종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 일반인들의 연수시설로 사용한 경우 비과세한 취득세 등의 추징 여부와 분사무소 설치 후 5년 내 취득‧등기 하는 부동산에 대한 등록세 중과세 해당 여부 및 수익사업용 재산에 대한 재산세 등 부과 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.2.28. 서울특별시 ○○구 ○○동 산 76번지,600번지및 601-2번지의 토지 20,373㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)와동 지상 건축물6,906.86㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 하며, 이 사건 토지를 포함하여 “이사건 부동산”이라 한다)을 취득하고 2005.6.14.취득신고를 함에 따라 수익사업용부동산(토지 15,250.71㎡, 건축물 5,170.30㎡)을제외한 ○○수련원(토지 2,211.67㎡,건축물 749.8㎡)과 ○○총회회관 (토지 2,910.62㎡, 건축물 986.76㎡)은 지방세법제107조 및 같은법 제127조제1항의 규정에의하여 종교단체가목적사업에 직접사용하는 부동산으로 보아 취득세와등록세를 비과세하였으나,처분청 세무 담당공무원(지방세무주사보 장동원외1인)의 세무조사에서 첫째,청구인은 이 사건 부동산의 매매계약서 및 토지거래확인서상 취득일을2005. 5. 25.로 하여 취득신고를 하고 수익사업용 부동산(토지 15,250.71㎡, 건축물 5,170.30㎡ ; 아카데미하우스)에 대한 취득세 등 192,880,680원을 2005. 6. 24. 신고납부하였으나, 이 사건 부동산의 매도자인 청구외 (재)○○문화아카데미의 법인장부상 2005. 2. 28. 잔금을 받은 것으로 기장되어 있어 2005. 6. 24. 신고 납부한취득세 등의 신고불성실 및 납부불성실 가산세 41,346,810원(취득세 39,593,290원,농어촌특별세 1,753,520원)을 둘째, 2005. 6. 14. 비과세한 ○○수련원 및 ○○총회회관 건축물 1,736.56㎡중 803.37㎡(○○수련원, 기계실)를 호텔의 숙박시설 등수익사업에 사용하고 있으므로 이 사건 부동산의 건축물 면적을 안분하여 산출한취득가액 (1,516,647,248원)을과세표준으로 하여 산출한 취득세 40,385,260원, 농어촌특별세 3,336,610원 등록세40,385,260원, 지방교육세 7,470,370원 합계91,577,500원을 셋째, 청구인은2003.5.26.서울특별시○○구○○로2가190-10번지 소재에분사무소를 설치하고사업자등록(110-82-10382)을 필한 후, 2003.11. 28.인적·물적 시설이 없는 형식적인 분사무소이지만분사무소 등기를필하였으며, 그 후 2005. 7. 4. 이 사건 부동산 중 수익사업용 부동산에 호텔업등을 운영하기 위하여 청구외 (주)○○티씨와 위탁계약을 체결하고2005. 8. 29.도봉세무서장에게이 사건 부동산소재지[사업장: 서울특별시○○구○○동 산76번지, 상호변경: (재)○○장로회유지재단총회 ⇒ (재)○○아카데미하우스]로 사업자변경등록을 필한 다음 2006. 1. 20 분사무소 이전 등기를 필하였고별도의 조직및인력으로 호텔업을 운영하고 있으므로 이 사건부동산중 수익사업용 부동산을분사무소 설치에따른 부동산 등기로 보아 지방세법 제138조제1항의 중과세율을적용하여 산출한 세액에서 이미 신고 납부한 세액을 차감한 등록세 547,682,080원,지방교육세 101,309,240원합계 648,991,320원을 넷째, 이 사건부동산의 ○○수련원과 기계실 중 종교용으로 사용하지 아니하고수익사업용으로 사용하고 있는 토지 2,311.67㎡와 건축물803.37㎡에대한 2006년도 토지분 재산세 2,067,940원 도시계획세 775,470원지방교육세 413,580원 합계 3,256,990원과 건축물분 재산세 403,570원 도시계획세 242,140원, 공동시설세 182,150원, 지방교육세 80,710원 합계 908,570원을 다섯째, 이 사건 부동산의 ○○수련원과 기계실 중 종교용으로 사용하지 아니하고수익사업용으로 사용하고 있는 건축물 803.37㎡에대한 재산할사업소세 248,840원(가산세 포함)을 2006. 12. 10. 각각 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1980. 11. 26. 기독교 선교활동 및 재단 소유재산의 관리와 처리등을목적사업으로 하여 설립된 종교법인으로서 2005. 2. 28. 이 사건부동산을 취득한 후 2005. 6. 14. 이 사건 부동산중 수익사업용으로 사용하고 있는 아카데미하우스용 부동산(토지 15,250.71㎡, 건축물 5,170.30㎡)에 대한 취득세 등을 신고납부하고 나머지 부동산 (토지 5,122.29㎡, 건축물 1,736.56㎡)은 청구인의고유목적에 직접 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 받았으나, 처분청의 부과 근거 중 둘째, 넷째에서청구인의교회(1,600여개)신도들이 합숙을 하면서 예배와 함께종교집회장소로사용하고 있는 ○○수련원을2006.11.13.～17(5일)까지 청구외○○텔레캅서비스(주)의기술기초교육장으로사용한 것은 아카데미하우스내 숙식장소의부족으로 인하여 일시적으로사용한 것에 불과함에도 이를 근거로 기 비과세한취득세등을 부과 고지한 것은 부당하며, 또한 지방세법 제107조 및 같은법제127조제1항에서 부동산 취득일로부터 3년 이내에 직접 사용하지아니한 때에 기비과세한취득세 등을 추징하도록규정하고 있는바이 사건 부동산 취득일부터 3년이경과하기 전에 기 비과세한이 사건 취득세등을 부과 고지한 것은 위법한 처분이고 셋째 사유에서 이 사건 부동산의 등기를 분사무소 설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세하였지만, 지방세법시행규칙 제55조의2에서 지점이란지점등기 여부에 관계없이 사업자등록을 필하고 인적·물적 설비를 갖추어 계속하여 사업을 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있으므로 청구인의 경우 2003.4.7. 재단법인 ○○연합교회유지재단으로부터 증여로 취득한 서울특별시○○구○○로2가 190-10번지(토지 3,736.1㎡와 동지상 건축물 509.1㎡ ; 지하1층, 지상2층)를 사업장으로 하여 2003.5.26사업자등록을 하고 같은날 동 번지상에 ○○총회회관을신축하고자 건축허가(연면적1,934.34㎡)를 받은 후 2003. 11. 28. 분사무소등기를 필하였으나,2004.11.19서울특별시 서대문구청장이 동 지상 건축물(연면적 509.1㎡)에 대하여문화재등록예고 통보(문화체육과-11691호)를 함에 따라 ○○총회 회관을신축하려던계획이 불가능하게 되어 이를 취소하였으므로 사실상 분사무소를설치한 것이 아니며,또한 1980.11.26. 서울특별시 ○○구 ○○동 136-56번지를주사무소로하여 설립한 후 5년이 경과한 2005.2.28 이 사건 부동산을 취득하고 2005.7.20. 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전하고 이 사건 부동산 내의수익사업(호텔업)은 청구인이 직접 경영하지 아니하고 청구외 (주)○○티씨에게 모두 위탁 경영하고 있으므로 이 사건 부동산은 법인 설립 이후 5년이경과하여 취득·등기한 부동산에 해당되어 등록세 등의 중과세는 제외되어야한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 경정을 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을일반인들의 연수시설로 사용한경우 비과세한 취득세 등의 추징 여부와분사무소설치 후 5년 내취득·등기 하는 부동산에 대한 등록세 중과세 해당 여부 및수익사업용 재산에 대한 재산세 등 부과 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 같은법 제127조제1항 및 제186조에서 구 지방세법시행령(2006.12.30 대통령령 제19817호로 개정되기이전의것,이하 같다) 제79조 제1항에서 규정한 비영리사업자가고유업무에직접 사용하기위하여 취득·등기하는 부동산에대하여는 취득세및등록세를부과하지 아니하고 그사업에직접 사용하는 부동산에 대하여는재산세를부과하지 아니하지만,대통령령이 정하는수익사업에 사용하는경우와취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우 또는그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지아니하고 매각하거나다른용도로 사용하는경우에는 그 해당 부분에 대하여취득세와 등록세를 부과하고,대통령령이 정하는수익사업에 사용하는경우와 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 부과한다고규정하면서 그 각호 중 제1호에서 “제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”을 규정하고 있으며 지방세법 제138조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의300으로한다. (단서규정 생략).”라고 규정하면서 그 각호 중 제3호에서“대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”를 규정하고 같은법시행령 제102조제2항은 지방세법제138조 제1항 제3호에서"법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의승계취득, 당해 대도시 내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는부동산 취득등기를 포함하며 "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는사무소 또는 사업장을 말한다.”라고 규정하고 같은법시행규칙 제55조의 2에서“영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은법인세법ㆍ부가가치세법또는소득세법의 규정에 의하여등록된 사업장(법인세법ㆍ부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세또는과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적ㆍ물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 1980.11.26 설립된 종교법인으로서 2005.2.28 이 사건 부동산을 취득한 후 2005.6.14. 이 사건 부동산 중 수익사업용으로 사용하고 있는 ○○미하우스용 부동산(토지 15,250.71㎡, 건축물 5,170.30㎡)에 대한 취득세 등을 신고납부하고 잔여 부동산(토지 5,122.29㎡, 건축물 1,736.56㎡)은 청구인의 고유목적에 직접 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 받았으나 처분청 세무담당 공무원(지방세무주사보 장○○외 1인)의 세무조사에서 첫째, 청구인이 2005. 2. 28. 이 사건 부동산을청구외○○문화재단으로부터 취득하였으나 이 사건 취득세는 취득일부터 30일이경과한2005.6.24. 신고납부 하였음에도취득세 신고납부불성실가산세를 납부하지 아니하여 취득세 신고납부불성실가산세등41,346,810원이 부과 고지된 사실 둘째, 2005. 6. 14. 비과세한 ○○수련원 및 ○○총회회관 건축물 1,736.56㎡중803.37㎡(○○수련원, 기계실)를 호텔의 숙박시설 등 수익사업에 사용하고 있으므로이 사건부동산의 건축물 면적을 안분하여 산출한 취득가액 (1,516,647,248원)을과세표준으로 하여 산출한 취득세 등91,577,500원과 재산세 등4,165,560원이부과 고지된 사실 셋째,청구인의 분사무소인 (재)○○데미하우스가 별도의 조직 및 인력으로이 사건 ○○데미하우스를 숙박시설로 운영하고 있으므로 이 사건 부동산을분사무소 설치 후 5년내에 취득·등기하는 부동산으로 보아 등록세 중과세율을적용하여 산출한 세액에서 이미 신고 납부한 세액을차감한 등록세 등 합계 648,991,320원이부과 고지된 사실 넷째,이 사건 부동산중 ○○수련원과 기계실은 종교용으로 사용하지 아니하고수익사업용으로 사용하고 있는 것으로 보아 건축물 803.37㎡에대한 재산할사업소세 248,840원이 부과 고지된 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 첫째, 다섯째의 취득세 신고납부불성실가산세 등과 재산할사업소세에 대하여는인정하지만 둘째, 넷째 사항에 대하여는 이 사건 ○○수련원은청구인소속 교회 신도들이기도와예배 등을 보는 종교용으로 사용하면서2006.11.13. ～ 17.(5일)까지청구외 KT ○○서비스(주)의 기술기초교육장으로사용한것은 ○○데미하우스내 숙식 장소의부족으로 인하여일시적으로사용한 것에 불과함에도 이를 근거로 기 비과세한취득세 및 재산세 등을 부과고지한 것은 부당하다고주장하고 있으나, 청구인이 작성한 각종 행사스케줄표를 보면이 사건○○수련원은 2006.6.19～6.22(4일간)까지 (주)○○텔레콤,2006.9.15.에는○○싱크빅(주), 2006.10.13.에는 대상(주)의 직원연수시설로사용되었음이 확인되고 있음을 볼 때 ○○텔레캅서비스(주)가 일시적으로 사용하였을 뿐이라는청구인의 주장을 받아드리기 어렵고, 특히 청구인의 홈페이지에서이 사건 ○○수련원을 신관이라고표현하며 온돌스위트룸은 객실당220,000원에,온돌룸은 110,000원에 제공하고 숙박자를 대상으로 24시간비즈니스 센터(인터넷, 팩스, 프린터, 복사기등비치 제공)를 운영하고있는 바,이 사건 ○○수련원은 청구인이직접 사용하는 종교용 부동산이아니라, 언제든지수익사업용에 제공할 수 있는연수시설로 보는 것이 합리적이라 할 것이며 다음으로 셋째주장에 대하여 청구인은서울특별시 ○○구 ○○2가190-10번지에 총회회관을신축하고자 분사무소 등기를 한 것은 사실이나, 이 분사무소에는인적·물적 시설이갖추어지지 아니하여지방세법상지점 등에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 이사건 부동산의 취득·등기는대도시 내에서 설립한지 5년이 경과한 청구인의 본점(주사무소)용으로등기한 것에해당하므로대도시내 등록세 중과세 대상이 아니며, 이 사건 부동산중 아카데미하우스는 그 운영과 관련한 일체를 청구외 (주)○○티씨에게 위탁하여 운영하고 있으므로 이 사건 ○○미하우스에는 분사무소와 관련이 있는 인적·물적 시설이없음에도 처분청이 이 사건 부동산 중 ○○데미하우스 등 수익용 부동산의 등기를분사무소 설치에 따른 취득·등기로 보아 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고주장하고 있으나(재)○○○○미하우스의사업자등록증을 보면그 개업연월일이2003.5.26으로 청구인의 분사무소 개업년월일과 동일할 뿐 만 아니라, 청구외 ○○세무서장의 제출한 자료(2006.11.27.)에서도청구인이분사무소의 명칭을 (재)○○아카데미하우스로 변경한 것이라고 기재되어 있는 것을 볼 때,(재)○○아카데미하우스는 청구인의 분사무소에 해당한다고 할 것이며또한, (재)○○아카데미하우스 사업자등록증을 보면 업태는 부동산·숙박·음식·서비스로, 종목은임대·호텔업·한식업·외환교환업으로기재되어있고 또한 청구인은이 사건 아카데미하우스의 운영과 관련한 일체를 청구외 (주)○○티씨에게 위탁하고 있다고 주장하고 있으나 청구인의총계정원장을 보면 (재)○○아카데미하우스는청구외 (주)○○티씨 뿐만 아니라 (주)○○개발ENG에게도이 사건 ○○데미하우스의 시설 유지 등을위한 위탁용역비를 지급하고있으며, 또한본점으로부터수익의배당에 해당하는전도금을받는 등본점과 지점의 회계를 분리하여 처리하고 있고,본점과별도로 종업원 등의 근로소득에 대한소득세를 매월 원천징수하여○○세무서장에게 신고한사실이청구외 ○○세무서장이제출한자료에서 확인되고 있음을 볼 때이 사건 부동산에는청구인의 분사무소인 (재)○○아카데미하우스가본점과 별도로소재하고 있고(재)○○아카데미하우스는 이 사건 ○○데미하우스를직접 운영한다고 보여지므로,이 사건 부동산 중 수익사업용 부동산의 등기는분사무소 설치에 따른 취득·등기에 해당 된다고 판단되므로처분청이 종교용으로 직접 사용하지 아니하는 부동산에 대하여 취득세 등의 신고·납부불성실가산세와수익사업용 부동산으로 사용하고 있는 부동산에 대한 취득세·등록세·재산세·재산할사업소세 및 분사무소 설치에 따른 등록세 등을 중과세 한 것은잘못이없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관