대도시내 지점의 설치일부터 5년이 경과한 후 부동산을 취득‧등기하고 대도시외의 본점을 취득한 부동산내로 이전한 경우 이 부동산에 설치된 대표이사 집무실 등을 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 경기도 ○○시 ○○동 1262-6번지에 본점을 두고2003.6.27. 서울특별시○○구○○동 406-21번지외8필지 토지2,797㎡와 동 지상건축물 10,985.11㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를취득한 후 같은날 등록세등1,310,400,000원을 신고납부하였으나,이사건 부동산 건축물중 406.69㎡를 청구인의대표이사 집무실, 임원실,본점회계부서사무실(이하 동 부속토지를 포함하여 “이 사건 쟁점면적”이라 한다)등으로사용하면서 2006. 10. 12. 이 사건 부동산 소재지로본점소재지를이전함에따라 이 사건 쟁점 면적에 대한취득·등기를 지방세법제138조제1항제2호에서규정하고 있는 대도시외의 법인이 대도시내로의본점 전입에따른 부동산등기로 보아, 이 사건 쟁점면적을 이 사건부동산의 취득가격으로 안분한 1,347,602,120원에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기신고 납부한세액을차감한 등록세 99,186,190원 지방교육세 18,220,110원 합계 117,406,300원(가산세 포함)을 2007. 2. 9. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1980. 9. 30. 경기도○○시○○구○○동 224-3번지를 본점으로설립된 법인으로서 1983.3. 19. 서울특별시○○구○○동 168-24번지에서울지점을설치한 후, 1993. 8. 11. 경기도○○시○○동 1262-6번지로 본점을이전하고 1999. 2. 1. 서울특별시○○구○○1동 406-21번지로서울지점을 이전한다음2003. 6. 27. 이 사건부동산을 취득 등기하였으므로이 사건 부동산은 지점 설치일부터 5년이 경과한 후 취득하여 등록세 중과 대상이 아님에도 처분청이 2006. 10. 12.이 사건 부동산으로 본점을 이전하였다는 이유로이 사건 쟁점면적을대도시내로의 본점 전입에따른 부동산 등기로보아등록세를중과한 것은부당하다고주장하며 이 사건 등록세 등의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 지점의 설치일부터 5년이 경과한 후 부동산을 취득·등기하고 대도시외의 본점을 취득한 부동산내로 이전한 경우 이 부동산에 설치된 대표이사 집무실 등을 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과할 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법 제138조제1항제3호에 규정한 대도시내에서의 법인의 설립과지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고하고 있고, 같은법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서“법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는일체의 부동산등기를 말하며,“그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다 다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 1980. 9. 30. 소방기구 및 기계 등의제조 및 판매를 목적으로경기도 ○○시○○구○○동 224-3번지에서(주)○○으로 설립한 후1983. 3. 19.서울특별시○○구○○동 168-24번지에서울지점등기를 필하고, 1993. 8. 11. 경기도○○시○○동 1262-6번지로본점을 이전한 후,1999. 2. 1.이 사건 부동산 소재지인 서울특별시○○구○○1동406-21번지에지점(서울사무소)등기를필하고대표이사 집무실 등을설치하였으며2003. 6. 27에 이 사건부동산을 취득한 후2006. 10. 12.이 사건 부동산소재지로 본점을 이전한 것은 제출된 관계 증빙자료에서 확인되고 있는 바, 이에 대하여 청구인은지점 설치일로부터 5년이 경과한2003. 6. 27이 사건부동산을취득·등기하였으므로등록세 중과 대상이 아님에도 처분청이 2006. 10.12.이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전하였다는 사유로이 사건 쟁점면적을대도시내로의 본점 전입에따른 부동산 등기로보아등록세를중과한 것은부당하다고주장하고 있으나 지방세법 제138조제1항제3호에서 규정하고 있는 “대도시내로의 법인의본점전입에 따른 부동산등기”라 함은 대도시내로 본점을 이전하기 전에취득한 일체의 부동산 등기를 말하는 것으로반드시 그 부동산의 전부가법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 한다거나 취득 당시 그 부동산의전부를 법인의 본점 또는 지점으로 사용할 의사가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2001두3747, 2001.12.28. 판결)라고 할 것이므로 이사건 쟁점면적을제외한 이 사건 부동산의 대부분을 청구인의 지점설치에 따른 부동산으로 사용되고 있다고 하더라도이 사건 부동산에 대표이사집무실, 임원실,본점회계부서사무실을 설치한 후본사에서파견된 임직원(홍○○이사 등)이 기획·회계업무 등을 처리하고,이사건부동산취득을 위한이사회등을 개최하여 중요한의사결정을 한 사실이청구인의 이사회 의사록 등에서 입증되고 있음을 볼 때 이사건쟁점 면적은본점을 지원하는 지점의 역할을하는 것이 아니라사실상 본점역할을 하는 것이므로 이 사건 쟁점 면적에 대한 부동산취득등기를대도시내로의본점 전입에따른부동산 등기로 보아 처분청이 이사건부동산 취득가액에서쟁점면적의 가액을 안분하여등록세를 중과한 것은잘못이없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관