창고업을 영위하는 창업중소기업이 물류 창고의 일부를 특정 사용인과 장기간 독점 사용하는 계약을 체결한 경우 이를 창고업으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.1.5 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리435-8외 1필지의 토지58,284㎡를 취득한 후 2005.11.6동 지상에 건축물 17,630㎡를신축한 건축물에 대하여(이하 동 토지를 포함하여 “이 사건 부동산”이라한다)구 조세특례제한법 (2005.12.31 법률제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제119조제3항제1호 및같은법제120조제3항의규정에 의한 창업중소기업이취득하는 사업용 재산으로 보아이 사건부동산에 대한 취득세와 등록세를 각각 과세면제 받았으나,2006.5.23 처분청의세무조사에서 이 사건부동산의 건축물 17,630㎡중15,394㎡ (이하 부속토지를 포함하여 “이 사건 쟁점 부동산”이라 한다)를청구외 (주)○○코리아가 장기간(10년)독점적으로사용하도록 하는 계약을체결한 것을 확인하고 이를 창고업이 아닌 부동산임대업으로 보아 이 사건 쟁점 부동산의취득가액7,811,471,274원에구지방세법(2005.12.31 법률 제7843호로개정되기 전의 것, 이하 같다)제112조제1항 및 같은법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한취득세201,254,730원, 농어촌특별세 17,185,230원 등록세 96,484,910원,지방교육세 17,788,270원 합계 332,713,140원을부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 물류창고업 등을 목적사업으로 하여 2004. 12. 3.설립한 창업중소기업으로서 2005.11.16 이 사건 쟁점 부동산의 건축물을 신축한 후 청구외(주)○○코리아와장기10년 조건의 사용계약을 체결한 다음 매월 사용료를 받고 있으나, 청구인은 청구외 (주)○○코리아와 부동산 임대차계약을 맺은 사실이 없을 뿐만 아니라 이사건 쟁점부동산을 물품 보관 창고외의 다른 용도로 사용한 사실도 없으므로이 사건쟁점 부동산은 청구인이 직접 물류 창고업에 사용하고 있는 것으로 보아야 함에도처분청에서 이를 임대업에 공여된 것으로 보아 처분청에서 이미 과세 면제한 취득세등을 부과고지 한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은창고업을 영위하는 창업중소기업이 물류 창고의 일부를특정 사용인과장기간 독점 사용하는 계약을 체결한 경우 이를 창고업으로볼 수있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법 제119조 및 제120조에서창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일 부터 2년이내에 취득·등기하는사업용재산에대하여는 취·등록세를 면제하도록 하고, 취득·등기일부터 2년 이내에당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 또는 정당한사유 없이 최초 사용일부터2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고화물유통촉진법제2조제10호에서 “창고업”이라 함은 타인의 수요에응하여유상으로 창고에 물건을 보관하는 사업을말하며상법 제162조에서 창고업자는 임치물을출고할 때가 아니면 보관료기타의 비용과체당금의 지급을 청구하지 못한다고 규정하고 있다 다음으로 청구인의 경우를 보면청구인은 청구외 (주)○○코리아와 장기간(10년)창고 사용계약을체결한 것은 창고업의특성상 창고에 보관할 임치물건의 안정적인 확보가사업의 성패에 중요한 영향을 미치기 때문에 운영상 불가피한 것이고,특히 이 사건쟁점부동산은 사용자의 요구에 따라 특수하게 설계(항온, 항습 등)된 관계로 장기간사용계약을 체결할 수밖에 없었으므로,이 사건쟁점 부동산은 청구인이 직접 물류 창고업에 사용하고 있는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나 조세특례제한법 제119조 및 제120조에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기위하여 창업일부터 2년이내에 취득·등기하는 사업용재산에대하여는 취·등록세를면제하도록하고, 취득·등기일부터 2년 이내에당해 재산을 정당한 사유없이 당해사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는경우 또는 정당한사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고화물유통촉진법제2조제10호에서 “창고업”이라 함은 타인의 수요에응하여 유상으로 창고에 물건을 보관하는 사업을 말하며상법 제162조에서 창고업자는임치물을 출고할 때가 아니면 보관료기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못한다고 규정하고 있으므로 청구인의 경우 사용자와 체결한 이 사건 쟁점부동산에 대한 사용 계약의내용을 보면, 이 사건 쟁점부동산은 사용자의 사업 운영을 위한 물류창고로 사용된다(사용계약 제2조)고 규정되어 있고, 청구인의 권리는 이 사건 쟁점부동산을 건축하고 이를 사용자에게 제공하는 것에 한정하며,이 사건 쟁점부동산을 사용하고 사업을 영위하는 것은 전적으로사용자의 책임과 비용으로 한다고 규정(사용계약 제3조의 1,2,3)하고있음을 볼 때, 이는화물유통촉진법 제2조제10호에서규정한 창고업에 해당하는 것이아니라 사실상 이 사건 쟁점부동산의 임대차 계약이라 할 것이며,또한 사용계약서에서이 사건 쟁점부동산의 사용료 지급시기를 해당월의다음달 10일로규정하고 있음을 볼 때 당해 사용료는 창고업자가물건을임치한 대가로 받는 보관료가아니라 이 사건 쟁점 부동산을사용자에게제공한 대가로서 받는 임대료라고 보는것이 타당하다고 할 것이므로 이 사건 쟁점부동산이 목적사업에 직접 사용되지 않는것으로 보아 면제된 취득세와 등록세를 부과한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 2. 26. 행 정 자 치 부 장 관