종교단체가 취득한 부동산 일부를 수익사업 또는 유예기간 내에 종교용이 아닌 다른 용도로 사용한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.6.28. 서울특별시 ○○구 ○○동 791-705번지 토지 453㎡와 그 지상건축물 1,215.62㎡(지상 4층, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득 등기한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 2006.6.22. 처분청 세무담당공무원(지방세무서기 이○○외 1인)의 현지확인 결과 이 사건 부동산 중 일부(건축물 746.97㎡, 부속토지 278.10㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 청구외 이○○ 등이 임차하여 사용하고 있고, 청구외 강○○ 등이 주거용으로 사용하고 있으므로 이를 수익사업 또는 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 쟁점 부동산에 대하여 안분계산한 취득가액(409,015,886원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 11,432,400원, 농어촌특별세 878,060원, 등록세 17,628,980원, 지방교육세 3,280,370원, 합계 33,219,810원(가산세 포함)을 2006.9.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법의 규정에 의하여 임차인의 변경 없이 3년 이내에 취득목적대로 사용하는 경우라면 비과세되는 것으로 알았고, 4층 주택 또한 2세대는 해외선교사로 떠난 종전 담임목사(이○○)와 그의 딸인 청구외 이○○(선교사) 세대가 주민등록을 두고 있고, 그 작은 딸인 청구외 이○○과 부목사인 청구외 양○○, 전도사인 청구외 강○○가 거주하고 있으며, 청구인의 담임목사(이○○)가 사용하고자 일부(18평)는 공실상태로 두고 있으므로 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 취득한 부동산 일부를 수익사업 또는 유예기간 내에 종교용이 아닌 다른 용도로 사용한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항 본문 및 제1호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있으며, 법인세법 제3조제2항 본문에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 하면서, 그 제1호에서제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제2조제1항 본문에서법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조제2항제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.6.28. 이 사건 부동산을 취득하였고, 2006.6.22. 처분청 세무담당공무원의 현지확인 결과 1층의 경우 일부(98㎡)는 청구인의 교육관으로 사용하고 있으나 그 나머지 부분(297.94㎡)은 청구외 이○○가 임차하여 민간보육시설(강북 솔로몬 어린이집)로 사용하고 있고, 2층(370.65㎡)은 예배당으로 사용하고 있으며, 3층(323.98㎡)은 청구외 송○○가 임차하여 나염(염색약) 제조공장으로 사용하고 있고, 4층(125.05㎡)은 청구외 양○○ 등 7인이 주민등록을 두고 주거용으로 사용하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 쟁점 부동산 중 4층은 선교사와 부목사 등의 주거용으로 사용하고 있고, 나머지 부분 또한 법령에서 정한 유예기간이 경과하지 아니하였으므로 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항제1호 및 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 이에 대한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세한다고 하면서, 각 본문 단서에서 같은법시행령 제78조의2제1항 및 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 여기에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하겠으므로(대법원 판결 2001두878, 2002.10.11)으로, 종교단체가 취득 등기하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것인바, 첫째, 청구인은 이 사건 부동산을 종교용으로 사용하고자 하였다면 취득과 동시에 당해 사업에 사용하기 위한 일련의 절차를 진행하였어야 하나 쟁점 부동산 중 1층 일부(297.94㎡)와 3층(323.98㎡)의 경우 종전 소유자인 청구외 이○○와 임차인인 청구외 이○○·송○○가 체결한 부동산임대차계약기간이 만료되었음에도 아무런 조치를 취하지 아니한 채 계속하여 이러한 계약관계를 유지하고 있는 사실로 볼 때, 이러한 임대차계약기간 종료일 이후부터는 청구인이 이를 종교용이 아닌 법인세법 제3조제2항제1호에서 수익사업으로 규정하고 있는 부동산임대업에 사용하였다고 봄이 타당하다 하겠으므로, 이때 구 지방세법 제107조 본문 단서 및 같은 법 제127조제1항 본문 단서에서 규정하고 있는 취득세와 등록세의 추징요건이 완성되어 납세의무가 성립되었다 하겠고, 둘째, 쟁점 부동산 중 4층 주택의 경우 청구인이 이를 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등과 같은 교회의 중추적 업무에 사용하고 있는 것이 아니라 단지 청구외 양○○ 등의 주거용으로 사용되고 있는 이상, 이를 교회의 목적사업에 직접 사용되고 있는 것으로 볼 수는 없다 하겠으므로, 처분청이 쟁점 부동산에 대하여 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 1. 29. 행 정 자 치 부 장 관