토지 양도일 이후에 시행된 법령을 적용하여 부과한 처분은 위법함

주 문 처분청은 2011. 1. 10. 청구인에게 한 41,815,330원의 양도소득세 부과처분을 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 부산광역시 □□군 □□읍 □□리 390-1 전 905㎡(이하 “이 사건 농지”라 한다)를 1979. 3. 29. 취득하여 2010. 1. 25. 양도한 후, 2010. 5. 12. 농지대토를 사유로 양도소득세 68,554,860원에 대한 감면신청서를 처분청에 제출하였다.
• 나. 처분청은 이 사건 농지가 2005. 6. 22. 제1종 일반주거지역으로 편입되었다는 사유로 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항과 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 에 따라 그 편입일까지 발생한 소득에 대하여만 감면하는 것으로 하여 2011. 1. 10. 양도소득세 41,815,330원을 부과·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 농지대토에 대한 양도소득세 감면의 경우 양도농지가 주거지역 등에 편입된 날까지 발생된 소득에 대하여만 감면하도록 규정한 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항의 단서규정이 2010. 1. 1.부터 시행되었지만, 그 감면소득에 대한 계산식을 규정한 조세특례제한법시행령 제67조 제6항 이 이 사건 양도일(같은 해 1. 25.) 이후인 같은 해 2. 18.부터 시행되어 위 시행령은 이 사건에 적용될 수 없다는 것이다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 이 이 사건 양도일 이후에 시행되어 이 사건에 적용될 수 없다고 볼 수 있는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 건 관련 기록에 따르면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 이 사건 농지를 1979. 3. 29. 취득하여 2010. 1. 25. 양도한 후, 2010. 5. 12. 처분청에 농지대토를 사유로 양도소득세 68,554,860원에 대한 감면신청서를 제출하였다.

(2) 처분청은 이 사건 농지가 양도일 전인 2005. 6. 22. 제1종 일반주거지역에 편입되어 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 및 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 에 따라 위 편입일까지 발생한 소득에 대하여만 감면하는 것으로 하여 이 사건 부과처분을 하였다.

(3) 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정인 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제70조가 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되면서 “다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입하거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로서 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다“라는 단서규정이 신설되었고, 위 단서규정은 같은 법 부칙 제1조 및 제2조 제3항에 따라 2010. 1. 1. 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있다.

(4) 한편, 위 단서규정 중 양도소득세가 면제되는 “대통령령이 정하는 소득”에 대한 계산식을 규정한 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 (이하 “이 사건 시행령”이라 한다)은 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 신설되었고, 위 시행령은 같은 법 시행령 부칙 제1조 및 제2조 제3항에 따라 2010. 2. 18. 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있다.

• 다. 관계 법령 이건과 관계되는 법령은 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조 등으로서 [별지] 기재와 같다. [별지] 관계 법령

□ 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

○ 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 100분의 100에 해당하는 세액을 감면한다.

② ~ ③ (생략)

□ 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

○ 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 100분의 100에 해당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입하거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로서 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다

② ~ ③ (생략)

□ 조세특례제한법 부칙(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 제정된 것)

○ 제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. (단서규정 생략)

○ 제2조(일반적 적용례)

① ~ ② (생략)

③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

④ ~ ⑧ (생략)

□ 조세특례제한법 시행령

○ 제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등)

① ~ ⑤ (생략)

⑥ 법 제70조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 계산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. 양도소득금액 × (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

⑦ ~ ⑧ (생략)

□ 조세특례제한법 시행령 부칙(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 제정된 것)

○ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날로부터 시행한다. (단서규정 생략)

○ 제2조(일반적 적용례)

① ~ ② (생략)

③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

④ ~ ⑧ (생략)

• 라. 판단 청구인은 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 이 이 사건 양도일(2010. 1. 25.) 이후인 2010. 2. 18. 신설·시행되어 이 사건에 대하여 적용할 수 없는데도 처분청에서 이를 근거로 한 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장하므로 그 주장이 타당한지 여부를 살펴본다. 살피건대, 행정처분은 그 근거법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분당시 시행되는 개정법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전 보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우 그러한 사실 또는 법률관계가 개정법령이 시행되기 이전에 완성 또는 종결된 것인데도 이를 적용한다면 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수 있다. 인정사실 “(3)·(4)항”에서 본 바와 같이 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조의 단서규정에 따르면 농지대토에 대한 양도소득세 감면은 2010. 1. 1. 최초로 양도하는 분부터 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입된 농지의 경우 그 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하는 것으로 되어 있으나, 위 법률의 위임에 따라 위 면제소득의 구체적인 계산식을 정한 대통령령인 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 은 2010. 2. 18. 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있어 위 시행령은 이 사건 농지가 양도된 후 24일이 지나 시행되어 이 사건에 적용될 수 없다. 따라서 처분청이 이 사건 양도일 이후에 시행된 이 사건 시행령을 적용하여 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 있고 심사청구는 이유있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.