종교단체가 취득한 부동산을 임대하고 있는 경우 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 종교단체인 청구인이 2005.9.13. 서울특별시 ○○구 ○○동 169-8번지 ○○아파트 상가 비동 203호(토지 32.19㎡, 건축물 60.22㎡, 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다.)를 취득한 후 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세 받았으나, 2006.12.1. 처분청 세무담당공무원(지방세무7급 김○○ 외 1인)의 현장 확인 결과 이 사건 부동산을 종교용으로 사용하고 있지 아니하고 임대하고 있으므로 이 사건 부동산의 취득가액 118,000,000원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,894,300원, 농어촌특별세 299,490원, 등록세 2,671,850원, 지방교육세 490,790원, 합계 6,356,430원(가산세 포함)을 2006.12.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산 취득 당시 전소유자인 청구외 문○○으로부터 임차한 청구외 이○○의 임대차계약기간이 2006.8.4.까지 이므로 임대차계약기간이 만료되기 전에는 종교용에 직접 사용할 수 없었으며, 임대기간이 만료되기 전에 임차인에게 수차 이전할 것을 통보하였음에도임차인이 운영하고 있는 논술학원의 장소 물색기간이 4개월 정도 소요됨에 따라 종교용에 직접 사용하지 못하였으나,임차인이 이전한 2006.12.17. 이후에는 중·고등부예배 등 종교용에 직접 사용하고 있으므로 처분청에서 부과고지한 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 취득한 부동산을 임대하고 있는 경우 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항 본문에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득(등록)세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득(등기)일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득(등록)세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제78조의2 제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은법인세법제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고, 법인세법 제3조제2항 본문에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 하면서, 그 제1호에서 제조업, 건설업, 도소매 및 소비자용품수리업, 부동산임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제2조제1항 본문에서 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조제2항제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 부동산의 전소유자인 문○○으로부터 임차한 청구외 이○○이 과외교습소로 사용하던 근린생활시설 용도인 이 사건 부동산을 2006.8.4까지 보증금 20,000,000원에 월세 650,000원으로 하는 임대차계약을 승계하기로 하고 잔금지급일 이후의 월세는 청구인이 수령하는 조건으로 2005.9.13. 이 사건 부동산을 취득한 후, 2005.9.21. 처분청으로부터 이 사건 부동산을 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조에서 규정하고 있는 종교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 받았으나, 2006.12.1. 처분청 담당공무원(지방세무주사보 김○○ 외1인)의 현지 확인결과 임대차계약기간이 종료되었음에도 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 계속하여 임대하고 있으므로 2006.12.10. 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 임대차기간이 종료되기 전까지는 종교용에 직접 사용할 수 없었으며, 임대기간 만료일전에 임차인에게 수차 이전할 것을 통보하였음에도 임차인의 장소 이전기간이 4개월 정도 소요되어 종교용에 사용하지 못하였으나, 임차인이 이전한 후에는 중·고등부예배 등 종교용에 직접 사용하고 있으므로 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조에서 규정에 의하여 이 사건 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 같은 법 시행령 제79조제1항제1호 및 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 이에 대한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세한다고 규정하고, 각 본문 단서에서 같은 법 시행령 제78조의2제1항 및 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 여기에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하겠으며(대법원 판결 2001두878, 2002.10.11), 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이므로(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 종교단체가 취득 등기하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세는 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것인바, 청구인은 이 사건 부동산을 임차인의 임대차잔여기간 및 임차인의 사정으로 인하여 종교용에 사용하지 못하였다고 하나, 이 사건 부동산은 근린생활시설용 부동산으로서 청구인은 취득 당시 기존 임차인이 영업중에 있었으므로 임차인으로부터 명도를 받지 못할 경우 취득목적대로 사용할 수 없다는 장애사유를 알 수 있었다고 할 것이고 그렇다면 청구인은 임차인의 임대차계약기간이 종료되기 이전에 취득목적대로 사용하기 위한 적극적인 노력을 다하였어야 함에도 이에 대한 적극적인 조치를 취하지 아니한 채 단지 임차인이 운영하고 있는 논술학원의 이전 장소 물색중이라는 사유로 이 사건 취득세 등의 부과고지일인 2006.12.10.까지 계속하여 임대하고 있었던 이상 이 사건 부동산은 청구인이 수익사업에 공여되어 취득세 등의 납세의무가 성립되었다고 보아야 하므로 비록 납세의무성립 이후 종교용으로 사용하였다고 하더라도 이미 성립된 납세의무에는 아무런 영향을 미칠 수 없기 때문에 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다도 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관