법인장부상 취득가액 중 사업권양수대금 등이 취득세 과세표준에 포함하는지 및 정리회사의 소유 부동산이 법원의 촉탁에 의하여 제3자에게 소유권이전등기 될 경우 등록세가 비과세 대상에 해당되는지 및 설령, 등록세 비과세 대상이 아니라고 하더라도, 그 가산세의 부과처분에 있어서 정당한 사유가 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청(사하구청장, 수영구청장)은 청구인이2005.7.8. 정리회사 (주)○○○○○○으로부터 부산광역시 사하구○○동○-○번지 토지 5,041.0㎡ 및 그 지상건축물 23,108.1㎡(이하 “이 사건제1부동산”이라 한다)를취득가액 14,529,477,188원에, 부산광역시 수영구○○동○-○번지 토지 4,929.7㎡ 및 지상건축물 12,835.9㎡(이하 “이 사건 제2부동산”이라 한다)를 7,792,383,884원에 각각 취득하고 취득세 등을 신고납부(등록세 등은 회사정리에 관하여 법원의 촉탁에 따른 등기로 비과세받음)하였으나, 그 후 2006.11.28. 부산광역시장이 청구인에 대한 세무조사에서 이 사건 제1,2부동산에 대한 취득신고가액이 법인장부상 가액보다 과소신고한 것 및 당초 비과세한 등록세가 과세대상임을 확인하고 관할 처분청에게 각각 통보하자 이에 따라사하구청장은 이 사건 제1부동산에대한 취득신고가액누락액(639,374,508원)을 과세표준으로 지방세법 제121조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 17,692,760원, 농어촌특별세 1,406,610원, 합계 19,099,370원(가산세포함)을, 법인장부상 취득가액(15,168,851,696원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 등록세 419,752,450원, 지방교육세 77,882,940원, 합계 497,635,390원(가산세포함)을 2007.4.12. 각각 부과고지하였고, 또한, 수영구청장은 이 사건 제2부동산에대한 취득신고가액 누락액(339,611,880원)을 과세표준으로지방세법 제121조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한취득세 9,393,640원, 농어촌특별세 747,140원, 합계 10,140,780원(가산세 포함)을, 법인장부상 취득가액(8,131,995,764원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한등록세 226,443,540원, 지방교육세 42,035,900원, 합계 268,479,440원(가산세 포함)을 2007.4.10. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은, 첫째, 처분청이 부산광역시에서 조사한 법인장부상 계상되어 있는사업권 양수대금, 인수자문료, 건설자금이자, 감정평가수수료 합계 978,986,388원을 이 사건 제1,2부동산의 취득과 관련된 금액으로 보는 것은 부당하다고 하고, 둘째, 이 사건 제1,2부동산은 부산지방법원 제12민사부에서 정리계획변경계획인가결정(사건번호○○○○회○회사정리)에 따라 관할 등기소에 소유권이전 등기촉탁에 의하여 정리회사로부터 청구인에게 소유권이전등기된 것이므로 당연히 지방세법 제128조제3호 규정의 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 해당됨은 물론 회사정리법에 의하여 법원으로부터 회사정리개시결정을 받은 주식회사가 회사정리에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기가 이루어지는 당해 등기에 관하여는 등록세가 비과세된다는 유권해석(내무부 세정13407-428, 1996.4.17.) 및 2005.7월 부산지방법원 제12민사부가 관할등기소 등기관에게 송부한 이 사건 제1,2부동산의 소유권이전등기등의 등기촉탁서상 등록세 등은 지방세법 제128조제3호 등에 의하여 면제한다는 확인내용에 비추어 당초 비과세한 등록세 등을 추징한 처분은 부당할 뿐만 아니라, 셋째, 이 사건 제1,2부동산이 등록세 과세대상이라 하더라도 등록세가산세는 부산지방법원 제12민사부에서 관할 등기소에 송부한 등기촉탁서상 등록세 면제를 확인한 점 및 처분청에서도 이 사건 제1,2부동산 등록세 신고시 비과세대상으로 안내한 점 등을 보면, 청구인이 정리법원의 해석 등을 잘못된 것이라고 여기고 스스로 불리하게 해석하여 이 사건 등록세 등을 신고납부하리라고 기대할 수 없는 것이므로 이는 대법원 판례(1992.10.23. 선고 92누2936 판결 등)와 같이 가산세 부과에서 제외되는 정당한 사유가 있다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인장부상 취득가액 중 사업권양수대금 등이 취득세 과세표준에 포함하는지 및 정리회사의 소유 부동산이 법원의 촉탁에 의하여 제3자에게 소유권이전등기 될 경우 등록세가 비과세 대상에 해당되는지 및 설령, 등록세 비과세 대상이 아니라고 하더라도, 그 가산세의 부과처분에 있어서 정당한 사유가 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제111조제5항에서그 제3호의 판결문·법인장부 중대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 등에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격또는 연부금액에 의한다고 하고, 같은 법제128조에서 그 제3호의 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 하며, 같은 법 제151조에서 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 그 제1호의 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세 및 그 제2호의 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조제1항제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제82조의2제1항에서 법 제111조제5항제3호에서 "판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 그 제2호의 법인장부(법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서)를 말하고 있으며, 같은 법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 하고 있고, 회사정리법(2005.3.31. 법률 제7428호 폐지) 제54조에서 법원은 필요하다고 인정할 때에는 관리인이 회사재산의 처분 및 재산의 양수 및 차재 및 제103조의 규정에 의한 계약의 해제 또는 해지 및 소의 제기 및 권리의 포기 및 공익채권과 환취권의 승인 등의 행위를 함에 있어서는 법원의 허가를 얻어야 하는 것으로 할 수 있다고 하며, 같은 법 제233조제1항에서 법원은 정리절차 또는 계획이 법률의 규정에 합치되어 있을 것 등의 요건을 구비하고 있는 경우에 한하여 정리계획인가의 결정을 할 수 있다고 하고, 같은 법 제234조제1항에서 정리계획안에 관하여 관계인집회에서 법정의 액 또는 수이상의 의결권을 가진 자의 동의를 얻지 못한 조가 있는 경우에도 법원은 계획안을 변경하여 그 조의 정리채권자, 정리담보권자 또는 주주를 위하여 그 제1호의 정리담보권자에 관하여 그 담보권의 목적인 재산을 그 권리를 존속하게 하면서 신회사에 이전하거나 타인에게 양도하거나 회사에 보류하는 방법 등에 의하여 그 권리를 보호하는 조항을 정하고 계획인가의 결정을 할 수 있다고 하며, 채무자회생및파산에관한법률(2005.3.31. 법률 제7428호 제정) 제23조제1항에서 법인인 채무자에 대하여 그 제1호의 회생절차개시 또는 파산선고의 결정이 있는 경우 및 그 제2호의 회생절차개시결정취소, 회생절차폐지 또는 회생계획불인가의 결정이 확정된 경우 등에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(외국에 주된 사무소 또는 영업소가 있는 때에는 대한민국에 있는 사무소 또는 영업소를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다고 하고, 같은 법 제24조제1항에서 그 제1호의 법인이 아닌 채무자에 대하여 회생절차개시의 결정이 있는 경우 그 채무자의 재산에 속하는 권리 중에 등기된 것이 있는 경우 등에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본을 첨부하여 회생절차개시의 등기 또는 그 보전처분의 등기를 촉탁하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법 제25조제4항에서 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 하고 있고, 같은 법 부칙 제3조에서 이 법 시행당시 종전의 회사정리법에 의하여 정리절차개시의 신청을 한 정리사건 등은 각각 종전의 회사정리법 등에 의한다고 하고 있으며, 한편, 채무자회생및파산에관한법률에 따른 부동산 등의 등기 사무처리지침(등기예규 제1125) 부칙 제3조에서 이 예규 시행당시 종전의 회사정리법에 의하여 정리절차개시의 신청을 한 회사정리사건 등에 관한 사무처리지침에 의한다고 하고, 회사정리절차와 관련된 부동산등기 등에 관한 사무처리지침(등기예규 제955호) 제2호라목에서 회사정리절차와 관련된 정리법원의 촉탁에 의한 등기에 대하여는 등록세, 교육세), 등기신청수수료 등은 면제되지만 촉탁에 의한 등기의 경우에도 순수한 정리절차에 관한 사항이외의 등기(예, 소유권보존 및 이전등기, 저당권설정 및 말소등기 등)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2005.1.14. 정리회사 (주)○○○○○○과○○○○인○○○○○(주)는 매매대금 170억원으로 하는 기업매각에 관한 매매계약을 체결하였고, 2005.3.17. 청구인은 본점을 부산광역시 사하구○○동○-○번지로, 사업목적을 주류/식품 등의 판매업 및 부동산개발업 및 회사정리 등 컨설팅업 등으로 하는 법인을 설립한 후, 2006.3.29. 법인명칭을○○○○백화점(주)에서○○○○○○○(주)로, 본점을 서울특별시 강남구○○동○번지○○타워○층으로 변경 및 이전하였으며, 2005.3.22. 청구인과○○○○(주)는 정리회사 (주)○○○○○○기업매각 매매계약서상의 권리·의무에 대한 양도·양수 계약을 체결하였고, 2005. 4월 및 6월 청구인과 정리회사는 추가매각대금 50억원과 7억원으로 하는 추가약정서를 각각 작성하였으며, 2005.6.20. 부산지방법원은 정리회사 (주)○○○○○○회사정리계획변경계획안을 인가결정(제12민사부, 사건번호○○○○회○)하였는데, 그 내용은 위 변경계획안은 법정가결요건을 결하였지만 파산청산하는 것보다는 자산인수방식에 의한 M&A를 통하여 정리회사를 인수하게 되는 청구인이 정리회사의 백화점 영업을 할 수 있으므로 정리담보권자·정리채권자·입점업체 등 모든 이해관계인의 이익에 부합된다고 하고, 2005.6.20. 청구인은 이 사건 제1,2부동산을 부산지방법원의 정리계획변경계획인가결정에 따라 정리회사로부터 취득하였으며, 2005.7.7. 부산지방법원 제12민사부는 위 정리계획인가결정에 따라 같은 법원 동부지원 남부산등기소 등기관에게 이 사건 제1,2부동산의 소유권이전등기등의 등기(정리회사→청구인)를 촉탁하였고, 위 등기촉탁서에서 등록세 등은 지방세법 제128조제3호 등에 의하여 면제하는 것으로 기재하였으며, 2005.7.8. 청구인은 이 사건 제1,2부동산에 대한 인수금액 227억원에서 상품 등 제외과표 378,138,928원을 차감한 금액(22,321,861,072원)으로 취득세 등을 신고납부하였으나,등록세 등은 지방세법 제128조제3호 등에 해당한다고 하여 비과세 받았으며,2006.11.28. 부산광역시장은 청구인에 대한 세무조사에서 법인장부 계정별 원장 상 정리회사 사업권양수대금(150백만원) 및 인수자문료(360백만원) 및 건설자금이자(447,123,287원) 및 감정평가수수료(22,052천원) 합계 979,175,287원이 기장되므로 중복 취득신고분 188,899원(차량)을 차감한 가액(978,986,388원)이 당초 취득신고가액에서 누락된 것을 확인함과 아울러 등록세 등은 회사정리절차와 관련된 부동산 등기 등에 관한 사무처리지침(대법원등기예규 제955호) 제2항라목에서 “회사정리절차와 관련된 정리법원의 촉탁에 의한 등기에 대하여는 등록세 등은 면제하되, 정리법원의 촉탁에 의한 등기의 경우에도 순수한 정리절차에 관한 사항이외의 등기인 소유권보존 및 이전등기, 저당권 설정 및 말소등기 등에 대하여는 그러하지 아니하다”고 하므로 등록세 등의 과세대상으로 간주하였고, 2007.4.10. 처분청(수영구청장)은 이 사건 제2부동산에 대하여, 2007.4.12. 처분청(사하구청장)은 이 사건 제1부동산에 대하여 이 사건 취득세 등을 각각 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여청구인은 처분청에서법인장부상 계상된 사업권 양수대금 및 인수자문료 등 합계 978,986,388원을 이 사건 제1·2부동산의 취득과 관련된 금액으로 보는 것은 부당하다고 하여 이를 보면,지방세법 제111조제5항제3호, 같은 법시행령 제82조의2제1항제2호 규정에 의하면, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서와 같은 법인장부에 의하여 과세대상 물건에 대한 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 취득자의 신고와 관계없이 그 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 정하도록 규정하고 있고, 한편, 사실상의 취득가격의 범위에 관하여 규정하고 있는 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 규정하고 있는 데, 여기서 말하는 '취득가격'에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 '취득가격'에 포함되지 아니한다 할 것(대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결)이고, 이런 취지에서 주택법 제38조의2 및 관련기관 표준주택비고시 등에 비추어 통상적으로 주택건설공사에 있어서 공사원가(취득가액)에 포함되는 비용은 사업타당성 검토비 및 법령상 이행하여야 할 환경·교통평가 등의 용역·설계비 및 지상 토지상 지장물 등과 관련된 철거 이주비 등 보상비 등과 같이 공사시행 전에 이루어진 직·간접적인 부대비용과 시공과 관련하여 소요되는 제비용 및 기타 분양수수료 등이 공사와 관련하여 발생한 직·간접적인 비용일체라고 할 수 있는 바(행정자치부 심사청구결정 제2006-1105호, 2006.12.27. 등),청구인의 경우,2005.1월 정리회사와○○○○인○○○○○○(주)는 기업매각에 관한 매매계약을 체결하였고, 2005.3월 청구인은 회사정리 등 컨설팅업 등으로 하는 법인을 설립한 다음○○○○○○○○○○(주)와 위 정리회사 기업매각 매매계약서상의 권리·의무에 대한 양도·양수 계약을 체결하였으며, 그후 2005.4월 및 6월에 청구인 및 정리회사는 추가약정서를 각각 작성한 다음 2005.6.20. 부산지방법원으로부터 회사정리계획변경계획안을 인가결정받아 이 사건 제1,2부동산을 취득하였고,2006.11월 부산광역시가 확인한 청구인의 법인장부에서 사업권 양수대금 및 인수자문료 및 건설자금이자 및 감정평가수수료 등이 기장되어 있는 것을 볼 때, 먼저, 위 건설자금이자는 지방세법시행령 제82조의2에서 부동산취득과 관련된 비용으로 규정하고 있고, 나머지 사업권 양수대금 등의 비용도정리회사와 기업매각에 관한 매매계약을 체결한○○○○인○○○○○○(주)와 청구인사이에 위 매매계약서상의 권리·의무에 대한 양도·양수 계약을 체결한 다음 회사정리계획변경인가결정을 받아 이 사건 제1,2부동산을 취득한 제반 과정이나 청구인은 이 사건 부동산과 관련된 사업이외는 별다른 사업이 보이지 않는 점 등에서,위 행정자치부심사청구결정(제2006-1105호, 2006.12.27. 등)에 비추어, 이 사건 제1,2부동산의 취득과 관련된 직·간접적인 비용이 아니라고 하기는 사회 통념상 무리가 있다고 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠고, 둘째, 청구인은 이 사건 제1,2부동산은 관할법원에서 정리계획변경계획인가결정에 따라 관할 등기소에 소유권이전 등기촉탁에 의하여 소유권이전등기된 것이므로 지방세법 제128조제3호의 등록세비과세 규정 및 회사정리에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기가 이루어지는 당해 등기에 관하여는 등록세가 비과세된다는 유권해석 및 관할법원의 등기촉탁서상 등록세 면제확인내용에 비추어 처분청에서 이 사건 등록세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제128조제3호에서 회사정리에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 하고, 지방세법에서는 회사정리에 대한 별도의 규정이 없으므로 2006.4.1.이전에는 회사정리법에 부수된 회사정리절차와관련된부동산등기등에 관한 사무처리지침(등기예규 제955호)에 의하여, 2006.4.1.부터는 종전 법에 따라 개시된 정리절차에 의한 것을 제외하고는 채무자회생및파산에관한법률 제25조제4항에 의하여 각각 비과세 여부를 판단하여야 하는 것으로서, 청구인의 경우, 2005.6.20. 부산지방법원은 정리회사 (주)○○○○○○회사정리계획변경계획안을 회사정리법 제233조제1항의 요건을 갖추었다고 인가결정하였고, 그러므로 같은 날 청구인은 이 사건 제1,2부동산을 정리회사로부터 취득하였으며, 2005.7.7. 부산지방법원는 관할등기소 등기관에게 이 사건 제1,2부동산의 소유권이전등기등의 등기를 촉탁한 사실을 보면, 이 사건 제1,2부동산 취득과 관련된 회사정리절차는 구법인 회사정리법에 따라 개시된 것이 분명하고, 그에 따른 등기절차는 회사정리절차와관련된부동산등기등에관한사무처리지침(등기예규 제955호)을 적용하여야 하는바, 촉탁등기의 절차와 그 첨부서면 등을 규정한 그 제2호라목에서 회사정리절차와 관련된 정리법원의 촉탁에 의한 등기에 대하여는 등록세(지방세법 제128조제3호) 등은 면제되지만, 촉탁에 의한 등기의 경우에도 순수한 정리절차에 관한 사항이외의 등기(예, 소유권보존 및 이전등기, 저당권설정 및 말소등기 등)에 대하여는 그러하지 아니하다고 하므로, 비록, 관할법원이 관할 등기소에 송부한 등기촉탁서상 이 사건 제1,2부동산에 대한 등록세 등을 면제한다는 확인이 있다고 하더라도, 이 사건의 경우, 등록세 비과세 판단기준으로 볼 수 있는 위 사무처리지침에서 특히, 예시적으로 소유권보존및이전등기는 순수한 정리절차에 관한 사항으로 보지 않고 등록세 등을 면제하지 않는다고 규정한 이상 달리 볼 수 없는 것이어서 처분청에서 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠으며, 셋째, 청구인은, 설령 이 사건 제1,2부동산이 등록세 과세대상이라 하더라도, 등록세가산세는 등기촉탁서상 등록세 면제를 확인한 점 및 처분청에서도 등록세 신고시 비과세대상으로 안내한 점 등을 보면, 대법원판례(1992.10.23. 선고 92누2936 판결 등)와 같이 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고·납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없으므로(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결), 청구인은 지방세법 제128조제3호의 등록세비과세 규정을 지방세법령에서 구체적으로 규정되어 있지 않아서 부득이 회사정리법과 그와 관련된 등기사무처리지침을 보고 그 비과세여부를 판단하여야 함에도 단지 관할법원의 등기촉탁서상 기재내용만 가지고 이 사건 제1,2부동산에 대한 등록세 신고납부의무의 이행을 청구인에게 기대하는 것이 무리하고 하는 사정 등이 있다고 보기는 과세요건 명확주의 원칙상 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장을 받아들일 수없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 7. 23. 행 정 자 치 부 장 관