역무의 대가로 지급한 비용에 해당함

주 문

1. 처분청은 2009. 12. 4. 청구인에게 한 법인세 139,533,460원의 부과처분과 기타소득 처분 443,385,680원을 취소하여야 한다.

2. 나머지 청구를 기각한다.

△△지방국세청이 2009. 9. 28.부터 2009. 10. 26.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시하면서 ① 청구인의 □□ 현지법인 △△△△△△△△△△△ BIZ, INC.(이하 ‘현지법인’이라 한다) 대표이사인 ○○○에게 청구인이 2004년부터 2008년까지 지급한 급여 443,388,680원은 청구인의 고유업무를 수행한 대가로 볼 수 없다고 판단하여 소득금액 계산 시 비용으로 인정하지 않았고 ○ 청구인이 2005년 8월부터 12월까지 거래처에 판매하기 위해 재료비 59,113,830원, 임가공비 38,310,900원을 투입하여 악세사리 제품을 생산하였으나 거래처의 대금 미지급 및 부도 등 사유로 제품을 판매하지도 않고 장부상 재고자산 또는 제품 폐기손실로도 계상하지 않은 데 대하여, 그 제품(공급대가 132,982,815원)을 매출누락으로 보는 것으로 처분청에 통보하였다. 이에 대하여 처분청은 2009. 12. 4. 위 ①과 관련하여 청구인에게 법인세 139,533,460원을 부과하고, 현지법인에 대한 기타소득 443,385,680원을 소득처분 했으며(이하 “이 사건 선행 부과처분”이라 한다), 위 ○와 관련하여 청구인에게 부가가치세 18,346,900원을 부과하고 대표이사 ○○○에 대한 상여 12,089,346원을 소득처분 하였다.(이하 “이 사건 부과처분 청구인은 위 ○(매출누락)와 관련하여 재료비 등을 투입한 후 그에 대응되는 제품폐기손실 처리 등을 누락한 데 대해 법인세 부과(공급가액에 해당하는 대표이사 상여처분 포함)를 한 것은 타당하다고 인정하나, 청구인의 모든 제품은 수출용으로서 부가가치세 영세율 대상이므로 부가가치세 부과(부가가치세에 해당하는 대표이사 상여처분 포함)부분은 부당하다고 주장한다. 따라서 이와 관련된 법인세 48,325,880원, 부가가치세 18,346,900원 및 대표이사 상여처분 132,982,815원 중 청구인이 부당하다고 주장하는 부분에 한하여 이 사건 부과처분에 포함하였다.”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이건의 청구 취지는 이 사건 선행 부과처분과 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 ① ○○○의 급여와 관련하여 ○○○이 국내, □□ 및 □□으로 출장을 자주 다녀온 사실과 청구인의 고객 및 직원과 주고받은 전자우편(e-mail) 내용 등을 볼 때 청구인의 부사장으로서 영업, 생산 및 대외관리 등의 회사업무를 실질적으로 수행하고 있어, 청구인이 ○○○에게 지급한 급여를 청구인이 아닌 현지법인이 지급해야 할 비용으로 보아 법인세를 부과하고, 현지법인에 대한 기타소득 처분을 한 것이 부당하고 ○ 매출 누락에 따른 법인세 부과 및 대표이사 상여 소득처분은 인정할 수 있으나 청구인은 모든 제품을 □□ 임가공업체를 통해 생산하고, 수출 또한 □□에서 직접 이루어지며 국내 판매가 전혀 없어 매출 누락과 관련된 제품은 모두 “수출용”으로서 부가가치세법 상 부가가치세 “영세율” 대상에 해당하므로 부가가치세와 그 관련 대표이사 상여 소득처분은 부당하다고 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 두 가지로서 ○ ○○○이 청구인의 부사장으로 실제 근무했는지 여부와 ② 매출 누락한 제품이 수출용으로서 부가가치세 “영세율” 대상에 해당하는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 청구인은 1994. 5. 1. 대표이사 ○○○(지분 40%)와 부사장 ○○○(지분 20%)이 설립한 악세사리 제조 및 수출을 주된 사업으로 하는 법인으로 국내에서 원자재를 구입하여 □□에서 임가공한 뒤 제조된 악세사리를 □□, □□ 등으로 전량 수출하고 있으며 2001. 2. 28. □□에 설립한 현지법인은 청구인이 □□에서 생산한 악세사리를 받아 □□ 현지에서 판매하고 있다. ⑵ ○○○은 배우자 및 자녀 2명과 1999년 □□에 이민하여 □□ 영주권을 취득하였고, 2001년부터 청구인의 부사장으로 근무하면서 청구인의 현지법인 대표이사로 파견되어 현재까지 근무하고 있다. ⑶ 다음 [표]와 같이 대표이사 ○○○는 2004년부터 2008년까지 청구인으로부터 498,945,000원, 현지법인으로부터 413,687,648원, 합계 912,632,648원을 급여로 받았고, ○○○은 같은 기간 청구인으로부터 443,385,680원, 현지법인으로부터 618,799,200원, 합계 1,062,184,880원(대표이사 ○○○가 받은 급여의 116%)을 급여로 받았다. ⑷ ○○○은 내국법인(청구인) 근무와 관련하여 2004년부터 2008년까지 근로소득세 51,205,050원(주민세 포함)을 납부하였고, 사회보험료 36,868,169원(국민연금, 건강보험, 고용보험 및 산재보험, 회사 부담분 포함)을 납부하였다. ⑸ 공인회계사가 법인에 대한 외부 감사를 할 때 재무제표 작성에 대한 경영진의 책임을 확인하는 2003년, 2005년, 2007년 및 2008년 회계연도의 “경영자 확인서”에 대표이사 ○○○와 더불어 ○○○이 회계담당임원으로 기명·날인하였다. ⑹ ○○○은 □□에 거주하면서 2004년부터 2008년까지 국내에 239일(56회), □□에 447일(33회) 체류하였고, 청구인의 회계장부 및 지출증빙을 보면 청구인은 2004년부터 2008년까지 국외출장여비로 114,181,819원(지출건수 84건)을 ○○○에게 지급하였다. ⑺ ○○○은 2006년, 2007년 및 2008년에 청구인의 고객(○○○○, P○○○ B○○○ 등) 관리 및 도금, 외주 등 생산관리와 관련된 내용의 전자우편(e-mail)을 청구인의 직원과 주고받은 사실이 있다. ⑻ 청구인은 2005년 8월부터 12월까지 거래처인 △△△△ INC에 판매하기 위해 재료비 59,113,830원, 임가공비 38,310,900원을 투입하여 악세사리 제품을 생산하였으나 거래처의 대금 미지급 및 부도 등 사유로 제품을 판매하지 않았고, 장부상 기말 재고자산 또는 제품 폐기손실로 계상하지 않았으며, 신용장(L/C), 수출면장(E/P), 선적서류(B/L) 등 영세율 매출을 입증할 만한 증빙을 제시하지 않았다. ⑼ △△지방국세청에서는 2009. 9. 28.부터 2009. 10. 26.까지 세무조사를 실시하여 현지법인의 대표이사인 ○○○의 급여 443,385,680원(2004년~2008년)에 대하여는 업무와 관련 없는 경비로, 재료비 등 97,424,730원을 투입하여 생산하였으나 제품판매, 재고자산 및 제품 폐기손실 중 어느 계정으로도 계상되지 않은 것에 대하여는 매출 누락으로 처분청에 통보하였다. ⑽ 처분청은 2009. 12. 4. ○○○의 급여와 관련하여 법인세 139,533,460원(2004년~2008년 귀속분)을 부과하고, 현지법인에 대한 기타소득 443,385,680원(2004년~2008년 귀속분)을 소득처분 하였으며, 같은 날 매출 누락과 관련하여 청구인에게 부가가치세 18,346,900원(2005년 2기 귀속분)을 부과하고, 대표이사 ○○○에 대한 상여 12,089,346원(2005년 귀속분 중 부가가치세 부분)을 소득처분 하였다.
• 다. 관계 법령

□ 법인세법

○ 제4조(실질과세) ① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

○ 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

○ 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 제67조(소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

□ 부가기치세법

○ 제11조(영세율 적용) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.

2.~4. (생략)

② 제1항을 적용할 때 사업자가 비거주자 또는 외국법인인 경우에는 그 외국에서 대한민국의 거주자 또는 내국법인(內國法人)에 대하여 동일한 면세를 하는 경우에만 영의 세율을 적용한다.

③ 제1항의 재화와 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 제21조(결정 및 경정) ① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 “사업장 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우 3.~4. (생략)

② 사업장 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

2. 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가(時價)에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ (생략)

□ 부가가치세법 시행령

○ 제24조(수출의 범위) ① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것으로 한다.

② 생략

○ 제64조(예정신고와 납부) ①~② 생략

③ 법 제18조 1항 및 제2항 단서를 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세예정신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 인하여 해당 서류를 첨부할 수 없는 때에는 국세청장이 정하는 서류로써 이에 갈음할 수 있다.

1. 제24조 제1항의 경우에는 기획재정부령이 정하는 수출실적명세서(전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 포함한다). 다만, 소포우편에 의하여 수출한 경우에는 당해 우체국장이 발행하는 소포수령증으로 한다. 1의2.~10. (생략)

④ ~⑪ (생략)

○ 제65조(확정신고와 납부) ① 법 제19조 제1항에 따른 부가가치세의 확정신고에 있어서는 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1.~9. (생략)

② 법 제11조 제1항과 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세확정신고서에 제64조 제3항의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 예정신고 및 제73조 제3항의 규정에 의한 신고에 있어서 이미 제출한 서류는 제외한다.

③ ~⑤ (생략)

○ 제69조(추계결정·경정방법) ① 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다. 1.~3. (생략)

4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음의 기준중의 하나에 의하여 계산하는 방법

• 가. (생략)
• 나. 인건비·임차료·재료비·수도광열비 기타 영업비용중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율 다.~마. (생략) 5.~6. (생략)

② (생략)

• 라. 판단 청구인은 ① ○○○이 청구인의 부사장으로 실제 근무하고 있고 ○ 매출 누락한 제품이 부가가치세법에 따른 부가가치세 “영세율” 대상에 해당하므로 이 사건 선행 부과처분 및 이 사건 부과처분이 부당하다고 주장한다. 각 주장의 타당성을 살펴본다. ⑴ ○○○이 청구인의 부사장으로 실제 근무했는지 여부 법인세법 제19조 제2항 을 보면 “손비”는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정되어 있다. 살피건대 내국법인이 그 임직원을 그 자회사인 현지법인에 파견하여 영업관리 등의 업무를 수행하도록 하고 그 임직원에게 급여를 지급하는 경우 그 업무의 성격과 범위 등으로 보아 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 것으로 인정되는 때에는 “손금”에 산입할 수 있다고 할 것이다. 위 인정사실 ‘⑴항’, ‘⑵항’, ‘⑸항’, ‘⑹항’ 및 ‘⑺항’에서 본 바와 같이 ○○○은 현지법인의 업무 외에 청구인의 부사장으로서 수행해야 할 고객상담, 공장관리 등 업무를 수행하였고, 청구인이 ○○○에게 지급한 급여는 ○○○이 청구인에게 제공한 역무의 대가로 보이므로, 처분청이 이를 전액 현지법인이 부담하여야 할 비용인데도 청구인이 지급했다는 이유를 들어 청구인의 “손비”처리를 부인한 것은 부당하다고 할 것이다. 더욱이, 처분청은 청구인이 ○○○에게 지급한 급여가 청구인의 고유 업무에 대한 대가가 아니라는 근거로 ㉮ 청구인의 국외출장비 계정에 ○○○의 출장여비가 계상되지 않은 점과 ㉯ ○○○이 청구인의 대표이사 ○○○보다 매년 2배 이상의 급여를 지급 받는다는 점을 제시하였으나 위 인정사실 ‘⑶항’과 ‘⑹항’과 같이 청구인이 ○○○의 국외출장여비를 84건 지급했고, ○○○의 5년간 급여가 ○○○의 116% 정도이므로 위 ㉮,㉯ 모두 사실이 아니다. 따라서 청구인이 ○○○에게 지급한 급여를 청구인의 손비로 인정하지 않은데서 비롯된 이 사건 선행 부과처분은 위법하다고 할 것이다. ⑵ 매출 누락 제품이 부가가치세 “영세율” 대상에 해당하는지 여부 부가가치세법 제11조 제1항 제1호 를 보면 “수출하는 재화”는 영(零)의 세율을 적용하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제64조 제3항을 보면 수출하는 재화에 대하여 “영세율”이 적용되는 경우에는 “수출실적명세서”를 관할 세무서장에게 제출하도록 되어 있다. 살피건대 청구인은 자사의 모든 제품을 국외에서 생산하여 제3국으로 수출하므로 매출 누락 제품은 모두 “수출하는 재화”로서 영세율 적용 대상이라고 주장하나 이를 수출했다는 증빙이 없고, 영세율을 적용받기 위해서는 청구인 자신이 입증자료를 제시하여야 하나 청구인이 이를 제시하지 못하고 있으므로 이건 매출 누락 제품에 대하여 영세율을 적용하지 않고 부가가치세를 부과한 이 사건 부과처분은 정당하다고 할 것이다.

그렇다면 청구인의 이건 심사청구 중 이 사건 선행 부과처분에 관한 부분은 이유 있고, 이 사건 부과처분에 관한 부분은 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.