취득후 1년내 개발행위허가제한지역이 또다시 2년간 연장되어 학교목적사업에 사용하지 못한 경우, 학교용지로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 학교법인인 청구인이 서울특별시 ○○구 ○○동 산102-8번지 토지 16,825㎡ 및 같은 동 산102-17번지 토지 1,748㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다)를 2002.8.23. 취득한 다음 2002.8.28. 소유권이전등기하면서 취득세 등을 비과세 받았으나 이를 취득한 후 유예기간(3년)내에 학교목적으로 사용하지 아니하므로, 그 취득가액(3,000,000,000원)을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 72,000,000원, 농어촌특별세 6,600,00원, 등록세 108,000,000원, 지방교육세 19,800,000원, 합계 206,400,000원(가산세 포함)을 2006.8.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동 981-7번지에 소재한 ○○예술학의 교지 및 교사 등의 교육환경이 열악하여 이를 개선하기 위하여 구도시계획법(현재 국토의계획및이용에관한법률 제63조) 제49조제2항에 의한 개발행위허가제한지역내에 있는 이 사건 토지를 취득하였는데, 이러한 개발행위가 제한된 토지를 취득(2002.8.23.)할 당시 개발제한기간만료시점이 2003.8.10.이므로 취득일부터 불과 1년이 채 남지 아니하여 학교목적사업에 사용하는데 장애가 없을 것으로 보았으나 ○○구청장은 위 기간만료시점을 2년간 연장하므로 부득이 그 기간동안은 학교위치변경계획 및 도시계획시설승인절차를 진행할 수 없었으므로 이는 학교용지로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 취득후 1년내 개발행위허가제한지역이 또다시 2년간 연장되어 학교목적사업에 사용하지 못한 경우, 학교용지로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법(개정전후 내용과 동일하므로 현행법으로 함) 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 그 제1호의 학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 규정하고, 같은 법시행령 제78조의2제1항 및 같은 법시행령 제93조의2에서 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은법인세법제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하며, 같은 법시행령 제79조제1항 및 같은 법시행령 제94조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 그 제2호의초·중등교육법및고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 하고, 국토의계획및이용에관한법률 제2조제4호에서 "도시관리계획"이라 함은 특별시·광역시·시 또는 군의 개발·정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지이용·교통·환경·경관·안전·산업·정보통신·보건·후생·안보·문화 등에 관한 용도지역·용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획 및 개발제한구역·도시자연공원구역·시가화조정구역·수산자원보호구역의 지정 또는 변경에 관한 계획 및 기반시설의 설치·정비 또는 개량에 관한 계획 등을 말한다고 하며, 같은 조제6호에서 "기반시설"이라 함은 학교·운동장·공공청사·문화·체육시설 등 공공·문화체육시설 등으로서 대통령령이 정하는 시설을 말한다고 하고, 같은 조제7호에서 "도시계획시설"이라 함은 기반시설중 제30조의 규정에 의한 도시관리계획으로 결정된 시설을 말한다고 하며, 같은 조제11호에서 "도시계획사업"이라 함은 도시관리계획을 시행하기 위한 사업으로서 도시계획시설사업,도시개발법에 의한 도시개발사업 및도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업을 말한다고 하고, 같은 법 제26조제1항에서 주민(이해관계자를 포함한다. 이하 같다)은 다음 각호의 사항에 대하여 제24조의 규정에 의하여 도시관리계획을 입안할 수 있는 자에게 도시관리계획의 입안을 제안할 수 있다고 하며, 같은 법 제30조제1항에서 시·도지사는 도시관리계획을 결정하고자 하는 때에는 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하고, 같은 법 제32조제1항에서 특별시장·광역시장·시장 또는 군수는 제30조제6항의 규정에 의한 도시관리계획결정의 고시가 있은 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 지적이 표시된 지형도에 도시관리계획사항을 명시한 도면을 작성하여야 한다고 하고 있고, 같은 법 제63조제1항에서 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 그 제1호의 녹지지역 또는 계획관리지역으로서 수목이 집단적으로 생육되고 있거나 조수류 등이 집단적으로 서식하고 있는 지역 또는 우량농지 등으로 보전할 필요가 있는 지역 및 그 제2호의 개발행위로 인하여 주변의 환경·경관·미관·문화재 등이 크게 오염되거나 손상될 우려가 있는 지역 및 그 제3호의 도시기본계획 또는 도시관리계획을 수립하고 있는 지역으로서 당해 도시기본계획 또는 도시관리계획이 결정될 경우 용도지역·용도지구 또는 용도구역의 변경이 예상되고 그에 따라 개발행위허가의 기준이 크게 달라질 것으로 예상되는 지역으로서 도시관리계획상 특히 필요하다고 인정되는 지역에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 중앙도시계획위원회 또는 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 1회에 한하여 3년 이내의 기간동안 개발행위허가를 제한할 수 있다고 하고 있으며, 같은 법 제88조제2항에서 도시계획시설사업의 시행자는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관 또는 시·도지사의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2000.8.10. ○○구청장은 ○○동 556번지 및 ○○동 산52-17번지 일대의 자연녹지지역 중 이 사건 토지 일원 244,680㎡에 대하여 개별적인 난개발을 방지 및 계획적인 개발(도시계획시설사업 및 공공사업 및 토지주의 계획적 개발사업) 등을 유도하기 위하여 국토의계획및이용에관한법률 제63조제1항(구도시계획법 제49조제2항) 등에 의하여 고시일로부터 3년간 개발행위허가제한지역으로 지정고시하였고(서초구고시 제2000-44호), 2002.8.23. 청구인은 처분청으로부터 이 사건 토지를 취득한 다음 취득세 등을 비과세받았으며, 2003.8.11. ○○구청장은 이 사건 토지 일원 244,680㎡에 대하여 도시관리계획을 수립 중에 있으므로 국토의계획및이용에관한법률 제63조제1항 등에 의하여 위 개발제한기간을 변경고시일로부터 2년(2005.8.10.까지)간 연장하도록 고시하였고(서초구고시 제2003-90호), 2005.6.27. 청구인의 이사회에서 ○○예술학교를 이 사건 토지 소재지로 그 위치를 변경할 것을 결의하였으며, 2006.1.2. 서울시교육감은 청구인이 2005.10.20. 신청한 ○○예술학교시설위치변경계획을 승인한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 교육환경을 개선하기 위하여 기존 학교시설위치를 변경하고자 이 사건 토지를 취득하였으나 관할관청에서 개발행위허가제한지역지정을 2년간 연장하므로 부득이 학교목적으로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제107조본문제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호 및 같은 법시행령 제79조제1항 등에서 고등교육법 등에 따른 학교가 공익목적(학교용도)으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하나, 취득일(등록일)부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있고, 여기서 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등)으로서, 청구인의 경우, 2000.8.10. ○○구청장은 ○○동 556번지 일대의 자연녹지지역 중 이 사건 토지 일원에 대하여 개별적인 난개발을 방지 및 계획적인 개발 등을 유도하기 위하여 3년간 개발행위허가제한지역으로 지정고시(서초구고시 제2000-44호)하였고, 2002.8.23. 청구인은 이 사건 토지를 취득하였으며, 2003.8.11. 위 개발제한지역지정고시에 따른 제한기간이 만료될 때, ○○구청장은 도시관리계획을 수립 중에 있으므로 위 개발제한기간을 2년간 연장하도록 고시(서초구고시 제2003-9호)하였고, 2006.1.2. 서울시교육감은 학교시설위치변경계획을 승인한 과정을 볼 때, 청구인은 비록 이 사건 토지가 서초구청장의 고시문에서 취득후 1년내 개발행위허가제한구역이 해제되어 유예기간내 고유목적에 사용될 것이라고 믿고 취득하였으나 ○○구청장은 또 다시 2년간 위 제한구역을 연장하여 사용하지 못한 사정은 있다고 하더라도, 이러한 사정을, 도시계획시설결정절차는 입안 및 고시, 관련 기관단체 및 주민의 의견청취, 그리고 수렴된 제반의견에 대한 조치 등의 과정을 가진 다음 관할관청에서 승인여부를 결정하도록 되어 있고, 이러한 도시계획시설결정후에도 세부실시계획 및 집행계획 등을 수립고시하여 이해관계인의 의견을 청취하여야 할 뿐더러 실제 공사를 착공하려면 그 계획된 토지중 미취득한 토지가 있을 경우 이를 전부 매입하여야 하는 실정에 비추어 청구인은 불복청구를 제기할 시점까지도 위와 같은 도식계획시설변경절차를 거치지 않고 단지 관할교육청의 학교이전승인절차만 거친 점이나 구체적인 행정계획을 입안·결정함에 있어서 공사익간의 복합적인 비교형량이라는 제한이 있지만 비교적 광범위한 형성의 자유를 가진다는 행정주체의 행정계획결정에 관한 재량권의 한계(대법원 2006.9.8. 선고 2003두5426 판결)에 미루어 이러한 도시계획변경결정절차에 소요되는 기간을 예측할 수 없을 사정이 내재함으로 이를 일정기간내 사용하기 위하여 관할관청으로 하여금 관련 절차를 신속하게 진행될 수 있도록 여러 방면에 있어서의 노력 등이 요구되는데도 이러한 내부적인 노력 등이 입증되지 않는 것에 비추어 볼 때, 위 대법원 판례와 같이 정당한 사유가 있다고 보는 것은 상당성이 없다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관