총회결의로 해산되었다가 회사계속된 대도시내 설립 5년이상인 법인을 주식양수를 통해 인수한 후 상호 및 사업목적 등 등기부상 제반사항을 일부(임원 1인 및 목적사업 1종목 및 본점소재지)만 제외하고 모두 변경등기한 경우, 인수한 법인의 설립일을 변경등기일로 보는 것이 타당한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1989.6.27. 설립 및 2001.8.17. 주총결의에 의한 해산 및 2001.11.12. 회사계속등기된 법인을 2004.1.8. 주식양수를 통해 인수한 후, 2004.3.29. 서울특별시○○구○○동 1330-6번지○○○○○○○103호 118.9897㎡(대지지분 10.3593)(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하면서 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하자, 그 법인 설립일을 법인인수후 변경등기일로 보아 대도시내 설립 5년이내 법인의 부동산등기로 보아 그 취득가액(551,080,370원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항 등의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 51,660,470원, 지방교육세 9,670,780원, 합계 61,331,250원(가산세 포함)을 2007.9.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1989.6.27. 법인설립 후 2001.8.17. 주주총회를 통해 해산등기 하였다가 2001.11.12. 회사계속 등기한 법인으로, 2004.1.8. 기존 법인의 주주겸 임원인○○○이 대표이사로 취임한 후 기존 법인의 본점소재지에서 주주 및 임원을 새롭게 구성함과 아울러 목적사업을 관광여행알선업 등에서 기존 업종의 하나인 부동산임대업 및 슈퍼마켓종합소매업 등으로 변경하므로 이는 법인의 실체를 변경하지 아니하고 재개업한 것이며, 설사, 일부가 변경되었다하더라도 주식회사는 주식의 양수도가 자유롭고, 주주총회 등을 통해 회사의 정관 및 목적사업 및 자본금 등은 물론 임원이나 본점소재지 및 상호 등도 필요에 따라 상시적으로 변경될 수 있으므로 이러한 법인 등기부상 인·물적 사항이 변경되었다고 해서 회사의 동일성이 상실되었다고 보는 것은 상법 및 지방세법상 관련규정을 확대해석한 것으로서 조세법률주의 원칙에 위배된다고 하고, 또한, 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 휴면법인의 최초 설립일을 인수법인의 설립일로 본다는 행정자치부 유권해석(세정과-○○○○호, 2004.6.8. 및 세정과-○○○호, 2004.3.13.)에 따라 등록세 등을 일반세율로 신고납부하였음에도 불구하고 처분청에서 위 유권해석을 달리하여 중과세율로 등록세 등을 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 총회결의로 해산되었다가 회사계속된 대도시내 설립 5년이상인 법인을 주식양수를 통해 인수한 후 상호 및 사업목적 등 등기부상 제반사항을 일부(임원 1인 및 목적사업 1종목 및 본점소재지)만 제외하고 모두 변경등기한 경우, 인수한 법인의 설립일을 변경등기일로 보는 것이 타당한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면,지방세법(2006.12.30. 법률 제8140호로 개정되기 이전의 것과 동일하므로 현행법으로 한다)제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 같은 법 제150조의2제2항에서 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 하며, 같은법시행령제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하며, 같은법시행령제104조의2제2항에서 법 제150조의2제2항에서 대통령령이 정하는 날이라 함은 그 제1호의 대도시안에서 법인을 신설하는 경우 및 대도시안에서 법인의 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 대도시외에서 법인의 본점 또는 지점을 대도시안으로 이전하는 경우에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날을 말한다고 하고, 상법 제519조에서 회사가 존립기간의 만료 기타 정관에 정한 사유의 발생 또는 주주총회의 결의에 의하여 해산한 경우에는 제434조의 규정에 의한 결의로 회사를 계속할 수 있다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인의 전회사인○○관광(주)의 현황에서 1989.6.27. 본점소재지를 서울특별시○○○구○○동 700-1번지로, 목적사업을 국내관광·해외여행 알선업 등 6개 사업으로 설립되었고(1998.5.12. 목적사업 중 건축 및 부동산 임대업 등 2개 사업을 추가함), 2001.8.17. 법인주식의 3분의 1 소유지분을 각각 가지고 있는 임원○○○·○○○·○○○이 참여한 주주총회결의를 통해 해산등기되었으며(대표이사○○○은 같은 날 청산인으로 선임등기됨), 2001.11.12. 회사 계속등기하였고, 임원에 관한 사항에서 대표이사○○○(1994.7.25.～1995.11.14.사임) 및○○○(1995.11.14.～1998.11.14.사임, 2001.5.12.～2004.12.17.사임), 감사○○○(1994.7.25.～1995.11.14.사임) 및○○○(1995.11.14.～2004.1.8.사임), 이사○○○(1998.5.12.～2001.12.17.사임) 및○○○(1998.5.12.～2001.12.17.사임) 등으로 되어 있으며, 한편, 대표이사○○○이 뇌경색 및 요로결석으로 6개월간 입원하는 등 건강상의 이유로○○관광(주)은 사업실적이 없는 상태라고 청구인은 제시하고 있고, 사업자등록증상 여행사 등을 사업종목으로 하여 1989년 개업하였다 2001.12.31. 폐업하였으며, 주식등 변동상황명세서(2001.1.1.～2001.12.31.)에서 주식수 총 150,000주에서 104,000주를 감자한 사실 및 대표이사○○○은○○○·○○○으로부터 각각의 소유주식 15,000주(당초 30,000주를 2분의 1 감자됨)를 전부 양수한 것으로 기재되었고, 청구인의 경우는 2004.1.8. 청구인의 대표이사○○○등 특수관계인 6명은○○관광(주)의 대표이사○○○이 100% 소유하고 있는 법인주식 모두를 양수한 후 상호를○○○(주)로, 본점소재지를 전 회사의 소재지로, 전 회사의 목적사업을 부동산임대업만 제외하고는 모두 삭제하고 추가로 슈퍼마켓종합소매업·부동산매매/임대업 등 8개 업종으로, 임원에 관한 사항도○○○을 제외한 나머지 임원은 삭제하고 새로운 임원으로, 각각 변경한 다음 같은 날 12일 변경등기하였으며, 임원에 관한 사항에서 대표이사○○○및 감사○○○및 이사○○○·○○○은 2004.1.8. 취임하여 현재까지 등재되어 있어 있고, 2007.6.12. 발급한 사업자등록증명원에서 사업장소재지를 서울특별시○○구○○동 1330-6번지 103호로 되어 있는 것은 개업일(등록일)을 2004.2.20.(2004.3.9.)으로, 업태(종목)를 부동산(임대)으로 되어 있고, 사업장소재지를 서울특별시○○○구○○동 700-1번지로 되어 있는 것은 개업일 및 등록일을 2004.1.31.으로, 업태(종목)를 부동산(임대) 및 소매(슈퍼마켓) 및 금융업(대부업)로 되어 있으며, 2004.3.29. 청구인은 이 사건 부동산을 취득 등기하면서 등록세 등을 일반세율로 신고 납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 기존 법인의 주주겸 임원이 대표이사로 취임한 후 기존 법인의 본점소재지에서 주주 및 임원을 새롭게 구성함과 아울러 목적사업을 관광여행 알선업 등에서 기존 업종의 하나인 부동산임대업 등으로 변경하므로 이는 법인의 실체를 변경하지 아니하고 재개업한 것에 불과할 뿐이며, 설사, 일부가 변경되었다하더라도 주식회사는 정관 및 목적사업 및 임원이나 본점소재지 및 상호 등도 필요에 따라 상시적으로 변경될 수 있는데도 이러한 변경등기를 회사의 동일성이 상실되었다고 보는 것은 상법 및 지방세법상 관련규정을 확대해석한 것으로서 조세법률주의 원칙에 위배된다고 주장하여 이를 보면,지방세법 제138조제1항에서 대도시내 법인설립 5년내의 법인 설립이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 3배로 중과세하는 취지가 인구와 경제력의 대도시집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 복지국가적 정책목표를 달성하기 위하여 자연인에 비하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서의 신설을 억제하려는 데 그 목적이 있다 고 하는 것(헌법재판소 1998.2.27. 선고 97헌바79 판결)이나, 실제는 이러한 중과세 취지에 해당됨에도 단지 조세회피목적으로 대도시내 설립 5년 이상된 휴면상태의 법인을 인수한 다음 표면상 휴면법인이 부동산을 취득하는 것으로서 포장된 경우까지 성실하게 조세의무를 다하는 납세자와 동일하게 보는 것은 조세형평에 위배됨은 물론, 특히,기존회사의 채무면탈을 목적으로 기업의 형태와 내용이 실질적으로 동일하게 설립된 신설회사가 기존회사와 별개의 법인격임을 내세워 그 책임을 부정하는 것은 신의성실에 반하거나 법인격을 남용하는 것으로서 허용될 수 없는 것(유사한 취지의 대법원 판례 2004.11.12. 선고 2002다66892 판결 등)에 비추어,휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 등기부상 제반사항을 변경함과 동시에 회사계속등기한 경우는 그 계속등기일을, 회사계속된 회사를 인수하여 등기부상 제반사항을 변경등기한 경우는 그 변경등기일로 본다(행정자치부 심사결정제2007-491호, 2007.10.1. 및 제2007-128호, 2007.3.26. 및 유사한 취지의유권해석 지방세정팀-2081호, 2006.5.23.)고 하는 것이 실질과세 원칙상 상당하다고 할 것으로서,청구인의 경우, 먼저, 전회사인○○관광(주)(이하 “○○”이라 한다)에 대하여 보면, 1989.6.27. 본점소재지를 서울특별시○○○구○○동 700-1번지로, 목적사업을 국내관광·해외여행 알선업 등 6개 사업(1998.5.12. 건축 및 부동산 임대업 등 2개 사업을 추가)으로 설립되었고, 2001.8.17. 주주총회결의를 통해 해산등기(대표이사○○○은 청산인으로 선임등기됨) 및 2001.11.12. 회사 계속등기되었으며, 임원에 관한 사항에서 대표이사○○○(1995.11.14.사임) 및○○○(2004.12.17.사임), 감사○○○(1995.11.14.사임) 및○○○(2004.1.8.사임), 이사○○○(1998.5.12.～2001.12.17.사임) 및○○○(1998.5.12.～2001.12.17.사임) 등이 등재되었고, 청구인은 대표이사○○○이 건강(뇌경색 및 요로결석 등) 때문에 법인의 사업실적이 없는 상태(1989년 개업하였다 2001.12.31. 폐업함)라고 하고 있으며, 주식등 변동상황명세서(2001.12.31. 현재)에서 대표이사○○○은○○○·○○○으로부터 각각의 소유주식을 전부 양수한 것으로 되어 있고, 한편, 청구인은 2004.1.8. 그의 대표이사○○○등 6명은○○의 대표이사○○○이 100% 소유하고 있는 법인주식 모두를 양수한 후 상호를○○○(주)로, 본점소재지를 전 회사의 소재지로, 전 회사의 목적사업을 부동산임대업만 제외하고는 모두 삭제하고 추가로 슈퍼마켓종합소매업·부동산매매/임대업 등 8개 업종으로,○○○을 제외한 나머지 임원은 삭제하고 새로운 임원(감사○○○및 이사○○○·○○○)으로, 각각 변경한 다음 같은 달 12일 변경등기한 다음 2004.3.29. 이 사건 부동산을 취득한 사실을 종합하여 볼 때,○○은, 비록 2001.8.17. 주주총회결의를 통해 해산등기 및 2001.11.12. 회사 계속등기를 함으로서 외형상 해산간주이전의 상태를 회복한 것처럼 보여 지나, 해산등기된 후 청산인으로 등기된 대표이사○○○및 이사○○○등을 제외한 대부분의 기존 임원 등이 사임하였고, 회사계속등기시점에 대표이사○○○은 이사○○○등의 소유주식 전부를 양수하였으며, 사업자등록증상○○은 2001.12.31. 폐업된 사실 등에서, 상법 제520조의2제3항에서 공고후 2월내의 신고기간이 만료되어 해산간주된 회사는 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다는 규정이 소정의 절차에 따라 청산되지 않았더라도 실질적으로 청산이 종결된다고 간주하는 것에 비추어,○○은 회사계속 후 법인양도시까지 실제로 사업을 영위하였다고 볼 만한 구체적인 증거가 있다고 보이지 않고, 또한, 청구인이○○을 양수와 함께 상호를○○○(주)(청구인)로, 본점 소재지를 전 회사의 소재지로, 목적사업을 부동산임대업만 제외하고는 모두 삭제하고 추가로 슈퍼마켓종합소매업·부동산매매/임대업 등 8개 업종으로 하여 등기부상 제반사항을 2004.1.12. 새로이 변경등기한 것은, 등기제도상으로는 변경등기에 해당한다고 할 수 있으나 그 실질내용은 더 이상 재산의 정리 등 청산할 사무가 없는 것으로 보이는○○의 법인격을 소멸시키는 청산종결등기이자, 청구인이○○의 등기부를 변경하는 방식으로 새로이 설립된 설립등기라고 할 수 있다고 할 것이므로 지방세법 제138조제1항제3호 등에서의 대도시내에서의 법인의 설립에서의 설립이 반드시 등기형식에 있어서의 설립등기만을 의미하는 것으로 볼 수는 없고, 설사 변경등기의 형식을 취하였다고 하더라도 이를 실질에 있어 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 조항의 법인의 설립으로 보는 것이 오히려 실질과세의 원칙에도 더 부합된다고 할 것(유사한 취지의 서울행정법원 2007.4.26. 선고, 2006구합37271 판결)이어서 처분청에서 이 사건 등록세 등을 중과세율로 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠으며, 또한, 청구인은 휴면법인의 최초 설립일을 인수법인의 설립일로 본다는 행정자치부 유권해석(세정과-○○○호, 2004.6.8. 및 세정과-○○○호, 2004.3.13.)에 따라 등록세 등을 일반세율로 신고납부하였음에도 처분청에서 위 유권해석을 달리하여 중과세율로 등록세 등을 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 행정자치부 유권해석은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 발할 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력있는 심의의결기관에 의하여 달리 내려질 수 있는 것일 뿐만 아니라 행정자치부장관이 청구인에게 이에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로(유사한 취지의 행정자치부 심사결정 제2006-408호, 2006.10.30.) 이에 대한 청구인의 주장 역시 받아들일 수 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관