감가상각비 내용연수 변경신고서를 제출하지 않았으므로 법령상 내용연수 10년을 적용할 수 없음

주 문 심사청구를 기각한다.

□□지방국세청에서 2009. 4. 14.부터 같은 해 5. 1.까지 처분청에 대한 정기종합 감사를 실시한 결과, 청구인이 □□북도 □□시 □□동 583에 있는 경량철골조 공장 건물 등(이하 ‘쟁점 건물’이라 한다)에 대한 감가상각비를 계산하면서 법인세법 시행규칙 [별표 5]에 따른 기준내용연수 20년인 자산의 내용연수를 법인세법 시행령 제29조의2 제2항 에 따른 내용연수변경신고서 제출 없이 임의로 10년으로 짧게 적용하여 감가상각비를 과다 계상한 사실을 확인하고, 처분청에 대하여 청구인의 각 사업연도 소득금액을 경정할 것을 지시하였다. 이에 따라 처분청은 청구인의 각 사업연도 소득금액을 경정하여 2009. 9. 1. 청구인에게 법인세 계 364,791,440원(2004년 64,864,030원, 2005년 84,392,570원, 2006년 78,201,360원, 2007년 71,858,390원, 2008년 65,475,090원)을 경정·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 ○ 쟁점 건물이 중고자산이어서 2004. 8. 27. 위 건물의 내용연수 변경신고서를 처분청에 제출한 사실이 있고 ② 설령 내용연수 변경신고서가 누락되었다 하더라도 2004사업연도 법인세 과세표준을 신고할 때 쟁점 건물의 내용연수를 10년으로 적용하여 계산하였으므로 청구인이 내용연수를 임의 변경한 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 두 가지로서 ○ 청구인이 중고자산인 쟁점 건물에 대한 내용연수 변경신고서를 제출하였는지 여부와 ② 내용연수 변경신고서 제출 없이 법인세 과세표준을 신고 할 때 내용연수를 10년으로 적용하여 감가상각비를 계상하였을 경우 이를 인정 할 수 있는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 청구인은 2004. 5. 11. □□북도 □□시 □□동 583의 쟁점 건물을 포함한 토지·건물 및 기계기구 등을 8,222,000,000원에 경매로 취득하면서, 쟁점 건물의 취득가액으로 5,125,742,735원을 계상하였다. ⑵ 청구인은 쟁점 건물의 감가상각을 위한 내용연수를 10년으로 적용하여 감가상각비로 2004년 341,716,182원, 2005년 512,574,274원, 2006년 512,574,274원, 2007년 512,574,274원, 2008년 512,574,274원 계 2,392,013,278원을 산출하고 청구인의 각 사업연도 소득금액을 계산 할 때 손금에 산입하여 법인세 과세표준을 신고하였다. ⑶ 2004년 8월부터 같은 해 10월까지 처분청의 기록물 등록대장 및 법인세계의 문서접수 대장을 확인한 결과 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서가 접수된 사실이 없는 것으로 확인된다. ⑷ 청구인이 □□지방국세청에 과세전적부심사를 청구함에 따라 심리담당자가 청구인에게 2004. 8. 27. 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서를 처분청에 제출하였다는 증거가 있으면 제시하도록 요구하였으나, 청구인은 그 증거자료를 제시하지 못하였다. ⑸ 2005. 3. 31. 서면제출한 2004사업연도 과세표준 신고서의 부속서류에 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서가 포함되어 있지 않다. ⑹ 청구인이 2009. 8. 7. 과세전적부심사를 청구하면서 세무대리인의 전산프로그램에 오류가 있어 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서가 제출되지 않았다는 주장을 하였고, □□지방국세청은 청구인의 위 주장이 맞는지를 확인하기 위하여 같은 해 8. 24. 위 프로그램의 제작사인 주식회사 △△디지털웨어에 프로그램 오류 가능성을 묻는 취지의 업무협조 공문을 보냈다. ⑺ 주식회사 △△디지털웨어는 2009. 8. 24. 위 ‘⑹항’의 질의에 대하여 청구인이 주장하는 것과 같은 프로그램 오류 가능성은 없다고 회신하였다. ⑻ □□지방국세청은 2009. 4. 14.부터 같은 해 5. 1.까지 처분청에 대한 정기종합 감사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점 건물에 대한 감가상각비를 계산하면서 법인세법 시행규칙 [별표 5]에 따른 기준내용연수 20년인 자산의 내용연수를 법인세법 시행령 제29조의2 (중고자산 등의 내용연수) 제2항에 따른 내용연수 변경신고서 제출 없이 10년으로 적용하여 감가상각비를 과다 계상한 사실을 확인하고, 처분청에 대하여 청구인의 각 사업연도 소득금액을 경정할 것을 지시하였다. ⑼ 처분청은 청구인의 각 사업연도 소득금액을 경정하여 2009. 9. 1. 청구인에게 법인세 계 364,791,440원(2004년 64,864,030원, 2005년 84,392,570원, 2006년 78,201,360원, 2007년 71,858,390원, 2008년 65,475,090원)을 경정·고지하였다.
• 다. 관계 법령

□ 법인세법

○ 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② ~ ③ (생략)

○ 제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. ~ 4. (생략)

③ ~ ④ (생략)

□ 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

○ 제29조의2(중고자산 등의 내용연수) ① 내국법인이 기준내용연수(당해 내국법인에게 적용되는 기준내용연수를 말한다)의 100분의 50 이상이 경과된 자산(이하 이 조에서 “중고자산”이라 한다)을 다른 법인 또는 소득세법제28조의 규정에 의한 사업자로부터 취득하였거나 자산재평가법에 의하여 재평가(재평가차액이 발생한 자산에 한한다)한 경우 및 합병·분할에 의하여 자산을 승계한 경우에는 그 자산의 기준내용연수의 100분의 50에 상당하는 연수와 기준내용연수의 범위 내에서 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 연수(이하 이 조에서 “수정내용연수”라 한다)를 내용연수로 할 수 있다. 이 경우 수정내용연수의 계산에 있어 6월 이하는 없는 것으로 하고 6월을 초과하는 경우에는 1년으로 한다.

② 제1항의 규정은 내국법인이 다음 각 호에 규정하는 기한 내에 재정경제부령이 정하는 내용연수변경신고서를 제출한 경우에 한하여 적용한다.

1. 중고자산을 취득한 경우에는 그 취득일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한.

2. (생략)

□ 법인세법 시행규칙(2005. 2. 28. 재정경제부령 제420호로 개정되기 전의 것)

○ 제15조(내용연수와 상각률) ① ~ ② (생략)

③ 영 제28조 제1항 제2호에서 "재정경제부령이 정하는 기준내용연수" 및 "재정경제부령이 정하는 내용연수범위"라 함은 각각 [별표 5] 및 [별표 6]에 규정된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다. [별표 5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표(제15조 제3항 관련)

□ 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

○ 제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다. 1.~ 2. (생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. (생략)

② (생략)

• 라. 판단 청구인은 ○ 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서를 처분청에 제출한 사실이 있고 ② 내용연수 변경신고서가 누락되었더라도 과세표준 신고 시 쟁점 건물의 내용연수를 10년으로 적용하였으므로 청구인이 내용연수를 임의 변경한 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다. 위 주장의 타당성을 살펴본다. ⑴ 청구인이 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서를 제출하였는지 여부 청구인은 2004. 8. 27. 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서를 △△세무서에 제출하였다고 주장하나, △△세무서의 문서접수 대장 등을 확인한 결과 청구인이 쟁점 건물 내용연수 변경신고서를 제출한 사실이 확인되지 않았고, □□지방국세청의 과세전적부심사 담당 직원이 청구인에게 위 신고서의 접수증이 있으면 제시하라고 요구하였으나, 청구인이 이를 제시 하지 않았다. 또한, 청구인은 자신의 세무대리인이 2004사업연도 법인세 과세표준신고서를 2005. 3. 30. 전산 입력하면서 쟁점 건물에 대한 내용연수 변경신고서를 입력한 후, 기계장치의 내용연수변경 승인신청서를 입력하는 과정에서 먼저 입력한 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서가 지워졌다고 주장하나, 해당 프로그램 제작사는 프로그램 구조상 청구인이 주장하는 것과 같은 일이 발생할 수 없다고 회신하고 있어 청구인의 주장은 그대로 믿기 어렵고, 청구인이 문서로 제출한 2004사업연도 법인세 과세표준 신고서의 부속서류를 살펴보아도 쟁점 건물에 대한 내용연수 변경신고서는 없다. 따라서 청구인이 쟁점 건물의 내용연수 변경신고서를 제출하였다는 주장은 인정하기 어렵다. ⑵ 내용연수 변경신고서 제출 없이 내용연수 10년을 적용하여 감가상각비를 계상하였을 경우 적법한 감가상각비로 인정할 수 있는지 여부 법인세법 시행령 제29조의2 제1항 을 보면 내국법인이 기준내용연수의 100분의 50 이상이 경과된 자산(이하 “중고자산”이라 한다)을 다른 법인 또는 사업자로부터 취득한 경우에는 그 자산의 기준내용연수의 100분의 50에 상당하는 연수와 기준내용연수의 범위 내에서 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 연수(이하 “수정내용연수"라 한다)를 내용연수로 할 수 있다고 되어 있고, 같은 조 제2항을 보면 제1항의 규정은 중고자산의 경우 그 취득일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한 내에 내용연수 변경신고서를 제출한 경우에 한하여 적용하도록 규정하고 있다. 따라서, 청구인이 쟁점 건물의 내용연수 10년을 적용하여 감가상각비를 계상하여 각 사업연도의 소득을 신고하였다고 하더라도 위 ‘⑴항’에서 본 바와 같이 법인세 과세표준 신고기한 내에 내용연수 변경신고서를 제출하지 않았으므로 법령상 내용연수 10년을 적용할 수 없다고 할 것이다. 또한, 청구인은 2004사업연도 법인세 과세표준신고가 종료되고 다음연도 과세표준 신고기한이 도래할 때까지 처분청이 신고내용에 대해 이의를 제기하지 않았기 때문에 2005년 이후 4개 사업연도에 대하여도 2004사업연도와 동일하게 내용연수를 적용하여 감가상각비를 계상할 수 밖에 없었고, 처분청도 그런 신고내용을 아무런 이의 없이 접수 하였으므로 처분청이 청구인의 신고내용을 인정한 것이라고 주장한다. 살피건대 법인세법 제66조 제2항 에 납세지 관할세무서장은 과세표준 등을 신고한 내국법인이 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제26조의2 제1항 에서 국세부과의 제척기간은 법인세 신고기한의 다음날로부터 5년 이내로 규정하고 있으므로 이건 2004사업연도부터 2008사업연도까지 감가상각비를 잘못 적용하여 납부한 국세를 경정처분 한 것은 정당하다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유 없다.

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.