유통단지개발사업시행자가 유통단지 개발을 위해 취득한 토지에 대하여 취득세 등을 과세면제 받은 후 2개동의 건축물을 신축하던 중 건축허가가 관계법령에 위배된다는 사실을 확인하고 건축 중인 1개동을 매각한 경우 동 건축물의 부속토지에 대한 취득세 등을 추징할 수 있는 지 여부와유통단지용 건축물을 신축 후 유통사업자에게 임대한 경우 유통사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 청구인이 2007.4.30. 신고 납부한취득세12,308,950원, 농어촌특별세 1,230,890원,등록세12,244,890원,지방교육세2,448,970원, 합계 28,233,700원은 취소하고, 청구인이2007.5.14. 신고 납부한 취득세 566,260,540원, 농어촌특별세 56,390,990원, 합계 622,651,520원은 취득세 440,603,630원, 농어촌특별세68,721,620원,합계 509,325,250원으로 경정(별지 경정세액 산출내역 참조)한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.11.23. 경기도지사로부터 유통단지개발사업시행자지정(교통정책과-○○○○○)을 받고,2006.1.2.경기도○○군○○읍○○리산15-1번지외 4필지소재 토지 265,500㎡(유통단지개발촉진법 제5조의 규정에 의한 유통단지, 이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여 지방세법 제280조제5항제1호의 규정에 따라 유통단지개발사업시행자가유통단지를 개발 하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를과세 면제하였으나, 청구인이 2007.4.11.이 사건 토지 중 29,441㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라한다)를청구외(주)○○○(대표이사○○○)가건축물을 신축하도록승낙(지상권설정)하고2007.4.30. 이 사건 쟁점토지의 취득가격 615,447,934원을과세표준으로지방세법 제112조제1항및 같은 법 제131조제1항제3호(2)에서 규정한세율을적용하여 산출한취득세12,308,950원, 농어촌특별세 1,230,890원,등록세12,244,890원,지방교육세2,448,970원 합계 28,233,700원을 신고 납부하자이를수납하고징수 결정하였으며, 또한청구인이 이 사건 토지상에 신축한건축물12,798.79㎡(○○○○○○○○○A동,이하 “이사건 A동 건축물” 이라한다.)에 대하여그취득가액22,030,181,750원을과세표준으로하여 지방세법 제112조제1항에서규정한세율을적용하여 산출한 취득세440,603,630원, 농어촌특별세44,060,360원과변전소532.94㎡ 및 저수조 294㎡의 신축가액 795,559,580원을 과세표준으로 하여지방세법 제112조제1항에서규정한 세율을 적용하여 산출한 취득세19,856,950원, 농어촌특별세 1,750,640원 및이사건토지의지목변경(전·답·임야 ⇒ 대지)비용5,289,997,590원을 과세표준으로지방세법제112조제1항에서 규정한세율을적용하여 산출한 취득세105,799,950원, 농어촌특별세10,579,990원 총합계622,651,530원을 2007.5.14. 신고 납부하자 이를 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 첫째,청구인은○○○○○○의 개발과 프리미엄아울렛 사업을 추진하고자2006.3.3. 이 사건 토지상에이 사건 A동 건축물13,625.73㎡를 포함하여2개동건축물28,070.35㎡(A동13,625.73㎡,B동 14,444.62㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라한다)에대한 건축허가를 받아2006.4월중 건축공사에 착공하였으나,2006년8월경건설교통부장관이이 사건 건축물의연면적이수도권정비계획법에서 규정한연면적을초과하고 있음을 이유로이사건건축물의 건축 등을재검토하도록요구함에따라청구인은건축중인 이 사건 B동건축물을청구외 (주)○○○에게 양도하면서이 사건 B동 건축물의 부속토지인이 사건 쟁점 토지를청구외(주)○○○가 지상권을 설정하고 사용토록 한 것이므로이는 사업시행자인 청구인이 이 사건 쟁점 토지를 취득일로부터 1년 이내에직접 사용하지 못한정당한사유에 해당한다고주장하고 있으며 둘째,청구인은 유통산업발전법에 따른 대규모점포(쇼핑센터)를 개설등록한 후국내외 유명브랜드회사를유치하여 매출액의 일정비율을수수료로 취하는 수수료 계약의 형태로운영하고 있으므로 이는 유통산업발전법제8조의규정에 의하여 개설된대규모점포에 합당한 운영의형태로서 임대 여부에 관계없이 유통사업을 영위하고자 하는 자가 직접 사용하는 것으로 보아야 하고 셋째, 지방세법시행령 제101조제1항제8호에서 유통산업발전법 등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는경우에는 임대하는 부분도 당해업종에 직접 사용하는 것으로 본다고규정하고 있는 점에 비추어청구인이이 사건 A동 건축물을 신축 후 제3자에게 임대하였다 하더라도 취득세 등은 과세면제 되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은유통단지개발사업시행자가 유통단지 개발을 위해취득한 토지에대하여 취득세 등을 과세면제 받은 후 2개동의 건축물을 신축 하던 중 건축허가가 관계법령에 위배된다는 사실을 확인하고 건축 중인 1개동을매각한 경우 동 건축물의 부속토지에 대한 취득세 등을 추징할 수 있는 지 여부와유통단지용 건축물을 신축 후 유통사업자에게 임대한 경우 유통사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면,지방세법 제280조제5항에서대통령령이 정하는 유통단지안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를추징한다고 규정하고 제1호에서 유통단지개발사업시행자가 유통단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있으며,유통단지개발촉진법(2007.8.3 법률 제8616호로물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률로개정되기전의 것, 이하 같다)제2조제1호에서 “유통단지”라 함은 유통시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기위하여 제5조의규정에 의하여지정·개발하는 일단의 토지를 말한다고규정하고, 같은 법 제28조에서 사업시행자는유통단지개발사업에의하여개발한토지·시설 등을 직접 사용하거나, 분양 또는 임대하여야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은○○○○○○의 개발과 프리미엄아울렛 사업을 추진하고자 2006.3.3..이 사건 토지상에이 사건 건축물에 대한건축허가를 받아2006.4월 중 건축공사에 착공하였으나, 건설교통부장관은2006.8.30.이 사건 토지는수도권정비계획법상 자연보전지역으로서 연면적15,000㎡이상의 판매시설은수도권정비계획법시행령제3조제4호및 제6호 규정에의하여신설이제한된다고 판단하고처분청과 경기도지사에게 이사건건축물의신축 등을재검토하도록요구(건설교통부 수도권정책팀-○○○○)하였고,경기도지사는2005.9.5.청구인에게 수도권정비계획법의 준수를요청(경기도교통정책과-○○○○○)하였으며,처분청은청구인에게이 사건 건축물 A동과B동의 소유권을 분리하는 경우수도권정비계획법에저촉되지아니함을 알리고소유권 분리에 대한의견을조회(○○군도시건축과-○○○○,2007.2.20)한 사실 등과청구인과청구외(주)○○○는사업진행 및 개점일정의 차질과이에따른 합작계약 파기 등의문제가발생할 것을우려하여 청구인은2007.4.11. 건축 중인 이 사건 B동건축물을청구외 (주)○○○에게 양도하면서이 사건 B동 건축물의 부속토지인 이 사건쟁점 토지를청구외(주)○○○가 지상권을 설정하고 사용토록하였고, 2007.4.16.이 사건토지에대하여 유통단지준공인가 전 사용허가 (경기도 철도항만과-○○○○)를 받았으며, 또한 청구인은 이 사건A동 건축물을 신축하기 전부터 청구 외○○○(상호:○○○○○○사업자등록번호○○○-○○-○○○○○)등 51명과 이사건 A동 건축물의 임대차계약을 체결한 후 2007.4.12 이 사건 A동건축물의 신축과동시에 청구 외○○○등에게임대하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 첫째,이 사건 쟁점 토지를 취득하여 1년 이내에이 사건 건축물을 착공하는 등 이 사건 쟁점 토지를 유통단지로 개발하기위하여 정상적인 노력을 다하였으나 수도권정비계획법에 의한 건축제한으로이 사건 쟁점 토지를 청구외 (주)○○○에서 사용토록 한 것이므로 이는 정당한 사유가있다고 주장하고 있는 바 이에 대하여 보면, 유통단지개발사업시행자의 경우 유통단지를 개발하기 위하여 취득한일단의토지(전·답 등)를 당초 목적대로 유통단지로 개발을 완료하면그 목적을 달성하였다고 보아야 할 것이고, 일단 조성된 유통단지는 개발사업자가 직접 사용하는 것 뿐만 아니라 분양 및 임대도허용된다고 할 것이며, 지방세법 제280조제5항 본문 단서에서 그 취득일로부터 1년 이내에 직접사용하지 아니하거나2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고매각 또는 다른 용도로 사용하는 경우 추징하도록 한 규정은 유통단지개발사업시행자가유통단지를개발할 목적으로 취득한토지를취득일부터 1년 이내에 유통단지 개발에제공하지 아니하거나,유통단지를 조성하다가 2년 이내에 이를매각 또는 다른 용도로사용하는 경우과세 면제한 취득세 등을 추징할 수있도록 한 것으로해석하는 것이 타당하다고 할 것으로서 청구인의 경우와 같이 유통단지조성을 목적으로 토지를 취득한 후유예 기간 내유통단지를 조성을 완료한 경우에는 당해 유통단지의직접 사용 여부에 관계없이 과세면제한 취득세 등이 추징대상에 해당되지 않는다고보아야 할 것인 바, 청구인의 주장과 같이 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가있는지 여부를 살펴볼 필요도 없이 이사건쟁점 토지와 이 사건 토지의 지목변경에 대하여 청구인이취득세 등을 신고납부한 것은 법리 해석 오해로 인한 착오납부 한 것으로판단되며 유통단지개발촉진법 제2조제4호 본문 및 다목과 라목에서전기·가스·용수 등의 수급시설, 전기통신설비의 건설사업, 하수도·폐기물처리시설및 기타 환경오염방지시설 등의 건설사업은 유통시설용지 및 지원시설용지의 조성사업 등과 같이 유통단지 개발사업시행자가 유통단지를조성하기 위하여 시행하는 사업으로 규정하고 있음을 볼 때 청구인이 유통단지개발촉진법의 규정에 따라 신축한 이 사건 변전소와하수도용 저수조는 청구인이 유통단지개발사업자의 지위에서신축한 것이므로 이에 대한 취득세 등도 이 사건 유통단지의 조성이완료된 이상 이 사건변전소와 저수조에 대한 취득세 등도 취소되어야 한다고 판단된다. 둘째,청구인은 이 사건 A동 건축물에유통산업발전법에 따른 대규모점포(쇼핑센터)를개설 및 등록하였고국내외 유명브랜드회사를유치하여 매출액의일정비율을 수수료로지급받는 형태로운영하고 있으므로이는 임대 여부에 관계없이 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 유통단지개발촉진법 제2조제4호에서 "유통단지개발사업"이라 함은유통단지를 조성하기 위하여 시행하는 다음 각목의 사업을 말한다고규정하고,가. 유통시설용지 및 지원시설용지의 조성사업, 나. 도로·철도·궤도·항만·공항시설 등의 건설사업, 다. 전기·가스·용수 등의 수급시설과 전기통신설비의 건설사업, 라. 하수도·폐기물처리시설 기타 환경오염방지시설 등의 건설사업, 마. 유통단지종사자의 주거공간 확보를 위한주택지조성사업, 바. 기타 가목 내지 마목의 사업에 부대되는 사업으로규정하고 있으므로 유통시설용 건축물의 신축은 유통단지개발사업의 범위에는 포함되지아니한다고 할 것이므로 이 사건 A동 건축물의 신축은 청구인이 “유통단지개발사업자”의 지위에서 신축한 것이 아니라 “유통사업을 영위하고자 하는 자”의 지위에서 신축한 것으로 보아야 하는 바, 이와 같이 유통사업을 영위하고자 하는 자가 취득한 부동산에 대하여 과세면제를 받기 위해서는유통사업에 직적 사용할 목적으로 취득한 부동산이어야 할 것이나, 청구인은이 사건 A동 건축물을 청구 외○○○등에게 임대하고 있는 사실이 제출된관계 증빙자료에서 확인되고 있음을 볼 때,청구인은 이 사건 A동 건축물을유통사업에 직접 사용하는 것이 아니라실수요자에게 임대하고 단지 유통시설의 관리책임만 담당하고 있는 경우라할 것이므로 이를 유통사업을 영위하고자 하는자가 취득한 부동산을유예기간 내에 직접 사용한 것으로 볼 수는없다고 하겠으며 셋째, 청구인은지방세법시행령 제101조제1항제8호에서 유통산업발전법등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로본다고 규정하고 있으므로청구인이이 사건 A동 건축물을 제3자에게 임대하였다고하더라도 유통사업에 직접 사용하고자 취득하는 유통사업용부동산으로 보아취득세 등이 과세면제 되어야 한다고주장하고 있으므로 이에 대하여 보면 지방세법시행령 제101조제1항제8호의 규정은대도시내 법인중과세의 예외규정으로서 지방세 감면 및 추징에 관한 규정인 지방세법 제280조제5항제2호와는 입법취지, 적용대상 등이 다르다고 할 것이므로 지방세법시행령 제101조제1항제8호에서 유통산업용 부동산을 임대하는 경우도 직접 사용하는 것으로 보도록규정되어 있다고 하더라도 그 규정을지방세법 제280조제5항제2호에 그대로 적용할 수는 없다 할 것 인바청구인이이 사건 A동건축물에 대한 취득세 등을 신고 납부한 것은 타당하다고할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관