일단의 토지를 공유로 취득하고, 공유자의 지분별로 그 토지를 분할하는 과정에서 그 토지의 일부를 도로로 분할한 후, 그 도로부분의 토지를 기부체납 하는 조건으로 건축허가를 득하여 건축물을 신축 취득한 경우, 그 건축물 및 본점으로 사용하는 건축물의 부속토지에 대한 취득세 등의 부과처분이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2007년 7월 2일 부과고지한 취득세 28,956,170원, 농어촌특별세 2,895,610원, 등록세 6,233,600원, 지방교육세 1,246,720원, 합계 39,332,100원을 이 사건 본점용 건축물의 부속토지를115.87㎡로 하여 산출한 취득세 등으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이2006.8.29. 청구외○○○로부터○○도○○시○○구○○동 934-5번지 토지 727.7㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를취득한 후, 2007.6.21. 이 사건 토지상에 지하 1층 지상 3층 건축물 연면적1,415.04㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축하고, 2007.7.2. 그 취득가액 779,200,000원을 과세표준으로 하여 취득신고를 함에 따라 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 15,584,000원, 농어촌특별세 1,558,400원, 등록세 6,233,600원, 지방교육세 1,246,720원, 합계 24,622,720원과, 이 사건 건축물 중 약 18.28%에 해당하는 3층 258.78㎡ 및 그 부속토지 119.77㎡(이하 “이 사건 본점용 부동산”이라 한다)를 본점사업용 건축물로 보아 이 사건 본점용 부동산의 취득가액 334,304,370원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 13,372,170원, 농어촌특별세 1,337,210원, 합계 14,709,380원 등 총 39,332,100원의 납부서를 발부하고, 청구인이 2007.7.23. 취득세 등을 납부하자 이를 수납하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2006년 8월○○도○○시에서○○시로 이전을 목적으로 청구인 외 6인과 공동으로○○도○○시○○구○○동 934-2번지 토지 8,847㎡를 취득한 후, 이중 청구인이 취득한 토지는 727.7㎡에 해당하며,○○시 시정조정위원회에서는 토지분할조건으로 주차면 확보, 도로개설 후 기부채납 등 6개항의 이행각서를 제시하였고, 이를 행하지 않을 경우에는 각종허가와 관련하여 어떠한 불이익도 감수할 것을 요청받았으며, 위와 같이 토지분할 및 건축허가 조건에 따라 청구인이 매입한 토지 727.7㎡의 12.89%에 해당하는 토지 93.8㎡를 기부채납하였으므로 재산상의 막대한 손실(108,808,000원)이 발생하였으나,○○도지사는 토지분할등기 과정에서 건축행위가 불가하여 어쩔 수 없이 기부채납을 결정하였다고 판단한 것은 법인에게 너무 과중한 부담을 안겨주는 것이라고 주장하며 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은일단의 토지를 공유로 취득하고, 공유자의 지분별로 그 토지를 분할하는 과정에서 그 토지의 일부를 도로로 분할한 후, 그 도로부분의 토지를 기부체납 하는 조건으로 건축허가를 득하여 건축물을 신축 취득한 경우, 그 건축물 및 본점으로 사용하는 건축물의 부속토지에 대한 취득세 등의 부과처분이 적법한지 여부에 관한것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법 제106조제2항 및 제126조제2항에서는국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 부동산을 취득·등기하는경우에는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고, 지방세법 제112조제1항에서는 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 하고, 동조제2항에서는 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고, 같은 법 제131조제1항제4호에서는 부동산에 관한 등기로서 소유권의 보존 등기에 대한 등록세율을 부동산가액의 1,000분의 8로 규정하고있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은2006.8.29. 자동차 정비공장을 신축하기 위해 청구외 (주)○○○○○등 6인과 공동으로 청구외○○○로부터○○도○○시○○구○○동 934-2번지 8,847.0㎡를별첨과 같이취득한 후, 그 지상에이 사건 건축물을 신축하고자 2006.9.26. 위 토지를○○동 934-2번지 내지 934-9번지로 분할하고, 분할된 토지 중○○동 934-5번지 727.71㎡를 청구인의 소유토지로 하고, 2006.11.22. 도로로 분할된○○동 934-9번지 도로 1,140.5㎡ 중 청구인의 지분에 해당하는 93.81㎡를 기부채납하는 조건으로 이 사건 토지를 대지로 하여 건축허가를 받고 신축하여 2007.6.21. 사용승인을 받았으며, 이 사건 건축물 중 3층 사무실 258.78㎡(전체건축물 1,415.04㎡의 18.28%)를 본점으로 사용되는 부분으로 보아 위 본점으로 사용되는 건축물 258.7㎡와 그 부속토지 119.77㎡(전체토지 633.9㎡의 18.89%)를 지방세법 제112조제3항의 중과세율을 적용하고, 그 나머지 건축물에 대하여는 일반세율을 적용하여 산출한 이 사건 취득세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은공장을 신축하기 위하여매입한 토지 중 일부를 처분청의 요구에 의하여 기부채납하였으며, 이에 따라 재산상의 막대한 손실이 발생하였으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 모두 취소되어야한다고 주장하나, 지방세법 제112조제1항에서는 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액의 1,000분의 20으로 하고, 같은조제2항에서는 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한하여 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 지방세법 제106조제2항 및 제126조제2항에서 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 이에 관한 등기는 취득세와 등록세를 비과세한다고 규정하고 있으므로, 위 규정에서 취득세 및 등록세가 비과세 되는 부동산의 취득 및 등기는 기부채납하는 당해 부동산의 취득 및 등기에 한정되는 것으로 보아야 할 것인바, 이 사건 취득세 등의 부과처분에 대한 이의신청결정서 등에 의하면, 청구인은 이 사건 토지를 취득할 당시에는 기부채납 할 의사가 없었으나, 토지이용을 위해 토지를 분할하는 과정에서 청구인의 이익을 위한 개발행위를 하기 위해 공동소유자들의 지분별로 당초 취득한 토지를 분할하고 도로를 개설하여 기부채납을 하기로 처분청과 약정한 후 이 사건 토지를 부속토지로 하여 이 사건 건축물을 신축하였음을 알 수 있으므로, 이 사건 건축물의 부속토지는 기부채납을 조건으로 취득하는 토지에 해당되지 아니하므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 그런데, 처분청이 제출한 과세내역서에 의하면, 처분청은이 사건 건축물 중 3층 사무실 258.78㎡(전체건축물 1,415.04㎡의 18.28%)를 본점으로 사용되는 부분으로 보아 그 부속토지를 산정하면서 이 사건 토지 면적 633.9㎡의 18.28%에 해당하는 면적(115.87㎡)으로 하여야 함에도 본점용 건축물의 부속토지의 면적을 119.77㎡(전체토지 633.9㎡의 18.89%)를 산정한 사실을 알 수 있으므로 처분청의 이 사건 취득세 등의 부과처분은 과세표준의 산정에 있어 잘못이 있다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 11. 26. 행 정 자 치 부 장 관