축산관련 비영리단체가 정부방침으로 대도시내로 전입후 5년내 부동산을 취득한 경우, 등록세 중과세대상에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은2004.4.30. 서울특별시로 전입한축산관련단체인 청구인이2006.2.6. 서울특별시○○구○○동 1621-19번지외 1필지 토지 534.8㎡ 및 지하2층·지상6층 건축물 2,282.23㎡중 5분의 1지분(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하고 등록세 등을 일반세율로 신고납부하였으나, 대도시내 로 주사무소를 전입한 후 5년내 취득등기하는 부동산으로 보아 그 취득가액(910,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 48,681,360원, 지방교육세 9,008,270원, 합계 57,689,630원(가산세 포함)을 2007.5.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은○○○○회관과 같은 지역 내 있는○○○○회관의 5분의 1지분인이 사건 부동산을 취득하여 주사무소를 이전한 것은 청구인의 필요에 따른 것이 아니라 축산환경의 효율성 및 축산농가지원을 위하여 청구인등 5개 축산관련단체가 이전하라는 정부의 방침에 따른 것으로서, 이에 대하여 등록세를 중과하는 것은 등록세 중과세의 입법취지에 부합하지 아니하고, 지방세법 제138조제1항단서 및 같은 법시행령 제101조제1항제10호에서 국가 또는 지방자치단체가 20%이상을 직접 출자한 법인에 대하여는 등록세중과예외대상으로 하고 있는 것에 비추어 이 사건 부동산 총 구입비용 4,550백만원중 약 66%인 3,000백만원을 정부가 지원해 주었을 뿐만 아니라 정부(농림부)의 통제에 따라 결과보고 및 건물을 관리하고 있으므로 사실상 정부의 출자법인과 동일한 단체로 보아 중과세를 배제함이 타당하며, 설사, 이 사건 부동산이 등록세 중과세대상이라 하더라도, 정부지원의 의미를 감안할 때 정부지원부분을 제외하고 청구인이 직접 부담한 부분에 대하여만 등록세를 중과세하는 것이 합당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 축산관련 비영리단체가 정부방침으로 대도시내로 전입후 5년내 부동산을 취득한 경우, 등록세 중과세대상에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면,지방세법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하고, 같은 법 제288조제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다고 하며, 같은법시행령제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 대통령령이 정하는 업종이라 함은 그 제10호의 정부출자법인(국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20이상을 직접 출자한 법인에 한한다)이 영위하는 사업 및 그 제31호의 법 제288조제2항의 규정에 의한 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업 등에 해당하는 업종을 말한다고 하고, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면,1994.8.20. 청구인은 주사무소 소재지를 경기도○○군○○면○○리 100-6번지로, 사업목적을○○사육에 관한 지식과 기술을 향상 및○○사육농가의 경제적 지위향상 등으로, 출자방법을 회원들이 입회금 및 회비 및 찬조금 및 기타 수입금으로 하여 설립된 비영리법인이고, 그 법인등기부상 2004.4.30. 주사무소를 서울특별시○○구○○동 555-3번지로, 2006.3.11. 이 사건 부동산 소재지로 다시 이전하였으며, 2005.11.30. 농림부장관은 청구인 등 5개 축산관련단체(○○○○·○○○○·○○○○·○○○○·○○○○협회)에게 제2축산회관 매입을 위한 특별적립금 교부결정서(교부액 30억원)를 통지(축산정책과-○○○○, 2005.11.30)하였고, 위 결정서상 사업목적은 FTA타결후 축산농가침체에 따른 축산관련단체의 역할을 제고 및 홍보·교육 등으로 농가 서비스지원 강화 등에 있다고 하며, 2006.2.6. 청구인등 5개 축산관련단체는 (주)○○로부터 45억5천만원에 제2축산회관을 취득하자 청구인은 이 사건 부동산의 등록세 등을 위 지분취득가액을 신고취득가액으로 하여 일반세율로 신고납부한 사실제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 부동산에 주사무소를 이전한 것은 축산농가지원을 위한 정부의 방침에 따라 정부지원금을 받아 이전한 것일 뿐만 아니라 정부의 통제에 따라 건물관리 등을 하고 있으므로 정부의 출자법인과 동일한 단체로 보아 중과세예외대상으로 보아야 하며, 설령, 중과세대상이라 하더라도 정부보조금을 제외한 청구인이 직접 부담한 부분에 대하여만 중과세를 하여야 한다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제101조제1항 및 같은 법시행령 제102조제2항에서 대도시내에서의 주사무소 전입후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 등록세 중과세하도록 하고 있고, 대도시내 법인 중과세 예외업종은 정부출자법인(국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20이상을 직접 출자한 법인에 한한다)이 영위하는 사업이나 같은 법 제288조제2항의 규정에 의한 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업 등이라고 열거하고 있는 바, 청구인은○○사육농가의 경제적 지위향상 등으로 설립된 비영리 사단법인으로서 그 출자방법은 회원들의 입회금 및 회비 및 찬조금 등으로 하고 있는 것으로 미루어 정부 등이 직접 출자하는 법인이 아닐뿐더러 그 성격이 축산관련단체로서 같은 법 제288조제2항에서 규정하고 있는 단체가 아니라고 보는 것이 법령해석상 상당하다 할 것이므로, 청구인의 경우, 법인등기부상 2004.4.30. 주사무소를 서울특별시○○구로 이전한 다음 2006.2.6. 이 사건 부동산을 취득한 후 다시 2006.3.11. 이 사건 부동산 소재지로 이전한 사실을 볼 때, 이 사건 부동산은 비영리단체가 대도시내의 주사무소 이전 후 5년내 취득등기하는 부동산으로 등록세 중과세대상이 분명하며, 비록, 축산농가침체에 따른 역할제고 및 농가서비스 지원강화라는 정부의 방침에 따라 특별적립금을 교부받아 이 사건 부동산을 취득한 사정이 있다하더라도, 이것이 정부의 출연금이 아닌 이상 중과세예외대상으로 보는 것은 법령확대해석금지의 원칙상 무리가 있다고 할 것(행정자치부 심사결정제2007-298호, 2007.5.28.)이어서 처분청에서 이 사건 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 없다고하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 10. 1. 행 정 자 치 부 장 관