○○○○○○○○공단이 개발제한구역내의 토지를 취득한 후 건축물 신축허가신청 절차 중에 유예기간이 경과한 경우 이를 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.8.31. 대구광역시 달서구○○동○번지의 토지 247㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득한데 대하여 구 지방세법(2004.12.31. 법률 제7311호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제270조 제2항의 규정에 의한○○○○○○○○공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산으로 보아 취득세 등을 과세면제 하였으나, 이 사건 토지를 취득일로부터 1년내에 정당한 사유 없이 당해 업무에 직접 사용하지 아니하므로 취득가액 52,900,000원을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,383,270원, 농어촌특별세 115,030원, 등록세 2,074,910원, 지방교육세 383,600원, 합계 3,956,810원(가산세 포함)을 2006.11.7. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지는 국가보훈처의 주요국책사업의 일환으로 대구·경북지역 국가유공자들의 급증하는 만성질환자의 의료수요에 대처하고 지역주민과 국가유공자에게 양질의 의료서비스를 제공하기 위하여 정부예산을 지원받아 병원시설을 증축하는 과정에서 취득한 의료시설지구 내에 있는 토지이며 개발제한구역 내에 있는 토지이기 때문에 다른 용도로는 사용할 수 없는 토지로서, 당해 업무에 직접 사용하기 위해서는 관계법령에 의한 행정적인 절차를 준수하여야 하기 때문에 부득이 유예기간(1년)을 넘긴 것이므로 이는 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하면서 이 사건 취득세 등 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은○○○○○○○○공단이 개발제한구역내의 토지를 취득한 후 건축물 신축허가신청 절차 중에 유예기간이 경과한 경우 이를 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는 지의 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구 지방세법 제270조제2항에서 한국보훈복지의료공단법에 의하여 설립된 한국보훈복지의료공단이 동법 제6조제1호 내지 제6호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 당해 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 당해 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 한국보훈복지의료공단법 제6조에서 공단은 다음 각호의 사업을 행한다고 규정하고 그 제1호에서 국가유공자등의 가료·보호 및 의학적·정신적 재활과 진료를 제2호에서 국가유공자등의 직업재활교육을 제3호에서 국가유공자등단체의 운영지원을 제4호에서 국가유공자등복지시설의 운영을 제5호에서 국가유공자등 및 그 자녀의 학비지원을 제6호에서 호국정신의 함양 및 고취를 위한 사업을 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 토지를 청구인의 목적사업인 의료시설(재활체육시설)을 증축할 목적으로 2003.11.3. 대구광역시 달서구○○동○번지 일원에 대하여 대구광역시로부터 공익시설(시설명○○○○병원) 증설을 위한 2006년 대구광역시 개발제한구역관리계획 변경 승인(대구광역시 도시 58430-20738)을 받고, 2004.8.31. 이 사건 토지를 취득하였으나, 사업기간이 2003년부터 2006년까지인 점을 고려하여 개발제한구역 관리계획 변경 승인(2003.11.3)에 의하여 증가된 1,302㎡중 이미 취득한 이 사건 토지 247㎡에 대하여만 도시관리계획 변경결정을 신청하여, 2006.7.10. 도시관리계획 변경결정 및 지형도면작성 고시(달서구 고시 제2006-51호)를 받고, 2006.9.20. 도시계획시설(종합의료시설)사업 실시계획 열람공고 및 2006.11.2. 도시계획시설사업 실시계획 인가를 거쳐, 2006.11.28. 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법 제11조 및 제12조의 규정에 의하여 개발제한구역내 행위허가(도시관리과-9850호)를 받아 주차장 시설을 완공하였으며, 사업기간이 2006년으로 종료되는 관계로 2003.11.3.개발제한구역 관리계획 변경 승인에 의하여 증가된 1,302㎡중 4필지에 대하여는 해제신청을 하였음은 제출된 관계증빙 서류에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은, 이 사건 토지는 병원이 소재한 토지와 연접한 청구인의 병원시설 확장을 위하여 반드시 필요한 업무용 토지로서 지가상승 등의 이익을 추구할 목적도 없었으며 단지 개별제한구역내 토지인 관계로 행정절차의 복잡성 때문에 토지를 일괄 매입한 다음 추진하려고 지연된 것으로서 이는 유예기간(1년) 내에 당해 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으나, 구 지방세법 제270조제2항에서 한국보훈복지의료공단이 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 당해 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실 없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 보아야 할 것(같은 취지의 대법원판결 98두15139, 1999.10.8.)이므로, 청구인의 경우 2003.11.3. 이 사건 토지가 포함된 대구광역시 달서구○○동○번지 일원(형질변경 면적 1,302㎡, 건축 연면적 19,706㎡)에 대하여2006년 대구광역시 개발제한구역관리계획 변경 승인을 받은 후 2004.8.31. 이 사건 토지를 취득하여 청구인의 당해 목적사업인 병원시설 증설 사업을 추진함에 있어 변경결정고시, 실시계획 인가 등 각종 절차도 직접적인 제한을 받지 아니하고도 추진이 가능하였다는 점, 2006.7.10. 도시관리계획 변경결정 및 지형도면 작성 고시, 2006.9.20. 도시계획시설(종합의료시설)사업 실시계획 열람 공고, 2006.11.2. 도시계획시설사업 실시계획인가, 2006.11.28. 개발제한구역내 행위허가 등 관련법령에 의한 행정적인 절차에 소요된 기간이 5개월 미만에 불과한 점 등의 일련의 과정을 종합하여 볼 때 이 사건 토지가 개발제한구역내 토지로 행정절차의 복잡성 때문에 유예기간(1년)내에 당해 업무에 직접 사용하지 못하였다 하기 보다는 2003.11.3. 개발제한구역관리계획 변경 승인되어 증가된 1,302㎡중 이 사건 토지 247㎡를 제외한 다른 토지를 매입이 지연됨으로써 이 사건 토지를 1년 이내 목적 사업에 직접 사용하지 못하였다 할 것이므로 청구인이 이 사건 토지를 고유 업무에 사용함에 있어 법령에 의한 금지나 제한 이 있었다거나 유예기간(1년)내에 그 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 있다고는 볼 수 없으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 7. 23. 행 정 자 치 부 장 관