조세특례제한법에 의하여 취득세 등을 과세면제 하였으나, 그 후 처분청에서 과세면제 대상에 해당되지 아니함을 확인하고 과세 면제한 취득세 등에 가산세를 포함하여 부과 고지한 것이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.3.27. 취득한○○○○○○도○○시○○읍○○리2473-2번지외 137필지 198,922㎡와 2003.4.18. 취득한○○○○○○도○○시○○읍○○리 산148번지외 2필지 31,405㎡(198,922㎡를포함하여 이하 “이사건 토지”라 한다.)에 대하여 2003.7.21. 구조세특례제한법(2003.5.10. 법률 제6867호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)제121조의9규정에 의한○○○○진흥지구 또는○○○○○○지역에 입주하는 기업이 투자하는 사업용 재산으로 보아 취득세 등을과세면제 하였으나,2007.5.18.○○시청 세무조사(지방세무주사보○○○외1) 결과청구인은 이 사건 토지를 취득한날부터 대통령령이 정하는 정당한 사유없이3년 이내에 제주국제자유도시특별법 제42조의 규정에 의한 제주투자진흥지구로 지정받지 못하였으므로조세특례제한법 제121조의12제1항제4호의규정에 따라 과세면제된 취득세 등의 추징 대상에 해당함에도 그 사유발생일부터 30일 이내에 과세면제된 취득세 등을 신고 납부하지 아니하였으므로이 사건 토지의 취득가액3,190,085,550원을 과세표준으로 하고 구지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항및 같은 법 제131조제1항제3호(2)에서 규정한 세율을 적용하여산출한취득세76,562,030원(가산세 12,760,330원 포함), 등록세 114,843,070원(가산세 19,140,510원포함),지방교육세 21,054,560원 (가산세 1,914,050원 포함),합계 212,459,660원(가산세33,814,890원 포함)을2007.8.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1981.11.2. 한국원호복지공단법(법률 제3419호)에 의거 국립원호병원, 국립직업재활원, 원호단체후원회, 원호장학회 등의 모든 재산을 귀속받아 설립되어 2001.1.16.○○○○○○○○○○으로 개칭되어 현재에 이르고있는 비영리 공공법인으로서 이 사건 토지를 취득하고취득세와 등록세를신고 납부한 후, 이 사건 토지가구조세특례제한법제121조의9 규정에의한제주투자진흥지구에입주하는 기업이 투자하는 사업용재산으로취득세 등이과세면제 된다는 처분청의 안내를 받고과세면제 신청을하여이미 신고 납부한취득세 등을 환부 받았으나, 이 사건 토지는 골프장용 토지로서당초부터 취득세등의과세면제 대상이 아님에도처분청세무담당자가 관계법령의규정을 잘못 숙지하여이미 신고 납부한 취득세 등을 환부한 것이므로 그 후 환부를취소하고 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 추징하면서가산세를부과 고지하는것은납세협력의무를다한 청구인에게 귀책사유가 없고신의성실원칙에도위배되는 부당한 처분이라 주장하면서 가산세의취소를구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 조세특례제한법에 의하여 취득세 등을과세면제하였으나, 그 후처분청에서 과세면제 대상에 해당되지 아니함을확인하고 과세면제한 취득세 등에 가산세를포함하여 부과 고지한 것이 적법한지여부에있다고하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면,구 조세특례제한법 제121조의9제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 지구 또는 지역에 입주하는 기업이 영위하는 사업을위한 투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 투자에 대하여는 제2항및 제3항에서 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 또는종합토지세를 각각 감면한다고 규정한 다음 그 제1호에서 제주국제자유도시특별법 제42조의 규정에 의하여 지정되는 제주투자진흥지구를 규정하고, 같은 조 제3항에서 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역의 감면대상사업에 직접 사용하기 위하여취득·보유하는 재산에 대하여는 다음 각호의구분에 따라 취득세·등록세·재산세 또는 종합토지세를 감면하거나 그 과세표준에서 일정금액을 공제한다고규정한 다음 그 제1호에서 취득세 및 등록세는세액 전액을 각각 감면하도록규정하고 있으며 같은 법 제121조의12제1항에서 세무서장·세관장 또는 지방자치단체의 장은 다음 각호의 1에 해당하는경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제121조의9 또는 제121조의11의 규정에의하여 감면된 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세·종합토지세 및 관세를추징한다. 다만, 제4호 및제5호의 규정은 취득세 및 등록세의 추징의 경우에한하여 이를 적용한다고규정한 다음 그 제4호에서 사업용 재산을 취득한 날부터 대통령령이 정하는정당한 사유없이 3년 이내에 제주국제자유도시특별법 제42조의 규정에 의한제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우로규정하고 있으며, 같은 법시행령제116조의15제항에서 법 제121조의9제1항제1호의규정에 의하여 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 또는 종합토지세를 감면하는 투자는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다고 규정한 다음 그 제1호에서총사업비가 미합중국 화폐 2천만불 이상으로서 관광진흥법시행령제2조의규정에 의한 관광호텔업·수상관광호텔업·종합휴양업(체육시설의설치·이용에관한법률 제10조제1항제1호의 규정에 의한 등록체육시설업중 골프장업을제외한다) 및 국제회의시설업을 영위하기 위한 시설을 새로이 설치하는경우와그 제2호에서 총사업비가 미합중국 화폐 1천만불 이상으로서 관광진흥법시행령 제2조의 규정에 의한 한국전통호텔업·전문휴양업 (체육시설의설치·이용에관한법률 제10조제1항제1호의 규정에 의한 등록체육시설업중골프장업을 제외한다)·관광유람선업·관광공연장업 및 종합유원시설업을 영위하기 위한 시설을 새로이 설치하는 경우를 규정하고 있다. 한편, 구 지방세법120조제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제121조제1항에서 취득세 납세의무자가제120조의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부세액이 제111조및 제112조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제111조 및 제112조의규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 같은 법 제150조의2제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감 받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을공제한 세액을 말한다]을 신고 납부하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제151조 등록세 납세의무자가 제150조의2의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나신고납부한 세액이 제130조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조의규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제146조의규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의20을 가산한 금액을 세액으로하여 보통징수방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.3.27.과 2003.4.18. 이 사건토지를 취득하고 취득세와 등록세를 각각 신고 납부한 후, 2003.7.21.구 조세특례제한법 제121조의9 규정에 따라 처분청에 이 사건 토지에 대한 취득세등의 과세면제를 신청하여이미 납부한 취득세 등을 환부 받았으며, 2005.10.19.이 사건 토지 등에대하여○○도지사로부터 골프장 조성 등을 목적사업으로하는○○관광지구(국가유공자 휴양시설)개발사업의 승인을 받았으나,이 사건토지를취득한 날부터대통령령이 정하는 정당한 사유없이3년이내에제주국제자유도시특별법 제42조의 규정에 의한 제주투자진흥지구로지정받지 못하였으므로2007.8.10. 처분청이 이 사건토지에 대하여 가산세를포함하여과세 면제한 취득세 등을 부과 고지한사실은 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 토지의 경우골프장용 토지로 사용할 계획이었으므로 취득 당시부터 취득세등의과세면제 대상이 아님에도 처분청의세무담당자가 관계법령의 규정을잘못숙지하여 청구인이 신고 납부한취득세 등을 환부함에 따라발생한 것이므로 이 사건 가산세의 부과처분은 청구인의귀책에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 신의성실원칙에도 위배되는 부당한처분이라 주장하고있으나 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기위하여납세자가 정당한 이유없이 법에규정된 신고·납세의무 등을 위반한경우에법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가세무공무원의 잘못된설명을 믿고 그 신고·납부의무를 이행하지 아니하였다하더라도 그것이 관계법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2003두10350, 2004.9.24. 판결)고 할 것으로서 청구인이 이 사건 토지를 취득한 후 2005.10.19.○○도지사로부터○○관광지구(제주국가유공자 휴양시설)개발 사업의승인을 받을 당시예정사업을보면골프장 조성 외에도 휴양원 (콘도)의 신축도 포함되어 있을 뿐만아니라,청구인은이사건 토지가조세특례제한법제121조의9의규정에 의한취득세 등의과세면제 대상에해당된다고보아2003.7.21.처분청에 이 사건 토지에 대한취득세 등의 과세면제를 신청하면서 투자진흥지구로 지정 등 후속 인·허가를준비 중에 있다고 명시하고 있는 점을 볼 때,청구인은 이 사건 토지를 취득한날부터정당한 사유없이3년이내에 제주투자진흥지구로 지정받지 못하거나, 장래에체육시설의설치·이용에관한법률제10조제1항제1호의규정에 의한골프장용 토지가 되는 경우에는면제된 취득세 등을 신고 납부하여야 한다는사실을 알고 있었다고 미루어짐작이 가능하므로 비록처분청에서 지방세 과세면제 결정을 한 후 신고 납부한 취득세등을환부처분 하였다고 하더라도청구인은이 사건 토지를 유예기간 내 정당한 사유없이 제주투자진흥지구로 지정받지못하였으므로구 지방세법 제120조 제3항 및 같은 법 제150조의2제3항의 규정에 따라 유예기간이 경과한날부터30일이내에이 사건 취득세 등을 신고 납부하여야 하나, 이사건취득세 등을신고 납부하지 아니한 이상 처분청에서이 사건 가산세를포함하여 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이 없다고하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 12. 26. 행 정 자 치 부 장 관