[요지] 기업부설연구소의 용도에 직접 사용하는 수돗물검사센타의 부속토지를 산정함에 있어 본사건물의 부속토지를 포함하고 있고, 토지상의 노인종합복지회관의 건물면적과 주차장 건물면적 중 노인종합복지회관이 차지하는 면적을 제외하고 있고, 그 면적을 제외함으로써 수자원연구원의 부속토지 면적 산정에 잘못이 있음
[요지] 기업부설연구소의 용도에 직접 사용하는 수돗물검사센타의 부속토지를 산정함에 있어 본사건물의 부속토지를 포함하고 있고, 토지상의 노인종합복지회관의 건물면적과 주차장 건물면적 중 노인종합복지회관이 차지하는 면적을 제외하고 있고, 그 면적을 제외함으로써 수자원연구원의 부속토지 면적 산정에 잘못이 있음
[주 문] 처분청이 청구인에게 2006.10.10. 부과고지한취득세 53,597,830원, 농어촌특별세 4,913,120원, 등록세 17,877,540원, 지방교육세 2,615,910원, 합계 79,004,400원을대전광역시대덕구 연축동 171번지토지 26,989㎡중 수자원연구원의 부속토지에 해당하는10,158.16㎡를 제외한 토지의 가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이2001년부터 2004년 3월까지 수돗물연구센터인기업부설연구소(연구소명: 한국수자원공사 수자원연구원, 이하 수자원연구원 이라 한다)로 사용할 목적으로○○광역시○○구○○동 171번지외 26필지 26,989㎡(이하 이 사건 토지 라 한다)를연차적으로 취득한데대하여 2006.6.14. 현지 세무조사 결과수자원연구원은독립적인 연구목적으로 사용하지 아니하고 본사와 구분 없이 사용하고 있으므로 전체건물 연면적 대비 수자원연구원건물 연면적 비율에 해당하는 전체토지중수자원연구원 부속토지를 산정하고 수자원연구원의 부속토지에서 제외되는 과세대상면적을 산정한 후, 그 가액2,233,243,152원을과세표준액으로 하여지방세법제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 53,597,830원, 농어촌특별세 4,913,120원, 등록세 17,877,540원, 지방교육세 2,615,910원, 합계 79,004,400원(가산세 포함)을 2006.10.10. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은수도사업의 시장개발에 따른 경쟁력 확보 및 세계수준의 수질검사 체계를 조기 확립하기 위한수자원연구원을운영하고자 33년 전에 취득한 본사 건물 부속토지와는 별도로 2001년 9월 건설교통부로부터 실시계획 승인을 받아 2002년부터 2004년 3월까지 본사건물과 연접한 이 사건 토지를 취득하여 수자원연구원을 건축하였으며,수자원연구원은자연담장 등에 의하여 경계가 이루어져 본사 건물과 구분되는 독립된 건축물로서취·등록세 감면율 산정을 위한 일단의 부속토지 산정시 이 사건 토지만을 수자원연구원의 부속토지로 보는 것이타당하다고 주장하며 이 사건 취득세 등의 부과처분의 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지를 그 취득일로부터 4년 이내에 공용주차장 등으로 사용하는 경우 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부속토지의 범위에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법제282조의 규정은 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다.)에 대하여는 취득세및 등록세를 면제하고, 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하는 것으로 규정하고 있고,지방세법시행령 제228조에서는 “법 제282조에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조제1항제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.”라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은수자원연구원을신축하기 위하여 한국수자원공사법 제10조의 규정에 따라 2001.9.15. 대전국토관리청장으로부터 수돗물종합검사센타 구축사업 실시계획 승인(하천공 67400-470)을 받은 후, 청구인의 본사건물과 연접한 이 사건 토지를2001년부터 2004년 3월까지 취득하였으며,2001.9.15. 수돗물종합검사센타 구축사업 실시계획 변경 승인 등 3차례의 실시계획 변경 승인을 거쳐 2005.5.31.대전광역시 대덕구청장으로부터 도시계획시설사업 준공검사필증을 교부(사업목적: 수돗물종합검사센타 구축사업, 토지이용계획: 연구시설 26,989㎡, 도로 6,175㎡, 공원부지 1,111㎡)받고,2005.9.12. 대전국토관리청장으로부터 수돗물종합검사센타 준공인가를 받았으며,처분청이 발행한 건축물대장에 의하면, 이 사건 토지상에는 대지면적을 26,989㎡로 하여 연면적 21,930.83㎡(노인종합복지회관 노유자시설 1,340.51㎡ 1999.10.25. 신축, 수돗물검사센타 교육연구시설 4,286.93㎡ 2005.7.12. 증축사용승인, 주차장 9,631.98㎡, 2005.7.14. 증축사용승인)의 건축물이 있으며, 이 사건 토지와 연접한 연축동 178-5번지외 14필지상에 청구인의 본사건축물(업무시설 등 35,355.89㎡, 이하 “본사건물”이라 한다)이 있음을 알 수 있고, 한편, 청구인은 2004.6.28.기술개발촉진법 제16조 및 동법시행령 제15조제1항의 규정에 의하여 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소 인정(제19921070호, 연구소명: 한국수자원공사 수자원연구원)을 받은 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지는 본사건물과 담장과 도로 등에 의하여 구분되므로 실질 이용현황이 본사건물의 효용과 편익목적이 아닌 명백히 다른 용도로 사용되고 있으므로 본사건물 부속토지의 일부가 아닌 별도의 독립된 부속토지로 보아야 하고, 또한 사용용도와 취득시기가 상이한 이 사건 토지를 기존 건물 부속토지와 동일한 일단의 토지로 보아 감면비율을 판단함은 부당하다고 주장하고, 처분청은 본사건물 부속토지와 이 사건 토지를 일단의 토지로 보아 수자원연구원이 직접 사용하는 부속토지를 산정하여야 한다고 주장하므로 이에 관하여 보면,처분청이 제출한 건물이용현황도등에 의하면,노인종합복지회관·수돗물검사센타 및 본사건물 사이에 그 부속토지의 경계를 구분하지 아니하고 구내도로를 설치하고 있어 그 구내도로를 공용으로 쓰도록 하고 있으며, 수돗물검사센타를 이용하고자 하는 경우에는본사건물과 수자원연구원 사이의 기존 본사건물의 정문을 통하여 출입할 수 있고, 또한 정문으로부터 본사건물에 이르는 구내도로는 이 사건토지와 본사건물의 부속토지에 걸쳐 설치되어있으며, 본사건물의 부속토지와 이 사건 토지는 정문으로부터 2～30미터는 고저의 차이가 없고 그 안쪽으로는 고저의 차이가 있으나 계단 및 통로를 설치하여 자유로운 왕래가 가능함을 알 수 있고,처분청 및 청구인은 이 사건 토지상의 주차장 건축물을 본사건물·수자원연구원에 근무하는 임직원과 노인종합복지회관의 직원 및 이용자가 공동으로 이용하고 있는 사실에 대하여 다툼이 없고, 더욱이 청구인이 제출한 자료에 의하면, 주차장 건축물이 본사건물과 지하통로로 연결되어 있는 사실을 알 수 있으므로 수자원연구원 및 본사 임직원 등이 이 사건 토지상의 주차장을 공용으로 사용하고 있는 사실을 알 수 있다. 그런데,지방세법 제282조에서는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산중 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한하여 취득세및 등록세를 면제하는 것으로 규정하고 있으므로 청구인의 경우 이 사건 토지 중수자원연구원이직접 사용하는 토지만이취득세및 등록세가 면제되는 토지라 할 것인바, 수자원연구원이 직접 사용하는 토지 면적의 산정은 우선 주차장건물 전체면적을 본사건물·수돗물검사센타 및노인종합복지회관의 연면적 비율로 주차장 전체 면적에서 본사건물·수돗물검사센타 및 노인종합복지회관이 차지하는 면적을 안분한 다음, 이 사건 토지에서 본사건물·수돗물검사센타 및 노인종합복지회관의 각각의 부속토지를 산정하여야 할 것이므로 본사건물·수돗물검사센타 및 노인종합복지회관의 부속토지는 각각의 연면적의 비율에 따라 각각의 부속토지를 산정하여야 하고, 위와 같이 산정된 수돗물검사센타의 부속토지중 수돗물검사센타 바닥면적의 7배 이내인 경우에 한하여 취득세 및 등록세가 면제대상이라 할 것인데도, 처분청의 이 사건 취득세 등의 과세내역서에서는 기업부설연구소의 용도에 직접 사용하는 수돗물검사센타의 부속토지를 산정함에 있어 본사건물의 부속토지를 포함하고 있고, 이 사건 토지상의 노인종합복지회관의 건물면적과 주차장 건물면적 중 노인종합복지회관이 차지하는 면적을 제외하고 있고, 그 면적을 제외함으로써 수자원연구원의 부속토지 면적 산정에 잘못이 있으므로 이 사건 취득세부과처분을 잘못이 있다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.
2007. 2. 26. 행 정 자 치 부 장 관