창업벤처중소기업 확인을 받은 후 2년 내에 계약금과 중도금을 납부하였으나, 잔금은 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 후 지급한 경우 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 내에 지급한 계약금과 중도금에 대한 등록세 등이 과세 면제되는지 여부와 부족 납부한 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지한 것이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004. 1. 28부터 2. 26.까지취득한 서울특별시 용산구○○동○-○번지○○○○오피스텔○동○호,○호,○호(토지 각각 22.76㎡건물 각각 60.04㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)에 대하여조세특례제한법제119조제3항제1호및 같은 법제120조 제3항의규정에 의한창업벤처중소기업이벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 사업용 부동산으로 보아취득세와 등록세등을 과세면제 하였으나2004.10.6. 서울특별시 지도점검 결과 청구인은 2001.5.12.서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받은 후 이로부터 2년내인 2002.9.2 청구 외○○산업(주)과 이 사건 부동산에 대한 분양계약을 체결하였으나 그 잔금은 벤처기업 확인을 받은 날부터 2년이 경과한2004.1.28(A동○호),2004.2.10 (A동○호), 2004.2.26(A동○호)에 지급한 사실을 확인하고2005.3.2. 이 사건 부동산의취득가액439,805,376원을 과세표준으로하여 구지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항제3호(2)의 일반세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한등록세 등 25,508,700원을 가산세없이부과 고지한 후, 2007.7.13이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울특별시)내에서법인 설립 후 5년 이내에취득한 부동산 등기로 보아구지방세법 제138조제1항의중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과세액을차감한등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함)지방교육세7,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계47,883,160원을부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은2001.5.12서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받은후 2002.9.2. 청구외○○산업(주)와 이 사건 부동산의 분양계약을 각각 체결하고2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을지급하였으므로 이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은청구인이벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세등은 과세면제되어야 한다고 주장하는한편 이 사건등록세 중가산세는청구인의 과실 없이 처분청의 행정착오에 의하여 발생한 것임에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지하는 것은부당하다고 주장하면서 이 사건 등록세 등의 경정을 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은창업벤처중소기업 확인을 받은 후 2년 내에계약금과 중도금을 납부하였으나, 잔금은 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 후 지급한 경우벤처기업확인을 받은 날부터2년 내에 지급한 계약금과 중도금에 대한 등록세 등이 과세 면제되는지 여부와부족 납부한 등록세에가산세를 포함하여 부과 고지한 것이 적법한지 여부에있다고 하겠다 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제5항제3호 내지 같은 법 제130조제3항에서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 사실상의 취득가액을 등록세의 과세표준으로 하고 같은법시행령 제73조제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을취득의 시기로 규정하고 있으며 같은법 제151조에서등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은2001.5.12서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받은후,2002.9.2. 청구외○○산업(주)와 이 사건 부부동산의 분양계약을 각각 체결하고 벤처기업확인을받은 날부터 2년 내인2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을지급한 사실과 이 사건 부동산 각각에 대한 잔금은2004.1.28(A동○호),2004.2.10 (A동○호), 2004.2.26(A동○호)에 지급한 사실과 처분청이이 사건 부동산의취득가액439,805,376원을 과세표준으로하여 구지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항제3호(2)의 일반 세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한등록세 등 25,508,700원을 가산세없이부과 고지한 후, 2007.7.13이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울특별시)내에서법인 설립 후 5년 이내에취득한 부동산 등기로 보아구지방세법 제138조제1항의중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과세액을차감한등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함)지방교육세7,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계47,883,160원을부과 고지한 사실은 제출된 관련 증빙 자료에서 알 수 있다 이에 대하여 청구인은 첫째,이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은청구인이벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세등은 과세면제되어야 한다고 주장하고있으나, 지방세법시행령 제73조제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을취득의 시기로 규정하고 있으므로,비록 청구인이벤처기업확인을 받은 날부터 2년 이내에 이 사건 부동산의 계약금과중도금을 지급하였다고 하더라도 이는 이 사건 부동산을장래에 취득하기 위하여 미리 취득가격의 일부를 지급한 것일 뿐 이 사건 부동산을취득한 것이라는 볼 수 없으므로이에 대한 등록세 등은 과세면제 대상에 해당하지 아니하므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없으며 둘째,청구인은이 사건가산세의 경우 청구인의 과실 없이 처분청의 행정착오에의하여 발생한 것임에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를포함하여 부과 고지하는 것은부당하다고 주장하고 있으나,등록세와 같은신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을정하여 신고하는 행위에의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여확정된 조세채무의 구체적 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체는 그와 같이확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을보유하는것이고(같은 취지의대법원 1999.7.27. 선고, 99다23284 판결 참조) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다고 할 것이므로처분청이 이 사건 부동산을 지방세법제131조제1항제3호(2)에서 규정한일반과세로 등록세를 부과 고지하였다가 지방세법 제138조제1항규정에따라다시 중과세로 변경한 처분은 과세관청의공적인 견해표명이나관행 등에반하는처분이 아니고 사실관계를 오인함으로써관계규정을 잘못적용하여위법·부당하게 된 행정행위를 바로잡은 경우에해당된다 하겠는 바, 처분청이2005.3.2이 사건 부동산에 대하여 등록세를 일반과세로 부과 고지하였다는 사실만으로 청구인이 이 사건 등록세를 중과세로신고납부하지 아니할만한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다고할 것이므로 처분청이 부족납부한 이 사건 등록세에 대하여 가산세를포함하여 부과 징수한 것은 잘못이없다고하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관