지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.12.30. 서울특별시 ○○구 ○○동 128번지외 2필지 토지 1,251.7㎡와 그 지상건축물 4,881.25㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 청구인 명의로 소유권이전등기를 경료하면서 그 취득가액에 지방세법 제131조제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 그 후 2006.6.27. 처분청 세무조사 결과 이 사건 부동산등기는 지방세법 제138조제1항제3호에 의한 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 그 취득가액(7,310,000,000원)에 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 526,320,000원, 지방교육세 96,492,000원, 합계 622,812,000원(가산세 포함)을 2006.10.17. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 섬유류 합성수지·광업제품·지류 등의 제조가공 및 판매업, 부동산의 매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하고 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 216-1번지를 본점 소재지로 하여 1977.2.14. 설립된 법인으로서, 2002.12.30. 이 사건 부동산을 취득한 후 2003.1.1. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 관할세무서장에게 사업자등록을 하였다고는 하나, 이는 부동산 임대업을 영위하기 위해서는 관련법령에서 관할지역내에 사업자등록을 하도록 규정하고 있어 부득이 이행한 것으로, 이 사건 부동산 옥상에 위치한 관리사무실은 약 6평 정도의 크기로 건물의 주요 비품과 공구, 소모품을 보관하는 창고 겸 방화관리자와 대내·외 연락을 담당하는 서무 여직원의 근무장소로 공여되고 있는 것일 뿐이고, 청구인 소속 직원 6인이 이 사건 부동산에 상주하고 있다고는 하나 이들은 방화관리자 1인, 아르바이트성 여직원 1인, 건물 내외부 청소원 2인, 건물 출입구 근무자 2인들로, 이 사건 부동산의 보전과 관리를 위한 최소한의 인원으로서 사무와 영업과는 아무런 관련성이 없으며, 2003.6.18. 청구외 르노삼성자동차(주)와 건물임대차계약 체결시 사업자등록증상의 주소, 성명을 날인한 것은 임차인이 이를 요청함에 따라 부득이 기재한 것이고, 이를 제외한 모든 임대차계약 체결시 본점 소재지 명판을 사용하는 등 부동산 임대업무와 관련한 모든 대외적인 행위는 서울특별시 서초구 방배동 소재 서울사무소(KTF방배대리점, 이하 “서울사무소”라 한다)에서 수행하고 있었음에도, 처분청이 서울사무소의 실체를 인정하지 아니한 채 이 사건 부동산에 위치한 관리사무실을 인적·물적 설비를 갖추고 건물의 임대와 관리업무를 수행하고 있는지점으로 보아 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서, 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제55조의2 본문에서 영 제102조제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면적대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 하면서, 그 단서 및 1호 내지 3호에서 다만, 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소, 물품의 보관만을 하는보관창고, 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장은 제외한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 섬유류 합성수지·광업제품·지류·고무요업제품 등의 제조가공 및 판매업, 부동산의 매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하여 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 216-1번지를 본점 소재지로 하여 1977.2.14. 설립된 법인으로서, 2002.12.30. 이 사건 부동산을 취득하고 2003.1.1. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 동대문세무서장에게 사업자등록을 한 다음 2003.1.20. 청구인 명의로 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료한 사실과 그 후 청구인과 청구인의 대표이사인 청구외 김○○은 2004.11.27. 청구외 김○○이 운영하고 있던 서울특별시 ○○구 ○○동 909-6번지 삼중빌딩 1층의 점포(30평, KTF방배대리점)를 청구인이 포괄양수도 하기로 하는 내용의 점포양수도(포괄)계약을 체결한 다음 2004.12.1. 인수한 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 사업자등록(등록번호 114-85-21956, 업태·종목: 통신, 도소매·무선전신전화, 통신기기)을 한 사실 및 한편, 청구외 김○○은 서울특별시 ○○구 ○○동 912-5번지 제일빌딩 1층을 사업장 소재지로 하여 반포세무서장에게 1997.8.10. 사업자등록(등록번호: 114-01-44681, 업태·종목: 통신, 도소매·무선전신전화, 통신기기)을 한 후 사업을 영위하였던 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산 옥상에 위치한 관리사무실은 창고 겸 대내·외 연락사무소에 불과하고, 직원 또한 방화관리 및 청소 등 부동산의 보전과 관리를 위한 최소한의 인원으로서 사무와 영업과는 아무런 관련성이 없음에도, 관리사무실을 인적·물적 설비를 갖추고 건물의 임대와 관리업무를 수행하고 있는 지점으로 보아 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 지방세법 제138조제1항제3호, 같은법시행령 제102조제2항, 같은법시행규칙 제55조의2의 각 규정에 의하면, 등록세 중과세 요건인 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 지점 또는 분사무소라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하고, 다만, 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소, 물품의 보관만을 하는 보관창고 등은 제외되는바, 여기서 “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”라 함은 당해 법인의 지휘·감독하에 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 설비를 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이상당하다(대법원 판결 99두3188, 1999.5.11) 할 것으로, 청구인은 1977.2.14. 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 216-1번지를 본점 소재지로 하고 섬유류 합성수지·광업제품·지류 등의 제조가공 및 판매업, 부동산의 매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2002.12.30. 서울특별시 내에 소재한 이 사건 부동산을 취득한 후 2003.1.1. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 사업자등록을 한 다음 동대문세무서장으로부터 사업자등록증을 교부받아 사업을 영위하면서 이 사건 부동산 옥상에 책상 2개와 쇼파·탁자 등의 집기가 마련되어 있고 입주사무실현황표와 각종 인허가증 등이 게시되어 있는 관리사무실에서 청구인 소속 직원 6인이 근무하고 있는 점, 2003.6.18. 청구외 르노삼성자동차(주)와 이 사건 부동산 1층(160평)에 대하여 체결한 임대차계약서상에 동대문세무서장에게 등록한 사업자등록증상의 내용으로 기재되어 있는 점, 2002.12.30. 이 사건 부동산을 취득한 후 이를 관리하고 있던 청구외 박○○·풍○○·김○○을 승계 채용하여 일정기간 부동산의 관리업무를 담당토록 한 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 부동산 내의 관리사무실은 청구인의 지점으로서의 역할을 하고 있다고 봄이 타당하다 하겠고, 또한, 청구인은 서울특별시 서초구 방배동 소재 서울사무소에서 이 사건 부동산과 관련된 모든 업무를 수행하였다고 주장하나, 이는 당초 1997.8.10. 청구인의 대표이사인 청구외 김○○이 무선통신전화와 통신기기 도소매를 목적으로 일반사업자로 사업자등록(114-01-44681)을 하고 한국통신프리텔방배대리점 영업을 하고 있던 것을 2004.11.27. 청구인이 청구외 김○○과 점포양수도(포괄)계약을 체결하고 이를 양수한 다음 2004.12.1. 무선전신전화와 통신기기의 통신 등의 사업을 영위하기 위하여 반포세무서장에게 별도의 사업자등록(114-85-21956)을 한 것으로, 2005.1월부터 대표이사 등 3인에 대하여 갑종근로소득세 원천징수 및 이에 따른 주민세 특별징수가 이루어진 사실로 보아 이 사건 부동산 취득 당시 이러한 서울사무소가 청구인의 지점으로서의 역할을 수행하고 있었다고 인정하기는 어렵다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 부동산등기를 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 1. 29. 행 정 자 치 부 장 관