비사업용 토지에서 제외됨

주 문 처분청은 2010. 1. 14. 청구인에게 한 양도소득세 38,194,770원의 부과처분에 관하여 부과사유(① 비사업용 토지 ② 필요경비 부인) 중 “비사업용 토지” 부분은 이를 “사업용 토지”로 적용하여 경정하여야 한다.

• 가. 청구인 등 8인은 2004. 7. 3.과 2005. 12. 16. □□도 □□시 □□구 □□동 370-3 대지 9,814㎡(이하 “이 사건 제1토지”라 한다) 중 3,653.83㎡와 그 지상의 근린생활시설용 건축물(지하1층 지상5층 건축연면적 12,900.52㎡, 이하 “이 사건 건물”이라 한다) 중 4,800.74㎡ 및 같은 동 541-6 잡종지 8,566㎡(이하 “이 사건 제2토지”라 한다) 중 3,188.94㎡를 공유지분으로 취득했다가 2007. 4. 17. 이 사건 제1·2토지와 건물을 제3자에게 양도했는데, 취득 일자별, 토지·건물별, 취득자별 현황은 [표 1]과 같다. [표 1] 취득 일자별, 토지·건물별, 취득자별 취득 및 양도 면적
• 나. 청구인 등 8인은 2007. 7. 23. 이 사건 제1·2토지와 건물([표 1] “계” 란의 면적인 제1토지 3,653.83㎡, 제2토지 3,188.94㎡, 건물 4,800.74㎡)을 양도한 데 대하여 이를 모두 “사업용”으로 보아 세법에 규정된 세율(36%～40%)을 적용한 양도소득세 2,214,115,710원을 처분청에 신고·납부했는데, 그중 청구인이 신고·납부한 양도소득세는 730,584,850원이었다.
• 다. 이에 대하여 처분청은 △△지방국세청의 실지조사결과를 토대로 이 사건 제2토지(8,566㎡) 중 이 사건 건물의 주차장으로 사용하는 부분(3,121㎡)을 제외한 부분(5,445㎡)을 “비사업용”으로 보아 세율 60%를 적용하는 한편, 위 ‘나항’의 양도소득세 신고·납부 당시 “필요경비”로 보아 양도소득에서 공제했던 부동산 감정평가 수수료, 근저당권 설정비용 등 50,417,744원을 “필요경비”에서 제외하여 양도소득세를 산출한 뒤 2010. 1. 13. 신고·납부한 양도소득세와의 차액 599,404,410원(가산세 포함)을 청구인 등 8인에게 경정·고지했는데, 그중 청구인에게 경정·고지한 금액은 193,773,760원이다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이 건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 ① 양도소득세 세율 적용에 관한 “비사업용 토지”의 범위를 규정한 소득세법 제104조의3 에서 재산세 별도합산과세대상 토지는 “비사업용 토지”에서 제외하도록 되어 있고, 이 사건 제2토지는 지방세법 제182조 제1항 제2호 의 재산세 별도합산과세대상 토지이므로 “비사업용 토지”가 아닌데도 이를 “비사업용 토지”로 적용한 것은 부당하고 ② 청구인이 이 사건 제1·2토지와 건물을 취득할 때 지출한 감정평가비용, 근저당권·지상권 설정비용 등은 양도소득금액에서 공제해야 하는 “필요경비”인데도 이를 “필요경비”로 인정하지 않은 것은 부당하다고 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 두 가지로서 ① 이 사건 제2토지 중 5,445㎡가 “비사업용 토지”에 해당하는지 여부와 ② 이 사건 제1·2토지와 건물을 취득할 때 지출한 감정평가비용, 근저당권·지상권 설정비용 등이 양도가액에서 공제해야 하는 “필요경비”에 해당하는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 ⑴ 이 사건 제1·2토지의 지적공부 등재 내용과 1992년 11월에 촬영된 항공사진을 보면, 1992년 11월 당시까지 제1·2토지 모두 공부상 “임야”였고, 실제 이용 상황도 “임야”였다. ⑵ 1994. 4. 21.과 같은 해 5. 4. 이 사건 제1토지와 이 사건 제2토지(당시 제1·2토지 모두 □□동 산100-7)를 청구 외 주식회사 △△이 제3자로부터 매입했다. ⑶ 주식회사 △△은 1994. 3. 10. 이 사건 제1토지에 □□시장으로부터 건축허가를 받아 같은 해 3. 11. 이 사건 건물 신축공사를 착공하여 신축한 뒤 1995. 2. 27. 사용승인을 받아 취득하였다. ⑷ 이 사건 제1·2토지의 지적공부 등재내용을 보면, 제1토지는 1995. 3. 4. “□□동 산100-7 임야”에서 “□□동 370-3 잡종지”로 변경되었다가 2003. 5. 6. 지목이 “창고용지”로, 2006. 11. 28. 지목이 “대지”로 변경되었고, 제2토지는 1995. 3. 4. “□□동 산100-7”에서 “□□동 산100-23 임야”로 변경되었다가 1997. 1. 6. “□□동 541-6 잡종지”로 변경되었다. ⑸ 청구인 등 8인은 이 사건 제1·2토지 및 건물의 공유지분을 2004. 7. 3. 및 2005. 12. 16. 취득했다가 2007. 4. 17. 제3자에게 양도하였다. ⑹ 청구인 등 8인이 이 사건 제1·2토지 및 건물(공유지분)의 최종 취득일인 2005. 12. 16. 부동산 감정평가수수료, 근저당권·지상권 설정 비용 등 50,417,744원을 △△에셋감정평가법인 등에게 지출했는데, 감정평가의 목적은 “△△은행 대출 관련 담보 취득을 위한 평가”로 되어 있다. ⑺ □□시에서 관리 중인 건축물대장을 보면, 이 사건 건물의 대지는 이 사건 제1토지이고 제2토지는 대지에 포함되어 있지 않다. ⑻ 항공사진 및 위성사진을 판독하여 청구인 등 8인이 이 사건 제1·2토지 및 건물의 공유지분을 제3자에게 양도할 당시와 2010년 6월 현재 이 사건 제1·2토지의 실제 이용 상황을 분석해 보면, [표 2] 및 다음 [사진]과 같이 이 사건 제1토지는 이 사건의 건물 부지와 그 부설 주차장으로, 이 사건 제2토지는 이 사건 건물의 부설 주차장 및 주차장 가장자리의 비탈면(法面) 비탈면의 바닥지반고와 최고지반고는 각각 해발 111.5m와 130m로 18.5m의 차이가 나고 약 17○ 의 경사를 가진 법면임 으로 이용되고 있다. [표 2] 2007년 및 2010년 6월 현재 이 사건 제1·2토지의 실제 이용 상황 ⑼ □□시에서 이 사건 제2토지에 대하여 적용한 재산세 과세유형을 보면, 2004년과 2005년에는 제1·2토지 전체를 “별도합산과세대상”으로 적용했고, 2006년부터 2009년까지는 이 사건 제1·2토지를 이 사건 건물의 부속토지로 보아 이 사건 건물 지상1층 바닥면적의 7배에 해당하는 면적(제1토지 전체, 제2토지 4,020.17㎡)을 산출한 뒤 제2토지 중 그에 해당하는 면적(4,020.17㎡)은 “별도합산과세대상”으로, 나머지 면적(4,545.83㎡)은 “종합합산과세대상”으로 각각 적용했다. ⑽ □□시는 재산세 부과를 위해 “건축물의 부속토지”를 산출할 때에는 구 행정자치부의 유권해석 “건축물의 바닥면적”에 관하여는 지방세법에 별도의 규정이 없으므로 건축법 시행령 제119조 제1항 제3호 에 규정된 건축물의 각 층 또는 그 일부로서 벽·기둥·기타 이와 유사한 구획의 중심선으로 둘러싸인 부분의 수평투영면적으로 보아야 하며, 이 경우 건축물이 여러 층으로 이루어진 때에는 지하층을 포함한 각층의 바닥면적 중 가장 넓은 층의 면적을 당해 건축물의 바닥면적으로 하는 것임(1997. 8. 29. 행정자치부 세정13407-933) 에 따라 건축물 각층 중 바닥면적이 가장 넓은 층의 면적을 기준으로 소정 배율(녹지지역 7배 등)을 적용해야 하는데도 이 사건 제1·2토지의 경우 2006년부터 2009년까지 이 사건 건물 각층 중 바닥면적이 가장 넓은 지하1층의 바닥면적(3,192.75㎡)이 아닌 지상1층의 바닥면적(1,976.31㎡)을 기준으로 그 7배까지를 건축물의 부속토지로 잘못 적용한 문제점이 있었음을 확인하고 2010. 5. 17. 이 사건 제2토지 전체를 “별도합산과세대상”으로 바로잡아 적용하여 2006년분부터 2009년분까지의 재산세를 감액결정 하였다.
• 다. 관계 법령

□ 소득세법

○ 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

②, ③ (생략)

○ 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 40

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 50 4.～7. (생략)

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 양도소득 과세표준의 100분의 60 9.～11. (생략)

○ 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 나. (생략)

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다. 가.～다. (생략)

3. 목장용지로서 (이하 생략)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. 지방세법 제182조 제2항 에 따른 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 주거용 건축물로서 (이하 생략)

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

②, ③ (생략)

□ 소득세법 시행령

○ 제67조(즉시상각의 의제) ① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 (이하 생략)

○ 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 취득가액은 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 사업자가 자산을 장기할부조건으로 매입하는 경우에 발생한 채무를 기업회계기준에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우에 있어서의 당해 현재가치할인차금

2. 기획재정부령이 정하는 연지급수입의 경우에 제1항의 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액

3. 제98조 제2항 제1호의 규정에 의한 시가초과액

③ ～⑤ (생략)

○ 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 든 실지거래가액”이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

④ 삭제 <2000. 12. 29.>

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세 과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

⑥ ～⑬ (생략)

○ 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만인 경우에는 가목을 적용하지 아니한다.

• 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

□ 지방세법

○ 제182조(과세대상의 구분) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각목의 1에 해당하는 토지

• 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야
• 다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에관한 법률 제2조 제1호 에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령이 정하는 토지
• 마. 가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

② 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 과세대상의 구분방법, 주택부속토지의 범위산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 지방세법 시행령

○ 제131조의2(별도합산과세대상토지의 범위) ① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 건축법 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

1. 특별시지역ㆍ광역시지역 및 시지역(다음 각목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 (이하 생략)

2. 건축물(제1호의 규정에 의한 공장용 건축물을 제외한다)의 부속토지 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지

• 가. 법 제182조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 토지 안의 건축물의 부속토지
• 나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지
• 다. 삭제 <2006. 12. 30.>

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

③ 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 삭제 <2005. 12. 3.1>

2. 여객자동차 운수사업법 또는 화물자동차 운수사업법에 의하여 여객자동차운송사업 또는 화물자동차운송사업의 면허ㆍ등록 또는 자동차대여사업의 등록을 받은 자가 그 면허ㆍ등록조건에 따라 사용하는 차고용 토지로서 자동차운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

3. 건설기계관리법에 의하여 건설기계사업의 신고를 한 자가 그 신고조건에 따라 사용하는 건설기계대여업ㆍ건설기계정비업ㆍ건설기계매매업 또는 건설기계폐기업의 신고기준에 적합한 주기장 또는 옥외작업장용 토지로서 그 시설의 최저면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

4. 도로교통법에 의하여 등록된 자동차운전학원의 자동차운전학원용 토지로서 동법에서 정하는 시설을 갖춘 구역 안의 토지

5. 항만법에 의하여 국토해양부장관 또는 시ㆍ도지사가 지정 또는 고시한 야적장 및 컨테이너장치장용 토지와 관세법에 의하여 세관장의 특허를 받는 특허보세구역 중 보세창고용 토지로서 당해 사업연도 및 직전 2개 사업연도 중 물품 등의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 1.2배 이내의 토지

6. 자동차관리법에 의하여 자동차관리사업의 등록을 한 자가 그 시설기준에 따라 사용하는 자동차관리사업용 토지(자동차정비사업장용ㆍ자동차폐차사업장용ㆍ자동차매매사업장용 또는 자동차경매장용 토지에 한한다)로서 그 시설의 최저면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

7. 교통안전공단법에 의하여 설립된 교통안전공단이 동법 제6조제6호의 규정에 의한 자동차의 성능 및 안전도에 관한 시험ㆍ연구ㆍ검사 등의 용도로 사용하는 토지 및 자동차관리법 제44조 및 제45조의 규정에 의하여 자동차검사 대행업무의 지정을 받은 자, 건설기계관리법 제14조 의 규정에 의하여 건설기계검사 대행업무의 지정을 받은 자 및 대기환경보전법 제64조 에 따라 자동차 배출가스 정밀검사 업무의 지정을 받은 자가 자동차 또는 건설기계 검사용 및 자동차배출가스 정밀검사용으로 사용하는 토지

8. 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제22조 에 따른 물류단지 안의 토지로서 같은 법 제2조 제7호 각 목의 어느 하나에 해당하는 물류단지시설용 토지 및 유통산업발전법 제2조 제15호 의 규정에 의한 공동집배송센터로서 행정안전부장관이 지식경제부장관과 협의하여 정하는 토지

9. 특별시지역ㆍ광역시지역(군지역을 제외한다)ㆍ시지역(읍ㆍ면지역을 제외한다)안에 위치한 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 레미콘 제조업용 토지(산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 지정된 공업지역 안에 있는 토지를 제외한다)로서 제132조 제1항 제1호의 규정에 의한 공장입지기준면적 이내의 토지

10. □□ 및 스포츠업을 영위하기 위하여 부가가치세법 제5조 에 따라 사업자등록을 한 자의 사업에 이용되고 있는 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률 시행령 제2조 에 따른 체육시설용 토지로서 사실상 운동시설에 이용되고 있는 토지(체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률에 따른 회원제골프장용 토지 내의 운동시설용 토지는 제외한다)

11. 관광진흥법에 의한 관광사업자가 박물관 및 미술관 진흥법에 의한 시설기준을 갖추어 설치한 박물관ㆍ미술관ㆍ동물원ㆍ식물원의 야외전시장용 토지

12. 주차장법 시행령 제6조 에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지(법 제182조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 내의 부설주차장은 제외한다). 다만, 관광진흥법 시행령 제2조 제1항 제3호 가목ㆍ나목에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 같은 항 제5호에 따른 유원시설업에 해당하는 시설의 부설주차장으로서 도시교통정비 촉진법 제15조 및 제17조에 따른 교통영향분석ㆍ개선대책의 심의 결과에 따라 설치된 주차장의 경우에는 해당 검토 결과에 규정된 범위 이내의 주차장용 토지를 말한다.

13. 장사 등에 관한 법률 제13조 제3항 에 따른 설치ㆍ관리허가를 받은 법인묘지용 토지로서 지적공부상 지목이 묘지인 토지

14. 다음 각 목에 규정된 임야. 다만, 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률에 따른 회원제골프장용 토지 내의 임야(2009년 12월 31일까지는 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권에 소재하는 것으로 한정한다)는 제외한다. 가.～다. (생략)

15. 종자산업법 제137조 제1항 에 따라 종자업 등록을 한 종자업자가 소유하는 농지로서 종자연구 및 생산에 직접 이용되고 있는 시험ㆍ연구ㆍ실습지 또는 종자생산용 토지

16. 수산업법에 따라 면허ㆍ허가를 받은 자 또는 내수면어업법에 따라 면허ㆍ허가를 받거나 신고를 한 자가 소유하는 토지로서 양식어업 및 종묘생산어업에 직접 이용되고 있는 토지

17. 도로교통법에 따라 견인된 차의 보관용 토지로서 같은 법에서 정하는 시설을 갖춘 토지

○ 제132조(분리과세 대상토지의 범위) ① 법 제182조 제1항 제3호 가목에서 “공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

(이하 생략)

2. 전ㆍ답ㆍ과수원 (이하 생략)

(이하 생략)

② 법 제182조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령이 정하는 임야”라 함은 다음 각 호에서 정하는 임야를 말한다. 1.～6. (생략)

③ 법 제182조 제1항 제3호 다목에서 “고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지”라 함은 법 제112조 제2항 제4호의 규정에 의한 고급오락장의 부속토지를 말한다.

④ 법 제182조 제1항 제3호 라목에서 “대통령령이 정하는 토지”란 제1항 제1호에서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위 안의 토지를 말한다.

⑤ ～⑦ (생략)

• 라. 판단 이 건은 ① 이 사건 제2토지 중 5,445㎡가 “비사업용 토지”에 해당하는지 여부와 ② 이 사건 제1·2토지와 건물을 취득할 때 지출한 감정평가비용, 근저당권·지상권 설정비용 등이 양도가액에서 공제하는 “필요경비”에 해당하는지 여부가 판단의 관건이므로 이를 차례로 살펴본다. ⑴ 이 사건 제2토지의 일부가 “비사업용 토지”인지에 대한 검토 ㈎ 소득세법의 규정 소득세법 제104조의3 제1항 을 보면 제1호～제7호까지에 양도소득세 세율 적용을 위한 “비사업용 토지”의 기준을 토지의 지목 또는 용도별로 규정하고 있는데, 이 사건 제2토지에 적용되는 제4호를 보면, “농지·임야 및 목장용지 외의 토지로서 다음 각목을 제외한 토지”를 “비사업용 토지”로 규정하면서 가목～다목을 다음과 같이 규정하고 있다.
• 가. 지방세법 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 그런데, 이 사건 제2토지의 경우, 재산세 과세 대상이고, 소득세법 시행령 제168조의11 제1항 에 규정된 토지가 아니므로 가목 및 다목의 사유로는 “비사업용 토지”에서 제외되지 않는다. 따라서 재산세 “별도합산과세대상” 또는 “분리과세대상”이 될 경우에는 “비사업용 토지”에서 제외되고 그렇지 않으면 “비사업용 토지”가 된다. ㈏ 별도합산과세대상 등에 관한 지방세법의 규정 지방세법 제182조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제131조의2 제1항 제2호 및 제2항을 보면, “건축물의 부속토지로서 건축물 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지”는 “별도합산과세대상”으로 되어 있고, 이건의 용도지역인 녹지지역의 적용배율이 7배로 되어 있다. ㈐ “건축물의 부속토지”와 “건축물 바닥면적”의 합리적인 판단기준 “건축물의 부속토지”가 무엇인지에 대하여 지방세법과 그 하위 법령에 규정이 없고, 이 사건 제2토지는 이 사건 건물의 대지가 아니기 때문에 이 사건 제2토지가 이 사건 건물의 부속토지인지 여부에 대해서는 판단기준이 필요하다. 살피건대 어떤 토지가 건축물의 부속토지인지의 여부는 당해 토지가 건축물이 있는 토지와 별개의 필지인지 아니면 1필지인지 여부, 당해 토지가 건축허가 당시부터 부속토지로 되어 있었는지 아니면 건축물이 건축된 이후에 취득한 것인지 여부 등에 의하여 결정할 것이 아니라, 소유 기간 중의 실질적인 이용 상황에 따라 객관적으로 결정하여야 할 것이다(대법원 1994. 12. 27. 선고 94누8372 판결, 1995. 7. 14. 선고 95누1149 판결, 1997. 3. 25. 선고 96누14753 참조). 한편 “건축물 바닥면적”이 무엇인지에 대하여는 지방세법과 그 하위 법령에는 규정을 두지 않고 있으나, 구 행정자치부에서 유권해석(1997. 8. 29. 세정13407- 933)으로 건축물의 지하층을 포함한 각층 중 바닥면적이 가장 넓은 층의 면적을 기준으로 “건축물의 부속토지”의 배율을 적용해야 한다고 기준을 정했으므로 이를 기준으로 판단해야 할 것이다. ㈑ 이 사건 제2토지의 일부가 “비사업용 토지”인지 이 사건 제1·2토지는 앞의 인정 사실 ‘⑵항’, ‘⑶항’, ‘⑷’항과 같이 청구 외 주식회사 △△이 이를 함께 취득한 뒤 이 사건 건물을 신축하면서 제1토지만을 그 대지로 하여 건축허가 및 사용승인을 받았지만, 2005. 12. 30. 이 사건 건물이 근린생활시설로 이용될 때부터 2010년 7월 현재까지 줄곧 제2토지의 일부가 이 사건 건물의 부설주차장으로 사용 이 사건 제1·2토지와 건물의 소유권 이전이 계속 함께 이루어져 왔고, 2004년 취득 후 개발행위제한으로 2010년 7월 현재까지 이 사건 제1·2토지와 건물 모두가 근린생활시설로 같은 임대사업에 활용되고 있음 되고 있고, 일부 사용되지 않는 면적인 비탈면은 바닥지반고와 최고지반고의 차가 18.5m나 되고 약 17○ 의 경사를 이루고 있으며 지형여건상 주차장의 가장자리에 있어 독자적으로 다른 용도로 사용하기 어려우며 실제로도 다른 용도로 사용되지 못하고 있는 상황을 고려해 볼 때 비탈면을 포함한 이 사건 제2토지도 이 사건 건물의 부속토지로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 이와 관련하여 인정사실 ‘⑼항’ 및 ‘⑽항’에서 본 바와 같이 재산세 부과관청인 □□시에서 2004년부터 2009년까지 이 사건 제2토지를 이 사건 건물의 부속토지로 본 것은(2006년 전·후 그 면적산정은 다르게 하였다 하더라도) 위와 같은 합리적인 판단기준에 기초한 것으로서 적정하였던 것으로 보인다. 아울러 이 사건 건물의 바닥면적이 가장 넓은 지하1층의 바닥면적(3,192.75㎡)을 기준으로 할 때 그 7배는 22,349.25㎡이고 제1·2토지의 면적 18,380㎡가 그 범위 내이므로 제1·2토지 모두가 “별도합산과세대상”이며, 재산세 부과관청인 □□시에서 2006년부터 2009년까지 이 사건 제1·2토지 전체를 “별도합산과세대상”으로 적용하여 재산세를 경정한 것도 적정한 처분이었다고 할 것이다. ㈒ 소결 이상에서 살펴본 바와 같이, 이 사건 제1·2토지는 모두 이 사건 건물의 부속토지로서 건물 바닥면적의 7배 이내이므로 지방세법에 따라 재산세 과세유형이 전부 “별도합산과세대상”이고, 따라서 소득세법에 따라 양도소득세가 중과되는 “비사업용 토지”에서 제외되는데도 처분청이 이 사건 제2토지의 일부를 “비사업용 토지”로 보아 이 사건 부과처분을 한 것이 부당하다는 주장은 이유 있다. ⑵ 이 사건 부동산 취득 시 지출한 감정평가비용 등이 양도가액에서 공제할 “필요경비”에 해당하는지 소득세법 제97조 제1항 을 보면, 양도가액에서 공제할 필요경비는 취득가액과 자본적 지출액 및 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것으로 한다고 되어 있고, 같은 법 시행령 제163조 제1항부터 제5항까지에 필요경비의 범위가 구체적으로 규정되어 있는데, 자산을 취득할 때 지출한 감정평가비용, 근저당권·지상권 설정비용 등 청구인이 주장하는 비용은 필요경비로 규정되어 있지 않다. 그뿐만 아니라 청구인이 주장하는 감정평가비용, 근저당권·지상권 설정비용은 청구인이 은행으로부터 취득자금을 융자받는 데 필요한 비용일 뿐 취득가액, 자본적 지출 또는 양도비에 해당하지 않는다. 따라서 청구인의 주장 중 이 부분은 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 부과처분 중 이 사건 제2토지의 일부를 “비사업용 토지”로 보아 그에 해당되는 양도차익에 60%의 세율을 적용한 부분은 잘못이 있으므로 심사청구에 이유가 있고, 나머지 부분은 이유가 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.