사립학교의 기숙사용 부동산과 국립대학교 등이 취득하는 기숙사용 부동산간의 과세불형평 문제를 해결하고, 나아가 학교 구외에 소재하는 후생복지시설인 기숙사를 학교가 목적사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2007.2.22. 대전광역시○구○○동 328-8번지외 1필지토지 532.6㎡ 상에 지하1층, 지상 5층 건축물 1,228.88㎡(이하“이 사건 건축물”이라 한다)를 신축 한 후, 2007.4.26. 그 취득가액 1,179,512,182원을 과세표준으로하여 취득 신고를 하고 과세면제를 신청함에 따라학교구외에신축된이 사건건축물을 지방세법 제272조제6항에서 규정한 고등교육법제2조제1호 내지제5호의규정에 의하여 설립된 학교가기숙사로사용하기위하여 취득하는부동산으로 보아 취득세23,590,240원,등록세9,436,090원 합계 33,026,330원을과세면제하였으며 청구인이 과세 면제된 등록세에 대한 농어촌특별세1,887,210원을 2007.5.10 신고 납부하고,과세 면제된 취득세에 대한 농어촌특별세 5,253,520원(가산세포함)은2007.5.11.납부함에따라 이를 각각 수납하고 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은○○대학교,○○정보대학,○○공업대학을 설립 운영하는 학교법인으로서 외국인 교수의 주거안정과 복리증진을 위하여 이 사건 건축물을신축한 것으로서 심사청구일 현재 이 사건 건축물의 1～3층만을 외국인교수들이 입주하여 사용하고2개층(4～5층)은 학생들이 일시적으로 사용하고는 있으나 나머지 2개층도향후(8월)입국하는 외국인 교수들의 기숙사로 사용할 것이므로 이는 비영리사업자인 학교가목적사업에직접사용하는것인 바, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항의 규정에 따라취득세와 등록세가비과세될 뿐만 아니라, 농어촌특별세도농어촌특별세법제4조12호의 규정에 따라 비과세 되어야 함에도처분청이 이 사건 건축물을 지방세법 제272조제6항에서 규정한 대학 등이기숙사용으로 취득한 부동산으로 보아 과세 면제된취득세와 등록세에대하여 각각100분의 20에 해당하는 농어촌특별세를 신고납부토록 한 것은지방세법 제272조제6항의 입법 취지를 잘못 적용한 것이라고 주장하면서 신고 납부한 이 사건 농어촌특별세의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은외국인 교수들을 유치하기 위하여 학교 구외에신축한 기숙사(일부는 학생들이 사용)를학교의목적사업에 직접 사용하는것으로보지 아니하고 고등교육법 제2조에 의하여 설립된 대학교 등이기숙사로사용하기위하여 취득하는부동산으로 보아 취득세와 등록세를 과세면제한 후,면제한취득세와 등록세의20%를 농어촌특별세로 신고 납부하도록 한 것이 적법한지여부에있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 그 제1호와 같은 법 제127조제1항 및 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에사용하기 위한 부동산의 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제272조제6항에서 고등교육법제2조제1호 내지제5호의 규정에 의하여 설립된 학교가 기숙사로 사용하기 위하여취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2007.2.22. 이 사건 건축물을청구인이설립 운영하는○○대학등에 근무하는 외국인 교수들을위한기숙사로 신축하였으며,2007.5.1.의 사용현황을 보면 이 사건 건축물 1～3층에는 어학센터소속 미국인○○○○○○○○○○○을 비롯한 16명의 외국인 교수들이거주(205호에 거주하는○○○제외)하고나머지4～5층은○○대학 학생인 청구 외○○○을 비롯한 10명의 대학생들이기숙사로사용하고 있음은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은외국인 교수의 주거안정과 복리증진을위하여기숙사 용도로 이 사건 건축물을 신축한 후외국인 교수들이 입주하여 사용하고 있으므로비영리사업자인 학교가목적사업에직접사용하는것으로 보아지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항의 규정에 따라 취득세와등록세가비과세될 뿐 만 아니라 농어촌특별세도 농어촌특별세법제4조12호의규정에 따라 비과세되어야 한다고 주장하고 있으나 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서비영리사업자가 당해부동산을“그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하는 것이고(대법원 2001두878;2002.10.11. 선고),지방세법 제272조제6항의 입법 취지는고등교육법제2조제1호내지제5호의 규정에 의하여 설립된 사립학교의기숙사용 부동산과국립대학교등이 취득하는 기숙사용 부동산간의 과세불형평 문제를해결하고,나아가학교 구외에 소재하는 후생복지시설인기숙사를 학교가 목적사업에 직접사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 대한 납세자와 과세관청의 다툼을해결하고자 하는 취지로 보아야 할 것으로서 이러한 입법취지에 비추어 볼 때,학교 구외에 위치한 이 사건 건축물은 학교법인인 청구인이 교육용에 직접 사용하는 부동산이라기 보다는학생 또는 교직원을 위한 후생복지시설로서 지방세법 제272조제6항에서 규정한 기숙사에해당된다고 하겠으므로이 사건 건축물이 교육용에 직접 사용되는 부동산으로서 농어촌특별세 비과세 대상에 해당된다는 청구인의 주장은 받아 드릴 수 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관