실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법함

주 문 심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006. 11. 1. □□□□시 □□구 □□동 232-2 토지 2,433㎡(2003. 10. 29.취득, 2004. 2. 26. 지정지역 지정, 2005. 5. 7. 임대주택단지 예정지구로 사업인정고시, 이하 “쟁점 토지”라 한다)를 SH공사에 양도하고, 2007. 1. 26. 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세 251,941,640원을 신고·납부하였다.
• 나. △△지방국세청(감사관실)에서 처분청에 대하여 정기감사 시(2009. 8. 24.～ 9. 10.) 위 쟁점 토지는 기준시가가 아닌 실지거래가액 신고대상이라고 지적하자, 청구인은 2009. 9. 2. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 180,249,880원을 수정신고·납부하였다.
• 다. 청구인이 2009. 10. 12. 위 쟁점 토지는 지정지역(투기지역) 지정일 전에 취득한 것이므로 기준시가로 재결정해 달라고 경정청구 하였으나, 처분청은 같은 해 12. 8. 이를 거부하였다.(이하 “이 사건 처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이건의 청구 취지는 이 사건 처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 청구인은 지정지역 지정일 전에 취득한 쟁점 토지의 양도는 기준시가 적용대상 인데도 실지거래가액 적용대상으로 보고 한 이 사건 처분은 부당하다고 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액 산정 시 기준시가에 의하여 할 수 있는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 사건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 청구인은 2003. 10. 29. 위 쟁점 토지를 취득하여 2006. 11. 1. SH공사에 양도(수용) 하였다. ⑵ 쟁점 토지는 2004. 2. 26. 지정지역(투기지역)으로 지정되었고, 건설교통부장관(현, 국토해양부장관)이 2005. 5. 7.·국민임대주택 건설 등에 관한 특별 조치법·(현,·보금자리주택 건설 등에 관한 특별법·, 이하 “특별조치법”이라 한다) 제5조의 규정에 따라 ‘□□□□ 국민 임대주택단지 예정지구’로 사업인정 고시(건설교통부 고시 제2005-108호)된 지역 안에 있다. ⑶ 청구인은 위 쟁점 토지를 양도하고 2007. 1. 26. 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세 251,941,640원을 신고·납부한 후, △△지방국세청에서 처분청에 대한 정기감사 시 위 신고·납부가 잘못 됐다고 지적하자 2009. 9. 2. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 180,249,880원을 수정신고·납부하였다. ⑷ 청구인은 2009. 10. 12. 처분청에 위 쟁점 토지는 지정지역 지정일 전에 취득한 것이므로 양도차익을 기준시가로 재결정해 달라고 경정청구 하였으나, 처분청은 같은 해 12. 8. 이를 거부하였다
• 다. 관계 법령

□ 구 조세특례제한법((2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

○ 제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3 의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

□ 소득세법

○ 제104조의 2(지정지역의 운영) ① 기획재정부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.(이하 생략)

□ 국민임대주택건설등에 관한 특별조치법(2009. 3. 20. 법률 제9511호로 전부 개정되기 전의 것)

○ 제5조(국민임대주택단지 예정지구의 지정 등) ① 건설교통부장관은 단지조성사업을 추진하기 위하여 필요한 지역을 국민임대주택단지 예정지구(이하“예정지구”라 한다)로 지정하거나 예정지구를 변경 또는 해제할 수 있다.(이하 생략)

• 라. 판단 청구인은 공익사업용으로 양도(수용)된 위 쟁점 토지는 ‘지정지역을 지정한 날’을 기준으로 그 이전에 취득하였으므로 기준시가 적용대상 인데도, 처분청에서 ‘사업예정지구로 지정(고시)한 날’, ‘사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날’ 및 ‘지정지역을 지정한 날’ 중 가장 빠른 날을 기준으로 그 이전에 취득한 토지는 기준시가 적용대상이나, 위 쟁점 토지는 위 중 가장 빠른 날인 2003. 5. 7.(‘사업인정고시일’인 2005. 5. 7.부터 소급하여 2년이 되는 날) 이후인 2003. 10. 29. 취득하였으므로 기준시가 적용대상이 아니라고 보아 한 이 사건 처분은 부당하다고 주장한다. 이에 관하여 살펴본다. 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 규정을 보면, 지정지역내에서 부동산 양도 시 특별조치법 등에 따른 사업예정지구로 지정한 날(관보 등에 고시한 날을 말하며, 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 고시한 날이 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 따라 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 되어 있다. 지정지역 내의 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 규정의 취지는 투기지정지역내의 부동산이라도 공익목적을 위해 양도(수용)되는 부동산의 경우에는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위한 것인데, 사업계획이 발표되거나 투기지정지역으로 지정된 후의 부동산 취득에는 투기 수요가 발생할 개연성이 높은 점을 고려하여 위 괄호 안에 명시된 날 이전에 취득한 경우에 한하도록 하고 있다. 따라서 사업예정지구로 고시한 날로서 괄호 안에 명시된 날 전의 취득이라는 것은 ‘사업예정지구로 고시한 날’, ‘사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날’ 및 ‘지정지역을 지정한 날’ 모두 보다 앞서서 취득한 것임을 요한다고 할 것이다. 그런데 청구인은 위 인정사실 ‘⑴항 및 ⑵항’에서와 같이 사업인정고시일인 2005. 5. 7.부터 소급하여 2년이 되는 2003. 5. 7. 이후인 2003. 10. 29. 취득하였으므로 기준시가 적용대상이 아니라고 할 것이다. 따라서 위 쟁점 토지가 ‘지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례’ 규정을 충족하지 못하였으므로 이 사건 처분은 정당하다고 할 것이다.

그렇다면 이 사건 처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.