토지를 직접 경작하였다고 인정하기 어려워 비사업용토지에 해당함

주 문 심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2003. 11. 4. □□도 □□시 □□면 □□리 □□□-□ 답 1,549㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구인의 아버지로부터 증여받아 취득하였다.
• 나. 청구인은 2007. 5. 15. 이 사건 토지를 양도하고, 같은 해 7. 19. 같은 면 □□□리 □□□ 전 1,398㎡를 취득하였다.
• 다. 청구인은 이 사건 토지를 양도하고 위 □□□리 토지를 취득한 것이 농지의 대토로서 양도소득세 감면대상이라고 하면서 2007. 7. 31. 처분청에 이 사건 토지에 대한 양도소득세액 전액을 감면세액으로 공제하여 양도소득세 과세표준을 신고하였다.
• 라. 처분청은 △△△△국세청의 감사 지적에 따라 이 사건 토지는 청구인이 자경하지 아니한 농지로서 소득세법 제104조의3 에서 정한 비사업용토지에 해당한다는 이유로 농지대토로 인한 양도소득세 감면을 배제하고 비사업용 토지에 대한 중과세율 60％를 적용하여 2009. 9. 21. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 85,584,010원을 결정ㆍ고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
• 나. 청구 이유 이 건의 청구 이유는 다음과 같다. 청구인은 2003. 11. 4.부터 2007. 5. 15. 양도할 때까지 3년 이상 이 사건 토지 소재지에 거주하면서 이 사건 토지에서 벼농사를 지어왔고, 청구 외 ○○○에게 트랙터 등 농기계 작업만 의뢰하였을 뿐 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였으므로 이 사건 토지의 양도는 농지의 대토로서 양도소득세 감면대상에 해당함에도 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 이 사건의 다툼은 청구인이 이 사건 토지를 ‘직접 경작’하였는지 여부이다.
• 나. 인정 사실 이 건 관련 기록을 보면 다음과 같은 사실이 인정된다. ⑴ 청구인은 1973. 2. 22부터 현재까지 이 사건 토지가 소재하는 □□시 □□동 □□□-□에서 거주하고 있다. ⑵ 청구인은 1996. 12. 7.부터 현재까지 △△건설 주식회사(□□시 □□면 □□리 □□□, 이하 “△△건설(주)”이라 한다)의 대표이사로 재직하고 있으며, △△건설(주)는 2003년부터 2007년까지 수입금액 합계 18억 9,300만 원, 소득금액 합계 1억 4,700만 원으로 관할세무서에 신고하여 법인세 등 세액 합계 2,050만 원을 납부하였다. ⑶ 위 □□리에 살고 있는 청구 외 ○○○은 이 사건 부과처분에 관한 처분청의 조사와 관련하여 2009. 3월에 ‘청구인으로부터 수수료를 받고 이 사건 토지를 자신이 직접 경작하였고 쌀 소득 등 보전 직접지불금(이하 “직불금”이라 한다)을 수령하였다’는 취지의 확인서를, 같은 해 6. 20.에는 위 확인서 내용을 번복하여 ‘이 사건 토지는 청구인이 직접 경작하였고 자신은 트랙터 등 농기계 작업만 해 주었으며 그 대가로 직불금과 약간의 수수료를 받았다’는 취지의 확인서를 처분청에 각각 제출하였다. ⑷ ○○○ 등 □□리 주민 22명은 2009. 7월에 ‘청구인이 이 사건 토지를 직접 경작하였다’는 취지의 확인서를 처분청에 제출하였고, 농지원부에는 이 사건 토지를 청구인이 자경하는 것으로 기재되어 있다. ⑸ 청구인은 2004. 3. 23. △△농업협동조합의 조합원(출자금액 1,005,000원)으로 가입하였으나, 위 농협에서 농자재 등을 구매한 실적이 없다.(청구인이 감사원에 제출한 농협 거래내역은 거래기간이 2009년 이후이다) ⑹ 청구 외 ○○○은 ‘2007년 이전 여러 해 동안 청구인의 벼를 도정해 주었다’는 취지의 확인서를, □□시 □□동에서 농자재판매상을 운영하는 청구 외 ○○○은 ‘1990년대부터 현재까지 청구인에게 농약, 비료 등을 판매하였다’는 취지의 확인서를, 청구인의 친동생 청구 외 ○○○은 ‘청구인이 이 사건 토지를 직접 경작하였다’는 취지의 확인서를 감사원에 각각 제출하였다.
• 다. 관계 법령

□ 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것)

○ 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② (생략)

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

□ 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것)

○ 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】 ① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (이하 생략)

□ 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)

○ 제104조【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (생략) 2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 (이하 생략)

○ 제104조의3【비사업용 토지의 범위】 ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (이하 생략)
• 라. 판단 조세특례제한법 제70조 제1항 에서 규정한 농지대토에 대한 양도소득세 감면 규정은 농지 소재지의 거주자가 직접 경작한 토지로서 경작상 필요에 의해 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여 적용하는 것이므로, 청구인의 주장은 자신이 이 사건 토지를 직접 경작하였음을 전제로 한 것이다. 한편 조세특례제한법 제70조 제1항 의 ‘직접 경작’의 의미에 대하여 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제67조 제2항은 “거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다”라고 규정하고 있는데, 이와 같이 양도한 토지를 직접 경작하였다는 사실은 이를 주장하는 자가 적극적으로 입증하여야 한다. 청구인이 이 사건 토지를 직접 경작하였는지에 관하여 살펴보면, 청구인의 주장에 들어맞는 ○○○의 2009. 6. 20.자 확인서는 ○○○이 같은 해 3월에 제출한 확인서에서 주장한 내용을 스스로 번복한 것으로서 믿기 어렵고, 청구인의 친동생 ○○○, 청구인의 벼를 도정해 주었다는 ○○○, 청구인에게 농자재를 판매하였다는 ○○○, 위 □□리 주민들의 각 확인서만으로는 청구인이 이 사건 토지를 ‘직접 경작’하였다는 점을 인정하기에 부족하다. 오히려 청구인은 2003년부터 2007년 사이에 △△건설(주)의 대표이사로 계속해서 일한 점, 농협의 조합원인 청구인이 수년 동안 농협에서 농자재를 구입한 적이 한 번도 없었다는 사실을 납득하기가 어려운 점, 트랙터 등 농기계를 보유하고 이 사건 토지에 인접한 농지를 경작하는 ○○○이 이 사건 토지에 대한 직불금을 수령하고 청구인으로부터 약간의 수수료를 받고 농기계 작업을 해주었다고 진술하고 있어 위탁경영 혹은 대리경작의 형태에 가까운 것으로 보이는 점 등을 고려하면 청구인이 이 사건 토지의 양도 이전 3년 동안 이 사건 토지에서 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 주도적으로 경작하였다고 인정하기 어렵다. 따라서 청구인은 농지대토로 인한 양도소득세 감면 요건을 갖추지 못하였고, 이 사건 토지를 보유하는 동안 이 사건 토지를 자경하지 아니하여 이 사건 토지는 소득세법 제104조의3 제1호 가목에서 정한 비사업용 농지에 해당하므로 청구인의 주장은 이유 없다.

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.