종교법인이 종교목적으로 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산을 임대하는 경우 그 부동산을 수익사업에 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2006.6.23.○○도○○시○○동 53-7번지외 2필지 토지 1,551㎡ 및 그 지상건축물 660㎡(동 부속토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 종교용 부동산의 취득·등기로 보아 지방세법 제107조제1항 및 제127조제1항제1호에 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 2007.6.5. 이 사건 부동산을 임대한 사실을 확인하고, 이사건 부동산 취득가액 1,900,000,000원을과세표준으로 하고 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 48,096,600원, 농어촌특별세 4,809,660원, 등록세 48,096,600, 지방교육세 8,859,320원, 합계 109,862,180원(가산세 포함)을 2007.9.13. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산 매매계약당시 이 사건 부동산의 기존 임차인들이 이 사건 부동산의 종전소유자에게 임대기간 연장을 요청함에 따라 잔금을 지급하지 아니하였음에도 이 사건 부동산 취득 후 종교용 건축물을 신축하고자이를 수용하였으나, 기존 임차인들의 요청에 따라 종전소유자의임차기간을 보장하는의미로 청구인과 기존임차인간의가계약서를 작성한 것임에도 처분청은 위 가계약서 등을 근거로 이 사건 부동산을 임대한 것으로 보아 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교법인이 종교목적으로 사용하기 위하여취득·등기한 부동산을 임대하는 경우 그 부동산을 수익사업에 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 지방세법 시행령 제79조제1항 본문 및 그 제1호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 2006.6.23.이 사건 부동산을 취득한데 대하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 2007.8.17. 처분청 담당공무원(지방세무주사○○○외 1)의 현지 확인결과, 이 사건 부동산을 청구외○○○외 2인에게 농장 및 창고 등으로 임대하고 있는 사실을 확인하고 청구인이 이 사건 부동산을 수익사업에 사용하는 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 종교용 건축물을 신축하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하고 이 사건 부동산 계약당시 이 사건 부동산의 기존 임차인들이 이 사건 부동산의 종전소유자에게 임대기간 연장을 요청함에 따라 임차인의임차기간을 보장하는의미로 청구인이 가계약서를작성하여 준 것임에도 처분청은 가계약서 등을 근거로 이 사건 부동산을 임대하는 것으로 보아 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 않는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취·등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 이 사건 부동산의 임차인중 청구외○○○와 체결한 임대차계약서에는 인도일만 2005.12.15.로 표시되어 있고, 계약만료일이 기재되지아니한 점, 이 사건 부동산의 임차인중 청구외○○○의 임차기간이 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 이후인 2006.6.30.부터 2007.6.30.까지로 되어있는 점, 이 사건 부동산 임차인중 청구외○○건설주식회사는 2006.7.31. 당초 임차기간이 만료되었음에도 2007.8.17. 처분청의 현지확인시에도 계속적으로 사용하고 있었는 점, 이 사건 부동산의 임대료가2007년 8월까지도 청구인에게 송금된 사실이 임차인들의 은행송금확인증에서 확인되는 점 등을 종합하여보면, 청구인이 기존 임차인의 임차기간을 보장하기 위하여 이 사건 부동산의 전소유자와 임차인들간의 임대계약내용을 단순히 재작성한 것으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 부동산 종전소유자와 기존 임차인간의 임차기간 연장계약시 청구인이 참여하여 청구인 명의의 별도 계약서를 작성한 점을 보면,이는 청구인이 이 사건 임차인들과 미리 이 사건 부동산의 취득이후 임대차에 관한 계약을 한 것으로 보여지므로 처분청이 이 사건 부동산을 수익사업에 사용하는 부동산으로 보아 기 비과세한 취득세를 추징한 것은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2008. 1. 28. 행 정 자 치 부 장 관