결손금 소급공제 대상인 ‘건설업을 영위하는 중소기업’에 해당하지 않음

주 문 심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000. 1. 14. 처분청에 사업자등록을 하고 사업을 영위하다가 2006사업연도에 결손금 1,026,121,269원이 발생하자 결손금 소급공제 적용 대상인 건설업을 영위하는 중소기업에 해당하는 것으로 보아 2007. 5. 2. 위 결손금을 2005사업연도 소득금액에서 소급공제를 신청하여 처분청으로부터 법인세 256,530,310원을 환급받았다.
• 나. 감사원에서 중부지방국세청 기관운영감사(2009. 5. 13. ～ 2009. 6. 2.) 결과 청구인이 직접 건설 활동을 수행하지 않고 청구 외 △△건설주식회사에 도급을 주어 □□□□시 □□구 □동 647-1에 건물(상가, 아파트, 지하 2층 지상 15층, 이하 “이 사건 건물”이라 한다)을 신축하고 판매한 것은 결손금 소급공제 적용 대상인 건설업을 영위하는 중소기업이 아닌 부동산공급업에 해당하는 것으로 보아 같은 해 10. 7. 위 법인세 환급세액에 이자상당액을 가산하여 징수하도록 처분청에 처분요구를 하였다.
• 다. 처분청은 위 감사결과 처분요구를 받아들여 2010. 1. 4. 청구인에게 법인세 327,948,350원(이자상당액 포함)을 부과·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유

(1) 청구인은 ‘한국표준산업분류’에 의하면 직접 건설 활동을 수행하지 않더라도 건설공사에 대한 총괄적인 책임을 지면서 건설공사 분야별로 도급 또는 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우에는 ‘건설업’으로 분류하도록 되어 있으므로 청구인이 이 사건 건물 신축과 관련하여 청구 외 △△건설주식회사에 도급을 주었지만 건설공사에 대한 총괄적인 책임을 청구인이 지고 이를 관리했기 때문에 청구인의 업종은 ‘건설업’으로 보아야 하는데도 처분청이 ‘부동산공급업’으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

(2) 또한, 청구인이 결손금 소급공제 적용대상인 건설업을 영위하는 중소기업에 해당되지 않는다고 하더라도 2008. 12. 26. 개정된 법인세법(법률 제9267호) 제72조 제5항과 같은 법 부칙 제9조를 보면 결손금 소급공제 적용 대상인 중소기업에 해당되지 않는 법인이 이 법 시행일인 2009. 1. 1. 이전에 결손금 소급공제 규정을 적용받아 법인세를 환급받은 경우 2009. 1. 1.부터 그 환급받은 법인세와 이자상당액을 징수할 수 있도록 되어 있는데, 이는 소급과세금지의 원칙을 위반한 것으로 무효이므로 처분청이 위 규정이 시행되기 전인 2007. 5. 2. 청구인이 결손금 소급공제를 적용받아 법인세를 환급받은 데 대하여 위 무효의 규정을 근거로 2010. 1. 4. 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 두 가지로서 ① 청구인이 결손금 소급공제를 적용받아 법인세를 환급받을 당시에 법인세법 제72조 제1항 과 같은 법 시행령 제39조 제1항 및 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 규정에 따른 결손금 소급공제 적용 대상인 ‘건설업을 영위하는 중소기업’에 해당하는지 여부, ② 2008. 12. 26. 개정된 법인세법 부칙 제9조가 소급과세금지의 원칙을 위반한 것으로 무효인지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이건 관련 기록을 검토해보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2000. 1. 14. △△세무서에 사업자등록(업태: 건설, 업종: 주택건설, 주택신축판매)을 하였다.

(2) 청구인은 □□□□시 □□구청장으로부터 2001. 3. 1. 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받아 2005. 9. 15. 이 사건 건물을 준공하였다.

(3) 청구인은 건설산업기본법 제9조 에 따른 건설업 등록이 되어 있지 않아 이 사건 건물에 대하여 △△건설주식회사에 일괄 도급(2003～2005사업연도 도급액 계 167억 5,400만 원)을 주어 이 사건 건물을 신축한 뒤 분양·판매 하였다.

• 다. 관계 법령 등

□ 법인세법

○ 제66조(결정 및 경정) ① ～ ③ (생략)

④ 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 제72조(결손금 소급공제에 의한 환급) ① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체 없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.

④ (생략).

⑤ 납세지 관할세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호의 경우에는 감소된 결손금에 상당하는 환급세액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

1. (생략)

2. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우

⑥ (생략) 【부칙】

○제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 단서 생략

○제9조(결손금 소급공제에 의한 환급에 관한 적용레) 제72조 제5항의 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용한다.

□ 법인세법 시행령

○ 제39조(중소기업의 범위 등) ① 법 제25조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 조세특례제한법 시행령제2조의 규정에 의한 기업(이하 “중소기업"이라 한다)을 말한다.

② (생략).

□ 조세특례제한법

○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. ～ 10. (생략)

② (생략)

③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는·통계법·제22조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종은 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.

□ 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업, 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 자산총액이 5천억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. ～ 3. (생략)

② ～ ⑤ (생략)

□ 통계법

○ 제22조(표준분류) ① 통계청장은 통계작성기관이 동일한 기준에 따라 통계를 작성할 수 있도록 국제표준분류를 기준으로 산업, 직업, 질병·사인(死因) 등에 관한 표준분류를 작성·고시하여야 한다. 이 경우 통계청장은 미리 관계 기관의 장과 협의하여야 한다.

② ～ ③ (생략)

□ 건설산업기본법

○ 제9조(건설업의 등록 등) ① 건설업을 영위하려는 자는 국토해양부장관에게 대통령령이 정하는 업종별로 등록을 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 건설공사를 업으로 하려는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따라 건설업의 등록을 하려는 자는 국토해양부령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관에게 등록을 신청하여야 한다.

③ ～ ④ (생략)

□ 감사원법

○ 제43조(심사의 청구) ① 감사원의 감사를 받는 자의 직무에 관한 처분이나 그 밖의 행위에 관하여 이해관계가 있는 자는 감사원에 그 심사의 청구를 할 수 있다.

② ～ ③ (생략)

□ 감사원 심사규칙

○ 제6조(심사청구의 각하) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 법 제46조 제1항의 규정에 의하여 심사청구를 각하한다.

1. 감사원의 감사를 받는 자의 직무에 관한 처분, 기타행위가 아닌 경우

2. ～ 6. (생략)

② ～ ③ (생략)

□ 한국표준산업분류(2007. 12. 28. 통계청 고시 제2007-53호로 개정되기 전의 것)

○ 3. 표준산업분류 개요

• 사. 분류구조 및 부호체계 분류구조는 대분류(알파벳 문자 사용/Sections), 중분류(2자리 숫자사용/Divisions), 소분류(3자리 숫자 사용/Groups), 세분류(4자리 숫자 사용/Classes), 세세분류(5자리 숫자 사용/Sub-Classes)의 5단계로 구성된다.

○ F 건설업(45-46)

계약 또는 자기계정에 의하여 지반조성을 위한 발파·시굴·굴착·정지 등의 지반공사, 건설용지에 각종 건물 및 구축물을 신축 및 설치, 증축·재축·개축·수리 및 보수·해체 등을 수행하는 산업활동으로서 임시건물, 조립식 건물 및 구축물을 설치하는 활동이 포함된다. 이러한 건설활동은 도급·자영건설업자, 종합 또는 전문건설업자에 의하여 수행된다.

• 가. ～ 라. (생략)
• 마. 건축물 이외의 부동산(토지, 광업권 등)을 직접 개발하여 판매 또는 임대하거나 직접 건설활동을 수행하지 않으면서 다른 건설업자에 의뢰하여 건물을 건설하게 하고 이를 분양·판매하는 경우(701)
• 바. (생략)

○ 건물 건설업(452) 도급 또는 자영 종합건설업자에 의하여 건물을 신축·증축·재축·개축하는 산업활동을 말하며 조립식 건물의 건설활동도 여기에 포함된다. <제외>·다른 건설업체에 위탁하여 건설한 후 직접 분양하는 경우(7012)

○ L 부동산 및 임대업(70-71)

이 분류에는 부동산업, 조작자가 없이 각종 기계장비 및 개인 또는 가정용품을 임대하는 산업활동이 포함된다.

• 가. ～ 나. (생략)

• 가. 자기계정에 의하여 건축물을 직접 건설하여 분양·판매하는 경우 “452: 건물 건설업”에 분류
• 나. ～ 다. (생략)

○ 부동산 임대 및 공급업(701)

○ 부동산공급업(7012) 직접 개발한 농장·택지·공업용지 등의 토지와 타인에게 도급을 주어 건설한 건물 등을 분양·판매하는 산업활동을 말한다. 구입한 부동산을 임대 또는 운영하지 않고 재판매하는 경우도 여기에 포함된다.

□ 한국표준산업분류(2007. 12. 28. 통계청 고시 제2007-53호로 개정된 것. 2008. 2. 1. 시행)

○ F 건설업(41-42)

계약 또는 자기계정에 의하여 지반조성을 위한 발파·시굴·굴착·정지 등의 지반공사, 건설용지에 각종 건물 및 구축물을 신축 및 설치, 증축·재축·개축·수리 및 보수·해체 등을 수행하는 산업활동으로서 임시건물, 조립식 건물 및 구축물을 설치하는 활동이 포함된다. 이러한 건설활동은 도급·자영건설업자, 종합 또는 전문건설업자에 의하여 수행된다. 직접 건설활동을 수행하지 않더라도 건설공사에 대한 총괄적인 책임을 지면서 건설공사 분야별로 도급 또는 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우에도 건설활동으로 본다.

• 라. 판단 청구인은 ① 이 사건 건물을 신축하면서 청구 외 △△건설주식회사에 일괄 도급을 주어 건설공사를 하였지만 청구인이 총괄적인 책임을 지고 공사 전반을 관리·감독하였으므로 청구인의 업종을 ‘건설업’으로 보아야 하는데도 직접 건설 활동을 수행하지 않고 도급을 주어 건물을 신축·판매하였다는 사유로 ‘부동산공급업’으로 보아 한 이 사건 부과처분은 부당하고, ② 2008. 12. 26. 개정된 법인세법 부칙 제9조는 소급과세금지의 원칙을 위반한 것으로 무효이므로 이에 근거하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다. 각 주장의 타당성을 살펴보기로 한다.

(1) 청구인이 ‘건설업을 영위한 중소기업’에 해당한다는 주장에 대한 검토 법인세법 제72조 제1항 과 같은 법 시행령 제39조 제1항 및 조세특례제한법 시행령 제2조 를 보면 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 중소기업으로 ‘건설업 등’을 열거하고 있고, 조세특례제한법 제2조 제3항 에 보면 구체적인 업종의 분류를·통계법·제22조에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있으므로 결손금 소급공제 적용 대상에 해당하는지 여부는 사업자등록증 상 등록된 업종을 기준으로 판단할 것이 아니라 한국표준산업분류를 기준으로 판단하여야 한다. 한편 한국표준산업분류(2007. 12. 28. 통계청 고시 제2007-53호로 개정되기 전의 것)를 보면 ‘건물 건설업(452)’을 “도급 또는 자영 종합건설업자에 의하여 건물을 신축·증축·재축·개축하는 산업 활동”으로 정의한 다음 직접 건설 활동을 수행하지 않으면서 다른 건설업자에게 의뢰하여 건물을 건설하게 하고 이를 분양·판매하는 경우를 제외하고 있고, 이를 별개의 업종인 ‘부동산공급업(7012)’으로 분류하고 있다. 살피건대, 청구인은 2001. 3. 1. □□□□시 □□구청장으로부터 이 사건 건물을 신축하는 내용의 건축허가를 받았으나 청구인이 건설업으로 등록되어 있지 않아 직접 건설공사를 할 수 없게 되자 전체 건설공사를 청구 외 △△건설주식회사에 도급을 주어 시공하게 함으로써 이 사건 건물을 직접 건설하였다고 볼 수 없으므로 ‘건설업’으로 볼 수 없고, 오히려 ‘부동산공급업’을 영위하였다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

(2) 2008. 12. 26. 개정된 법인세법의 부칙 제9조는 소급과세금지의 원칙을 위반한 무효의 규정에 해당한다는 등의 주장에 대한 검토 ㈎ 이 사건 부과처분의 법령 위반 여부에 대한 검토 법인세법 제66조 제4항 을 보면 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 다시 경정하도록 되어 있다. 또한 2008. 12. 26. 개정된 법인세법 제72조 제5항 을 보면 결손금 소급공제 적용 대상인 중소기업에 해당하지 아니하는 경우에는 환급세액에 이자 상당액을 가산한 금액을 징수할 수 있도록 되어 있고, 같은 법 부칙 제1조에 “이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다”라고 되어 있으며, 같은 부칙 제9조에 “제72조 제5항의 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용한다”라고 되어 있다. 따라서 위 법인세법 제72조 제5항 이 시행되기 전에 결손금 소급공제 적용 대상에 해당하지 않는 법인이 부당하게 결손금 소급공제를 적용받아 법인세를 환급받은 경우에는 2009. 1. 1.부터 환급세액에 이자 상당액을 가산하여 징수할 수 있으므로 결손금 소급공제 적용 대상에 해당하지 않는 청구인이 2007. 5. 2. 결손금 소급공제를 적용받아 법인세 256,530,310원을 환급받은 데 대하여 처분청이 2010. 1. 4. 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 관계법령을 잘못 적용하였다고 할 수 없다 ㈏ 법률 규정이 무효라는 주장에 대한 검토 감사원법 제43조 제1항 및·감사원 심사규칙·제6조 제1항 제1호를 보면 심사청구 대상은 감사원의 감사를 받는 자의 직무에 관한 처분이나 그 밖의 행위(기타행위)로 한정하고 있다. 그런데 청구인은 2008. 12. 26. 개정된 법인세법의 부칙 제9조가 이 법 시행일인 2009. 1. 1. 이전에 부당하게 결손금 소급공제를 적용받아 법인세를 환급받은 법인에 대하여 이 법 시행일인 2009. 1. 1.부터 환급받은 법인세 및 이자 상당액을 징수할 수 있도록 한 것은 소급과세금지의 원칙을 위반한 것으로 무효이고, 이에 근거한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장하고 있어 이 부분의 주된 다툼이 “위 부칙 제9조의 무효 여부”라고 할 것인 바, 이는 “처분이나 그 밖의 행위”에 해당하지 않는다. 따라서 이 부분의 심사청구는 적법하지 않다.

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.