토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당한다 할 것이므로 매출세액에서 공제할 수 없음
토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당한다 할 것이므로 매출세액에서 공제할 수 없음
주 문
1. 처분청이 청구인에 대하여 2008. 9. 5.자로 한 2008년 제1기분 부가가치세 2,473,220원(가산세 포함, 이하 같다), 2008. 12. 5.자로 한 2008년 제2기 예정분 부가가치세 3,772,170원, 2009. 3. 2.자로 한 2008년 제2기 확정분 부가가치세 2,329,900원 및 2009. 6. 5.자로 한 2009년 제1기 예정분 부가가치세 2,299,680원의 각 부과처분에 대한 심사청구를 각하한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
(1) 이 사건 경정거부처분을 취소하고, 2009. 11. 4. 및 같은 해 11. 6.에 경정청구(이하 “이 사건 각 경정청구”라 한다)한 매입세액 6,829,642원과 위 이 사건 각 경정청구 당시 환급청구하지 아니한 매입세액 1,496,291원, 계 8,325,933원(심사청구서에는 원 단위 절사 등을 이유로 8,325,468원으로 기재)을 환급해 달라는 것이다.
(2) 2008년 제1기 부가가치세 확정분부터 2009년 제1기 부가가치세 확정분까지의 부과처분이 과다하므로 1,169,590원을 취소하게 해 달라는 것이다.
(1) 청구인은 청구취지의 매입세액 계 8,325,933원은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 와 같은 법 시행령 제60조 제6항에서 정한 토지관련 매입세액이 아니므로 환급해 주어야 한다고 주장한다.
(2) 그러면서 청구인이 2008년 제1기분부터 2009년 제1기분까지의 부가가치세를 신고하고도 납부하지 아니하여 청구인에게 부과되어야 할 금액은 9,817,130원(가산금 955,810원 포함)이나, 청구인이 실제로 납부한 금액은 10,986,720원이므로 1,169,590원이 과다 부과ㆍ징수되었다고 주장한다.
(1) 청구인은 2007. 3. 5. 주식회사 △△산업이라는 상호로 설립된 법인으로서, □□북도 □□군 □□면 □□리 121-6에서 강구조물 공사업 등을 주된 사업으로 하고 있다.
(2) 청구인은 [별표] “부가가치세 신고 및 고지(환급)세액 명세”와 같이 이 사건 공장부지 조성을 위하여 지출한 용역비 등을 부가가치세 매입세액으로 공제하여 2007년 제1기분부터 2009년 제1기분까지 각 부가가치세 (환급)신고를 하였다.
(3) 처분청은 [표 1]과 같이 2007년 제1기 부가가치세 관련 매입처가 △△△△ 등인 3건의 매입세액 1,331,300원과 2007년 제2기 부가가치세 관련 매입처가 주식회사 △△감정평가법인 등인 8건의 매입세액 5,142,942원, 계 6,474,242원(이하 “이 사건 쟁점1 매입세액”이라 한다)이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라는 이유로 2007. 8. 8.과 2008. 2. 13. 각각 불공제하기로 경정 결의하였다.
(4) 2009. 11. 4. 청구인은 이 사건 쟁점1 매입세액이 토지관련 매입세액이 아니므로 환급해 달라는 취지로 부가가치세 경정청구를 하였으나, 같은 해 11. 26. 처분청은 이 사건 쟁점1 매입세액을 불공제한 당초 처분이 정당하다면서 경정을 거부하였다.
(5) 2009. 11. 6. 청구인은 2008년 제2기 부가가치세 예정신고 당시 불공제 매입세액으로 신고한 콘크리트 작업 용역비 3,554,000원에 대한 매입세액 355,400원(이하 “이 사건 쟁점2 매입세액”이라 한다)을 환급하여 달라고 부가가치세 경정청구를 하였고, 처분청은 같은 해 11. 27. 이를 받아들여 환급 결정을 한 후 같은 해 11. 30. 환급금 355,400원과 환급가산금 2,640원을 계좌이체로 환급해 주었다.
(6) 2007. 2. 20. 청구인은 □□군수로부터 공장 신축에 대한 건축허가를 받았으나 토지 평탄작업 완료 후 공장 신축공사가 중단되었으며, 이 사건 공장부지에 건물을 신축한 사실은 없다.
(7) 2009. 9. 8. 청구인은 이 사건 공장부지를 주식회사 △△△△△에 양도하였는데, 양도 당시 이 사건 공장부지 위에 건물은 없었고 콘테이너 박스 1개만이 있었으며, 이 사건 공장부지를 둘러싼 경계 부분에 옹벽과 석축이 설치되어 있었다.
(8) 청구인이 [별표] “부가가치세 신고 및 고지(환급)세액 명세”와 같이 2008년 제1기 부가가치세 확정분부터 2009년 제1기 부가가치세 예정분을 각각 신고하고도 납부하지 않자, 처분청은 청구인에게 가산세가 부가된 이 사건 각 부과처분을 하였다.
(9) 2009. 12. 9. 청구인이 △△세무서에 심사청구서를 제출하여 2010. 1. 7. 위 심사청구서가 우리 원에 접수되었는데, 청구인은 [표 2]와 같이 당초 이 사건 각 경정청구에서 주장하지 아니한 △△주유소 등 6건의 매입세액 계 1,496,291원(이하 “이 사건 쟁점3 매입세액”이라 한다)을 이 사건 심사청구에 추가하면서 이를 공제해 줄 것을 새롭게 주장하고 있다.
□ 부가가치세법
○ 제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. ～ 3의 2 생략
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액
③ ～ ⑦ 생략
□ 부가가치세법 시행령
○ 제60조(매입세액의 범위) ① ～ ⑤ 생략
⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
⑦ ～ ⑨ 생략
- 라. 판단
(1) 이 사건 부과처분에 대한 심사청구의 적법 여부 먼저 본안 심리 전 2008년 제1기 확정분부터 2009년 제1기 예정분까지의 이 사건 각 부과처분에 대한 심사청구가 적법한 것인지 여부를 살펴본다. 감사원법 제44조 제1항 의 규정을 보면 이해관계인은 심사청구의 원인이 되는 행위가 있음을 안 날부터 90일 이내에, 그 행위가 있은 날부터 180일 이내에 심사청구를 하여야 한다고 되어 있고, 같은 법 제46조 제1항 및·감사원심사규칙·제6조 제1항 제3호에 위 청구기간이 경과한 후에 한 심사청구는 이를 각하하도록 되어 있다. 청구인은 처분청으로부터 2008. 9. 5.경 2008년 제1기 확정분 부가가치세 납부최고서를, 같은 해 12. 5.경 2008년 제2기 예정분 부가가치세 납부최고서를, 2009. 3. 2.경 2008년 제2기 확정분 부가가치세 납부최고서를, 같은 해 6. 5.경 2009년 제1기 예정분 부가가치세 납부최고서를 각각 송달받았으므로 받은 날로부터 90일 이내에 심사청구를 해야 하는데도 각각 청구기간(90일)이 경과한 2009. 12. 9. 본 건 심사청구를 한 사실이 인정된다. 따라서, 이 부분은 심리하지 아니한다.
(2) 이 사건 쟁점2 매입세액에 대한 심사청구의 적법 여부 청구인은 2008년 제2기 예정부가가치세 과세기간 중 발생한 이 사건 쟁점2 매입세액이 공제 대상이므로 환급해 주어야 한다고 주장한다. 살피건대, 인정사실 ‘(5)항’에서 본 바와 같이 처분청은 2009. 11. 6.자 청구인의 경정청구에 대하여 같은 해 11. 27. 환급 결정을 한 후 같은 달 30. 환급금 355,400원과 환급가산금 2,640원을 계좌이체로 환급해 주었으므로, 심사청구의 대상이 되는 처분이 없다고 보아야 할 것이다. 따라서, 이 부분도 심리하지 아니한다.
(3) 이 사건 쟁점1 매입세액의 토지관련 매입세액 해당 여부 청구인은 이 사건 쟁점1 매입세액이 옹벽ㆍ석축 공사 및 건물 신축과 관련된 터파기, 굴삭기 등 중장비 사용료 등이므로 토지관련 매입세액에 해당하지 아니하여 공제 대상이라고 주장한다. 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 와 같은 법 시행령 제60조 제6항에서 “토지 관련 매입세액”이라 함은 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등을 말하고, 이는 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액이라고 규정하고 있다. 살피건대, 이 사건 공장부지는 원래 경사가 심한 임야 또는 전이었는데 청구인이 이 사건 공장부지 위에 공장 건물을 짓기 위해 토지 평탄작업을 한 후 옹벽과 석축을 설치한 것으로서 이는 토지의 개량에 반드시 필요한 점, 처분청이 제출한 이 사건 공장부지의 사진을 보면 옹벽 및 석축은 공장부지의 성토 및 절토 면을 보호하기 위한 철근콘크리트와 자연석 구조물로서 주변 야산의 토사가 공장부지 내에 유입되는 것을 막기 위한 구축물로 확인되는 점에 비추어 볼 때, 위 옹벽과 석축은 토지와 구분되는 별개의 구축물로 볼 수 없으므로 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다. 또한 인정사실 ‘(6)항’과 ‘(7)항’에서 본 바와 같이 토지 평탄작업 후 공사가 중단되어 2009. 9. 8. 현재까지 건물이 신축되지 않은 상태로 이 사건 공장부지가 주식회사 △△△건설에 양도된 점, 청구인은 이 사건 공장부지를 약 8억 원에 취득하여 위와 같은 토지 형질변경 등을 통해 토지의 가치를 증가시킨 후 2년 여 만에 약 14억 원에 이 사건 공장부지를 매도한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 쟁점1 매입세액은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당한다 할 것이므로 매출세액에서 공제할 수 없다. 따라서, 이 부분에 관한 청구인의 주장은 이유 없다.
(4) 이 사건 쟁점3 매입세액에 대한 심사청구의 적법 및 토지관련 매입세액 해당 여부 청구인은 인정사실 ‘(9)항’에서 본 바와 같이 이 사건 심사청구에서 2007년부터 2008년 사이에 발생한 △△주유소 관련 매입세액 등 이 사건 쟁점3 매입세액(계 1,496,291원)을 추가로 공제하여 줄 것을 새롭게 주장하고 있다. (가) △△종합건재로부터의 매입세액에 관한 심사청구의 적법 여부 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 발생한 △△종합건재로부터의 매입세액(100,000원, 이하 “이 사건 △△종합건재 매입세액”이라 한다)에 관한 심사청구가 적법한 것인지 여부를 본다. 살피건대, 이 사건 △△종합건재 매입세액은 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 발생한 것으로서 앞의 ‘(1)항’에서 살펴 본 바와 같이 청구기간이 경과한 후에 심사청구를 한 것이므로 적법하지 아니하다. 따라서, 이 사건 △△종합건재 매입세액에 대한 부분은 심리하지 아니한다. (나) 그 밖의 매입세액 5건의 토지관련 매입세액 해당 여부 △△주유소로부터의 매입세액 등 5건의 매입세액(계 1,396,291원)에 대해 본다. 살피건대, “2007년 1기ㆍ2기 매입처별 세금계산서 합계표(갑)”에서 보는 바와 같이 △△주유소 관련 매입세액 2건(801,818원, 227,272원, 계 1,029,090원)과 △△건기 관련 매입세액(24,000원)은 2007. 8. 9.과 2008. 2. 14.에 기 환급세액에 포함되어 정상 환급되었고, 나머지 △△△ 주유소 관련 매입세액(280,801원)과 대한지적공사 □□군지사 관련 매입세액(62,400원)은 앞의 ‘(3)항’에서 살펴본 바와 같이 토지관련 매입세액에 해당한다 할 것이므로 매출세액에서 공제할 수 없다. 따라서, 이 부분에 관한 청구인의 주장도 이유 없다.
그렇다면 이 사건 심사청구 중 처분청의 2008년 제1기분 부가가치세, 2008년 제2기 예정분 부가가치세, 2008년 제2기 확정분 부가가치세 및 2009년 제1기 예정분 부가가치세 각 부과처분에 대한 심사청구는 각하 대상이고, 이를 제외한 이 사건 경정거부처분은 잘못이 없어 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같습니다.