대도시내 법인의 지점설치 후 5년 이내에 부동산을 취득한 후, 도시형공장으로 사용하고 매각한 경우 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.9.24.○○○○시○구○○동 146번지 토지 1,717.2㎡ 및 그 지상건축물 5,486.615㎡(이하 “제1부동산”이라 한다)와 같은 동 148-58번지 토지 13,013.12㎡ 및 그 지상건축물 9,672.73㎡(이하 “제2부동산”이라 한다)를 취득하고 일반세율로 산출한 등록세 등을 신고납부 하였으나, 2000.7.1. 처분청의 현지 확인에서 2003.8.19. 청구인이○○도○○시○○구○○동 24-5번지에 설치되어있던 청구인의 지점 사업장을 제1부동산 및 제2부동산(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)으로 이전한 사실과 2003.3.12. 제1부동산의 건축물의 용도를 근린생활시설로 변경하고 제2부동산의 건축물을 청구인의 취득당시 목적사업인 플라스틱제조업이 아닌 창고업에 사용한 사실을 확인하고이 사건 부동산의 취득가액에서 미등기 건물가액을 감한 7,086,802,182원을 과세표준으로 하고 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 등록세액을 차감한 등록세 510,249,750원, 지방교육세 93,545,780원, 합계 603,795,530원(가산세 포함)등을 2007.8.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은제2부동산을 도시형 공장을 운영할 목적으로취득하여약 2년간 등록세 중과세제외 대상인 도시형 공장으로 사용하고 매각하였음에도처분청에서 제2부동산에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 등록세 등의 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 법인의 지점설치 후 5년 이내에 부동산을 취득한 후, 도시형공장으로 사용하고 매각한 경우 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기라고 규정하고 있고, 제4호에서는 대도시(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점주사무소지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 지방세법시행규칙 제55조에서 법 제138조제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조제1항전단 및 제2항 본문중 "법 제112조제3항의"는 각각 "법 제138조제3항의"로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제47조제1항에서 법 제112조제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장(산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설의 연면적을 포함한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998.5.15. 본점소재지를○○도○○시○○면○○○리 155-8번지로 하고, 목적사업을플라스틱가정용품 제조, 도매 및 수출입업, 부동산임대업으로 하여 법인을 설립한 후, 2000.7.1. 소재지를○○도○○시○○구○○동 24-5번지로 하고, 사업의 종류를 가정용플라스틱 제조 및 부동산 임대로 하여 지점을 설치하였고, 2002.9.24. 이 사건 부동산을 경락 취득한 후, 소유권이전 등기를 하였으며, 2003.3.24. 제1부동산의 건축물의 용도를 공장에서 근린생활시설로 변경 등기하였고, 2003.8.19. 지점 사업자등록의 사업장 소재지를○○도○○시○○구○○동 24-5번지에서 이 사건 부동산 소재지로 변경하였으며, 2004.11.8. 제2부동산을 청구외 주식회사○○○○○에게 매각한 사실은 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 제2부동산은 도시형 공장을 운영할 목적으로 취득하여,약 2년간 등록세 중과세제외 도시형 공장 업종으로 사용하고 매각하였으므로 등록세 중과세 대상에서 제외된다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 이 사건 제2부동산의 목적사업인 플라스틱 가정용품 제조업이 도시형업종에 해당하는지 여부는 별론으로 하고, 우선, 제2부동산을 플라스틱 가정용품 제조업에 사용한 사실이 있는지 여부에 대하여 보면, 제2부동산의 건축물은 1997.12.23. 전 소유자인 청구외 주식회사○○○○○가 전자제어에 의하여 크레인을 조작하여 상품의 입·출고를 자동으로 수행하는 기계장비를 건물에 설치하여 가구제조업에 공여하던 제품 입·출고용 자동화 창고를 청구인이 경락 취득하였고, 청구인이 2004.11.8. 제2부동산을 매각한 이후부터 2007.12.11. 현재까지도 자동화창고 설비를 유지한 상태로 창고 및 가구전시장 등의 용도로 사용하고 있는 사실 등이 처분청에서 제출한 현장사진에 의하여 알 수 있고, 이를 미루어 보면 청구인이 제2부동산을 취득하여 목적사업인 가정용플라스틱제조업을 영위하였다고 보기는 어렵다 할 것이며, 더욱이 청구인이 제2부동산의 일부를 청구외 주식회사○○○○○○○에 보증금 20,000만원, 관리비를 포함한 월임대료 2,250만원을 받는 조건으로 2003.11.1.부터 2005년10.31.까지 임대한 사실이 처분청이 제출한 임대차계약서 등에서 입증되는 이상, 제2부동산을 청구인의 목적사업인 가정용플라스틱제조업에 사용한 것으로 보기는 어렵다고 판단된다. 또한, 지방세법 제138조제1항 본문에서는 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하면서, 그 제3호에서는 대도시내 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기로, 제4호에서는 대도시내 공장 신설 및 증설에 따른 부동산 등기로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있는바, 청구인은 1998.5.15. 대도시 지역인○○도○○시○○면○○○리 155-8번지에 지점을 설치하고, 2002.9.24. 이 사건 부동산을 취득하였으므로 이 사건 부동산은 대도시내 지점설치 후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산에 해당한다 하겠으므로 처분청이 이 사건 등록세 등을 중과세한 처분은 적법한 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 12. 26. 행 정 자 치 부 장 관