농지를 3년 이상 직접 경작한 것으로 인정할 수 없음

주 문 심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2002. 7. 3. 취득한 □□도 □□시 □□구 □동 □ 답 3,739㎡(이하 “쟁점 농지”라 한다)를 2006. 5. 26. △△△△공사에 양도(양도가액: 1,245,087,000원)하고, 2007. 5. 15. 같은 도 □□시 □□면 □□리 □□□□ 답 2,433㎡를 취득한 후 같은 해 7. 31. 쟁점 농지의 양도소득을 조세특례제한법 제70조 에 따른 농지 대토(代土)에 대한 양도소득세 감면대상으로 보아 △△△△서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 이에 대하여 처분청은 청구인이 쟁점 농지의 일부를 임대하였고, 경작기간 중 사업자등록 및 근로소득이 있는 점으로 보아 위 농지를 직접 경작하였다고 볼 수 없다는 사유로 농지대토에 대한 양도소득세 감면 대상이 아닌 것으로 보고 2009. 8. 4. 양도소득세 104,973,740원을 청구인에게 경정·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이 건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 쟁점 농지 3,739㎡를 2002. 7. 3. 취득한 후 임차농 ○○○에게 그 일부인 1,047.73㎡를 임대한 것은 사실이나 나머지 면적에 대해서는 2004년 농업용 비닐하우스를 설치하여 화훼류를 재배하는 등 자경(自耕)하였으므로 임대부분을 제외한 나머지 면적에 대해서는 농지 대토에 대한 감면을 하여야 하는데도 자경한 부분까지 감면을 부인하는 것은 부당한 처분이라고 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 청구인이 쟁점 농지를 3년 이상 직접 경작한 것으로 인정할 수 있는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 청구인은 쟁점 농지 3,739㎡를 2002. 7. 3. 대금 152,925,100원에 취득하였고, 이 중 약 1,487㎡(450평)를 같은 도 □□시 □□동 □□□-□에 사는 ○○○에게 2002. 11. 20.부터 5년간 임대하는 계약을 맺었다. ⑵ 청구인의 쟁점 농지 보유기간 중 주민등록상 거주지는 [표 1]과 같다. [표 1] 청구인의 주민등록상 거주지 변동 내용 ⑶ 청구인의 쟁점 농지 보유기간 중 근로소득 및 사업소득은 [표 2]와 같다. ⑷ 처분청의 사업자등록 내용 조회결과를 보면, 청구인은 2001. 7. 24.부터 2006. 12. 31.까지 □□도 □□시 □□구 □□동 □□□-□에 사업장을 두고 부동산중개업을 한 것으로 되어 있다. ⑸ 청구인은 쟁점 농지에 2004년부터 농업용 비닐하우스를 설치하여 화훼류를 재배하는 등 자경을 하였다고 주장하면서 그 주장을 뒷받침할 증거서류로 2004. 5. 31. △△△△화훼집하장에서 철쭉 등 화훼 재료 7,780,000원을 구입한 것으로 되어 있는 간이영수증 및 같은 금액이 인출된 것으로 되어 있는 자신의 예금통장 사본, 2004. 6. 30. 자신이 △△△△협동조합에 가입한 것으로 되어 있는 위 조합 발행의 조합원 증명서, 2004. 11. 30. 이후 전기료 이체 금액이 표기되어 있는 자신의 예금통장 사본을 각각 제출하였다. ⑹ 청구인은 쟁점 농지가 △△△△공사 2007년 12월 △△△△공사로 명칭 변경에서 개발사업을 시행하는 △△지구 택지개발사업지구에 편입됨에 따라 2006. 5. 26. 위 공사로부터 1,245,087,000원의 보상금을 받고 쟁점 농지를 위 공사에 양도하였다. ⑺ △△△△공사는 2006년 상반기에 △△지구 택지개발사업지구 편입 토지 보상을 위해 현장조사를 실시하여 쟁점 농지 중 1,291.77㎡에는 청구인이, 1,047.73㎡에는 임차인 ○○○이 각각 화초를 재배하고 있음을 확인하고 2007년 1월 농업손실보상금 3,408,240원과 2,764,080원을 청구인과 ○○○에게 각각 지급하였다. ⑻ 청구인은 2007. 5. 15. □□도 □□시 □□면 □□리 □,□□□ 답 2,433㎡를 95,600,000원에 취득하였다.
• 다. 관계 법령 등 이 건과 관계되는 법령 등은 구 조세특례제한법(2006. 10. 4. 법률 제8050호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 등으로서 [별지] 기재와 같다.
• 라. 판단 청구인은 쟁점 농지를 2002. 7. 3. 취득한 후 그 중 1,047.73㎡를 임대한 것은 사실이나 나머지 면적에 대해서는 2004년에 화훼류를 재배하는 등 자경을 하였으므로 임대한 면적을 제외한 나머지 면적에 대해서는 농지 대토에 대한 감면을 해야 하는데도 자경한 부분까지 감면을 해주지 않는 것은 실질과세의 원칙을 위반한 부당한 처분이라고 주장한다. 이에 관하여 살펴본다. ⑴ 농지 대토에 따른 양도소득세 감면 요건 구 조세특례제한법 제70조 와 구 조세특례제한법 시행령(2006. 12. 29. 대통령령 제19806호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조를 보면, 농지 대토에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있는 세가지 요건이 규정되어 있는데, 그 세가지 요건은 ① 3년 이상 농지가 소재하는 시·군·구 또는 연접한 시·군·구에 거주할 것 ② 위 ①의 기간 동안 그 소유 농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작할 것 ③ 그 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 경작할 것으로 되어 있다. ⑵ 청구인의 쟁점 농지 양도가 위 ⑴의 감면 요건에 해당하는지에 대한 검토 위 요건 ①의 경우, 청구인은 인정사실 ‘⑵항’에서 본 바와 같이 쟁점 농지의 보유기간 2002. 7. 3.부터 2006. 5. 26.까지로 3년 이상 보유하였음 동안 쟁점 농지의 소재지인 □□도 □□시와 연접한 같은 도 □□시에 거주한 것으로 되어 있으므로 이를 충족한 것으로 보인다. 위 요건 ②의 경우, 인정사실 ‘⑸항’에서와 같이 청구인이 자경하였다는 자신의 주장을 입증하기 위해 제출한 간이영수증 및 예금통장 사본 등을 보면 철쭉 등 재료를 구입하였다고 할 수 있는 날은 2004. 5. 31.이고, △△농협의 조합원으로 가입한 날은 같은 해 6. 30.이며, 농업용 전기료를 지급했다는 입증서류로 청구인이 제출한 자신의 예금통장 사본이 같은 해 11. 30. 이후부터 전기료가 이체된 것으로 표기되어 있어 청구인의 소유 농지 중 임차인 ○○○에게 임대한 면적(1,047.73㎡)을 제외한 나머지 면적 청구인은 쟁점농지 3,739㎡에서 임대한 1,047.73㎡를 제외한 2,691.25㎡라고 주장하나, 인정사실 ‘⑺항’을 통해볼 때 경작한 면적은 1,291.77㎡로 판단됨에서 비닐하우스를 설치하고 화훼류를 재배하였다고 인정할 수 있는 기간은 2004. 5. 31.부터 쟁점농지를 양도한 날인 2006. 5. 26.까지로서 약 2년에 불과하여 구 조세특례제한법 시행령 제67조 에 따른 양도소득세 감면요건인 3년에 미치지 못한다. 따라서 청구인은 위 ②의 요건을 충족하지 못한 것으로 인정되어 위 ③의 요건 충족 여부를 따질 것도 없이 농지 대토에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하지 못했으므로 이 건 대토 농지와 관련된 양도소득세를 감면하지 아니한 원 처분은 정당하다고 할 것이다.

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.