학교법인이 신축 취득한 건축물 일부를 문구점 등으로 임대하고 있는 경우, 기 비과세한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2006년 11월 10일. 청구인에게 부과 고지한 취득세 9,952,530원 농어촌특별세 774,450원 등록세 3,379,460원 지방교육세 619,560원 합계 14,726,000원(가산세포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.6.25. 경상북도 경주시○○동○번지 지상 건축물 연면적 11,756.56㎡(○○○학교○○캠퍼스 기숙사, 지하 1층 지상 6층, 이하 이 사건 건축물 라 한다)를 신축 취득한데 대하여 학교법인이 그 사업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세 및 등록세를 비과세하였으나, 이 사건 건축물 중 지상 1층 359.26㎡를 편의점 및 문구점(이하 이 사건 쟁점건축물 이라 한다)으로 임대한데 대하여 이를 수익사업에 사용하는 것으로 보아 그 취득가액 352,028,443원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 등의 규정을 적용하여 산출한 취득세 9,952,530원 농어촌특별세 774,450원 등록세 3,379,460원 지방교육세 619,560원 합계 14,726,000원(가산세 포함)을 2006.11.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 복지시설로서 이 사건 건축물(기숙사)을 건립하였으며, 이 사건 쟁점건축물은 1층 가운데 극히 일부인 문구점과 편의점으로서 이 사건 건축물 연면적의 1.9%에 불과하고 그 나머지 6층까지의 건축물은 모두 학생들의 기숙사로 사용되고 있으며, 이 사건 쟁점건축물이 소재한○○○학교○○켐퍼스(이하 “○○켐퍼스”라 한다)는 경주시내와 약 2㎞ 떨어진 외딴 곳에 위치하고 있어 주변에 문구점이나 편의점이 없어 도서관이나 강의실 등에서 하루의 대부분을 보내는 학생들이나 직원들이 가까운 거리에서 편리하게 문구류나 생활필수품을 구입할 수 있도록 하기 위함이며, 교직원과 학생들이 이용하는 후생복지시설로서 대학교육사업을 수행하기위하여 반드시 필요한 부대시설로서 교육부 산하의 대학종합평가에서도 평가항목을 정하고 있고, 청구인이 이 사건 쟁점건축물을 직접 경영하는 방법도 구상하였으나, 매장운영에 대항 전문적인 지식이 없어 효율적인 관리를 할 수 없고 오히려 인건비 등 예산이 많이 소요된다고 판단하여 청구외 (주)○○○○○마트 등에게 관리를 위탁하는 후생복지시설위탁운영계약을 체결하게 된 것이며, 위 계약에서는 위탁시설물의 양도, 전대가 금지되어 있을 뿐만 아니라, 영업시간, 사용목적과 용도, 구매품목과 할인율 준수 등 가격까지 제한하고 있으며, 계약서의 일부로 첨부된 수탁업체의 운영계획서에서는 재학생들로 하여금 아르바이트를 할 기회를 제공하도록 하였고, 실제 재학생 십여 명이 아르바이트생으로 취업한 적이 있고, 그 사용 실태는 이 사건 쟁점건축물은 마을과 거리상 일반주민이나 외부인 들이 이용하는 경우는 거의 상상하기 어렵고, 교직원 700여명과 학생 9,000여명이 이용하고 있으며, 판매품목은 계약서에 미리 정하여진 교직원, 학생들의 연구, 사무, 학업에 필요한 품목들만 판매할 수 있고 그 외의 다른 품목을 판매하는 경우는 해약사유가 되며, 다만, 청구인이 수탁업체의 매점 등의 운영으로 발생할 손해를 담보하고 책임감을 고취시키기 위하여 임대보증금 2,000만원, 임료명목의 월 50만원을 받았으나 이는 최소한의 시설유지 및 관리비용 등으로 전액 소요되었으므로 이 사건 쟁점건축물의 사용은 임대수익을 목적으로 한 수익사업에 해당되지 않는다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은학교법인이 신축 취득한 건축물 일부를 문구점 등으로 임대하고 있는 경우, 기 비과세한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법제107조 및제127조제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)의 취득·등기에 대하여는 취득세와등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는그 사용일로부터 3년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를부과하도록 규정하고 있고,구 지방세법시행령 제79조제1항제2호(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 및 지방세법시행령 제94조제1항에서는 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자를 비영리사업자로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.6.25. 이 사건 건축물을 신축 취득하고 2004.9.7. 청구외○○문구○○○및 (주)○○○○○마트 대표○○○과○○켐퍼스 복지관내 잡화·생활용품점 및 매점·휴게실에 대하여 계약기간을 2004.9.7.～2006.12.31.로, 보증금 및 임대료를 2,000만원과 월 50만원으로, 품목 및 가격을 정찰제 판매·계약서상의 취급 및 판매물품외의 물품 취급금지·판매가격 임의인상 및 질저하 금지·가격변동시 관리부서와 협의하기로 하는 후생복지시설위탁운영계약을 각각 체결하고, 이를 임대함에 따라 이 사건 쟁점건축물을 수익사업용 재산으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 복지시설(기숙사)로서 이 사건 건축물을 건립하였으며, 이 사건 건축물 중 극히 일부분을 문구점과 편의점으로 임대하였으나, 임대료는 시설유지 및 관리비용 등으로 전액 사용하였고, 그 나머지 건축물은 모두 학생들의 기숙사로 사용되고 있으며, 이 사건 쟁점건축물은 학생들이나 직원들에게 필요한 부대시설로서 경주시내로부터 외딴 곳에 위치하고 있고 주변에 문구점이나 편의점이 없어 일반주민이나 외부인들이 이용하는 경우가 거의 없고 교직원 700여명과 학생 9000여명이 이용하고 있으며, 교육부 산하의 대학종합평가에서도 “학생편의복지시설 및 운영에 대한 만족도”를 평가항목으로 정하고 있으므로 이 사건 쟁점건축물의 사용은 수익사업을 하는 경우에 해당되지 않는다고 주장하고, 이에 대하여 처분청은 이 사건 쟁점건축물을 임대하여 임대료(보증금 2000만원, 월 임대료 50만원)를 받고 있으므로 이는 학교용 기본재산이 아니라 수익사업용 재산에 해당되는 것으로 주장하고 있다. 이에 대하여 청구인의 경우를 보면, 이 사건 쟁점건축물은 청구인이 경영하는○○캠퍼스 내에 위치하고 있고○○켐퍼스 내에는 매점은 각 건물별로 분산되어 있고, 문구점은 학생회관에 소규모(29.7㎡)의 문구점이 있으나 기숙사와는 떨어져 있어 사용에 불편이 따르고, 이 사건 쟁점부동산을 임차한 청구외 (주)○○○○○마트(대표○○○) 등이 매점, 문구점을 운영하고 있어도○○켐퍼스 주변은 전·답 등으로 둘러싸여 주민이 거주하지 아니하고, 주민이 거주하는 곳은 정문으로부터도 멀리 떨어져 있어 주민이나 외부인들이 그 이용이 용이하지 아니하여 기숙사에 거주하는 학생들(신관기숙사: 590명, 구관기숙사: 남 567명, 여 355명, 석림원: 스님 50명, 합계 1,562명)과 일반학생이나 교직원들이 주로 이용하는 것으로 보이고, 후생복지시설위탁운영계약서에 의하면, 각 시설 이용요금도 대체로 시중가격보다 저렴(소비자가격 2,500원인 복사용지 A4 250매의 경우 판매가격 2,000원, 소비자가격 700원인 주먹김밥의 경우 판매가격 600원)하게 운영하고 있을 뿐만 아니라 임대수입도 기숙사의 매장칸막이공사, 휴게실용 TV장식장, 테이블, 팔걸이형 의자 구입 등으로 사용한 사실이 청구인의 회계장부상 기타운영비의 계정과목에서 입증되고 있는 점 등을 미루어보면 이 사건 부동산은 기숙사 거주 학생들과 일반 학생들의 후생복지를 위한 시설로서 교육사업에 사용되는 것으로 보아야 할 것이라고 판단된다.(같은 취지의 판례, 대법원 2004두9265, 2006.1.13.) 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관