학교법인이 전공의 등의 숙소 등으로 사용하기 위하여 병원 구외에 소재하는 부동산을 취득한 경우 취득세 등이 비과세 되는지 여부(취소)

[주 문] 청구인이 2007.4.6. 신고납부한 취득세 68,000,000원, 농어촌특별세 6,800,000원, 등록세 68,000,000원, 지방교육세 13,600,000원, 합계 156,400,000원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2007.4.5. 대전광역시 서구○○동○번지 건축물 1,843.32㎡와 동 건축물의 부속토지 504.6㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 취득가액 3,400,000,000원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 68,000,000원, 농어촌특별세 6,800,000원, 등록세 68,000,000원, 지방교육세 13,600,000원, 합계 156,400,000원을 신고하고, 2007.4.6. 납부하자 이를 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 의과대학 부속병원을 운영하는 학교법인으로 이 사건 부동산을 수련의 등의 의국 및 숙소로 사용하기 위하여 취득한 것으로 이 사건 부동산은 수련병원 지정유지를 위하여 필수적인 시설이기 때문에 이는 의과대학병원이 직접 사용하는 부동산에 해당됨에도 처분청에서 이 사건 부동산이 병원 구외에 소재하고 있다하여 취득세 등을 과세하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 환부를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 전공의 등의 숙소 등으로 사용하기 위하여 병원 구외에 소재하는 부동산을 취득한 경우 취득세 등이비과세 되는지의 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법 제107조 본문에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예ㆍ기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라 규정하며 같은 법 시행령 제78조의2제2항제1호에서 고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하며, 지방세법 제127조제1항에서 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 등록세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하며, 같은 법 시행령 제94조에서 법 제127조제1항 단서에서 대통령령이 정하는 수익사업이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 학교법인으로서○○의과대학병원(이하 “이 사건 대학병원”이라 한다) 인근에 소재하고 있는 이 사건 부동산을2007.4.3. 취득하고, 2007.4.6. 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 신고납부한사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수있다. 이에 대하여 청구인은,이 사건 부동산을 수련의 등의 의국 및 숙소로 사용하기 위하여 취득한 것으로서 수련병원 지정유지를 위하여 필수적인 시설에 해당되기 때문에 이는 의료업에 직접 사용되는 부동산에 해당됨에도 처분청에서 이 사건 부동산이 병원 구외에 소재하고 있다는 사유로 취득세 등을 신고납부토록 한 것은 부당하다고 주장하고, 처분청은 이 사건 부동산은 청구인이 운영하는 이 사건 대학병원의 구외에 위치하고 있고, 수련병원 지정유지를 위한 필수불가결한 시설이 아니라 전공의 등의 복리후생을 증진하기 위한 것이므로 이는 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 아니한다하므로 살펴보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조에서 비과세 대상으로 규정하고 있는 비영리사업자의 고유목적사업용 부동산에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 당해 부동산의 취득경위 및 실제 사용관계를 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것으로 이 사건 대학병원이 전공의 등의 수련병원 지정유지를 위하여 전문의의수련 및 자격 인정등에 관한 규정에서 숙식시설과 숙직시설을 갖추도록 하고 있는 점, 이 사건 부동산은 청구인이 운영하는 이 사건 대학병원 구외에 소재하고 있으나 병원구내와 8미터 인도를 사이에 두고 인접하고 있는 점, 이 사건 부동산 취득 후인 2007.7.12. 처분청의 현지확인(지방세무주사○○○외 1) 결과에서도 이 사건 대학병원의 수련의 등의 숙소 등으로 사용되고 있는 점, 이 사건 부동산을 학교기본재산으로 편입(2008년 4월에 관계부처에 보고예정)한 점 등을 종합하여 보면 이 사건 부동산이 고유업무용 부동산에 해당하는지 여부는 이 사건 부동산의 취득 후의 유예기간내의 이용현황을 고려하여 판단하는 것이 합리적일 것임에도 청구인이 이 사건을 취득하는 시점에서 이 사건 부동산이 이 사건 대학병원 구외에 소재하고, 전공의 등의 복리후생을 위한 숙식시설에 사용한다는 사유로 고유업무에 직접 사용하는 부동산이 아니라고 판단하여 이 사건 취득세 등을 신고납부토록 한 것은 법리 오해로 인한 잘못이있다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관