법인이 그 주주로부터 토지를 취득하였으나 착오로 그 취득가액을 법인장부상 과다 계상하였을 경우, 수정된 취득가액을 인정할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.5.28. 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 448-2번지외 7필지 토지 17,167㎡(이하 “이 사건 토지“라 한다)를 주주로부터 취득하고, 같은 날 그 계약서상 매매가액(262,000,000원)을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부하였으나, 2006.9.12. 세무조사시 법인장부상 이 사건 토지의 취득가액이 1,527,702,000원으로, 소개수수료·측량비 등의 부대비용이 48,623,876원으로 각각 기장되어 있음을 확인하고, 위 확인금액(1,576,325,876원)에서 위 취득신고가액을 차감한 가액(1,314,325,876원)을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 38,309,950원, 농어촌특별세 2,891,510원, 등록세 45,154,370원, 지방교육세 8,242,270원, 합계 94,598,100원(가산세 포함)을 2006.11.3. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2004.5.28. 이 사건 토지를 262백만원에 취득함과 동시에 소유권이전등기를 경료하였지만 현재까지도 그 대금은 지급하지 못하였을 뿐만 아니라 이 사건 토지는 목욕탕 건물의 주변도로 및 잡종지 및 임야 등으로 개별공시지가도 261,571,730원에 불과하므로 위 매매대금이 사실상 취득가액이 분명한데도, 착오로 법인장부상에 1,527,702,000원으로 과다 계상하여 이를 관할세무서에 수정신고하려고 하였으나 2004년·2005년도 법인세과세표준및세액신고를 이미 종료하였으므로 수정하지 못하고 부득이 2006.1.1.기준으로 과다계상금액(1,527,702,000원)을 실제취득가액(262,000,000원)으로 수정하였는데도, 처분청은 이러한 제반 정황을 살피지 않고 과다계상금액을 사실상 취득가액으로 삼은 것은 부당하다고 하면서 그 과다계상금액중 소개수수료·측량비 등의 취득부대비용 48,623,876원에 대하여만 취득세 등을 부과할 것을 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인이 그 주주로부터 토지를 취득하였으나 착오로 그 취득가액을 법인장부상 과다 계상하였을 경우, 수정된 취득가액을 인정할 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제111조제1항에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다고 하면서 같은 조제5항에서 그 제3호의 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제73조제1항에서 유상승계취득의 경우에는 그 제1호의 법 제111조제5항제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 및 그 제2호의 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다라고 규정하고 있으며, 같은 조제3항에서 제1항·제2항 및 제5항의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다고 규정하고, 같은 법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.3.9. 목적사업을 리조트개발사업 및 건설업 및 공중목욕탕업 및 부동산매매업 등으로 하여 법인를 설립하였으며, 2003.11.11. 경기도 ○○시 ○○리 ○○리 449-3번지 임야 8,720㎡(2004년도 공시지가 150천원)를 청구인의 주주겸 이사인 최○○ 및 최○○으로부터 금1,970백만원에, 같은 리 449-2번지 도로 717㎡를 최○○으로부터 금162백만원에 각각 취득 및 등기하였고(※ 매매계약은 2003.4.21. 체결함), 이 사건 토지를 2004.5.28. 청구인의 주주겸 이사인 최○○ 및 최○○으로부터 금262백만원에 매매계약을 체결함과 동시에 소유권이전등기를 경료하였으며(위 매매대금은 법인장부상 미지급금 계정에 기장되어 있어서 지급하지 않는 것으로 보여짐), 2006.2.13. 같은 리 449-3번지상 제1종근린생활시설용 지상2층 건축물(일반목욕탕) 6,424.82㎡에 대하여 사용승인받았고, 2006.3.29. ○○세무서장이 발급한 사업자등록증상에 개업년월일은 2003.8.1.로, 사업장소재지는 본점소재지로, 사업종류는 서비스(대중목욕탕)로 기재되어 있으며, 2006.9.12.부터 9.13.까지 처분청의 법인세무조사시 이 사건 토지에 대한 법인장부(계정별 원장 토지 및 미지급과목 등)상 취득가액이 1,527,702천원으로 기장된 것을 확인하고 있고, 2006.2.13. 청구인은 같은 리 449-3번지상 제1종근린생활시설용 지상2층 건축물(일반목욕탕) 6,424.82㎡에 대하여 사용승인받았으며, 2006.3.29. ○○세무서장이 발급한 사업자등록증상에 개업년월일은 2003.8.1.로, 사업장소재지는 본점소재지로, 사업종류는 서비스(대중목욕탕)로 기재되었고, 2006.9.18. 처분청은 청구인에게 이 사건 취득세 등에 대한 과세예고 통지하였으며, 한편, 청구인은 이 사건 토지에 대한 법인장부상 가액이 과대계상되었다고 하여 2006.1.1. 기준으로 토지 및 미지급계정을 수정(1,527,702천원→262,000천원)한 다음 2007.3.31. 2006년도 법인세과세표준및세액신고시 수정신고하였고, 또한, 이 사건 토지 및 공시지가 현황은 다음 표와 같은 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 지번별 지목 면적(㎡) 매도인 공시지가(원) 계 17,167 448-2번지 도로 251 최○○

• 448-1번지 대지 1,495 최○○·최○○ 152,000 449-4번지 잡종지 1,645 〃 116,000 449-7번지 도로 145 〃

• 449-22번지 도로 596 〃

• 산37-3번지 임야 531 〃 2,800 산37-23번지 임야 5,054 〃 3,230 산37-24번지 임야 7,450 〃 3,230 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지는 목욕탕 건물 주변도로 및 임야 등으로 실제거래가격이 신고취득가액(262백만원)에 불과할뿐더러 아직도 그 금액을 지급하지 않았는데도 처분청에서 법인장부상 착오로 과다 계상된 금액(1,527,702천원)을 사실상 취득가액으로 본 것은 부당하다고 주장하므로 이를 보면, 지방세법시행령 제73조제1항내지 제3항에서 법 제111조제5항제3호에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일을 취득일로 보지만 취득일전에 등기한 경우에는 그 등기일에 취득한 것으로 본다고 하고 있으며, 지방세법 제111조제5항제3호, 같은 법시행령 제82조의2제1항제2호 규정에 의하면, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서와 같은 법인장부에 의하여 과세대상 물건에 대한 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 취득자의 신고와 관계없이 그 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 정하도록 규정하고 있는바, 청구인의 경우, 2002.11월에 매매예약된 이 사건 토지를 청구인의 주주로부터 2004.5.28. 금262백만원에 매매계약을 체결함과 동시에 취득등기하였으나 위 대금을 지급하지 않아 법인장부상 미지급계정에 기장되어 있으며, 처분청은 2006.9월 법인세무조사시 이 사건 토지에 대한 법인장부(계정별 원장 토지 및 미지급과목 등)상 취득가액이 1,527,702천원으로 기장된 것을 확인하였고, 청구인은 2006.11월 이 사건 토지의 법인장부상 가액이 과대 계상된 사실을 알고 2006.1.1.기준으로 위 금액을 262백만원으로 수정기장하여 2007.3월 관할 세무서장에게 관련 자료를 신고한 사실을 볼 때, 청구인은 이 사건 토지에 대한 장부상 가액을 검인계약서상 매매금액(262백만원)과 다르게 1,527,702천원으로 계상하고 있으므로 법령상 그 장부상 가액을 사실상 취득가액으로 보는 것이 조세법률주의 원칙에 합당한 것이며, 설령, 매매대금을 지급하지 않았다하더라도 소유권이전등기가 경료된 이상 사실상 취득한 것이 분명하다 할 것이고, 한편, 청구인이 추후 이 사건 토지에 대한 장부상 가액이 과다 계상된 사실을 알고 검인계약서상 매매금액으로 수정한 사실을 가지고 사실상 취득가액이 위 검인계약서상 금액으로 볼 수 있는 지를 보면, 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보아 이를 과세표준으로 한 것은 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것(대법원 92누15895 판결 1993.4.27. 선고)과 2003.11월 청구인은 ○○그린랜드 사업장내 이 사건 토지와 인근에 있는 같은 리 449-3번지 임야 8,720㎡를 청구인의 주주로부터 금1,970백만원에, 같은 리 449-2번지 도로 717㎡를 최○○으로부터 금162백만원에 취득등기한 사실 및 2006.2월 청구인의 사업장이 사용승인됨으로서 이 사건 토지를 포함한 일단의 토지가 개발된 정황에 비추어, 법인과 그 주주와의 내부자거래에서 부동산 계약금액을 평가하는 데 있어서 단순이 청구인 임의로 정하는 것이 아니라 인근 부동산실거래가격 조사 및 감정평가기관의 평가 등 공신력있는 방법에 의하여 산정하는 것이 사회통념상 합리성이 있다고 할 것이고, 이런 취지에서 법인이 소유권이전등기시에 장부에 기장한 금액을, 특별히 그 기장된 금액을 조작하였다거나 착오로 기장되었다는 사실이 공적인 기관에 의하여 판명되지 않는 한, 단지 청구인이 처분청의 세무조사후 과세예고통지를 받고 이를 장부상에 수정한 사실을 관할 세무서장에게 신고한 것만으로 이러한 법인장부의 신뢰성 원칙을 부정하기는 무리가 있다고 할 것이므로, 처분청에서 이 사건 토지의 등기당시 장부상 가액을 취득세 과세표준으로 삼은 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관