양도소득 감면세액을 계산할 때 그 취득일을 산입하여 기간을 계산함은 정당함

주 문 심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□ 다세대주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2002. 4. 29. 신축 취득하여 그 중 17세대를 2008년 7월부터 2009년 3월까지 양도하고 2009. 6. 1. 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따라 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득세 감면세액을 신고하면서 취득일로부터 5년의 기간만료일을 2007. 4. 29.(2006년 기준시가 적용)로 신고하였다. 그 후 2009. 11. 6. 위 기간만료일을 국세기본법 제4조 및 민법 제157조 등의 규정(초일 불산입 등)을 준용하여 2007. 4. 30.(2007년 기준시가)로 하고 양도소득세 감면세액을 다시 계산하여 2008년도 및 2009년 귀속분 양도소득세 계 87,102,515원을 감액 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 이에 대하여 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득금액을 계산하는 경우, 민법 제161조 는 적용되지 아니하는 것으로 보아 2009. 12. 17. 청구인의 위 감액경정청구를 거부하였다.(이하 “이 사건 경정거부처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이 건 청구취지는 이 사건 경정거부처분을 취소하게 하여 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 이 건의 청구이유는 다음과 같다. 조세특례제한법 제99조의3 제1항 각호의 신축주택을 취득일로부터 5년이 경과한 이후 양도하는 경우, 기간적용에 대하여 별다른 규정이 없어 국세기본법 제4조 에 따라 민법의 기간규정이 준용되어야 한다. 따라서 기간의 기산점은 2002. 4. 29.이고 민법 제157조 의 초일불산입 규정에 따라 5년의 기간만료일은 2007. 4. 29.이 되나 그 날이 일요일에 해당되어 그 다음날인 2007. 4. 30.이 “취득일로부터 5년 간”의 기간만료일이 되고 그에 따라 양도소득 감면세액 계산 시 2007년 기준시가를 적용하여야 하므로 청구인의 양도소득세 감액 경정청구는 정당하며 이에 대한 거부처분은 위법하다는 것이다.

• 가. 다툼 이 건의 다툼은 양도소득 감면세액을 계산할 때 그 취득일을 산입하여 기간을 계산한 것이 부당한지 여부에 있다.
• 나. 인정 사실 이 사건 관련 기록에 따르면, 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 청구인은 2002. 4. 29. □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□에 다세대주택을 신축 취득한 후 그 중 16세대는 2008. 7. 7부터 같은 해 10. 31.까지 사이에, 1세대는 2009. 3. 30. 1세대를 양도하였다. ⑵ 청구인은 2009. 5월 경 처분청에 2008년 귀속분 양도소득 확정신고와 2009년 귀속분 양도소득예정신고를 하면서 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정에 따라 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 양도소득세에서 빼면서 양도소득 감면기간 5년의 만료일을 2007. 4. 29.의 기준시가(2006년 기준시가)를 적용하여 양도소득금액을 계산하였다. ⑶ 한편 청구인은 2009. 10. 9. 국세청장에게 ‘5년이 되는 날이 공휴일인 경우 그 다음날까지 발생한 소득을 포함하는 여부’에 대한 질의를 하자 조세제한특례법 제99조의3 제1항에 따라 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 경우 민법 제161조 는 적용되지 아니한다는 회신을 받았다. ⑷ 그 후 청구인은 2009. 11. 16. 위 양도소득 감면기간인 5년의 종료일을 민법의 초일불산입 규정 등에 따라 2007. 4. 30.으로 보아 2007년 기준시가(2007. 4. 30. 고시)로 감면세액을 다시 계산한 후 처분청에 경정청구를 하였다. ⑸ 처분청은 이에 대하여 2009. 12. 17. 위 경정청구를 거부하였다.
• 다. 관계 법령

□ 민법 o 제157조【기간의 기산점】 기간을 일,주,월 또는 년으로 정한 때에는 기간의 초일을 산입하지 아니한다. 그러나 그 기간이 오전영시로부터 시작하는 때에는 그러하지 아니하다.

o 제161조【공휴일 등과 기간의 만료점】 기간의 말일이 토요일 또는 공휴일에 해당한 때에는 기간은 그 익일로 만료한다.

□ 국세기본법 o 제4조【기간의 계산】 이 법 또는 세법에서 규정하는 기간의 계산은 이 법 또는 그 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는민법에 따른다.

o 제5조【기한의 특례】 ① 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부 또는 징수에 관한 기한이 공휴일, 토요일이거나근로자의 날 제정에 관한 법률에 따른 근로자의 날일 때에는 공휴일, 토요일 또는 근로자의 날의 다음날을 기한으로 한다.

□ 조세특례제한법 o 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 소득세법 o 제95조【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표 1(생략) 표 2(생략)

③ 생략.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 o 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} o 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 생략

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 라. 판단 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 각 호의 신축주택에 해당하는 경우 ‘취득일로부터 5년 간’은 감면기간에 해당하여 기간적용에 대하여 별다른 규정이 없으므로 국세기본법 제4조 에 따라 민법의 기간규정인 초일을 산입하지 아니하고 계산하여야 한다고 주장한다. 살피건대 양도소득금액 보유기간 계산에 관한 법령인 소득세법 제95조 제4항 및 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제1항 등의 규정에 따르면 취득일로부터 양도일까지의 양도소득금액을 계산하도록 되어 있다. 따라서 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과하여 양도한 경우, 감면대상 양도소득금액은 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득당시 기준시가를 차감하여 계산하도록 한 위 규정은 국세기본법 제4조 에 규정된 바와 같이 그 세법에 “특별한 규정이 있는 것”에 해당하는 것으로 보아야 할 것이고 민법상 초일 불산입의 적용이 배제되므로 “취득일”을 보유기간의 기산일로 보아 보유기간을 판정하여야 할 것이다. 그렇다면 청구인의 경우 이 사건 양도자산의 취득일은 2002. 4. 29.이고 그 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 계산함에 있어 그 만료일은 2007. 4. 28.이 되므로 그 만료일 당시의 기준시가(2006년 기준시가, 2006. 4. 28. 고시)를 기준으로 감면대상 양도소득을 계산한 당초 처분은 정당하다고 할 것이다.

그렇다면 이 사건 경정거부처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.