장학단체가 고유 업무에 직접 사용하고자 취득한 부동산을 유예기간 내 고유 업무에 직접 사용 하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.11.1. 취득한 서울특별시○○○구○○동878번지소재 1필지 토지 107.1㎡중 71.4㎡(동지상 근린생활시설의 부속토지로서 이하“이 사건 토지”라고 한다)에 대하여 구 지방세법(2005.1.5 법률제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제288조제2항의 규정에따라장학단체가 그고유 업무에 직접 사용하기 위하여취득하는부동산으로보아 취득세와 등록세를 과세 면제하였으나,2007.2.21.처분청 세무담당공무원 (지방세무주사보○○○)의 세무 조사결과청구인이이 사건 토지를취득한 날부터1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지아니한 사실을 확인하고 그 취득가액113,526,000원을과세표준으로 하여구 지방세법112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호(2)목에서 규정한 취득세 및 등록세의 세율을 적용하여산출한취득세3,310,410원, 농어촌특별세 249,750원, 등록세 2,493,530원 및지방교육세464,630원과 같은 사유로 이 사건 토지의 2005년도와 2006년도 재산세과세표준액에지방세법 제188조의 세율을 적용하여산출한 재산세 310,010원, 도시계획세 232,500원, 지방교육세 62,000원 합계7,122,830원을2007.4.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1995.10.4. 설립한 공익재단으로서인재육성, 학술진흥 및자선사업으로 장학사업, 학술연구지원사업, 사회공익 자선사업 및기타 이를 위한수익사업을 수행하고 있으며,2004.11.1. 고유업무에 사용하고자이사건토지를 취득한 후이 사건 토지상의 건축물(근린생활시설 88.9㎡,이하“이 사건 건축물”이라 한다)에 대한 소유권이전등기를 하고자 하였으나청구인의 이사장인청구 외○○○가 1983.8.2. 이 사건 건축물에 설정한 소유권이전등기청구권가등기권에 대하여 서울민사지방법원(현재 서울중앙지방법원)에 말소등기가 청구(90카합○○○○○호 ; 1990.4.7 소 제기)가 되고, 2003.8.22 이 사건 건축물의소유자인 청구 외○○○가 사망함에 따라 이 사건건축물의소유권 이전등기가지연되고 있어서이 사건 건축물을제외한이 사건 토지만으로는장학사업 등에 직접사용할 수 없었기 때문에 유예기간 내에 고유업무에 사용하지못한 정당한 사유가 있다고 주장하면서 이 사건 취득세 등 부과 처분의 취소를 구하고있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은장학단체가 고유 업무에 직접 사용하고자취득한 부동산을유예기간내고유 업무에직접 사용 하지 못한 정당한 사유가 있는지여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제288조 제2항에서정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.11.1. 고유업무에 사용하고자이 사건 토지를 취득한 후,이 사건 건축물에 대한 소유권이전등기를 하고자하였으나, 청구인의 이사장인청구 외○○○가 1983.8.2. 이 사건건축물에설정한 소유권이전등기청구권가등기권에 대하여 서울민사지방법원(현재 서울중앙지방법원)에 말소등기가 청구(90카합○○○○○호 ; 1990.4.7. 제기)가 되고, 2003.8.22.이 사건건축물의 소유자인 청구 외○○○가사망함에 따라 이 사건건축물의소유권이전등기가 이루어지지 아니한 사실은제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지상에 소재하는 이 사건 건축물의소유권이전이소유자인청구 외 이종귀의 사망 등으로 지연됨에 따라이 사건토지를장학 사업 등에 직접 사용하지 못한 것이므로 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으나,구 지방세법 제288조 제2항에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은법령에 의한금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인여유가 없어유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로판단(대법원 1998. 11. 27. 선고 97누5121 판결, 1999.2.24. 선고 97누3132판결 등 참조)하여야 할 것으로서 청구인의 경우 이 사건 토지를 취득할 당시부터 이 사건 건축물은사망한청구 외○○○의 소유로서 청구인이 이 사건 건축물의 소유권을 취득하지못하면이 사건 토지를 청구인의 목적사업에사용할 수없다는것을이미 알고 있었다는 사실이 청구인이 제출한 소명서등에서 확인되고 있고또한유예기간 내 이 사건 토지를 청구인의 목적사업에사용하기 위하여 정상적인노력을다하였다고 볼 수도 없으므로이 사건토지를 유예기간 내에청구인의목적사업에 사용하지 못한 것은청구인에게 귀책사유가있다고할 것인 바,이 사건 토지를 유예기간 내 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 존재한다는청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이며, 재산세의 경우과세기준일(매년 6.1) 현재 고유업무에 사용여부에따라 감면대상을 결정한다는점에서 2005년도 및 2006년도 재산세과세기준일 현재이 사건 토지를청구인의 고유 업무에 직접 사용하지 아니한이상 정당한 사유의존재여부에관계없이 재산세 등의 납세의무가 있다고 할 것이므로처분청에서 이사건취득세등과재산세 등을 부과 고지한 처분은잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관