학교법인이 관련법령을 차용하여 산학협력차원에서 민자유치로 취득한 게스트하우스(연회장‧숙박시설 등)를 민자제공자에게 위탁한 경우, 비과세나 감면받을 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 학교법인인 청구인이 2006.2.14. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 4필지 학교부지상 ○○○○라는 명칭의 지하1층·지상11층 게스트하우스용 건축물 15,552.7㎡(이하 “ 이 사건 건축물”이라 한다.)을 신축취득하자 교육용 부동산으로 신고하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 그 후 현지세무조사에서 이 사건 건축물을 제3자에게 위탁하여 수익사업 용도로 사용되고 있음을 확인하고, 학교용으로 직접사용하고 있는 이 사건 건축물 일부(지상2～4층 및 5층 일부 5,175.47㎡)를 제외한 나머지 부분 10,377.23㎡에 대하여 그 안분된 취득가액(9,144,077,354원) 및 그 시가표준액(6,124,038,302원)을 취득세 등 및 재산세 등의 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제188조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 232,515,580원, 농어촌특별세 20,116,960원, 등록세 93,006,220원, 지방교육세 17,138,180원, 재산세 10,482,980원, 도시계획세 6,289,780원, 공동시설세 10,899,080원, 지방교육세 2,096,590원, 합계 392,545,370원(가산세 포함)을 2006.11.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 산학협력사업인 학연산클러스터 사업의 일환으로 ○○대학교 ○○캠퍼스내에 국책연구기관(경기테크노파크, 한국산업기술시험원, 한국생산기술연구원, 한국전기연구원 등)과 민간연구기관(○○부품소재 연구센터 등)에게 무상으로 부지를 제공해 입주토록 하고 있던 중, 향후 이곳에 상주할 것이 예상되는 위 연구기관 등의 박사급 연구원 약 2,000여명은 물론 교직원 및 학생 및 관련 국내외 방문인사 등의 숙박 장소, 각종 세미나와 학술대회 참가자의 회합/숙박장소, 국제화 프로그램에 따른 외국인 교수 및 교환학생 유치를 위한 시설 등으로 사용하기 위하여 게스트하우스용 건축물(이러한 게스트하우스는 외국대학은 물론 국내 유수대학들도 일반적으로 운영되고 있는 시설임)을 30년간 관리운영권을 보장하는 조건으로 민간자본(한국군사문제연구원)을 유치하여 건립한 것인 바, 이러한 게스트하우스용 건축물은, 한국군사문제연구원과 체결한 실시협약서에서 ‘위 건축물은 교직원 및 학생 및 관계자들을 위한 게스트하우스·교육 및 복지시설로서 다른 용도나 목적으로 사용할 수 없다’고 명시한 조항 및 ‘대학설립운영규정 등의 관계법령에서 학교의 부수시설로 규정할 경우 게스트하우스를 학교(교육연구시설)의 부속용도로 볼 수 있다’라는 건설교통부 질의 회신내용 및 ‘대학 내에 산학협력사업의 일환으로 설립된 게스트하우스는 산학협력단의 시설과 그 부대시설(산학협력과 관련한 교육·연구, 학술세미나 등 행사목적에 부합하는 용도)로 볼 수 있다고 하면서 교직원 및 학생외에도 산학협력 목적의 교육·연구활동 등에 참여하는 관련자 등도 이용할 수 있다’는 교육인적자원부의 질의회신내용 및 민자를 유치하여 교육시설 부대시설(문화·체육시설 등)을 건립할 수 있게 한 교육인적자원부 지침과 관련 법령 및 학교가 위탁경영한 것이 수익사업이 아니라고 하는 대법원 판례(대법원 2006.1.13. 선고 2004두9265 판결 등) 및 위 게스트하우스용 건축물의 관리운영대행자의 불법광고에 대하여 경고한 청구인의 공문, 그리고 위 건축물에 불법용도변경이 있다는 관할관청의 고발에 대하여 수사기관의 무혐의 처분한 사항 등을 종합하여 볼 때, 비록 제3자에게 위탁경영하고 있다고 하더라도, 이러한 대법원 판례 및 관련 사항 등에 비추어 수익사업에 제공하지 않았다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 관련법령을 차용하여 산학협력차원에서 민자유치로 취득한 게스트하우스(연회장·숙박시설 등)를 민자제공자에게 위탁한 경우, 대법원판례(대법원 2006.1.13. 선고 2004두9265판결)를 적용하여 비과세나 감면받을 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 그 제1호의 학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 규정하고, 같은 법 제288조제4항에서산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제한 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하며, 같은 법시행령 제78조의2제1항 및 같은 법시행령 제93조의2에서 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은법인세법제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고, 같은 법시행령 제79조제1항 및 같은 법시행령 제94조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 그 제2호의초·중등교육법및고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 하며, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률 제2조본문제5호에서 산학협력이라 함은 산업교육기관과 국가, 지방자치단체, 정부출연연구기관 및 산업체등이 상호 협력하여 행하는 그 가목의 산업체의 수요와 미래의 산업발전에 부응하는 인력의 양성 및 그 나목의 새로운 지식·기술의 창출 및 확산을 위한 연구·개발 등의 활동을 말한다고 하고, 사회기반시설에대한민간투자법 제2조제1호에서 사회기반시설이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 그 조목의 초·중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조제1호 내지 제5호의 규정에 의한 학교 등에 해당하는 시설을 말한다고 하며, 같은 법 제4조에서 민간투자사업은 그 제1호의 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되고 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식 및 그 제2호의 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식 및 그 제3호의 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식 등으로 추진하여야 한다고 하고, 같은 법 제25조제1항에서 사업시행자는 제4조제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 추진되는 사회기반시설을 실시협약에 명시된 공개경쟁과정을 거쳐 결정된 총민간사업비의 범위내에서 당해시설의 준공후 일정기간 이를 무상사용·수익할 수 있다고 하며, 같은 법 제27조제1항에서 관리운영권은 이를 물권으로 보고, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민법중 부동산에 관한 규정을 준용한다고 하며, 대학설립운영규정 제1조에서 이 영은고등교육법및사립학교법의 규정에 의하여 대학·산업대학·교육대학·전문대학 및 이에 준하는 각종학교의 설립기준과 대학을 운영함에 있어서 필요한 시설·교원 및 수익용기본재산등에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다고 하면서 같은 규정 제4조제1항별표2에서 교사시설중 부속시설에 산학협력단의 시설과 그 부대시설로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2004.1.29. 청구인(갑)과 한국군사문제연구원(을)과 체결한 실시협약서에서 협약목적은 ○○대 ○○캠퍼스 게스트하우스 건물신축 및 관리운영사업에 대한 계약으로 하고, 이 사건 건축물의 소유권 및 관리운영권은 갑이 소유하며, 을 및 을이 지정하는 자는 30년간 관리운영대행자로서 관리운영을 대행하고, 관리운영대행자는 이 사건 건축물을 교직원·학생·기타 관계자들을 위한 게스트하우스·교육시설·복지시설로 사용하여야 하며, 그 외의 용도로 사용불가하고, 갑은 대상자산양수인(을 및 을이 지정하는 자)의 서면에 의한 사전동의 없이는 관리비등입금계좌(시설물이용료를 입금할 을이 지정한 갑의 통장)에서 관리용역수수료 및 관리비이외의 명목으로는 인출을 불가한다고 하며, 갑이 대상자산(관리비등입금계좌에 입금된 예금)을 대상자산 양수인에게 양도하는 대가로 대상자산양수인은 갑에게 금150억원을 지급하면, 갑은 위 금액은 을이 지정하는 사업충당계좌에 입금한다고 하고, 갑은 사업충당계좌의 입금된 금액 전체를 이 사건 건축물에 소요된 제반비용에 충당한다고 하며, 5층 등 일부를 교육시설로서 갑의 교직원 등을 위하여 30년간 사용하도록 하고(연간 임차료: 강의실 388백만원, 컨퍼런스룸 164백만원), 2005.3.24. 교육인적자원부가 작성한 민자유치교육시설관리지침에서 그 지침상의 대상사업으로 교육적으로 문제가 되는 사업이외는 모두 개방하도록 되어 있으며(영화관 등 문화시설, 스포츠센타 등 운동시설, 학생식당, 기숙사 등), 그 사업추진방식도 관련법령상의 BTL(민간사업자가 자금투자로 건물신축하면 즉시 대학에 소유권이전하고, 대학에게 임대하여 투자비 회수) 및 BTO(준공즉시 대학에 소유권을 주고, 투자자에게 운영권을 주는 것) BOT(운영기간동안 투자자의 소유로 기간만료후 대학에게 소유권을 이전)으로 하고, 2006.3.6. ○○○○문제연구원과 (주)○○관광레져산업사이에 그 계약기간을 2006.3.1.부터 2016.2.28.까지 하여 체결한 임대차계약서에서 계약 목적물은 지하1층 연회장 및 주방, 지상1층 식당 컨벤션홀·커피숖·주방·사무실·화원 등, 지상2층 교육연구시설 및 강의실, 지상3층 컨퍼런스룸(예식장, 그 부수시설), 지상4층 컨퍼런스룸, 지상5층 객실 12실, 지상6～9층 객실 각층별 13실, 지상10층 객실12실, 지상11층 라운지식당·연회장·주방으로, 임대보증금 및 임대료는 5억원에 년간 임대료를 4.5억원(1년차) 및 4.8억원(2년차) 및 4.9억원(3년차) 및 5.9억원(4년차) 및 6.4억원(5년차) 및 8.3억원(6년차) 및 8.5억원(7년차) 및 8.8억원(8년차) 및 9.0억원(9년차) 및 9.0억원(10년차)으로 되어 있으며, 2006.7.28. 관할관청(안산시장)은 이 사건 건축물의 일부(5～10층 5,290.32㎡)를 기숙사에서 숙박시설로 무단용도변경하므로 청구인을 관할경찰서에 고발하였고(※ 2006.12.12. 수원지방검찰청 안산지청은 무혐의 처분함), 2006.9.27. 과세전적부심결정기관의 공무원이 현지출장조사에서 이 사건 건축물의 사용용도는 지하1층(2,344.83㎡)은 식당·주방으로, 지상1층(1,914.56㎡)은 로비라운지·다목적 문화공간(푸트코트, 인터넷카페, 식당 등)으로 학생들의 작품발표회, 학술활동, 실내음악회 등 문화활동, 정보검색대회 등에 활용하고 있으며, 지상2층(1,713.52㎡)은 강의실(사회교육원 교육시설)로, 지상3층(1,819.12㎡)은 강의실 및 컨퍼런스룸(교직원연수, 세미나, 입학식, 학위수여식, 국제회의실, 학회활동 지원시설 등에 활용)으로, 지상4층(1,081.3㎡) 및 5층 일부(543.53㎡)는 산업경영디자인대학원으로 각각 사용하고 있고, 지상5층(409.25㎡) 및 지상6층～지상10층(952.78㎡)은 숙박시설로서 대학관계자, 학연산클러스터 관계자, 산학렵력 가족회사 관계자, 외국인교환교수 및 관계자, 학회관계자, 학생 학부모 등이 이용하고 있는데, 형태 및 1일 가격은 싱글룸(50천원) 및 온돌룸(90천원) 및 트윈룸(90천원) 및 디럭스룸(120천원) 및 로얄스위트룸(240천원)으로 정하고 있으며, 지상11층(944.7㎡)은 스카이라운지 및 소회의실로서 각종 소규모회의실, 라운지 세미나로 사용하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 산학협력사업의 일환으로 이 사건 건축물을 관련 법령에 따라 민간자본으로 건립취득한 다음 그 관리운영권을 자본을 제공한 민간업체에게 위탁하였지만 학교부대시설용도에 한하여 사용하고 있으므로 대법원 판례 등에 비추어 수익사업이 아니라고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제107조본문제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호 및 같은 법시행령 제79조제1항 등(이하 “비과세 규정”이라 한다)에서 고등교육법 등에 따른 학교가 공익목적(학교용도)으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하나, 수익사업에 사용하는 경우 및 취득일(등록일)부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 하고 있고, 같은 법 제288조제4항(이하 “감면 규정”이라 한다)에서 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하지만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제한 취득세 등을 추징한다고 있고, 여기서 비과세는 과세주체입장에서 국가 등 공공기관 또는 공익상의 비영리사업자가 과세대상이 된 경우, 과세권자의 의사에 관계없이 과세권을 포기하고 과세하지 않는 것이고, 감면은 과세객체측면에서 납세의무의 전부 및 일부를 국가정책적인 목적에서 과세권을 유보하겠다는 것이며, 또한, 위 학교용도는 대학설립운영규정 제4조에서 교지, 교실·교무실·강당 등의 교육기본시설, 체육관·기숙사 등 지원시설, 실험실·대학부설연구소 등의 연구시설, 농장·가공장·실습장·부속병원·박물관·교직원사택·산학협력시설및그부대시설 등 부속시설로 사용하는 것으로 되어 있는데, 통상 이러한 시설 모두 비영리사업자가 공익목적에 사용하고 있더라도 각 시설의 특성상 전통적으로 학생 및 교직원 등의 이용과 관련된 필수기본시설 및 그 부대시설에 해당되는 것은 비과세 규정으로, 그 외에 사회현상이 변화하여 그 학교목적의 외연이 확대된 벤처기업·중소기업창업 등 산업과 관련한 시설 및 그 부대시설은 감면규정으로 구분하여 규정하고 있는데, 청구인의 경우를 후자의 감면규정에 해당된다고 할 때는, 위와 같이 제3자에게 위탁경영한 것까지 위 대법원 판례를 적용하는 것은 학교목적의 범위가 확대되어 가는 추세에서 공익성이 모호해 질 우려가 있을 뿐만 아니라 이러한 산업관련 부동산을 학교외의 지역에도 설치할 수 있는 점들에 미루어 감면규정의 특성상 무리가 있다고 할 것이어서 같은 법 제288조제4항에서 고유목적으로서의 직접 사용한다는 규정을 엄격하게 해석하여 제3자를 통해 위탁사용하는 것은 적용하지 않는 것이 합목적성이 있다고 할 것이고, 한편, 전자의 비과세 규정으로 볼 경우, 그간 과세관행과 달리 학교법인이 학교부대시설을 직접사용하지 않고 제3자에게 위탁경영한 것을 수익사업이 아니라고(대법원 2006.1.13. 선고 2004두9265판결 등) 하므로, 이러한 경우 위 대법원 판례의 취지에 비추어 구체적인 사실관계를 따져서 수익사업여부를 보아야 할 것인 바, 청구인은 이 사건 건축물을 사회기반시설에대한민간투자법(이하 “민투법”이라 한다)의 형식을 빌려 민간사업자에게 30년간 관리운영조건으로 민간자본유치를 통해 신축취득한 것으로서, 민투법 제2조, 제4조, 제25조～제27조 등을 종합하여 보면, 목적이 사회기반시설의 확충발전을 통해 국민의 편익을 증대시켜 국가경제발전을 도모하고자 도입된 것이고, 이러한 사회기반시설에 대하여 민자를 제공한 사업시행자는 소유권은 사업주체에 주고 단지 일정기간 관리운영권만 가지고 있으므로 수지계산, 즉 수익성이 사전에 고려되어야 하는 것이고, 특히, 위 투자자금 때문에 위 관리운영권을 물권으로 하고 있는 것에 비추어 민간자본제공자가 학교용 시설 건립에 참여할 경우, 그 시설이 우선 수익성이 있는 것이 전제된 다음 그 투자금액을 일정기간 시설의 관리운영을 통해 확보하는 것이므로, 위 대법원 판례와 같이 학교용 시설을 수익성보다는 순수하게 학생 및 교직원들의 복지편익에 중점을 두고 제3자에게 위탁한 경우와 동일하게 보는 것은 조세형평상 무리가 있다고 할 것으로서, 청구인의 경우, 비록 관할관청에서 이 사건 건축물의 용도를 산학협력사업의 부대시설로 인정하고 있고, 관리운영대행사업자도 안산캠퍼스 입주된 산업체 연구원은 물론 학생·교직원·학부모 및 관련 래방객을 위한 회합장소 및 숙박시설 등이외는 사용할 수 없도록 하고 있다하더라도, 당초부터 민간사업자 측면에서의 수익성이 전제되고, 투자자금을 관리운영을 통하여 회수하고 있는 점에서 비과세 및 위 대법원 판례 취지와 동일하게 보는 것은 사회통념상 무리가 있다고 할 것이므로 처분청에서 이 사건 건축물중 청구인이 민간자본투자자(관리운영대행업자)에게 연간 임차료를 내고 30년간 산업경영디자인 대학원 강의실·회의실 등으로 사용하고 있는 지상2층(1,713.52㎡) 및 지상3층(1,819.12㎡) 및 지상4층(1,081.3㎡) 및 5층 일부(543.53㎡)를 제외한 나머지 부분(10,377.23㎡)에 대하여 이 사건 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 3. 26. 행 정 자 치 부 장 관