관(조건)은 당초 인가사항과 동일하다는 내용을 포함한 사업시행변경인가를 하였다. ⑷ △△시에서 2010. 4. 26.부터 같은 달 29.까지 이 사건 토지 취득과 관련된 세무조사를 실시하여 법률자문수수료, 감정평가수수료, 유동화기업어음 발행을 위한 금융수수료 계 1,667,356,890원을 당초 신고한 취득세 등 과세표준에서 누락한 것으로 보아 같은 달 30. 처분청으로 하여금 이를 과세하도록 통보하였고, 처분청에서는 이를 근거로 같은 해 7. 1. 이 사건 증액경정처분을 하였다. ⑸ 처분청에서 산정한 이 사건 정비기반시설부지(27필지 1,459.3㎡)의 취득가액(취득세 및 등록세 과세표준)은 47,606,999,813원으로 이에 해당하는 취득세 등은 2,475,733,080원이고, 처분청이 이 사건 증액경정처분 시 증액된 취득세 등 과세표준은 1,667,356,890원(이 사건 정비기반시설부지와 관련된 부분 포함)으로 이에 해당하는 취득세 등은 101,373,240원(이 사건 정비기반시설부지와 관련된 세액 22,972,370원 포함)이므로 이 사건 정비기반시설부지와 관련된 세액이 이 사건 증액경정처분한 세액을 초과한다.
• 다. 관계 법령 및 규정 이 건과 관계되는 법령은·국세기본법·제22조의2 등으로서 [별지] 기재와 같다.
• 라. 판단 이 사건의 다툼은 이 사건 정비기반시설 부지가 취득세 및 등록세 비과세 대상인 국가 등에 귀속을 조건으로 취득한 부동산에 해당하는지 여부와 불복기간이 경과된 당초처분에 관하여 새로운 증액경정처분에 대한 불복절차에서 그 위법 여부를 다투어 당초처분 시 잘못 부과된 세액에 대해서는 증액경정처분 시 증액된 세액의 범위 내에서 감액 경정을 구할 수 있는지 여부에 있으므로 이에 대하여 살펴보고자 한다. ⑴ 이 사건 정비기반시설 부지가 취득세 및 등록세 비과세 대상에 해당하는지 여부에 대한 검토 처분청은 청구인이 이 사건 정비기반시설부지에 대한 무상귀속 또는 기부채납 약정 등을 하지 않은 상태에서 이 사건 토지를 2009. 4. 16. 취득한 후 같은 해 6. 4. 사업시행변경인가를 받았으므로 이 사건 정비기반시설부지는 비과세 대상으로 볼 수 없고 과세 대상으로 보아 한 이 사건 당초처분과 증액경정처분은 잘못이 없다고 주장한다.·지방세법·(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 “구·지방세법·”이라 한다) 제106조 제2항 및 제126조 제2항에 따르면 국가·지방자치단체·지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산은 취득세 및 등록세를 부과하지 아니한다고 되어 있다. 위 인정사실과 같이, 청구인이 2009. 4. 16. 이 사건 토지를 취득할 당시 처분청이 청구 외 주식회사 △△△△△△에게 이 사건 도시환경정비사업 시행인가(2007. 12. 20.)를 하면서 이 사건 정비기반시설부지를 처분청에 무상귀속시키는 조건을 부여하고 이를 대외적으로 고시함으로써 무상귀속 대상 토지로 확정되어 있었을 뿐만 아니라 처분청을 가등기권자로 무상양여에 의한 소유권 이전 청구권 가등기를 설정한 상태에 있었던 점, 청구인이 이 사건 도시환경정비사업을 시행하기 위해서는 이 사건 정비기반시설부지를 처분청에 무상귀속시켜야 한다는 사실을 인지하고 있었고 이를 수인한 상태에서 이 사건 도시환경정비사업을 시행할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 점, 청구인이 이 사건 토지를 취득하기 전에 이미 무상귀속되는 정비기반시설부지의 지번·면적이 관보에 고시되어 구체적으로 확정되어 있었고 사업시행변경인가 시 그 지번·면적에 변동이 없었던 점,·도시 및 주거환경정비법·제10조에 따르면 종전 사업시행자의 권리·의무는 새로운 사업시행자가 이를 승계한다고 되어 있고 청구인이 종전 사업시행자에 대한 이 사건 정비기반시설부지의 무상귀속에 관한 조건을 포함한 모든 인가사항을 그대로 승계하는 내용으로 사업시행변경인가를 받은 점을 종합해 보면 비록 청구인이 이 사건 토지를 취득하기 전이나 취득할 당시에 청구인과 처분청 사이에 이 사건 정비기반시설부지의 무상귀속 또는 기부채납에 관한 신청과 승인이 별도로 없었다 하더라도 구·지방세법·제106조 제2항 및 제126조 제2항 소정의 비과세 대상인 ‘국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아야 할 것이므로 이 사건 당초처분과 증액경정처분에서 이 사건 정비기반시설부지를 과세대상으로 본 부분은 위법하다 할 것이다. ⑵ 불복기간이 경과된 당초처분에 관하여 증액경정처분에 관한 불복절차에서 경정을 구할 수 있는지 여부 청구인은 이 사건 당초처분 중 비과세 대상인 정비기반시설부지를 과세대상으로 본 부분의 위법을 전제로, 비록 이 사건 당초처분은 불복기간이 경과되었다 하더라도 새로운 증액경정처분에 흡수되어 소멸하고 이 사건 증액경정처분의 불복절차에서 이 사건 당초처분 시 잘못 부과된 세액에 대해서는 이 사건 증액경정처분 시 증액된 세액의 범위 내에서 감액 경정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보고자 한다.·국세기본법·제22조의2 제1항은 “세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있다. 한편 구·지방세법·제82조는 “지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다”고 규정하고 있는바, 구·지방세법·은 당초처분과 증액경정처분과의 관계에 관한·국세기본법·제22조의2 제1항에 상응하는 별도의 규정을 두고 있지 않으므로·국세기본법·제22조의2 제1항은 구·지방세법·제82조에 의하여 지방세의 경우에도 준용된다고 보아야 할 것이다. 위·국세기본법·제22조의2 제1항 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복만은 제한하려는 데 있는 점을 종합해보면, 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 불복절차에서 심리대상이 되고, 납세자는 증액경정처분의 불복절차에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소 또는 경정을 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액을 한도로 취소 또는 경정을 구할 수 있다 할 것이다. 따라서 이 건의 경우 위 ⑴에서 살펴본 바과 같이 처분청이 이 사건 당초처분과 증액경정처분에서 비과세 대상인 정비기반시설부지(27필지 1,459.30㎡, 취득가액 47,606,999,813원)를 과세대상으로 본 부분은 위법하므로 이를 이 사건 증액경정처분의 과세표준에서 제외하고 과세표준과 세액을 경정하되, 이 사건 당초처분에서의 세액은 비록 잘못 부과되었다 하더라도 불복기간의 경과로 확정되어 변경할 수 없고 이 사건 증액경정처분 시 증액된 세액의 범위 내에서 만큼은 경정할 수 있다 할 것이므로 청구인의 주장은 타당하고, 위 인정사실 ⑸에 설시한 바와 같이 이 사건 당초처분 시 잘못 부과된 세액만으로도 이 사건 증액경정처분 시 증액된 세액(이 사건 정비기반시설 관련 세액 포함)을 초과하므로 이 사건 증액경정처분은 취소되어야 할 것이다.

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로·감사원법·제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. [별지] 관계 법령

□ 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것)

○ 제82조(국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다.

○ 제106조(국가 등에 대한 비과세) ① (생략)

② 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(·사회기반시설에 대한 민간투자법·제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

○ 제126조(국가 등에 대한 비과세) ① (생략)

② 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(·사회기반시설에 대한 민간투자법·제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

□ 국세기본법

○ 제22조의2(경정 등의 효력) ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② (생략)

□ 도시 및 주거환경정비법

○ 제10조(사업시행자 등의 권리ㆍ의무의 승계) 사업시행자와 정비사업과 관련하여 권리를 갖는 자(이하 “권리자”라 한다)의 변동이 있은 때에는 종전의 사업시행자와 권리자의 권리·의무는 새로이 사업시행자와 권리자로 된 자가 이를 승계한다.