종교법인이 부동산을 취득하였으나 취득 전 임차인의 명도거부로 인하여 종교용에 직접사용하지 아니한 경우에 기 비과세한 취득세 등의 부과처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.11.14. 인천광역시 ○○구 ○○동 124-5번지 외 2필지의 토지 858.4㎡와 동 지상건축물 1,777.29㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득한 후, 지방세법제107조제1항 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 종교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2006.10.24. 처분청 담당공무원(지방세무주사보 이○○외 1인)의 현지 확인결과 이 사건 부동산의 건축물 지하1층 128.76㎡(이하 동 부속토지를 포함하여 “이 사건 제1쟁점 부동산”이라 한다)와 지상1층 150.34㎡와 지상2층 148.44㎡(이하 동 부속토지를 포함하여 “이 사건 제2쟁점 부동산”이라 한다)를 임대한 사실을 확인하고, 2007.1.10. 이사건 부동산 취득가액 1,865,168,813원 중 건축물 연면적으로 안분하여 산출한 이 사건 제1,제2쟁점 부동산 가액 512,517,649원을과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 12,300,420원, 농어촌특별세 1,127,530원, 등록세 4,920,160원, 지방교육세 902,020원, 합계 19,250,130원(가산세 포함)을 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교법인으로서 2003.11.14. 이 사건 부동산을 증여 취득하였으나, 이 사건 제1,2쟁점 부동산은 취득 전 소유자인 청구외 이원배로부터 임차한 청구외 김○○외 1인이 노래연습장 및 음식점을 운영하고 있어, 임대기간이 종료(이 사건 제1쟁점 부동산 2004.1.30, 이 사건 제2쟁점 부동산 2004.10.19)하여도 명도를 하지 아니함에 따라 2004.5.17. 명도를 요청하는 내용증명을 발송하였고, 2005.4. 인천지방법원에 건물인도 청구의 소를 제기하여 이 사건 제1쟁점 부동산에서 운영하던 노래연습장은 2005.8.11.에, 이 사건 제2쟁점 부동산에서 운영하던 음식점은 2005.6.17.에 폐업신고를 한 후, 2005.8.부터 종교목적인 학생여름 수련회 때 분반공부, 주일학생 분반공부 등으로 사용하고 있으므로 이는 종교용에 직접 사용하고 있는 부동산에 해당되어 이 사건 취득세등은 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교법인이 부동산을 취득하였으나 취득 전 소유자로부터 임차한 임차인의 명도거부로 인하여 종교용에 직접사용하지 아니한 경우에 기 비과세한 취득세 등의 부과처분이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항 본문 및 그 제1호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.11.14. 이 사건 부동산을 증여 취득한 후, 취득세 등을 비과세 받았으나 2006.10.24. 처분청 담당공무원(지방세무주사보 이○○외 1)의 현지 확인에서 이 사건 부동산중 제1,2쟁점 부동산을 청구인의 고유업무인 종교용에 직접 사용하지 아니하므로 2007.1.10. 이 사건 제1,2쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 취득하기 전 소유자로부터 임차한 청구외 김○○외 1인이 임대기간이 종료되어 건축물의 명도를 요청하여도 명도를 하지 아니함에 따라 2004.5.17. 명도를 요청하는 내용증명을 발송하였고, 2005.4. 인천지방법원에 건물인도 청구의 소를 제기하여 이 사건 제1쟁점 부동산은 2005.8.11.에, 이 사건 제2쟁점부동산은 2005.6.17.에 음식점 등의 폐업신고를 한 후, 종교용에 직접사용하고 있다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취·등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 동 규정에서 “정당한 사유” 라 함은 비영리사업자에 의하여 수행되는 공익성을 감안함은 물론 취득세를 중과하는 입법 취지, 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결, 98두7626. 1998.7.10)이므로 청구인의 경우 이 사건 부동산의 취득 전 소유자로부터 이 사건 부동산을 임차한 임차인들이 임차기간이 종료(이 사건 제1쟁점부동산 2004.1.30, 이 사건 제2쟁점부동산 2004.10.19)되었으면 즉시 명도를 받기위한 일련의 노력을 다하였어야 함에도 2004.5.17. 단 1회 명도를 요청하는 내용증명에서 이 사건 부동산을 매각하여 교회의 건축비용으로 사용하고자 계약기간 만료에 따른 명도를 요청하는 내용으로 발송하였을 뿐만 아니라, 임차기간 종료일로부터 5개월 경과한 후인 2005.4. 인천지방법원에 건물인도 청구의 소를 제기한 사실 등을 미루어보면 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 종교용에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고는 볼 수 없으며, 또한 청구인은 이 사건 제1,2쟁점 부동산에서 운영한 음식점과 노래연습장을 폐업한 후에는 종교용에 직접 사용하였다고 주장하나, 지방세법제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 “직접 사용”의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접사용하고 있는지의 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것이므로 2006.10.24. 처분청의 세무담당공무원(지방세무주사보 이○○외 1인)의 현지 확인복명서에서 이 사건 부동산의 건축물 전체가 철문으로 굳게 닫혀져 있어 사용하지 않은지 오래되었다고 등재되어 있고, 2007.2.20. 처분청의 세무공무원(지방세무주사보 이○○외 1인)의 현지 확인복명서에서도 이 사건 부동산의 심사청구일인 2007.1.23. 현재까지도 이 사건 제1,2쟁점 부동산을 계속하여 방치하고 있다고 등재된 내용을 미루어 보면 비록 일시적으로 여름 학생수련회 때 분반공부방 등으로 이용하였다고 하더라도 이는 계속적으로 종교용에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 2. 26. 행 정 자 치 부 장 관