학교용도로 취득한 토지를 유예기간(3년)내 그 목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.4.10.부터 2002.4.16.까지 1995년도 고시된 시가지조성사업 구역내의 서울특별시 ○○구 ○○동 173-1번지외 23필지 44,093㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다.)를 매매로 취득하였지만 취득신고 및 비과세관련 자료를 이행하지 않았을 뿐만 아니라 그 취득일로부터 3년내 학교용도로 사용하지 아니한 것을 확인하자 그 취득가액(10,290,160,192원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 246,963,840원, 농어촌특별세 22,638,350원, 합계 269,602,190원(가산세 포함)을 2006.7.6. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 학교장기발전계획(인근 지역개발시 학생수 급증 및 학생편익시설 확충 등) 및 교육인적자원부의 교육여건개선계획(학급수 35명이하로 교실확충) 등으로 부득이 이 사건 토지를 매입하여 토지소유자가 도시계획을 입안제안할 수 있도록 한 후 도시계획시설변경절차를 부단히 수행하였으나 마곡·발산지구개발계획 등으로 더 이상 절차를 진행할 수 없어서 고유목적에 사용하지 못하였으므로 이는 관할관청에 귀책사유가 있다고 하면서 정당한 사유를 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교용도로 취득한 토지를 유예기간(3년)내 그 목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법(개정전후 내용과 동일하므로 현행법으로 함) 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 그 제1호의 학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 규정하고, 같은 법시행령 제78조의2제1항 및 같은 법시행령 제93조의2에서 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은법인세법제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제79조제1항 및 같은 법시행령 제94조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 그 제2호의초·중등교육법및고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 하고, 국토의계획및이용에관한법률 제2조제4호에서 "도시관리계획"이라 함은 특별시·광역시·시 또는 군의 개발·정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지이용·교통·환경·경관·안전·산업·정보통신·보건·후생·안보·문화 등에 관한 용도지역·용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획 및 개발제한구역·도시자연공원구역·시가화조정구역·수산자원보호구역의 지정 또는 변경에 관한 계획 및 기반시설의 설치·정비 또는 개량에 관한 계획 등을 말한다고 하며, 같은 조제6호에서 "기반시설"이라 함은 학교·운동장·공공청사·문화·체육시설 등 공공·문화체육시설 등으로서 대통령령이 정하는 시설을 말한다고 하고, 같은 조제7호에서 "도시계획시설"이라 함은 기반시설중 제30조의 규정에 의한 도시관리계획으로 결정된 시설을 말한다고 하며, 같은 조제11호에서 "도시계획사업"이라 함은 도시관리계획을 시행하기 위한 사업으로서 도시계획시설사업,도시개발법에 의한 도시개발사업 및도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업을 말한다고 하고, 같은 법 제26조제1항에서 주민(이해관계자를 포함한다. 이하 같다)은 다음 각호의 사항에 대하여 제24조의 규정에 의하여 도시관리계획을 입안할 수 있는 자에게 도시관리계획의 입안을 제안할 수 있다고 하며, 같은 법 제30조제1항에서 시·도지사는 도시관리계획을 결정하고자 하는 때에는 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하고, 같은 법 제32조제1항에서 특별시장·광역시장·시장 또는 군수는 제30조제6항의 규정에 의한 도시관리계획결정의 고시가 있은 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 지적이 표시된 지형도에 도시관리계획사항을 명시한 도면을 작성하여야 한다고 하고 있고, 같은 법 제88조제2항에서 도시계획시설사업의 시행자는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관 또는 시·도지사의 인가를 받아야 한다고 하며, 구도시계획법 제2조제1항제9호에서 "시가지조성사업"이라 함은 주거·상업·업무기능등이 조화있게 배치된 시가지를 계획적으로 조성하기 위하여 대통령령이 정하는 규모이상의 구역에서 실시하는 도시계획사업을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 1995.2.24. 관할관청(서울특별시장)은 이 사건 토지 일원을 구도시계획법 제12조 등에 의거 마곡지구(○○구 ○○동, ○○동, ○○동, ○○동, ○○동 일대) 시가지조성사업구역(도시계획사업)으로 지정하여(서울특별시고시 제1995-41호, 1995.2.24.) 위 사업이 시행될 때까지 소유자 등의 개발사업이 제한한 지역이고, 1997.4.18. 서울특별시장은 ‘2011년 서울도시기본계획’에서 대규모미개발지역(○○, ○○, ○○·○○지역)을 장기적인 안목에서 계획적으로 관리한다는 원칙에 따라 자연환경의 보존과 토지의 효율적 이용을 위해 도시기능의 보완 등이 필요한 시점까지 개발을 유보한다고 규정하며, 1999.2.12. 청구인이 개최한 이사회의 회의록에서 학교법인 ○○학원 장기발전계획(1999.2.1.)의 추인하면서 그에 따른 학교확장지역이 마곡지구에 있으므로 개발계획확정시는 지가상승 및 토지소유자의 거부 등으로 매입하기가 곤란하므로 미리 교지확보후 관련 절차를 진행할 것 등이 기록되고 있고, 1999.4.10.부터 2002.4.16.까지 청구인은 취득일 물 건 지 면적(㎡) 매입가액(원) 매도인 1999.4.10.

○○동 173-1 5,593 2,126,961,320 이○○ 이○○ 이○○ 이○○ 4.10.

○○동 173-5 212 4.10.

○○동 174 1,247 4.10.

○○동 175 3,065 9.30.

○○동 161-2 1,494 316,353,076 안○○ 10.16.

○○동 173-6 56 11,857,946 이○○ 10.16.

○○동 173-3 4,043 1,558,683,000 이○○ 10.16.

○○동 180 3,318 11.3.

○○동 161 1,760 372,677,900 이○○,송○○, 송○○,송○○ 2000.1.31.

○○동 173-4 512 420,800,000 최○○ 1.30.

○○동 188 1,137 1.31.

○○동 189 89 4.7.

○○동 188 992 240,000,000 김○○ 12.15.

○○동 181 2,965 726,570,000 최○○ 12.15.

○○동 183 2,268 555,660,000 최○○ 2001.4.17.

○○동 178-1 81 855,181,200 이○○ 4.17.

○○동 179-1 2,826 4.17.

○○동 177 449 4.17.

○○동 173-2 2,645 664,083,000 이○○ 6.7.

○○동 161-1 1,760 441,833,700 민○○ 6.9.

○○동 184 972 244,036,600 유○○ 8.31.

○○동 185 1,699 426,574,350 유○○ 8.31.

○○동 185-1 674 169,223,720 유○○ 9.3.

○○동 160-4 1,734 440,606,880 유○○ 2002.4.16.

○○동 182 2,502 719,007,500 최○○ 44,093 10,290,110,192 이 사건 토지를 다음과 같이 취득하였으며, 2001.10.30. 청구인은 관할관청에게 2001.7.20. 교육부의 교육개선여건개선계획에 따라 2001년부터 2003년까지 학급수 35명이하로 감축하라는 지시로 학급증설이 불가피하게 학급증설부지를 매입하여 가등기한 상태에 있고, 나머지 토지는 필수부대시설(기숙사, 도서관, 체육관 등) 설립부지로 매입할 예정이라고 하면서 도시계획시설(학교)변경결정 및 지적승인을 신청하였고, 2002.1.8. 관할관청은 도시계획(안) 공람공고(강서구고시 제2002-5호)에서 ○○동 169-1번지일대는 44,030㎡에서 91,506㎡으로 변경하여47,476㎡(47,786㎡-796㎡+486㎡)가 증가하는 반면 ○○동 75번지일대는 3,928.807㎡에서 3,881.021㎡으로 변경하여 47,786㎡가 감소하는 도시계획시설 변경결정조서 등을 고시하였으며, 2002.1.29. 위 공람공고에 따른 서울특별시장의 의견은 확대예정 학교부지 서울시 도시기본계획상 ‘유보지’로 책정된 마곡지구내 토지를 잠식하는 것이므로 학교부지 확대사유 및 대체토지 활용 방안 제시하라고 하여서 청구인은 2002.4.23. 관할관청에게 도시계획시설변경결정공람공고(안)에 대한 보완서(학교규모 및 긴요성, 유사지역과의 형평성, 토지정형화 계획, 학생수용계획의 적정성 등)를 제출하였고, 2002.5.22. 관할관청은 ○○동 일원 583.130㎡에 대하여 발산택지개발예정지구 지정을 위한 공람공고하였는데(강서구 제2002-172호), 이때 위 지정지에 이 사건 토지의 일부가 편입되자 2002.6.3. 청구인은 관할관청에게 당초 도시계획시설변경결정 및 지적승인공람면적 전체를 위 택지개발지구로 편입하던지 아니면 편입에서 제외하라는 발산택지개발예정지구 지정을 위한 공람공고에 따른 의견서를 제출하였고, 2003.3.11. 관할관청(서울특별시장)은 청구인의 ○○학원확장계획청원사항에 대하여 도시계획변경시설(안) 면적이 마곡지구 및 발산택지개발지구에 있으므로 개별적인 학교부지 확보는 계획상 불부합되며, 교지기준면적이 과대계획되었고, 생산녹지지역에서도 학교시설의 용적율은 50%에서 100%까지 완화되도록 조례개정을 추진중이라고 통보하였으며, 2003.3.21. 관할관청은 부족한 명덕외고 학교부지를 발산택지개발지구내에서 확보하도록 협의하는 공문을 발송하였고, 2003.5.27. 청구인은 도시개발공사에게 택지개발사업지구지정에 편입된 이 사건 토지중 같은 동 177번지 및 178-1번지 및 179-1번지 및 180번지에 대하여 제척요구하였으며, 2004.6.4. 청구인은 서울특별시장에게 마곡지구기본계획수립시 이 사건 토지일원(같은 동 164-4번지외 32필지)을 학교용지로 지정요청하자 같은 달 7일 서울특별시장은 현재 마곡지구에 대한 종합개발구상 수립용역 중에 있으므로 위 요구사항을 용역사에게 검토요구하였다고 하였고, 2005.12.20. 서울특별시장은 마곡 R&D 조성사업계획을 발표하였으며, 2006.11.10. 서울시 관련부서에서 청구인에게 조성사업계획에 따른 실시기본계획 설계 중이라는 사실, 건축허가 등의 제한 및 학교용지의 위치 미확정된 사실을 통보하였고, 한편, 이 사건 토지의 공부상 도시계획현황은 생산녹지지역, 학교입안지, 개발행위허가제한지역, 시가지조성사업지역, 시가지조성사업지역(해제입안지)로 되어 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 교육인적자원부의 교육여건개선계획(학급수 35명이하로 교실확충) 등으로 부득이 이 사건 토지를 매입한 다음 도시계획시설변경절차를 부단히 수행하였으나 마곡·발산지구개발계획 등의 장애사유로 고유목적에 사용하지 못하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제107조본문제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호 및 같은 법시행령 제79조제1항 등에서 고등교육법 등에 따른 학교가 공익목적(학교용도)으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하나, 취득일(등록일)부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 하고 있고, 여기서 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등)으로서, 먼저, 청구인이 이 사건 토지를 고유목적에 사용하는 데 있어서 법령상 장애 등으로 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 있는지를 보면, 이 사건 토지가 포함되어 있는 마곡지구는 1995.2월 고시된 구도시계획법상의 시가지조성사업구역으로 지정된 곳으로서 이러한 도시계획사업구역은 전체구역상 용도지구 등의 구분이 되어 있지 아니하여 사업시행자가 도시계획사업을 시행할 때까지는 개별적인 개발행위가 제한된 곳이고, 특히, 1997.4월 작성된 ‘2011년 서울도시기본계획’에서 대규모미개발지역(상암, 마곡지역 등)을 장기적인 안목에서 계획적으로 관리하므로 도시기능상 필요한 시점까지 개발을 유보한다고 기재되어 있으며, 청구인은 1999.2월 이사회에서 마곡지구 개발계획확정시는 지가상승 및 토지소유자의 거부 등으로 매입하기가 곤란하므로 미리 교지확보후 관련 절차를 진행할 것 등을 결의한 다음 1999.4.10.부터 2002.4.16.까지 이 사건 토지를 취득한 것을 볼 때, 청구인은 이 사건 토지를 취득하기 전부터 일정기간내 고유목적에 마음대로 사용하지 못한 장애가 있다할 것이고, 비록 이 사건 토지를 관할관청의 학교여건개선계획에 따라 부득이 취득하였을 뿐만 아니라 위와 같은 법령상의 장애를 몰랐다고 하더라도, 이러한 사정은 비과세감면 입법취지(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결)에 비추어 그 상당성이 없다고 할 것이고, 다음으로 이 사건 토지를 취득하여 청구인이 도시계획입안제안자가 된 후 부단히 수행한 도시계획시설변경결정절차가 고유목적으로 사용하기 위한 준비기간이 부족하거나 행정관청의 귀책사유가 없는 지 등을 보면, 청구인의 경우, 이 사건 토지를 취득한 후 2001.10월 청구인은 도시계획시설(학교)변경결정 및 지적승인을 강서구청장에게 신청하였고, 2002.1월 강서구청장은 마곡지구내 토지를 축소한 다음 이를 기존 학교부지에 편입하는 도시계획시설 변경결정조서 등에 대하여 도시계획(안) 공람공고하였으며, 2002.1월 위 공람공고에 따른 서울특별시장의 의견은 이는 마곡지구내 토지를 잠식하는 것이므로 학교부지 확대사유 및 대체토지 활용 방안을 제시하라고 하였고, 2002.5월 강서구청장은 ○○동 일원(이 사건 토지의 일부가 편입)에 대하여 발산택지개발예정지구 지정을 위한 공람공고하였으며, 2003.3월 서울특별시장은 ○○학원확장계획청원사항에 대하여 마곡지구 및 발산택지개발지구에 있으므로 개별적인 학교부지 확보는 계획상 불부합된 점 및 생산녹지지역에서 학교시설의 용적율을 100%까지 완화되도록 조례개정 추진중 등을 통보하였고, 같은 달 강서구청장은 부족한 명덕외고 학교부지를 발산택지개발지구내에서 확보하도록 협조를 구하자 청구인은 그 편입제척을 요구하였고, 2004.6월 청구인은 서울특별시장에게 마곡지구기본계획수립시 이 사건 토지일원을 학교용지로 지정요청하자 서울시장은 이를 마곡지구종합개발구상수립 용역에 검토한다는 일련의 과정을 종합하여 볼 때, 구체적인 행정계획을 입안·결정함에 있어서 공사익간의 복합적인 비교형량이라는 제한이 있지만 비교적 광범위한 형성의 자유를 가진다는 행정주체의 행정계획결정에 관한 재량권의 한계(대법원 2006.9.8. 선고 2003두5426 판결)에 비추어 이러한 도시계획변경결정절차에 소요되는 기간을 예측할 수 없을 뿐만 아니라 이 사건 토지가 있는 마곡지구는 사업시행 전까지 개별적인 개발행위를 제한하는 도시계획사업구역(시가지조성사업구역)으로 위와 같은 도시계획변경결정절차로서 그 구역을 변경하는 것은 정책목적상 예측할 수 없다고 할 것이며, 특히, 도시계획시설변경결정이 승인되었다고 하더라도 도시계획시설사업을 시행하려면 세부실시계획인가 등의 절차를 수행함은 물론 그 변경된 계획면적을 거의 확보한 후 시행이 가능하므로 청구인이 2004.6월 서울특별시장에게 마곡지구내 학교부지반영을 요청한 문서에서 이 사건 토지이외에 같은 동 162번지외 9필지를 위 도시계획시설변경결정후에도 확보하여야 하는 것에 미루어 별도의 토지수용절차 등이 마련되지 아니한 이상 유예기간내 고유목적에 사용되었을 것이라는 것은 사회통념상 무리가 있다고 할 것이므로 처분청에서 이 사건 토지에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 3. 26. 행 정 자 치 부 장 관