신고ㆍ납부의무불성실 이행에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 가산세 부과처분은 정당함

주 문 심사청구를 기각한다.

청구인은 2001.4.11. ○○도 ○○○시 ○○동 688에 본점을 둔 법인으로, 2003.1.24. 같은동 312-4 외 18필지 토지 12,111.8㎡(이하 ＂이 사건 토지＂라 한다)를 청구외 학교법인 ○○학원(이사장 ○○○, 이하 ＂위 학교법인＂이라 한다)으로부터 취득하면서, 그 매매대금을 청구인이 위 학교법인에게 가지고 있는 공사대금채권(5,359,392,000원, 이하 ＂위 공사대금＂이라 한다)의 상계금액과 위 학교법인이 은행 등에 가지고 있는 대출금채무(3,234,600,000원, 이하 ＂위 대출금＂이라 한다)를 청구인이 승계하기로 한 금액의 합계액으로 하고도, 2003.2.7. 위 공사대금에 해당하는 금액만을 취득가액으로 하여 취득세와 등록세를 신고하고 같은해 2.17. 납부하자, 처분청은 이를 징수결정하였다. 이후, 처분청은 이 사건 토지의 취득가액 중 위 대출금에 해당하는 금액이 누락된 사실과 이 사건 토지가 대도시 내 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당한다는 사실을 확인하고 이 사건 토지의 취득가액 8,593,992,000원에 ＂구지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)＂에서 정하는 취득세율과 중과된 등록세율을 적용하여 산출한 세액에서 청구인이 이미 납부한 세액을 공제한 취득세 77,630,400원(가산세 12,938,400원 포함), 농어촌특별세 7,116,120원(가산세 646,920원 포함), 등록세 735,213,020원(가산세 122,535,500원 포함), 지방교육세 134,789,050원(가산세 12,253,550원 포함), 합계 954,748,590원을 2005.2.17. 부과ㆍ고지(이하 ＂이 사건 부과처분＂이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 첫째, 청구인은 취득세 및 등록세를 신고하면서 처분청에 법인등기부등본, 검인계약서, 회사의 장부, 토지대장과 법무사의 위임장을 제출하였고, 이에 근거하여 발부된 납부서에 따라 취득세와 등록세를 납부하였고, 당시에 처분청이 과세자료를 잘못 검토하여 청구인의 신고ㆍ납부를 정당한 것으로 징수결정하고도 2년이 지나서 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하며, 특히 가산세까지 부과한 것은 부당하다. 둘째, 이 사건 토지가 소재하는 ○○○시와 인구규모가 비슷한 평택시에 있는 토지에는 규제를 완화하면서 의정부시에 있는 토지의 취득에는 등록세를 중과하는 것은 부당하다. 셋째, 지방세 부과제척기간을 5년으로 정하고 있는 법률은 전산체제가 발달한 현재의 업무환경에 비추어 보면 너무 길어 부당하므로 이건 부과처분도 부당하다.

• 가. 다툼 청구인이 취득세와 등록세를 신고ㆍ납부한 것을 처분청이 정당한 것으로 징수결정한 후에 과세자료 미비를 이유로 가산세를 포함하여 이 사건 부과처분을 한 것이 정당한지 여부와 부과제척기간 5년을 적용하는 것이 정당한지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2001.4.11. ○○도 ○○○시 ○○3동 688에 있는 ○○빌딩 5층에 본점을 두고 설립된 건축공사업 등을 영위하는 법인이다.

(2) 청구인이 2003.1.24. 위 학교법인과 체결한 대물변제계약서, 청구인의 2003년도 계정별원장 및 전표의 기재에 따르면, 청구인은 위 학교법인으로부터 공사비 중 일부인 위 공사대금의 지급에 갈음하여 이 사건 토지의 소유권을 이전받고, 이 사건 토지를 담보로 위 학교법인이 대출받은 위 대출금을 인수하는 내용으로 대물변제계약을 체결하고, 2003.2.7.자로 이러한 내용의 회계처리를 하였다.

(3) 청구인은 2003.2.7. 이 사건 토지의 취득에 따른 취득세와 등록세를 자진신고납부하면서 그 과세표준을 5,359,392,000원(위 공사대금의 액수)으로 하였고, 위 학교법인과 청구인간의 대물변제계약서를 제출하였다.

(4) 처분청은 위 (2)항과 같이 대물변제된 이 사건 토지의 매각금액을 확인하여 지방세 과세업무에 참고하고자 2004.12.3. 위 학교법인에게 공문을 발송하여 매각금액이 기장된 2003년 결산장부사본 중 계약서, 유형고정자산처분명세서, 특별부가세 과세표준 및 세액계산서, 토지 계정별원장 등의 제출을 요청한 사실이 있다.

(5) 처분청은 2005.2.17. 이 사건 토지의 취득가액 중 위 대출금에 해당하는 금액이 누락된 사실과 이 사건 토지가 대도시 내 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당한다는 사실을 확인하고 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계법령의 규정 (1)지방세법제30조의 4 제1항에는 부과할 수 있는 날부터 5년이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 지방세를 부과할 수 없는 것으로 규정하고 있다. (2)지방세법제121조 제1항과 제151조에는 취득세ㆍ등록세 납세의무자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 산출세액 또는 그 부족세액에 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 징수하는 것으로 규정하고 있다. (3)지방세법제138조 제1항 제3호에는수도권정비계획법제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 ＂대도시＂라 한다) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하는 것으로 규정하고 있다. (4) 지방세법 시행령제14조의 2 제1항 제1호에는 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날이 법 제30조의 4 제1항의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날인 것으로 규정하고 있다. (5) 지방세법 시행령제82조의 3 제1항에는 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말하는 것으로 규정하고 있다. (6) 지방세법 시행령제102조 제2항에는 법 제138조 제1항 제3호에서 ＂그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기＂라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하는 것으로 규정하고 있다. (7)수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에는 수도권 안에서의 인구 및 산업의 적정배치를 위하여 수도권을 3개권역으로 구분하면서 인구 및 산업이 과도하게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 그 이전 또는 정비가 필요한 지역을 과밀억제권역으로 구분하고 있고, 제2항에는 과밀억제권역의 범위는 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있다. (8) 수도권정비계획법 시행령제9조에는 법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역의 범위는 [별표 1]과 같다고 규정하면서 [별표 1] ＂과밀억제권역ㆍ성장관리권역 및 자연보전권역의 범위(제9조 관련)＂에는 의정부시를 과밀억제권역의 하나로 열거하고 있다.
• 라. 판단

(1) 이 사건 부과처분이 정당한지 여부 살피건대,지방세법제138조 제1항 제3호, ＂같은법 시행령＂ 제102조 제2항,수도권정비계획법제6조 제1항 제1호 및 ＂같은법 시행령＂ 제9조 [별표 1]의 규정에 따르면 대도시인 ○○○시 내에서는 법인이 설립 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산의 등기를 하는 때에는 그 등록세율을 중과하는 것으로 규정하고 있다. 한편, 지방세법 시행령제82조의 3 제1항에 따르면 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말하는 것으로 규정하고 있다. 인정사실 (1)항에서 본 바와 같이 청구인은 대도시인 ○○○시에 본점을 둔 법인으로서, 그 설립(2001.4.11.) 이후 5년 이내인 2003.1.24. 이 사건 토지를 취득하고 이를 등기하였으므로 이 사건 토지는 위지방세법상의 등록세 중과대상이라 할 것이다. 한편, 인정사실 (2)항에서와 같이 청구인은 이 사건 토지를 공사대금에 대한 대물변제로 취득하면서 위 학교법인의 위 대출금도 인수한 사실이 있으므로 청구인의 지방세 과세표준은 이 사건 토지의 취득을 위하여 지출한 비용 일체인 위 공사대금(금액 5,359,392,000원)과 위 대출금채무(금액 3,234,600,000원)를 합한 금액인 8,593,992,000원이라 할 것이다. 따라서 청구인은 2003.2.7. 이 사건 토지의 지방세 과세표준을 8,593,992,000원으로, 등록세율은 중과세율(30/1,000×300/100＝90/1,000)로 하여 취득세와 등록세를 신고하여야 하는데도, 인정사실 (3)항에서와 같이 그 과세표준을 5,359,392,000원으로, 등록세율을 일반세율(30/1,000)로 하여 신고하였으므로, 처분청이 과세표준의 일부 누락과 등록세율 중과를 이유로 부족한 세액을 부과한 것은 타당하다 할 것이다. 또한지방세법제121조 제1항과 제151조 제1항의 규정에 따르면 취득세ㆍ등록세 납세의무자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 그 부족세액에 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 징수하도록 하고 있는바, 위에서 본 바와 같이 청구인은 이 사건 토지의 지방세 과세표준의 일부를 누락하고 적용세율을 잘못 적용하여 정당한 세액보다 적게 신고ㆍ납부하였으므로, 처분청이 적게 납부한 세액에 가산세를 포함하여 이 사건 부과처분을 한 데에는 잘못이 없다 할 것이다.

(2) 청구인의 주장내용에 대한 검토 (가) 처분청이 당초 제출된 과세자료를 잘못 검토한 채 청구인이 신고ㆍ납부한 세액을 정당한 것으로 수납하여 징수결정하였는데도 그 후 세액을 다시 계산하여 적게 납부된 세액을 부과ㆍ징수하는 것은 부당하다고 청구인은 주장하나, 위에서 본 바와 같이 처분청이 이 사건 부과처분을 한 것은지방세법의 규정에 따른 적법한 처분이고, 청구인의 위 주장과 같은 사정은 이 사건 부과처분에 영향이 없다 할 것이며, 나아가 인정사실 (4)항에서와 같이 처분청이 이 사건 토지의 매각금액을 확인하고자 청구인이 신고ㆍ납부한 이후에 위 학교법인에게 토지 계정별원장 등의 자료제출을 요청한 사실이 있는 점에 비추어 보면, 이미 모든 과세자료가 제출되었음에도 처분청이 이를 잘못 검토하였다는 청구인의 위 주장은 이유없다 할 것이다. (나) 청구인은 위와 같은 처분청의 귀책사유가 있는데도 가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자에게 부과하는 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않고, 당초 처분청이 청구인이 신고ㆍ납부한 대로 수납ㆍ징수결정하였다는 사정만으로는 청구인의 신고ㆍ납부의무불성실 이행에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 가산세를 포함하여 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다. (다) 청구인은 ○○○시와 ○○시는 인구규모가 비슷한데도 토지 등록세의 중과 여부를 달리하는 것은 부당하다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 처분청은지방세법과수도권정비계획법의 규정에 따라 의정부시에 있는 이 사건 토지에 등록세 중과세율을 적용한 것이므로 이 사건 부과처분은 정당하고, 청구인의 주장은 이유없다 할 것이다. (라) 청구인은 지방세의 부과제척기간을 5년으로 정하고 있는 법률은 전산체제가 발달한 현재의 업무환경에 비추어 보면 너무 길어 부당하므로 이건 부과처분도 부당하다고 주장하나,지방세법제30조의 4 제1항과 지방세법 시행령제14조의 2 제1항 제1호의 규정에 따르면 취득세ㆍ등록세를 신고ㆍ납부기한의 다음날부터 5년이 만료되는 날까지 부과할 수 있도록 되어 있고, 처분청이 이 사건 토지의 취득일인 2003.1.24.부터 2년1월이 지난 2005.2.17. 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하며, 나아가지방세법의 부과제척기간 규정이 너무 길게 되어 있다는 청구인의 주장은 이 사건 심사청구에서 다룰 성질의 것이 아니라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로감사원법제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.