종교단체가 교회신축부지로 사용하기 위하여 토지를 취득한 후 취득일로부터 3년이 경과하도록 종교용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.5.12 인천광역시 남구○○동○-○번지 토지496㎡와 2003.6.19 같은 동○-○번지 토지 152㎡(이하 “이 사건 토지”이라 한다)를 취득한 후 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조와 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 종교단체가 종교용에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 비과세 받았으나 2006.12.8 처분청의 현지사실조사에서 종교용에 직접 사용하지 아니하고 있음을 확인하고 이 사건 토지의 취득가액 354,500,000원에 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 3호 (2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세9,037,620원,농어촌특별세 779,900원, 등록세 13,556,430원, 지방교육세2,498,580원,합계 25,872,530원(가산세 포함)을 2007.2.12 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 교회건립을 위하여 이 사건 토지를 취득하였으나 토지가 부족하여 추가 매입을 시도하던 중 2004년 초 뉴타운조성계획에 대한 각종 언론의 보도로 인근 지역의 지가가 상승하여 부족한 토지의 추가취득이 지연되었고 교회를 신축하더라도 얼마 후 철거되게 되어 불가피하게 교회신축을 유보하고 있었음에도 이 사건 토지를 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 않았다는 이유로 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과고지 한 것은 부당하다고 주장하면서 이사건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은종교단체가 교회신축부지로 사용하기 위하여 토지를 취득한 후 취득일로부터 3년이 경과하도록 종교용에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 대한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조와 같은 법 제127조에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것(제112조제2항의규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조 제1항에서 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 하면서 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제94조 제1항에서 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.5.3과 2003.6.18에 각각 이 사건 토지를 취득하고 종교용으로 사용하고자 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 2006.12.3. 처분청 담당공무원의 현지사실조사에서 이 사건 토지취득일로부터 3년이 경과하도록 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 있으므로 2007.2.12 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과고지 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 토지를 교회건립을 목적으로 취득하였으나 이 사건 토지 취득이후 이 사건 토지 주위에 소재하고 있는○○○○대학교 이전과 인근지역에 뉴타운조성계획에 대한 2004년 초의 언론보도 등으로 교인들 사이에 이 사건 토지상에 교회를 신축하더라도 곧 철거하여야 하는 사정을 우려하는 논란이 있어 미루어 온 것일 뿐 고의로 교회건립을 하지 않은 것이 아니므로 이는 이 사건 토지를 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조에서 규정하고 있는 '정당한 사유'란 그 취득 토지를 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 고유업무에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다(대법원 1997. 6. 27. 선고 96누16810 판결, 참조)고 하고 있음을 볼 때, 청구인의 경우 교회신축부지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였으면 이 사건 토지 취득 전에 취득하고자 하는 토지소유자들과의 협의 등 취득하기 위한 일련의 노력이 계속되었어야 하고 더구나 청구인이 취득한 토지 인근의○○○○○○은 2003. 8.23 교육인적자원부의○○○○○○이전계획 승인이전부터 교수협의회의 캠퍼스○○신도시 이전에 관한 의견 수렴(2001. 2.20～28: 찬성 - 78%)을 거쳐 대학의○○이전을 추진하고 있었으므로 조금만 주의를 기울였더라도 인근지역의 지가상승에 따른 교회건립을 위한 토지 추가 취득비용의 증가나 인근지역에 대한 개발지구 지정 등 사실상의 사용제한을 알 수 있었던 상황에서 이 사건 토지를 취득한 것이기 때문에 이 사건 토지 취득 후 청구인이 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 이 사건 토지를 종교용에 직접 사용하지 못한 특별한 사정이 있었다고 볼 수 없으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 7. 23. 행 정 자 치 부 장 관