개인기업의 법인전환시 사업양수도로 취득한 공장용 부속토지 일부(나대지 상태에 있는 것)가 조세특례제한법상의 감면대상인 사업용 재산에 해당하는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2006.6.12. 부과고지한 취득세 100,750,540원, 농어촌특별세 9,234,610원, 등록세 150,893,590원, 지방교육세 27,663,810원, 합계 288,542,550원을 취득세 121,280원, 가산세 24,250원, 합계 145,530원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.1.1. ○○남도 ○○시 ○○면 ○○리 5번지외 1필지 공장용지 122,020.0㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다.) 및 위 지상 공장용 건축물 23,379.98㎡(이하 “이 사건 공장”이라 한다.)를 개인사업체에서 전환한 법인이 사업양수도 계약에 따라 취득한 사업용 재산으로 하여 조세특례제한법 제119조제4항 등에 의하여 취득세 등을 면제 받았으나, 그 후 사실조사시 이 사건 토지 중 61,552.0㎡(이하 “이 사건 쟁점 토지“라 한다)는 나대지 상태이므로 이를 사업용 재산으로 볼 수 없다고 하여 그 취득가액 4,197,553,322원(이 사건 쟁점토지 4,191,488,950원, 구축물 4,800,000원 및 지게차 1,264,372원은 법인전환후 별도취득한 것임)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 100,750,540원, 농어촌특별세 9,234,610원, 등록세 150,893,590원, 지방교육세 27,663,810원, 합계 288,542,550원(가산세 포함)을 2006.6.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은종전 청구인의 대표이사인 개인사업자가 이 사건 토지를 산림형질변경허가를 받아 공장을 설립할 당시는 경사가 가파른 임야기 때문에 부득이 계단식으로 3개 구역으로 나누어 공장의 부속토지로 허가받았음은 물론 공장의 면적도 2010년까지 3차로 나누어 증설하는 것을 감안하여 현재 면적(25,379.97㎡)보다도 많은 면적(68,062㎡)으로 사업승인 받았으며,○○시 지적부서에서도 이러한 사정을 인정하여 이 사건 토지를 합병 및 공장용지로 지목변경행위를 신청한 것을 승인하였고, 현재 이 사건 쟁점토지상에 공장을 증설하고자 하여도 국도60호선 도로건설계획이 이 사건 쟁점토지위로 관통되어 있어서 공장을 건립할 수 없을 뿐만 아니라 사업승인 당시 건폐율(25%)로 인하여 공장설립을 할 수 없는 조건에 처해 있으며, 특히, 이 사건 토지는 관련법령상 공장입지면적내 있어서 재산세도 분리과세대상으로 보고 있고, 계단식으로 공장건축물 부속토지가 구분되어 있으므로 공장건축물이 없는 토지가 발생될 수밖에 없는데도, 이러한 사정들을 전혀 고려하지 않고서 단지 외형상 건축물이 없다는 사유로 이 사건 쟁점토지를 나대지로 보아 사업용 자산이 아니라고 하여 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 개인기업의 법인전환시 사업양수도로 취득한 공장용 부속토지 일부(나대지 상태에 있는 것)가 조세특례제한법상의 감면대상인 사업용 재산에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 조세특례제한법 제119조제4항 및 같은 법 제120조제5항에서 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세 및 취득세를 면제하나, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 하고, 지방세법 제182조제1항에서 분리과세대상이란 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 공장용지·전·답·과수원 등로서 대통령령이 정하는 토지에 해당하는 토지라고 하고 있으며, 같은 법시행령 제132조제1항에서 법 제182조제1항제3호 가목에서 "공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지"라 함은 그 제1호의 공장용지(제131조의2제1항제1호 읍면지역에 소재하는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정자치부령이 정하는 공장입지기준면적 범위 안의 토지) 등에서 정하는 것을 말한다고 하고, 같은 법시행규칙제74조에서 영 제132조제1항제1호에서 "행정자치부령이 정하는 공장입지기준면적"이라 함은 별표 4의 규정에 의한 공장입지기준면적을 말한다고 하며, 위 별표 4호 및 산업집적활성화및공장설립에관한법률시행령 및 산업자원부고시(제2004-98호,2004.9.24.) 제3조에서 공장입지기준면적은 공장건축물 연면적×100/업종별 기준공장 면적률의 산식을 가지고 있고, 그 산출기준은 공장건축물 연면적 및 업종별 기준공장면적률 및 공장입지기준면적의 추가 인정기준을 감안하여 산출하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면,1993.6.17. 강○○은 매매계약체결된 토지 528,954㎡중 105,321㎡상에 공장용 건축물 58,009㎡(제조시설 38,936 ㎡, 부대시설 19,073㎡)를 신축하는 것으로 창업사업계획을 승인받았고,1993.10.4. 개인사업자인 강○○은벽지 및 상업포장지 등의 제조목적으로대동가공지공업사를 창업한 후,1994.1.19. 이 사건 토지가 포함된 위 토지(528,954㎡)를 취득하였으며,1996.9.24. 위 창업사업계획을 위 부속토지를 123,460㎡로, 위 건축물을 68,062.18㎡(제조시설 50,023㎡, 부대시설 18,039.18㎡)로 각각 증가시켜 창업사업계획 변경 승인을 득하였고, 2000.1.18. 김해시장은 이 사건 토지를 공장용지로 지목을 변경하였으며,2000.3.10. 김해시장은 강○○에게 용지면적 123,775.0㎡ 및 제조시설 50,037.14㎡ 및 부대시설 18,038.77㎡로 하여 위 창업사업계획 변경승인사항을 통보하였고,2000.12.30. 이 사건 토지가 포함된 지역은 보전녹지지역으로 건폐율이 25%이하이므로 이 사건 토지를 부속토지(122,020.0㎡)로 하여 이 사건 공장(25,379.98㎡)을 신축취득하였으며(※ 1994.1.15. 건축허가를 받은 다음 1996.11.4. 착공함),2002.12.24. 청구인은 벽지제조업 및 무역업 등을 목적사업으로, 본점을 이 사건 토지 소재지로 하여 법인설립하였는데, 위 등기부등본상 임원은 개인사업자 강○○은 이사로, 대표이사는 강○○(강○○의 자)으로 등재되어 있고,2003.1.1. 청구인은 강○○과의 사업 양수도 계약에 따라 이 사건 토지 등 사업용 고정자산을 양수한 다음강○○은 위 개인사업체를 법인전환사유로 폐업등록하였으며,2003.1.28. 청구인은 이 사건 공장에 대하여 관할관청에 공장등록을 하였고(기타인쇄업 22219),2003.2.11. 김해시장은 이 사건 공장에 대한 공장등록 변경(개인→법인) 신청을 수리하자2003.2.28. 청구인은 이 사건 공장 및 토지에 대하여 소유권이전등기를 경료하였으며, 한편, 2005.4.15. 김해시장은 이 사건 토지와 연접된 같은 리 5-3번지외 1필지 48,378㎡를 대상으로 ○○종합목재산업사(대표 강○○)가 신청한 일반제재업(20101) 및 건물 11,291.89㎡에 대한 공장설립승인신청서를 제출하였으나, 김해시장은 현재 설립예정부지를 관통하여 국지도 60호선(생림리-매리간) 도로가 실시설계 심의중에 있으므로 도로구역 결정후 재신청하라는 사유로 반려하였고, 2006.4.20. 처분청은 세무조사에서 이 사건 토지 중 같은 리 5번지 공장용지 92,842㎡에서 그 일부면적(32,374㎡)과 같은 리 9번지 공장용지 29,178㎡는 나대지 상태인 것에 미루어 사업용 고정자산이 아니라고 판단하였으며, 2006.7.21. 관할관청이 청구인에게 통보한 국도에 관한 질의회신공문에서 국지도 60호선(생림리-매리간) 도로건설계획이 이 사건 토지를 관통한다고 회시하였고, 그 도로건설계획은 위치는 생림면 나전리부터 상동 매리까지, 사업량은 길이 9.29m 및 폭 20m로, 사업기간은 2003.7월부터 2010.12월까지로(2006.12월 도로구역결정, 2007.3월 공사착공) 되어 있으며, 이 사건 토지 및 쟁점토지 현황은 같은 리 5번지 공장용지 92,842㎡(장부가액 6,833,171,200원)는 같은 리 5-1번지 555㎡(강○○이 1994.1.19. 취득) 및 같은 리 6번지를 2000.12.2. 합병한 것이고, 같은 리 9번지 공장용지 29,178㎡(장부가액 2,235,034,800원)는 같은 리 6-1번지 2,902㎡(1994.1.19. 강○○이 취득) 및 같은 리 9-1번지 및 같은 리 10-24번지를 2000.12.2. 합병한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지(122,020.0㎡)는 창업중소계획승인을 거쳤을 뿐만 아니라 보전녹지지역 건폐율 25%를 적용하여야 하므로 부득이 이 사건 공장(25,379.98㎡)의 부속토지로 법령상 확보하여야 하는데도 처분청에서 그 일부가 나대지 상태라서 사업용 재산에 해당되지 아니한다고 보아 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하여 이를 보면, 조세특례제한법 제32조제2항 및 같은 법 제119조제4항 및 같은 법 제120조제5항 및 같은 법시행령 제29조 등에서 개인사업자가 사업양수도 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우 개인사업자의 법인 출자금이 개인사업체의 순자산가액 이상인 것을 전제아래 설립 후 3월내 취득(등기)하는 사업용 재산에 대하여 취득세 등을 감면한다고 하고 있는 바, 청구인의 경우,1993.6월 개인사업자인 강○○헌은 김해시장으로부터 이 사건 토지의 일부(105,321㎡)를 부속토지로 하여 공장용 건축물(58,009㎡)을 신축하고자 하는 창업사업계획을 승인받아 같은 해 10월벽지 및 상업포장지 등의 제조목적으로개인사업체를 창업한 다음1994.1월 이 사건 토지가 포함된 토지(528,954㎡)를 취득하였고,1996.9월 위 창업사업계획을 위 부속토지를 123,460㎡로, 위 건축물을 68,062.18㎡로 변경 승인을 득하였으나,2000.3월 김해시장은 위 건축물 68,075.91㎡및 그 부속토지 123,775.0㎡로 하여 승인통보하자,2000.12월 보전녹지지역의 건폐율 25%를 적용하여 이 사건 토지를 부속토지(122,020.0㎡)로 하여 이 사건 공장(25,379.98㎡)을 신축취득함과 동시에 이 사건 토지 전체를 공장용지로 지목 변경하여 건축물 대장 등 관련 공부에 등재하였으며,2002.12월 청구인은 개인사업체와 동종의 업종으로 이 사건 토지 소재지를 본점으로 법인을 설립한 후2003.1.1. 개인사업자의 사업상의 제반 권리 및 의무를 포괄적으로 양수하면서 이 사건 토지 및 공장 등의 고정자산을 취득과 동시 2003.2월 소유권이전등기를 경료하였고, 한편,이 사건 토지는 이 사건 공장을 중소기업창업계획승인 및 건축허가당시부터 보전녹지지역 건폐율 25% 적용 때문에 관련 법령상 그 부속토지로 하여 승인받아야 하는 것이며, 그러므로 당초 경사가 가파른 임야인 이 사건 토지를 공장부지로 조성하려면 부득이 계단식으로 3단계로 구분조성할 수밖에 없고, 여기서 위쪽 구간은 이 사건 공장이 건립되어 있으나 중간 및 아랫 구간(이 사건 쟁점토지)은 나대지 상태로 방치하고 있는 사실을 종합하여 볼 때,이 사건 토지는 공장용지로서, 비록 외형상 3개 구간으로 계단식으로 조성하여 별개의 토지로 볼 수 있다고 하더라도, 창업계획승인부터 건축물 사용승인시까지 일관되게 이 사건 공장의 부속토지로 조성되었을 뿐만 아니라 관련 공부상에도 그 면적으로 등재되어 있기 때문에 이를 분리하여 법인전환시 이 사건 쟁점토지를 제외하거나 또는 다른 용도의 공장 부속토지로 사용하거나 매각할 수 없는 사정이 내재되어 부득이 이 사건 공장의 부속토지로서만 사용할 수밖에 없는 여건에 놓여 있고(현재는 이 사건 쟁점토지에 도로개설계획이 있어서 증설할 수 없다고 함), 최초 개인사업체가 창업시 및 법인전환후에도 이 사건 쟁점토지에 대하여 사업확대에 따른 공장증설계획을 가지고 있는 것이 관련 서류 등(설계도서 및 신청서 등)에서 보여 지는데도, 조세특례제한법 제119조제4항에서의 사업양수도 방법에 의하여 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세 등을 면제하는 취지는 실질적으로는 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있다는 점(대법원 2003.3.14. 선고 2002두12182 판결)에 비추어, 단지 나대지 상태에 있다고 하여 사업용 재산이 아니라고 하기에는 무리가 있다고 할 것이며, 특히, 이 사건 쟁점토지에 대하여 종합합산과세로 하여 재산세를 부과한 처분에 대한 이의신청결정기관의 결정시, 지방세법 제182조제1항제3호가목 및 같은 법시행령 제132조제1항제1호 등에서 읍면 지역에 소재하는 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위 안의 공장용지에 대하여 분리과세대상으로 규정하고 있고, 이때, 지방세법 시행령 제74조의 공장입지기준면적이라 함은 산업집적활성화및공장설립에관한법률시행령 제8조별표4호의 공장입지의 기준면적으로서, 그 산출공식은 공장건축물 연면적에 100/업종별 기준공장 면적률을 곱한 면적에 20% 범위내의 추가인정면적을 더한 면적이라고 하는 데, 이 사건 토지의 면적은 읍면지역내에서 위 공장입지기준면적내에 있을 뿐만 아니라 공장용도로 사용하고 있다고 보아 이 사건 쟁점토지를 분리과세대상으로 결정하므로 이 사건 공장의 부속토지로 봄이 상당하다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 하겠으나 청구인이 법인전환후 구축물 계정상 증가된 부분(4,800,000원) 및 추가 구입한 지게차(1,264,372원)에 대하여 처분청에서 관련 취득세 및 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 3. 26. 행 정 자 치 부 장 관