비영리법인이 목적사업에 사용하고자 취득한 부동산이 확정되지 아니한「주택재건축사업을 위한 지구단위계획구역」에 포함되어 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2006.1.20. 서울특별시 ○○구 ○○동 601-23번지 소재부동산(건물 199.17㎡, 대지 187.4㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을취득하고 지방세법제107조 및 같은법 제127조제1항의 규정에 의하여취득세 등을 비과세 받았으나,이 사건 부동산 취득일로부터 2년 이상 그 용도에 직접사용하지아니하고 매각한 후 2006. 12. 4. 기 비과세 받은취득세 10,070,000원, 농어촌특별세1,007,000원, 등록세 10,070,000원및 지방교육세 2,014,000원합계 23,161,000원을신고납부함에 따라 이를 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1994. 11. 4. 사회복지사업법 제12조의 규정에 따라 설립된 사회복지법인으로서 노인복지시설을 설치 운영하고자 2006.1.20 이 사건부동산을취득한 후 2006. 5. 19. 건축허가를 받고2006. 7. 31.국고보조사업비를 신청하는 등 일련의 사업절차를 진행하던 중이 사건 부동산이 청구외응암601뉴타운재건축조합설립추진단체에서 추진하는 재건축사업부지에편입이예정됨에 따라 이 사건 부동산에 노인복지시설을 신축할 수 없어부득이하게매각한 것이므로 이는 고유목적에 직접 사용하지 못한 정당한사유에 해당된다고주장하면서 기 신고 납부한 취득세 등의 환부를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은비영리법인이 목적사업에 사용하고자 취득한부동산이 확정되지 아니한주택재건축사업을 위한 지구단위계획구역에 포함되어 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면 지방세법 제107조 및 같은법 제127조제1항에서비영리사업자가 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하지만, 정당한 사유 없이 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 비과세 받은 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후,2006. 5. 19 건축허가를 받고 2006. 7. 31. 국고보조사업비를 신청하는 등 일련의 사업절차를 진행하던 중 이 사건 부동산이 재건축사업부지에 편입이 예정됨에따라이 사건 부동산을 매각하였음은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.이에 대하여 청구인은 노인복지시설을 건축하기 위하여일련의 사업절차를 진행하였으나 이 사건 부동산이 재건축사업부지에 편입이 예정됨에 따라부득이하게 이 사건 부동산을 매각한 것이므로 이는 고유목적에 직접 사용 하지 못한 “정당한 사유”에 해당된다고 주장하고 있으나,지방세법 제107조 및같은법 제127조제1항에서비영리사업자가 고유업무에직접 사용하기 위하여취득·등기하는 부동산에대하여는 취득세 및 등록세를부과하지 아니하지만,정당한 사유 없이 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지아니하고 매각하는 경우에는 비과세 받은 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로 동 규정에서“정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등그 법인이마음대로 할 수 없는외부적사유는 물론 고유 업무에사용하기 위한정상적인노력을 다하였음에도시간적여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고정당사유의 유무를판단함에 있어서는 토지의 취득목적에비추어 고유목적에사용하는데 걸리는준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수없는 법령·사실상의장애사유 및당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기위한 진지한 노력을다하였는지여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의여부를 참작하여구체적인사안에따라 개별적으로 판단하여야할 것이므로(같은 취지의 대법원2001두229;2002.9. 4.참조) 청구인의 경우를 보면이사건부동산 소재지는청구인이 취득하기 전부터도시설계지구상근린상업지역(서울특별시 고시 1996-195호, 1996. 7. 5)으로 고시되었고,은평구도시설계확정시행(서울특별시 은평구 공고 제1998-68호. 1998. 3. 20)이 공고되어청구인 명의로 2006. 5. 19. 처분청으로부터 건축허가를 받았음을 볼 때, 청구인은 향후이 사건 부동산에노인복지시설신축 공사를 완료하여 청구인의 고유 목적사업에 직접 사용할 수있었음에도청구외응암601뉴타운재건축조합설립추진단체의 매각권고에따라 이 사건 부동산을 청구외 (주)○○지단에게 매각한 것으로 미루어 보면청구인이이 사건 부동산을 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고볼 수 없으므로청구인이 이 사건 부동산에대한 취득세 등을 신고 납부한 것은잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 3. 26. 행 정 자 치 부 장 관