과세관청에 따라 질의회시의 내용이 다를 경우에 납세자가 자신에게 유리한 회시 내용을 믿었다면 거기에 귀책사유가 있다고 하기도 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청의 등록세 등의 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배됨
과세관청에 따라 질의회시의 내용이 다를 경우에 납세자가 자신에게 유리한 회시 내용을 믿었다면 거기에 귀책사유가 있다고 하기도 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청의 등록세 등의 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배됨
주 문 처분청은 2010. 4. 10. 청구인에게 한 등록세 6,297,360원, 교육세 1,259,470원의 부과처분을 취소하여야 한다.
(1) 조세특례제한법(2010. 3. 12. 법률 제10068호로 개정되기 전의 것) 제121조의4 등의 취지를 종합하면 외국인투자기업이 증자한 경우에는 자본증가에 관한 변경등기를 하기 전이라도 사업에 사용할 목적으로 취득한 재산에 대하여 등록세를 감면하도록 하고 있는데, 여기서 말하는 재산에는 증자로 인한 현금도 포함되어야 하므로 증자등기에 대한 등록세도 감면하여야 한다.
(2) 설령 과세대상에 해당한다 하더라도 이미 감면받은 이 사건 등록세 등을 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것이다.
(3) 2004. 6. 8.자 구 행정자치부장관(현 행정안전부장관, 이하 같음)과 2008. 10. 23.자 행정안전부장관의 각 질의회신에 따르면 외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이 타당하다는 취지로 회신하였는데, 이는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하므로 위 회신에 반하는 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배되는 것이다.
(1) 청구인은 2005. 10. 20. 호텔업에 관련 부수적인 사업, 음식업 등을 목적으로 설립된 외국인투자기업으로서, 2007. 6. 25. 재정경제부장관(현 기획재정부장관)으로부터 개별형 외국인투자지역에서 호텔업을 운영한다고 하여 조세감면 결정 통보를 받았다.
(2) 청구인은 [별표] “이 사건 등록세 등 산출 명세”와 같이 2007. 8. 28.부터 2010. 2. 26. 사이에 16회에 걸쳐 증자(증자금액 계 440,530,000원)하면서 처분청에 조세감면을 신청하여, 증자등기에 대한 이 사건 등록세 등 계 7,556,830원을 감면받았다. (3) 조세특례제한법 제121조의4 제1항 에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다고 되어 있는 바, 동 규정의 해석에 대하여 구 행정자치부장관 등의 질의회신은 다음과 같이 외국인투자기업의 자본증자 등기에 대한 등록세가 감면대상이라고 한 경우도 있고, 감면대상이 아니라고 한 경우도 있다. (가) 2004. 6. 8. 구 행정자치부장관은 청구 외 나○○에게 “외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이 타당합니다.”라고 회신(세정과-1495)하였다. (나) 2004. 6. 16. 서울특별시장은 청구 외 나○○에게 “외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니함을 알려드립니다.”라고 회신(세제과-3920)하였다. (다) 2008. 10. 23. 행정안전부장관은 경기도지사에게 “외국인투자기업이 증자하는 경우에는 조세특례제한법 제121조의2 의 규정을 준용하여 등록세 등의 감면대상이라고 보이나, 법인설립등기의 경우에는 증자에 대한 감면과 같이 별도의 감면규정이 없으므로 감면대상에서 제외하는 것이 합리적이라고 할 것입니다.”라고 회신(지방세운영과-1924)하였다.
(4) 2009. 12. 18. 행정안전부는 서울특별시장 등 각 광역자치단체장에게 ‘외국인투자기업 증자등기에 대한 등록세 감면에 관한 법규해석 및 세정운영기준’을 통보하였는데, 그 ‘해석기준’에는 “ 조세특례제한법 제121조의4 제1항 감면규정은, 외국인투자기업의 증자분에 대하여 최초 투자시 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로 보아 사업용재산에 대한 취득·등록·재산세를 외국인투자비율만큼 추가로 감면하겠다는 것이므로, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니함.”이라고 되어 있고, ‘착오 감면분에 대한 세정운영 기준’에는 부과제척기간이 도과하지 아니한 착오감면분에 대하여 신고·납부불성실 가산세를 제외한 금액을 과세예고하고 부과고지 하라고 되어 있다.
(5) 2009. 12. 22. 서울특별시장은 △△구청장 등 각 기초자치단체장에게 ‘(4)항’과 같은 내용을 통보하였다.
(6) ‘(5)항’의 통보를 받은 처분청은 외국인투자기업 착오감면분 추징을 이유로 2010. 4. 10. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.
□ 조세특례제한법(2010. 3. 12. 법률 제10068호로 개정되기 전의 것)
○ 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제 경쟁력 강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
2. 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제2호 에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업
- 가. ～ 다. 생략 2의2. ～ 2의4. 생략 2의5. 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제1호 에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 2의6. ～ 3. 생략
② ～ ③ 생략
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조 에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.
1. 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
2. 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산의 과세표준에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 “공제대상금액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 공제대상금액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 공제한다.
⑤ 외국인투자기업이 사업개시일 전에 제1항 각 호의 사업에 사용할 목적으로 취득·보유하는 재산이 있는 경우에는 제4항에도 불구하고 그 재산에 대한 취득세, 등록세 및 재산세에 대하여 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 그 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조 에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간의 범위에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제2호 및 제3호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.
1. 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 날 이후에 취득하는 재산에 대한 취득세 및 등록세는 감면대상세액의 전액을 감면
2. 재산세는 해당 재산을 취득한 날부터 5년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 재산세는 그 재산을 취득한 날부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
3. 토지에 대한 재산세는 해당 재산을 취득한 날부터 5년 동안은 공제대상금액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 토지에 대한 재산세는 해당 재산을 취득한 날부터 3년 동안은 공제대상금액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 각각 공제한다.
⑥ ～ ⑬ 생략
○ 제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2 제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다. ② 생략
③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
④ 생략
□ 상업등기법
○ 제105조(자본증가로 인한 변경등기) 자본증가로 인한 변경등기의 신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
2. 출자 전액 납입 또는 현물출자의 목적인 재산 전부의 급여가 있음을 증명하는 서면
□ 국세기본법
○ 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.
○ 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) ① ～ ② 생략
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
④ ～ ⑤ 생략
- 라. 판단
(1) 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세가 감면대상인지 여부 청구인은 증자등기는 현금이라는 재산의 증가를 수반하므로 등록세가 감면되는 재산에는 증자로 인한 현금이 포함되어야 한다고 주장한다. 조세특례제한법 제121조의4 제1항 에서는 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2를 준용한다고 되어 있다. 그리고 위 제121조의2 중 지방세 감면에 대한 규정인 제4항과 제5항에서는 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산과 사업개시일 전에 위 사업에 사용할 목적으로 취득·보유하는 재산이 있는 경우에는 당해 “재산에 대한 등록세”에 대하여 그 세액을 감면한다고 되어 있다. 살피건대, 조세특례제한법 제121조의2 에서 감면대상으로 하고 있는 “재산에 대한 등록세”는 “재산에 관한 등기”에 대한 등록세를 의미하는 것이고, 이는 “회사등기(會社登記)”와 구별되는 것이다. 증자등기는 상업등기법 제105조 에 따른 자본증가로 인한 변경등기로서 회사등기에 포함되고 재산에 관한 등기가 아니다. 따라서, 외국인투자기업의 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 않는다고 보아야 하고, 이에 반하는 청구인의 주장은 이유 없다.
(2) 이 사건 부과처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부 청구인은 이 사건 부과처분이 정당하다 하더라도 이미 감면받은 이 사건 등록세 등을 이제 와서 과세하는 것은 “소급과세금지의 원칙”에 위배되는 것이라고 주장한다. 국세기본법 제18조 제3항 은 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”고 되어 있는데, 이를 비과세관행 또는 소급과세금지의 원칙이라고 한다. 여기서 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고 함은 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정한 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 그 해석 또는 관행이 정당한 것으로 이의 없이 받아들여지고 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다. 살피건대, 2010. 11. 24. 행정안전부에서 제출한 “외국인투자기업 증자등기 등록세 과세 현황”에 따르면, 2004. 11월부터 2009. 10월까지 174건의 증자등기의 등록세에 대하여 93건(53.4%)은 감면하고 나머지 81건(46.6%)은 과세한 것으로 나타나 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없다. 따라서, 이에 대한 청구인의 주장은 이유 없다.
(3) 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부 청구인은 2004. 6. 8.자 구 행정자치부장관과 2008. 10. 23.자 행정안전부장관의 각 질의회신에서 외국인투자기업의 자본증자 등기에 대한 등록세가 감면대상이라고 하였으므로, 이에 반하는 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장한다. 국세기본법 제15조 에서는 “납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.”라고 하여 신의성실의 원칙을 규정하고 있다. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 살피건대, 인정사실 ‘(4)항의 (가) 및 (다)’에서 본 바와 같이 처분청의 상급기관으로서 지방세의 부과·징수에 관한 지도·감독과 지방세에 관한 질의회신 등의 업무를 관장하고 있는 구 행정자치부장관 등이 외국인투자기업의 증자등기는 등록세 감면대상이라고 회신한 점, 비록 인정사실 ‘(4)항의 (나)’에서 본 바와 같이 서울특별시장은 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세가 감면대상이 아니라고 회신하였으나 동 회신내용과는 달리 서울특별시에서도 외국인투자기업의 증자등기에 대하여 등록세를 감면해 준 사실이 있는 점, 과세관청에 따라 질의회시의 내용이 다를 경우에 납세자가 자신에게 유리한 회시 내용을 믿었다면 거기에 귀책사유가 있다고 하기도 어려운 점, 법적 안정성 측면에서도 인정사실 ‘(4)항’의 2009. 12. 19.자 행정안전부장관의 통보 이후 납세의무가 성립한 분부터 적용하는 것이 타당한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청의 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배되는 것으로 판단된다.
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같습니다.