청소년단체가 보유하고 있는 토지에 대하여 공유권 분할 등기한 경우 등록세가 면제될 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2006.6.19. 경상남도 창원시○○동○-○번지 토지 1,185.1㎡(이하 “이 사건 분할 전 토지”라 한다)중 일부(1,185.1분의 525.1, 이하 “이 사건 토지”라 한다)를 환매특약부 매매계약에 따라 지분 취득한 후 지방세법 제288조 제2항 규정하고 있는 청소년단체가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 및 등록세를 면제받았으나, 2006.12.13. 이 사건 분할 전 토지(경상남도 창원시○○동○-○번지)를 분필한 후 이 사건 토지의 시가표준액(577,610,000원)을 과세표준으로 하여 지방세법 제131조 제1항 제5호 규정을 적용하여 산출한 등록세 1,732,830원, 지방교육세 346,560워, 합계 2,079,390원을 2006.12.15. 자진납부하자 이를 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 분할 전 토지가 지번분할이 불가하다는 관련 공무원의 안내에 따라 국가(관리청:경찰청)와 지분이 공유된 상태로 취득하면서 지방세법 제288조 제2항의 규정에 의한 청소년단체가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 및 등록세 등을 면제받은 토지로서 동 조항의 취지는 청소년단체 활동의 공익성, 비영리성 등을 이유로 취득세 및 등록세를 면제하는 것이지 부동산 취득과정에서 발생하는 세액만을 면제하는 것은 아니라고 할 것이고, 또한 취득할 당시 토지의 소유자인 국가(관리청:경찰청)가 이 사건 분할 전 토지를 분할한 후 청구인에게 매각을 하였다면 공유권 분할에 대한 등록세를 부담하지 아니하여도 될 것인데도 분할이 불가능하다고 안내하여 공유지분으로 등기한 후 분할이 가능하다고 통지함에 따라 분할등기를 한 것이므로 이 사건 등록세 등을 수납한 것은 신뢰보호원칙에 반하고, 이 사건 분할 전 토지에 대한 취득세 및 등록세를 면제한 후 공유물 분할 등기를 이유로 등록세 등을 부과하는 것은 이중과세이고 공유물 분할등기 당시에도 여전히 청소년단체였으므로 이 사건 등록세 등은 면제되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청소년단체가 보유하고 있는 토지에 대하여 공유권 분할 등기한 경우 등록세가 면제될 수 있는지의 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제131조 제1항 제5호에서 공유권의 분할의 경우 그 분할로 인하여 받은 부동산가액의 1000분의 3의 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제288조 제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2006.6.19 이 사건 토지를 환매특약부 매매계약에 따라 지분 취득한 후 지방세법 제288조 제2항에서 규정하고 있는 청소년단체가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 및 등록세를 면제받은 후, 2006.12.18. 공유물 분할등기에 따른 이 사건 등록세 등을 2006.12.15. 자진 납부한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여청구인은 청소년단체가 고유목적에 사용하기 위하여 취득하는 경우 취득세 및 등록세가 면제되는 것이므로 면제된 부동산에 대한 공유물 분할등기에 대한 등록세도 면제되어야 하고,이사건 분할 전 토지를 취득할 당시 등록세를 과세면제 받았음에도 공유물 분할등기를 한다고 하여 등록세를 부과하는 것은 이중과세에 해당된다고 하면서,이 사건 분할 전 토지를 취득하기 전에 처분청(관리과와 도시정보과)에서 해당 토지의 분할이 불가하다고 답변을 듣고 지분으로 취득하게 된 것이므로 공유물 분할에 대하여 등록세 납부하게 하는 것은 신뢰보호의 원칙에도 반한다고주장하고 있으나, 지방세법 제288조 제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 지방세법 제124조 및 같은 법 131조제1항 제5호 규정에 의하면 공유물 분할등기에 대하여 취득에 따른 소유권 이전등기와는 별도로 등록세를 납부하여야 한다고 규정하고 있으므로 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석으로 하는 것은 허용되지 아니하는 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조)인바 청구인이 이 사건 분할 전 토지를 최초로 취득할 당시의 취득세 및 등록세 등을 과세면제 받았다고 하여 공유물 분할등기에 따른 등록세가 과세 면제되는 것은 아니므로 공유물분할에 따른 등록세 등을 신고 납부한 것이 이중과세라고 볼 수는 없으며, 또한, 청구인이이 사건 분할 전 토지를 취득하기 전에 처분청(관리과와 도시정보과)에서 해당 토지의 분할이 불가하다는 답변을 들었다고 하나 청구인이 더 나아가 세무담당부서의 공무원에게 공적 견해의 표명을 구하는 정식의 서면질의 등을 하지 아니한 채 세무담당공무원이 아닌 토지관련 민원부서담당공무원의 답변만을 신뢰한 것에는 청구인 측에도 귀책사유가 있어 신뢰보호의 원칙이 적용되지 아니한다고 할 것(대법원 2003.12.26. 선고 2003두1875 판결 참조)이므로청구인이 신고납부 한 이 사건 등록세 등을 처분청이 수납하여 징수결정 한 것에는잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관