비영리재단법인이 고유업무에 사용할 목적으로 토지를 취득한 후 별도로 설립목적이 동일한 법인을 설립하여 기존의 재산과 함께 출연한 경우 이를 고유업무에 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2006.9.15. 청구인에게 부과 고지한취득세 1,682,030원, 농어촌 특별세 167,200원등록세 1,834,030원 지방교육세 336,400원 합계 4,019,660원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.9.14. 울산광역시 울주군 언양읍○○리○ 번지외 1필지 토지 502㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 건축물을 신축할 목적으로 취득한 데 대하여 취득세 등을 과세 면제하였으나, 그 후 직접 사용 여부를 확인한 결과 청구인이 이 사건 토지를 유예기간 내에 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 청구외 (재)○○○○○○○연구원에 이를 출연한 사실을 확인하고이 사건 토지의취득가액 76,000,000원에지방세법 제112조제1항 및 같은법제131조제1항제4호의세율을 적용하여 산출한 취득세1,682,230원, 농어촌특별세167,200원,등록세 1,834,030원, 지방교육세 336,400원, 합계 4,019,660원(가산세 포함)을2006.9.15. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 민법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 민법과 청구인의 정관의 규정에 의하여 이 사건 토지를 포함한 청구인의 모든 재산을 청구외(재)○○○○○○○연구원에 출연한 것이며, 청구외 (재)○○○○○○○연구원은 청구인과 동일한 사업목적으로 설립된 법인으로서 청구인의 모든 사업권리를 승계한 법인이므로 이러한 법인에게 출연한 것임에도 처분청이유상으로 매각한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 비영리재단법인이 고유업무에 사용할 목적으로토지를 취득한 후 별도로 설립목적이 동일한 법인을 설립하여 기존의 재산과 함께 출연한 경우 이를 고유업무에 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당되는지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제288조제2항에서 정부로부터허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제 (기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면,청구외 (재)○○○○○○○연구원은청구인의 이사회 결정으로설립된 후, 해산된 청구인을 대신하여청구인의 업무와 이 사건 토지를 포함한 청구인의 모든 재산을 출연받은 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다 이에 대하여 청구인은 유상으로 이 사건 토지를 매각한 것이 아니라 민법과 정관의 규정 및 청구외 (재)○○○○○○○연구원의 법인설립 허가조건에 따라 이를 출연한 것이므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하므로 이를 보면, 지방세법 제288조제2항에서“유예기간 내에 정당한 사유없이 매각하거나 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우”라 함은 비영리사업자가 당해 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 다른 용도로 사용하거나 매각함으로써 비과세의 목적이 상실되는 경우에 비과세한 취득세 등을 추징함 으로써 과세형평을 도모하고자 하는데 있다 할 것으로서, 청구인의 경우 당초울산광역시장으로부터 법인설립 허가를 받음에 따라 법인의 활동범위에 제약이 있었고, 이러한 제약을 극복하기 위하여 설립목적이 동일한 청구외 (재)○○○○○○○연구원을 설립하여 이 사건 토지를 포함한 모든 재산과업무를 승계시키고자 하였고, 이러한 이사회결의를 이행하기 위하여 청구외(재)○○○○○○○연구원을 설립하면서 설립허가조건에서도 청구인을 해산 하고, 청구인의 업무를 승계하도록 하였으며, 이러한 동일성이 유지되는 법인에게 이 사건 토지를 포함한 모든 재산을 출연한 것은 당초 이 사건 토지를고유업무에 사용하기 위한 목적이 그대로 유지되고 있다고 보아야 할 것이고, 이러한 경우는 일반적으로 유예기간내에 정당한 사유없이 이를 사용하지 아니하고 매각한 경우와는 다르다 하겠으므로 이러한 경우까지 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 학술연구단체 등에 취득세 등을 면제한 입법 취지에 비추어 볼 때에도 부당하다 하겠으므로처분청이이 사건 토지를 정당한 사유없이 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 6. 25. 행 정 자 치 부 장 관