가산세 부과처분은 위법함

주 문 처분청은 2008.3.31.자로 청구인에 대하여 한 영세율 과세표준 신고불성실가산세 경정거부처분을 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 2004년 제2기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세의 과세표준과 세액을 신고ㆍ납부하면서, 청구인이 한국철도시설공단에 직접 공급한 도시철도건설용역 공급분은 영세율이 적용되는데도 영세율이 아닌 10%의 부가가치세 세율을 적용하였다.
• 나. 청구인은 2007.5.22. 위 도시철도건설용역 공급분에 대하여 영세율을 적용하여 경정해 달라는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 2007.7.31. 위 도시철도건설용역 공급분에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세의 세액을 경정하였으나, 조세특례제한법 시행령에 규정된 영세율 관련 첨부서류를 제출하지 않았다는 사유로 영세율 과세표준 신고불성실가산세 121,826,617원(이하 "이 사건 가산세"라 한다)을 부과하였다.
• 다. 이에 대하여 청구인은 2008.1.18. 이 사건 가산세 부과는 법률상의 근거가 없다는 이유로 그 취소를 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2008.3.31. 경정청구를 거부(이하 "이 사건 처분"이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 구부가가치세법제11조 및구 부가가치세법 시행령제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하면서 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우에는 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과할 수 있으나,조세특례제한법제105조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하면서 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우에는 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과할 수 있는 법적 근거가 없는데도, 이 사건 가산세를 부과한 것은 잘못이므로 이를 경정하여 달라는 청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

• 가. 다툼 이 사건 가산세 부과처분이 정당한지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1999.11.부터 한국철도시설공단에 도시철도건설용역을 직접 공급하던 중, 2004년 제2기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세의 과세표준과 세액을 신고ㆍ납부하면서 위 도시철도건설용역은 2004.12.31. 개정된조세특례제한법제105조 제1항 제3호 라목 및 같은법 부칙 제22조의 규정에 따라 영세율이 적용되는데도 영세율이 아닌 10%의 부가가치세 세율을 적용하여 신고ㆍ납부함으로써, 정당하게 신고ㆍ납부하여야 할 부가가치세액보다 계 1,375,519,249원(2004년 제2기분 497,843,613원, 2005년 제1기분 544,778,255원, 2005년 제2기분 332,897,381원)을 과다하게 신고ㆍ납부하였다.

(2) 청구인은 2007.5.22. 처분청에 당초 10%의 부가가치세 세율을 적용하여 신고ㆍ납부한 도시철도건설용역 공급분에 대하여 영세율을 적용하여 경정해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

(3) 처분청은 위 경정청구에 따라 2007.7.31. 청구인이 직접 공급한 도시철도건설용역 공급분에 대하여 영세율로 경정하였으나, 청구인이 조세특례제한법 시행령제106조 제12항에 규정된 영세율 첨부서류를 제출하지 않았다 하여,구부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 제6항과구 부가가치세법 시행령제64조 제9항, 제65조 제4항의 규정을 적용하여 위 과다납부세액에서 영세율 과세표준 신고불성실가산세 121,826,617원(당초 137,551,926원을 부과하였다가 15,725,309원 감액경정)을 차감한 금액을 환급하였다.

(4) 청구인은 2008.1.18. 이 사건 가산세 부과는 법률상의 근거가 없다는 이유로 그 취소를 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2008.3.31. 청구인이 조세특례제한법 시행령제106조 제12항에 규정된 영세율 첨부서류를 제출하지 않았으므로구부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 제6항의 규정에 따라 한 이 사건 가산세 부과는 적법하다는 사유로 경정청구를 거부하였다.

• 다. 관계법령 등의 규정 (1)구국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제47조 제1항에 "정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다."라고 규정하고 있다. (2)구부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항에 "다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다."라고 규정하면서 그 제1호에 "수출하는 재화", 제2호에 "국외에서 제공하는 용역", 제3호에 "선박 또는 항공기의 외국항행용역", 제4호에 "제1호 내지 제3호 이외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"으로 규정하고 있고,구 부가가치세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20626호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조에는 영세율이 적용되는 기타 외화획득 재화 및 용역 등의 범위가 규정되어 있다. (3)부가가치세법제18조 제1항에 "사업자는 각 과세기간중 다음에 규정하는 기간의 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다.(이하 내용생략)"라고 규정하고 있고,구 부가가치세법 시행령제64조 제3항에 "법 제18조 제1항 및 제2항 단서의 규정을 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세 예정신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.(단서규정 이하 내용생략)"라고 규정하고 있으며, 제9항에 "제2항의 규정에 의하여 예정신고를 하는 경우에는 법 제11조 제1항과 이 영 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제3항에 규정하는 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제2항의 신고로 보지 아니한다."라고 규정하고 있다. (4)부가가치세법제19조 제1항에 "사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다"라고 규정하고 있고,구 부가가치세법 시행령제65조 제4항에 "제1항의 규정에 의하여 확정신고를 하는 때에 법 제11조 제1항과 이 영 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제2항에 규정하는 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제1항의 신고로 보지 아니한다."라고 규정하고 있다. (5)구부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 제6항에 "영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다."라고 규정하고 있다. (6)조세특례제한법제105조 제1항에 "다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다."라고 규정하면서 그 제3호에 "다음 각목의 1에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역"이라고 규정하고 있고, 그 라목에 "한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단"이라고 규정하고 있다. (7) 조세특례제한법 시행령제106조 제12항에 "법 제105조 제1항 제1호 내지 제4호 및 법 제106조 제1항 제1호ㆍ제4호의 규정이 적용되는 경우에는부가가치세법에 의하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다."라고 규정하면서 그 제1호에 "법 제105조 제1호 내지 제3호의 2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류"라고 규정하고 있다.
• 라. 판단 청구인은부가가치세법상의 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하면서 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우에는 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과할 수 있으나,조세특례제한법상의 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하면서 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우에는 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과할 수 있는 법적 근거가 없는데도, 이 사건 가산세를 부과한 데 대하여 이를 경정하여 달라는 청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 살피건대,구 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 제6항에는 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니한 경우 가산세를 부과할 수 있도록 규정하고 있고,구 부가가치세법 시행령제64조 제9항과 제65조 제4항에는구 부가가치세법제11조 제1항과구 부가가치세법 시행령제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여구 부가가치세법 시행령제64조 제3항 또는 제65조 제2항 소정의 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 영세율이 적용되는 과세표준의 신고로 보지 않는다고 규정하고 있으므로,구 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 제6항,구 부가가치세법 시행령제64조 제9항과 제65조 제4항의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주하기 위하여는, 그 신고대상 과세표준이구 부가가치세법제11조 제1항과구 부가가치세법 시행령제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 관한 것이어야 할 것이다. 그런데 위 인정사실 제(3)항에서 본 바와 같이 청구인이 한국철도시설공단에 공급한 도시철도건설용역은,구 부가가치세법제11조 제1항과구 부가가치세법 시행령제26조의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 거래가 아닌조세특례제한법제105조 제1항의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 거래임을 알 수 있다. 따라서 처분청의 이 사건 도시철도건설용역이구 부가가치세법제11조 및구 부가가치세법 시행령제26조의 규정에 의하여 영세율 적용을 받는 거래임을 전제로 한 처분청의 이 사건 가산세 부과는 위법하다고 보아야 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 가산세 부과가 위법하다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 잘못이라 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유있다고 인정되므로감사원법제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.