대도시내 본점 전입에 따른 부동산 등기나 지점 설치후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 등록세 중과세 대상에 해당하는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 청구인은 2006.10.31. 서울특별시 ○○구 ○○동 6가 304-2번지외 1필지상의 집합건축물중 1층부터 5층부분 660.88㎡와 그 대지지분 99.48㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였으나, 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 취득하기 이전인 2002.9.30. 서울특별시 ○○구 ○○동 772번지를 주소지로 하여 지점(이하 “서울지점”이라 한다)을 설치하였으므로 이 사건 부동산은 지점 설치후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산 등기에 해당될 뿐만 아니라 서울지점은 사실상 본점의 역할을 수행하고 있으므로 서울특별시내로의 본점 전입후 5년 이내에 취득한 부동산 등기에도 해당되므로 등록세 중과세 대상으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액(3,000,000,000원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 147,708,000원, 지방교육세 27,141,600원, 합계 174,849,600원(가산세 포함)을 2007.1.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법시행령 제102조에서 본점이나 지점 설치후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산의 등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 당해 규정에서의 일체의 부동산 등기라 함은 당해 본점 또는 지점과 관련한 부동산을 말하는 것으로서, 청구인의 경우 대도시외 지역인 경기도 평택시에 본점을 두고 있고 본점 명의로 이 사건 부동산을 취득하여 본점에서 직접 임대사업을 영위하면서 이 사건 부동산의 관리업무는 외부에 위탁을 하고, 이 사건 부동산에 별도의 임대사무실을 설치하지도 아니하였으므로 대도시내에 새로운 지점설치에 따른 부동산에 해당되지 아니하고, 이 사건 부동산은 서울지점과 전혀 관련이 없는 부동산으로서 등록세 중과세 대상에 해당되지 않는다 할 것이고, 행정자치부의 질의회신 사례에서도 이와 같이 해석하고 있는데도, 처분청이 임대용 부동산인 이 사건 부동산의 등기에 대하여 등록세 중과세 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 본점 전입에 따른 부동산 등기나 지점 설치후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 등록세 중과세 대상에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인 투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제3호에서대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따를 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있고, 같은 법시행령제102조 제2항에서 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 특별시 외의 지역에서 특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 등기를 제외한다, 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산 등기에는 공장의 신설·증설·공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공정의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1995.9.29 본점소재지를 경기도 ○○시 ○○동 433-8번지, 상호를 (주)○○아이테크로 하여 법인설립 등기를 하였고, 2002.9.26. 청구외 (주)○○에스를 흡수합병하고 법인 합병 등기를 한 후 2002.9.30. 피합병법인의 본점이었던 서울특별시 ○○구 ○○동 772번지를 지점소재지로 하여 지점 설치 등기를 하였으며, 2002.12.18. 상호를 (주)○○아이테크에서 (주)○○에스로 상호변경 등기를 하였고, 2003.10.17. 지점을 서울특별시 ○○구 ○○동 607-20번지로 이전하였으며, 2006.10.2.이 사건 부동산을 소재지로 하여 임대업을 영위할 목적으로 사업자등록을 한 후2006.10.19. 이 사건 부동산에 대하여 청구외 (주)행복공간과 매매계약 체결하였고, 2006.10.31. 이 사건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 임대용으로 사용하면서 임대업무를 본점에서 직접 관리하고 있으며, 서울지점과는 관련이 없는 부동산이므로 중과세 대상에 해당되지 않는다고 주장하지만, 지방세법 제138조 제1항 제3호와 같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정을 종합해보면, 대도시내에서의 새로운 지점설치에 따른 부동산 등기는 물론 대도시내에서 지점설치 이후 5년 이내에 취득하는 사업용·비사업용, 업무용·비업무용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 당해 대도시내의 지점설치와 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기라는 2가지 요건을 충족하기만 하면 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아야 할 것이고, 당해 대도시내의 부동산을 대도시외에 소재한 법인에서 직접 관리하는 지 대도시내의 지점에서 관리하는지 여부에 따라 이를 달리 볼 아무런 근거가 없다 할 것으로서, 청구인의 경우 피합병법인이 본점으로 사용하던 부동산을 양수하여 2002.9.30. 당해 부동산을 지점으로 등기하여 사용하고 있으므로 이는 대도시내에서 새로운 지점을 설치한 경우에 해당된다 하겠고, 이러한 지점 설치후 5년 이내인 2006.10.31. 이 사건 부동산을 취득 등기한 이상 대도시내 지점 설치후 5년 이내에 취득한 부동산의 등기에 해당된다 하겠으므로, 이러한 부동산을 대도시외 지역에 소재하는 본점에서 관리하고 있다 하여 등록세 중과세 대상에 해당되지 않는다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 5. 28. 행 정 자 치 부 장 관